一到喀什，布素魯克和阿古柏便組織兵變，將司迪爾逐出喀什。3月，司迪爾率7000余柯爾克孜兵回襲喀什。阿古柏此時顯露出了超群的軍事指揮能力，僅率100名騎兵夜襲敵軍，擊潰了司迪爾。接收了司迪爾勢力的阿古柏迅速組建了有數千名士兵組成的軍隊，4月11日，他攻克了英吉沙，并將司迪爾殘部徹底逐出新疆。
在阿古柏扶持下，布素魯克于1865年4月建立了哲德沙爾汗國，意即七城汗國，表明了一統南疆七大城（一般認為是喀什、英吉沙、葉爾羌、和田、阿克蘇、庫車、烏什）的野心。
4月下旬，阿古柏約葉爾羌阿奇木伯克尼亞孜為內應，偷襲葉爾羌，在巷戰中失利。回軍途中，又遭遇庫車和卓熱西丁的軍隊，在罕南力克戰役中復大敗，逃回喀什。阿古柏于是調整戰略重點，轉而攻擊仍在清軍守備下的喀什漢城。9月1日，清軍守備何步云投降獻城，清喀什噶爾辦事大臣奎英舉家自殺，殘部被迫皈依伊斯蘭教。
1865年秋，浩罕被俄國支持的布哈拉汗國再次戰敗，丟失塔什干，約7000名殘部在玉努斯江率領下，逃入新疆投奔同族阿古柏。得到這支生力軍的阿古柏實力大增，連克葉爾羌、和田。就在此時，布素魯克在喀什發動兵變，希望擺脫阿古柏，堅守41天后失敗，被逐回浩罕。阿古柏立布素魯克堂兄卡塔爾勒即位。第二年，由于卡塔爾勒也不安心做傀儡，阿古柏將其毒死。同時，經過反復爭奪，阿古柏終于擊敗了熱西丁，奪取了阿克蘇，侵占了除庫車之外的南疆。
1867年，隨著阿古柏的不斷勝利，他覺得不再需要傀儡了，于是他宣布取消哲德沙爾汗國，建立洪福汗國，自稱“畢杜勒特”（即“洪福無量的人”）。5月，他攻占庫車、庫爾勒，一統南疆。
洪福汗國以伊斯蘭教法典“沙里阿特”作為最高法律，在各地設立宗教法庭，強迫異教徒改信伊斯蘭教。其所占各地分別設立伯克作為當地軍政長官，該政權對農民采取重稅政策。
1868年，英國派遣特使會晤阿古柏，承認其政權。次年，阿古柏也派親信米爾扎·沙迪赴印度會見英國總督，爭取英國支持。英國決定向其贈送大批軍火，并允許其在印度招募工匠回喀什設立軍工廠。1870年，俄國也派人前往喀什會晤阿古柏，承認其政權。不過總體來說，在這一時期，英國仍然是阿古柏的主要支持者，并期望能夠通過支援阿古柏將俄國的擴張阻止在天山以北。
在得到大批先進裝備后，阿古柏于1870年5月攻占了吐魯番，切斷了北疆和河西走廊的聯系，并收降了以白彥虎為首的陜甘回民起義軍殘部，實力進一步增強。到1871年底為止，迪化、瑪納斯、鄯善先后被阿古柏攻克，同時俄國為阻止阿古柏進一步擴張，出兵占領伊犁，這樣，清軍除塔城、烏蘇等少數據點外，已經全部從新疆消失。阿古柏成為了全新疆的主人。
在這種情況下，英國加大了對阿古柏的援助，維多利亞女王甚至親筆致信阿古柏，與其修好。1874年2月2日，《英阿條約》簽訂，除了和《俄阿條約》類似的條款外，還規定雙方互派大使。
內憂外患搞串聯
