建文4年（公元1402年）7月13日，燕王朱棣率領大軍打入應天城下，而在皇宮里的建文帝朱允炆經過程濟和溥洽的勸說下，決定帶著太子朱文奎一起出逃，隨后建文帝等人打開祖父、明太祖朱元璋留下的箱子，接著建文帝就打扮成了一位和尚。最后建文帝父子帶上皇宮里的玉璽在楊應能、程濟、李方等人的保護下一起從皇宮的暗道里成功逃脫，從此建文帝等人開始了自己的逃亡旅程。

8月，建文帝父子在楊應能、葉希賢、程濟，以及李方父子等人的保護下到達了蘇州的吳江縣（今江蘇省蘇州市吳江區），吳江縣是翰林院侍書史仲彬的故鄉。建文帝等人和史仲彬一起在史仲彬家里住了幾天。有一天，史仲彬在街上走著時，被吳江縣的縣令認了出來：“這不是翰林院的史仲彬大人嗎，您怎么回來啦，聽說建文帝住在您的家里?”

史仲彬聽完后，連忙裝作不認識，并否認建文帝在自己的家里，緊接著史仲彬就回到了家里，并把這件事情告訴了建文帝。建文帝聽完后，馬上明白過來:“四叔當了皇帝后不會放過自己的，他這是暗中派人與當地的官府相互勾結，尋找我這個侄兒的下落，而且我現在把皇宮的玉璽也待在身，所以四叔沒有這個玉璽，當這個皇帝肯定是名不正言不順的，并且這里現在已經被人發現了，所以這里肯定不安全了。”緊接著建文帝等人就被史仲彬安排到吳江縣的穹窿山上暫避幾天。

原來在建文帝等人成功逃脫前，建文帝命人把皇宮燒了。朱棣等人在皇宮的火海里怎么也找不到建文帝等人的尸體和皇宮里的玉璽，朱棣就懷疑建文帝是帶上玉璽逃出宮去了。于是朱棣在當上皇帝后就命人昭告天下，謊稱：“建文帝和太子朱文奎在大火中被燒死，玉璽也被毀于大火。”然后朱棣秘密派錦衣衛指揮使紀綱帶幾個人去全國各地尋找建文帝的下落。

穹窿山位于現在的江蘇省蘇州市吳中區的西北部，穹窿山的主峰箬帽峰的海拔為341.7米，是蘇州市的最高峰。穹窿山上有許多寺廟，建文帝的主錄僧溥洽曾在穹窿山上的寺廟里講過經，于是在建文帝逃脫之前，溥洽就建議建文帝可以去穹窿山上躲避幾天。但是穹窿山畢竟是一個香火旺盛的地方，去寺廟里上香的人里可能會有朱棣派來尋找建文帝下落的探子，所以建文帝等人為了安全只在山上住了幾天，就離開了穹窿山。

建文帝在離開穹窿山之前，兵部侍郎廖平主動向建文帝請纓把太子朱文奎單獨帶走，因為太子朱文奎的安全是最重要的，建文帝于是就把太子托付給了廖平，接著廖平就把朱文奎帶回了家鄉湖北襄陽。但是沒過幾天，朱棣的探子就來到了襄陽，于是廖平就單獨留在家中，因為他覺得萬一以后建文帝如果來到襄陽，他可以接應和照顧建文帝，所以廖平就把朱文奎托付給了妻子，廖平的妻子就把朱文奎帶上離開了襄陽來到今天陜西的漢中市一帶，從此廖平的妻子就和朱文奎在漢中開始了躲藏的生活，但是具體在漢中那里，只有建文帝和廖平等幾個人知道，據說后來建文帝曾親自或派人去漢中探望太子朱文奎[1]。

而建文帝和楊應能等人則前往云南去躲避，途中經過今天的福建、廣西、貴州、四川等地。建文帝等人在公元1402年的年末來到了四川的崇慶州（今四川省成都市崇州市），本想在崇慶州的鳳棲山上的常樂寺（今崇州市的光嚴禪院)里住幾天，因為常樂寺的住持悟空禪師朱五六是建文帝的幺叔祖，但是建文帝等人得知常樂寺外面已經有了朱棣派來的探子，于是建文帝等人只在四川的其他地方呆了幾天就在永樂元年（公元1403年）的正月來到了云南。到達云南后，建文帝等人就被平西侯沐晟安排到云南武定縣獅子山上的永嘉寺里避難，從此建文帝等人開始在云南一帶躲避。

[1]??桂林：《尋跡探史：大明建文帝遺蹤線路考察》，東方出版中心，第16頁。