華妃始終不愿意相信是皇上厭惡了自己，不甘心就這樣，于是派人火燒碎玉軒，可偏偏陵容招人抓住了華妃的人，告知皇上。

皇帝最終下旨賜死華妃，華妃卻不愿就死。甄嬛來到冷宮，替華妃送行。她親口告訴華妃，皇帝和太后當年為了防備年氏一族勢力過強，便在華妃專用的歡宜香中添加了大量麝香，致使其終身不孕。華妃聽聞真相后，絕望中撞墻而死。皇帝為示自己對華妃的厚愛，許她以貴妃名位入葬。

曹貴人得風寒無人照看，太醫院奉太后密旨在其藥物中下了失神之藥，致其噩夢連連，不斷夢見華妃來冤魂索命，最終驚懼而死，端妃獲圣旨撫養溫宜公主。

皇上決定封甄嬛為貴妃，陵容也獲封順嬪。皇后唆使祺貴人讓其父瓜爾佳鄂敏在前朝挑撥皇帝與甄父甄遠道之間的關系。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察覺到甄嬛愛讀政要史書，內心不悅，有意疏遠。

冊封禮前，甄嬛發現禮服不妥，便草率地穿著內務府送來的替代禮服前往受禮現場。皇后當場指認甄嬛身上的衣服系已故純元皇后的舊衣，皇帝更是錯認甄嬛為純元。

皇帝被揭破秘密，尷尬惱怒，指責甄嬛冒犯純元皇后，將其囚禁于碎玉軒，非召不得出。甄嬛始知自己原來一直都是純元皇后的替身，徹底心碎。陵容冒死奔走于皇后與太后宮中為其求情，但兩宮都不愿意出面干預此事。

禁足于碎玉軒的甄嬛傷心欲絕，而此時的碎玉軒猶如冷宮一般。眾人備受欺凌，甄嬛因病重暈倒。嘉卉為替甄嬛求醫，強闖碎玉軒大門，卻遭到侍衛阻攔；流朱救主心切，一時不查傷到侍衛，侍衛不得已向皇帝報告實情。

皇帝聞訊震怒，斥責侍衛失職，命溫實初速救甄嬛。甄嬛醒來后意外發現自己懷孕，為保腹中胎兒平安，請求皇后照顧自己身孕，承擔一切后果。皇后不愿答應，太后告誡她不可一錯再錯，更不許她拿烏拉那拉氏家族的榮華富貴開玩笑。

大臣瓜爾佳鄂敏繼續在皇帝面前讒言、詆毀甄嬛父親甄遠道，皇帝心生戒備，最終下旨將甄遠道革職收監，其家眷圈禁府中，甄氏敗落。

太后為甄嬛腹中的龍子考慮，擔心她得知家族之事身體不妥，命孫姑姑傳信安撫甄嬛。祺貴人受皇后旨意，派新來的太監小貴子故意將甄父被大臣鄂敏告發革職入獄的消息告訴甄嬛，甄嬛一驚之下動了胎氣。事成之后，皇后暗地里派人把小貴子毒死已絕后患。甄父在獄中被人投毒，生命垂危。

甄嬛帶孕求見皇帝，皇帝態度冷淡；甄嬛此刻真正知道原來皇帝此前對自己的萬般寵愛只因自己的容貌與純元相似，一時之間痛心無比，受到刺激早產。

甄嬛痛苦中早產下一女，取名朧月，皇帝獲知興奮不已。甄嬛內心對皇帝絕望，自請離宮到甘露寺修行以保朧月平安。甄嬛拜托敬妃收養女兒朧月，替自己撫養女兒長大成人。甄嬛毅然離宮，陵容、溫實初為其送行。

甄嬛遷居甘露寺，法號莫愁，入寺后備受欺凌；皇后趁機安插祺嬪等人好生伺候皇帝，在宮中大肆擴張勢力。溫實初因其御醫的特殊身份，獲準往來宮中及甘露寺兩地之間，暗中保護甄嬛。

眉莊得知甄嬛處境，只能暗中派人去護著甄嬛，因為皇上下旨宮中不許提及甄嬛，只當宮里沒有這個人，所以陵容也只能在碎玉軒住著，守著三個孩子。

皇上心有芥蒂，也不愿來碎玉軒，陵容一時間也不受寵，內務府眾人落井下石，陵容和兩個孩子的日子也漸漸難過起來。

皇后攜敬妃等一干嬪妃赴甘露寺進香，甄嬛躲在立柱后不愿相見。甄嬛看到陵容時過于激動被祺嬪發現。祺嬪故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出聲而暴露；甄嬛被迫以狼狽落魄之相出來見皇后等人，皇后得意之下，囑咐祺嬪告訴寺中主持不必善待甄嬛。

陵容為了兩個孩子，不得不想法子爭寵，恰好因為甄嬛之前純元故衣一事得知自己聲音肖似純元皇后，便日日給皇上唱歌，倒也博得幾分恩寵，只是皇后越發針對罷了。

陵容為討好皇帝使盡渾身解數，導致皇帝縱欲過度高燒不退，太后知曉后大怒。果郡王入宮侍疾，發現皇帝病中呼喚甄嬛昵稱，深受觸動。

皇后發覺陵容不容易掌控，竭力用祺嬪制衡陵容。皇帝病愈后對后宮舊人失去了興致，前往圓明園百駿園閑逛時，偶遇馴馬女葉瀾依，即刻被其桀驁不馴的獨特氣質所吸引，欲將其帶回后宮。

皇帝新寵葉氏入宮后即封為答應，此舉違背祖制，引起后宮其他眾嬪妃的不滿。皇后無意間得知齊妃對兒子三阿哥的前途野心勃勃，于是欲除掉齊妃。

皇后暗中點撥齊妃小心皇上新寵葉氏，齊妃明白皇后用意，認為葉氏得寵有孕，必將影響自己兒子的前途。

齊妃命太醫配好九寒湯送給葉氏服用，葉氏明知有詐，毅然喝下湯藥導致腹痛。皇帝得知葉氏從此失去生育能力后震怒，命人徹查究竟。

種種證據指向齊妃，齊妃百口莫辯，只得向皇后哭訴求情，此舉正中皇后的圈套。

皇后告訴齊妃她已不會贏得皇帝歡心以及“子憑母貴”的道理，齊妃眼見兒子與皇后親熱的情景，深知自己的罪行會連累兒子前途。齊妃托付皇后照顧皇長子弘時，絕望自殺。

皇帝及眾人以為齊妃系畏罪自殺，死后無封。皇后收養皇長子弘時。

葉氏因九寒湯一事受屈，皇帝晉升其為寧貴人，但葉氏根本不在乎這些稱謂。

御花園中，葉瀾依巧遇果郡王，欣喜不已，并對其吐露心聲，說出自己將永念允禮昔日救命之恩，希望來日報答。果郡王讓葉氏自己珍重。