從浩罕出發的阿古柏憑借一支只有50人的隊伍拿下一座城，并如此迅速的擴展起來，盤踞天山南北達12年之久，除了新疆當時混亂的形勢外，還有兩個重要原因：其一，他利用宗教和民族意識。新疆和中亞地域相連，這一帶的人民雖屬不同的國籍，但因同屬一個語系，基本上有著相同的宗教信仰和文化類型，而且一些民族本來就是互相交錯而居的，歷史上有著傳統的商業貿易交往和宗教聯系。由于這些歷史和宗教的原因，在當時的條件下，人民的國籍概念在一些人心中并不十分明確。相反，民族感情或民族意識往往成為彼此溝通的紐帶。當阿古柏侵入我國境內時，當地一些群眾在不了解其野心的情況下，被其“語言、冠服、習尚與己同”所蒙騙。而語言、冠服、習尚，均屬民族文化特點，民族文化特點正是構成共同民族心理狀態的基本因素。可見這種民族意識（也即民族心理狀態）在當時起了不可忽視的作用，何況阿古柏又是一個“多權詐”的陰謀家。阿古柏之所以在侵入喀什噶爾之后，急忙把布素魯克扶上王位，正是為了利用大、小和卓作為伊斯蘭教白山派首領在這一帶的宗教地位和影響。如前所述，布素魯克是30多年前叛亂南疆的魁首張格爾之子，張格爾則是大和卓波羅尼都的次孫。大、小和卓都是南疆有著雄厚勢力的伊斯蘭教白山派的首領，而喀什噶爾一帶正是崇奉白山宗的主要地區。這是阿古柏用來欺騙伊斯蘭教教徒，增加號召力，使自己勢力得以迅速擴展的重要手段。他在當上洪福之王以后，又被阿諛他的“示教職業者”授予“阿大勒克加查”（大教主）的頭銜，集政權于一身，具有更大的實力。
阿古柏之所以能在新疆猖獗12年之久，還有一個重要原因，即他得到了英、俄兩個帝國主義國家的支持。英國竭力扶植阿古柏，企圖把他作為阻隔沙俄南下的藩籬；沙俄鯨吞中亞兩個汗國得手后，加緊了侵占我國新疆的步伐，它也極力籠絡阿古柏，以供自己驅使。于是，英俄兩國競相爭奪阿古柏為各自的侵略政策服務。不過，由于俄國占有地理位置的優勢，采取了更為逼人的進攻姿態，1866年，俄國與阿古柏簽訂非正式協定，規定雙方互不干涉對方的行動，雙方有權進入對方境內追捕逃犯。1867年，俄國要求阿古柏同意在納倫河上架設橋梁，并建筑一條通過天山喀什噶爾的軍用公路，這樣“就會把喀什噶爾完全置于俄國人的控制之下”。但阿古柏并未同意這一要求。而俄國并未死心，他們在1868年占領撒馬爾罕后，就開始在與阿古柏毗鄰的納倫河上構筑碉堡，這是企圖“占領喀什噶爾的明言不諱的措施”。阿古柏此時心懷疑懼，他馬上遣使赴俄。在這一年，阿古柏把自己的侄子派往阿拉木圖、塔什干和彼得堡，尋求與俄國達成諒解的途徑，由于阿古柏不滿沙俄在“承認”問題上的曖昧態度，雙方未能成交。俄國為什么不承認阿古柏政權為獨立國家呢？這其中，最主要的原因就是，俄國仍然“以上國自居，欲阿稱藩”，沙皇力圖將阿古柏變成俄國統治下的所謂“東土耳其斯坦”（指我國新疆）的代理人。俄國的這個意圖由土耳其斯坦總督考夫曼講得很清楚，他寫信警告阿古柏說：
如果不愿意同俄國建立像浩罕、布哈拉（均已經屬于俄國）一樣的關系，將要受到嚴厲的懲罰。
這其實是在威脅阿古柏。俄國的行徑使阿古柏既恐懼又不滿。
英國對阿古柏實行的政策則與俄國恰恰相反，它用的是以柔克剛，對阿古柏極力拉攏。1865年，有經過和田前來的準孫和艾斯臺爾·薩依甫二人同阿古柏進行了接觸。
英國通過這次與阿古柏的勾結，了解到這樣一個情況：完全可以控制阿古柏政權，進而使擴張勢力伸入南疆。英國還通過它的附庸土耳其蘇丹來拉攏阿古柏。因為，19世紀末，土耳其成為伊斯蘭主義的中心，土耳其蘇丹對于信奉伊斯蘭教的中亞各統治階級在宗教上和政治上具有相當大的影響。
