教會的中小學方面,真光被迫停課,同年遷往香港肇輝臺續辦,並把白鶴洞真光女中、真中中學(含小學)及香港真光小學合併為一校;至1941年12月,香港淪陷,已遷香港的白鶴洞真光女子中學也被迫停辦。翌年,何蔭棠率領師生離開香港,抵達廣東連縣三江上課,由於三江位置偏僻,同年夏天學校遷到廣東曲江上窰,1944年又遷至連縣雙喜山,其後日軍逼近連縣北部,師生暫避三江,至2月始遷回雙喜山。戰爭結束,真光師生從連縣返回廣州白鶴洞校址復課。培英1937年在香港般咸道開設分校,傅世仕為校務主任,旋因中日戰爭影響,廣州培英中學遷往香港與香港分校合併上課,至香港淪陷,分校停辦,正校遷往澳門復課。1943年,傅世仕任校長,學校自澳門遷往戰時廣東省府曲江,初期借用韶關公園前青年會夜校課室上課,後曲江遭日軍飛機轟炸,校舍被毀,學校購入曲江東河壩南方被服廠廠址繼續上課。抗戰期間,為方便學生中之兄弟姐妹能相互照顧,學校兼收女生,此乃培英中學男女同校之始。1944年,韶關疏散,學校遷往連縣雙喜山復課。主管人馮世安(Chester G. Fuson)以前任教於培英,馮答應撥出雙喜山大片土地建築校舍。培英遷至雙喜山兩個多月後,真光中學也遷至此,兩校實行「分管合教」,聯合授課,但仍維持獨立的行政管理。鑒於招生困難,戰時真光及培英均打破傳統,分別招收男生及女生。至聯校時期,真光不再招收男生,培英不再招收女生,真光既有的男生轉入培英,培英既有的女生則轉入真光(39)。