甄嬛在甘露寺中日日修行，只愿自己能遠離后宮爭斗，可偏偏天不遂人愿，甄嬛父親因祺嬪家人迫害，危在旦夕，甄嬛只得下定注意回宮。

槿汐為促成甄嬛回宮，甘愿自我犧牲，入宮找到皇帝身邊大太監蘇培盛，作其“對食”妻子；蘇培盛深受感動，答應助甄嬛一臂之力。

蘇培盛以為太后祈福為由，請皇帝入甘露寺進香，皇帝欣然前往。甄嬛費盡心機獲得皇帝的注目，加之皇帝本就對其余情未了，兩人迅速復合，甄嬛在寺中侍寢。

皇帝回宮后，隱瞞與甄嬛私會的消息。不久，甄嬛發現自己懷孕；蘇培盛請來溫實初親自為其把脈，溫實初明白甄嬛回宮復仇的用意，知道相勸也是無果，只能鼎力相助。

皇帝得知甄嬛懷孕，意欲接甄嬛回宮。皇后聽到甄嬛有孕的消息感到震驚，悔恨自己一時大意，讓甄嬛鉆了空子。

為防止甄嬛回宮，皇后親手策劃了一系列好戲給別人看：先是進香香柱斷裂不止，然后自己佯裝失足落水，另一邊安插他人候機在太后壽康宮里點火，鬧得宮里是非不斷。

祺嬪候機在皇帝旁邊煽風點火，并請來欽天監正使，以天象不詳之名暗示甄嬛懷孕有不祥之兆，皇帝決定暫緩甄嬛回宮一事。

四阿哥弘歷湯中被人下了毒，嬤嬤誤食后慘死，恰巧讓陵容碰上，把弘歷帶到太后跟前。

太后明白此舉必是皇后所為，于是召來皇帝、皇后，以弘歷之遭遇點醒皇帝，促成甄嬛回宮一事以平衡后宮勢力，皇后幾欲阻攔未果。

甄嬛回宮前，皇后得知消息情知無法阻攔，特意慫恿皇帝大興土木迎接甄嬛回宮，引得前朝言官非議，內外反對。為使甄嬛順利回宮，皇帝決定為甄嬛改姓鈕祜祿氏，封為熹妃。

甄嬛回宮后極盡榮寵，住進奢侈的“永壽宮”中。

皇后見甄嬛與從前大不相同，要除掉她更為困難，便挑撥甄嬛女兒朧月的養母敬妃與甄嬛的關系。

甄嬛母女相聚，朧月因故不認生母，甄嬛大感傷心，深怨皇帝。甄嬛與眉莊閑聊宮中事，才知人事大變。太后傳旨召見二人。

甄嬛精心設計，言語間承受住了太后的責問，重贏太后歡心。甄嬛在陵容的陪同下返回宮中，途徑儲秀宮時，險些從轎中跌落。

孕期的甄嬛險些從轎上跌落，眉莊拼死相護；甄嬛發覺所經之路上的六棱石被人換成了長滿青苔的鵝卵石，心知遭人算計，卻不知到底是儲秀宮的祺嬪還是欣貴人所為。甄嬛于是告知皇帝不適，皇帝大怒，命蘇培盛徹查此事。

祺嬪分外嫉恨甄嬛，和欣貴人一起假意登門拜訪；甄嬛無意間發現祺嬪不能懷孕的秘密——她身上戴著的一串麝香珠乃是皇后所賜。

欣貴人向甄嬛示好，依附甄嬛。甄嬛昔日的侍女佩兒被祺嬪毒打，甄嬛將計就計，命佩兒暗查祺嬪和欣貴人。祺嬪偶遇甄嬛，帶著含有麝香的香囊接近甄嬛，意圖使其小產，討好之余不忘挑撥甄嬛與欣貴人的關系。

祺嬪裝病邀寵，惹得皇帝不快。甄嬛巧罰祺嬪，贏得太后贊許，在宮中樹立了威望。祺嬪有苦難言，暗恨甄嬛。

皇帝探望祺嬪，卻發現她責打宮女；欣貴人頻頻暗示，皇帝終于動怒冷落祺嬪，降祺嬪為貴人。

祺貴人到皇后面前訴苦，反被皇后責罵；祺貴人憎恨皇后，皇后一黨開始內斗。

皇帝命蘇培盛請來欽天監副使季惟生觀看天象，季惟生以“危月燕沖月”之不祥之兆暗示祺嬪的命理不祥，與太后等人相沖，需以靜修為宜。皇帝深信不疑，決定遠離祺嬪，并晉升季惟生掌管欽天監正使一職。

敬妃因過于疼愛朧月，對甄嬛回宮后親近朧月的舉動心存妒忌。皇帝為使甄嬛開懷，一意孤行令朧月回到甄嬛身邊，反而使朧月更加不愿接近生母，敬妃疼惜不已，為留住朧月在身邊，只得向皇后求助。皇后看中敬妃心思，趁機挑撥離間。

蘇培盛與槿汐“對食”之事被敬妃揭發，二人被重責罰入慎刑司受苦。甄嬛力保二人未果，不便出面再求，只得請端妃出面相助，救出槿汐。

溫實初發覺甄嬛所懷乃雙生子，認為其腹大之事已可掩飾過去。甄嬛請求皇帝先不要說出雙生子之事。

甄嬛腹大逾于常人，后宮流言頓起，皇后借他人之口暗示皇帝甄嬛腹中胎兒來歷不明，但甄嬛早已料到皇后這一手，皇帝未與理睬，反而斥責了皇后。甄嬛則借機分清敵我，借皇帝之手大肆鏟除異己。

槿汐因被揭破與蘇培盛之事大受打擊，甄嬛極力勸解，槿汐終于振作。

回宮路上甄嬛被葉瀾依暗算，以貓撲向其肚腹。甄嬛受驚嚇難產，艱難之下痛苦誕下龍鳳胎。

皇帝喜獲一雙兒女，即刻下旨：永壽宮熹妃(甄嬛)晉熹貴妃，于皇子滿月之日同冊嘉禮；熹貴妃出月后賜協理六宮之權。皇帝為龍子賜名弘曕，公主賜名靈犀。

甄嬛產后復原，探知蘇培盛與槿汐之事為敬妃出賣，遂對敬妃動之以情，曉之以理，答允將朧月長留敬妃身邊，敬妃十分感激。

敬妃從此對甄嬛死心塌地，并與甄嬛聯手對付皇后等人。皇后感嘆，甄嬛因一對兒女保住一生榮華，已難以撼動她在皇帝心中的地位。

景仁宮大殿上，祺貴人道出甄嬛與溫實初私通，并讓甄嬛昔日家中婢女玢兒、宮中侍女斐雯以及甘露寺女尼靜白出面舉證，一石激起千層浪。

慎貝勒允禧關鍵時刻趕來力證甄嬛清白，玉嬈為甄嬛夜闖皇后宮中，引起皇帝注目。為求真相，皇后主張滴血驗親，皇帝執意執行。驗血之時，皇后使計在水中做了手腳，甄嬛差點落入皇后圈套，幸而及時發現。

陵容帶尼姑莫言進宮佐證甄嬛與溫實初清白，大殿之上，甄嬛毫不留情地揭發了祺貴人之父瓜爾佳氏一族陷害自己父親的實情。滴血驗親無果，皇后心中有鬼，被迫拉出宮女繪春充當自己的擋箭牌。

皇帝遷怒皇后，命她在宮內養病，交出協理六宮的大權。