根據取標本的途徑不同，NOSES主要分為三種，即經肛門取標本NOSES、經陰道取標本NOSES以及經口取標本NOSES。目前臨床應用最廣的就是前兩種方式，尤其是經肛門取標本。經肛門取標本主要適用于腫瘤較小、標本容易取出的患者；經陰道取標本主要適用于腫瘤較大，經過肛門取出困難的女性患者。除此兩種取標本途徑外，也有學者開始嘗試開展經口腔取標本的NOSES，包括袖狀胃切除術、胃間質瘤切除術、肝活檢術、膽囊切除術、脾切除術等。但由于食管管腔狹長、管壁彈性差，術者在開展經口腔取標本手術時，一定要嚴格謹慎地把握手術適應證。

根據取標本的方式不同，NOSES又可分為三類，分別是標本外翻體外切除（外翻切除式）、標本拉出體外切除（拉出切除式）、標本體內切除拖出體外（切除拖出式）。不同的手術方式都有其不同的操作特點和技巧，但影響術式選擇的決定性因素就是腫瘤的位置與大小。在結直腸NOSES中，外翻切除式主要適用于低位直腸腫瘤，拉出切除式主要適用于中位直腸腫瘤，而切除拖出式的適用范圍最為廣泛，包括高位直腸、乙狀結腸、左半結腸、右半結腸以及全結腸。在胃NOSES中，所有的取標本方式都是采用切除拖出式。