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在日本的古文獻中,被稱為“瘧”的傳染病經常出現,這被認為是瘧疾。有一種說法認為,《源氏物語》中主人公光源氏也患上了瘧疾,平清盛(1118—1181年)也死于瘧疾。在《平家物語》中,這樣記錄了因高燒入魔的清盛的臨終狀態。“體內火熱,就像燒火。(中略)進入其臥室的人都燥熱難忍”。在現代之前,日本西部的低濕地和水田地帶,瘧疾間歇性地持續流行。

從明治時代到昭和時代早期,從琵琶湖到日本海沿岸、沖繩和北海道等,全日本都暴發了瘧疾疫情,出現大量的感染者。在沖繩,太平洋戰爭期間,狀況變得悲慘起來。由于戰斗變得激烈,在八重山群島,居民被迫疏散到瘧疾流行區域,并不得不住在快速建造的茅草小屋里共同生活。結果有1.7萬人感染了瘧疾,約3 000人死亡。

戰爭結束不久,從國外返回的復員者帶回了瘧疾病毒,使得瘧疾在日本國內流行起來。1946年達到頂峰時,導致2.82萬人發病。后來,滴滴涕(DDT)等殺蟲劑的普及,使感染減少。1959年在滋賀縣彥根市最后一次暴發流行之后,瘧疾在日本國內已被根絕。但是,即使在現在,在海外被感染,回國后發病的仍然每年有幾十人左右。

然而,作為鄰國的韓國,在20世紀70年代后期,雖然成功地控制了瘧疾,但是后來再次開始流行。1993年重新流行得到確認,感染者在2000年突破了4 000人。韓國舉國采取了措施,但2011年報告仍有800多名感染病人。

在與朝鮮的軍事分界線周邊執行巡邏任務的韓國士兵被發現有瘧疾原蟲感染。由于2011年在朝鮮,有1.6萬多名瘧疾患者出現,韓國指責朝鮮,認為是從朝鮮飛來的蚊子感染了韓國的士兵。

除撒哈拉以南非洲外,在東南亞地區和阿富汗、伊朗、伊拉克、巴布亞新幾內亞和巴西等國,瘧疾也在繼續流行。

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