英阿關系在1869年以后迅速發展。英國通過土耳其蘇丹進一步拉攏了阿古柏，俄阿條約簽訂后，阿古柏派其侄赴俄回訪，亞歷山大二世親自接見。代表團回來時朝見了土耳其蘇丹，表示愿意尊奉土耳其為上國，土耳其蘇丹在英國的策劃下，隆重地接待了他們，封阿古柏為天山南路一帶的“米拉胡爾巴什”（即“艾米爾”，意為統治者、國王），并派去軍官、顧問20多人，送給大批武器。
1865年，沙皇俄國占領塔什干的前夕，曾經有一個名叫喀孜汗土烈的有聲望的人逃往土耳其，土耳其蘇丹阿布杜艾則孜便派他來見阿古柏，宣傳和動員阿古柏歸屬土耳其。阿古柏便派遣以喀孜汗土烈為首的代表團回訪土耳其蘇丹，表示愿意附屬于土耳其。這個代表團給土耳其蘇丹帶去了蒙古、哈薩克的好馬各九匹，還有從各處搶來的童男、童女各九名，此外，并有許多綢緞等禮物。土耳其蘇丹為此很高興，隆重地接待了阿古柏派去的代表團，并賞給阿古柏“半拉胡爾巴升”（即艾米爾，國王的意思）的職銜。之后，土耳其蘇丹給阿古柏派遣了20多名高級軍事人員和政治顧問，并帶來了許多武器和禮品。在這次派來的顧問中，有七人留在阿古柏身邊常任參謀職務。阿古柏在新疆發行的貨幣上也用了土耳其蘇丹阿布杜艾則孜的名字。
阿古柏為了維持自己在新疆的統治地位，用出賣中國領土主權作為交易，爭取沙俄和英國的支持。當時，英、俄兩國正在激烈爭奪中亞地區：俄國想南下波斯灣，控制印度洋；英國想維護既得的殖民利益，不許別國插手。
新疆成為它們爭奪的重要戰略目標。英、俄兩國爭相表示支持阿古柏，力圖控制他，以達到侵占新疆的目的。
1869年，英俄在彼得堡達成了劃分中亞勢力范圍的協定。俄國提議把阿富汗作為英俄兩國在中亞的勢力范圍之間的“緩沖地帶”，英國則要求把這個地帶的界限大大向北延伸。其實，也就是要把浩罕和布哈拉作為緩沖地帶。當然英國的要求也被俄國拒絕。同年秋，英國派遣道格拉斯·福西特赴俄談判中亞問題，兩國協定：
（1）以現時施爾·阿里汗實際所管轄的地方，作為阿富汗的界限，英國利用一切辦法，防止阿富汗王把自己的邊界向北伸張；
（2）俄國方面利用自己的勢力，阻止布哈拉向阿富汗擴張；
（3）如果以后俄國迫不得已對布哈拉采取敵對行動，以及并非出于本意而占領這個汗國的全部或一部分時，俄國不得利用占領區向阿富汗擴張，而英國則不讓阿富汗驚擾其北方的鄰國（即是占領布哈拉的俄國）。
英俄之間之所以能達成這一協議，并非因為雙方都不再想往對方的勢力范圍擴張，而是英俄雙方都認為，他們與其在布哈拉、阿富汗一帶相爭，不如向東擴張更為有利，更少風險，“那里有雙方足夠用的地盤”。他們雙方意中的那塊“足夠用的地盤”，正是貧弱而幅員遼闊的中國。因此英俄協定表明：
（1）英俄在中亞腹地的爭奪將趨于緩和，中國的新疆將成為雙方爭奪的新目標；
（2）英俄兩國在新疆的角逐將會仍然遵循雙方已經協定的避免“違背雙方利益”的“競爭”原則。
那么，兩國在中亞的勢力范圍的界限布哈拉——阿富汗一線將自然向東延伸到新疆境內、把新疆分為南疆與北疆的天山山脈。從此英國便把我國的南疆視為自己的勢力范圍了。
阿古柏的哲德沙爾政權，是外國侵略者在我國新疆建立的殖民政權。阿古柏對南疆的統治完全是一幅血淚斑斑的圖畫。俄國間諜普瓦熱瓦爾斯基曾經到過阿古柏占領區，認為在“現今的南疆是很難生活的。無論是人身安全，還是財產，都沒有保障”。
1870年，英國派遣赴俄談判中亞問題的代表道格拉斯·福西特從彼得堡回到印度后，英國女王維多利亞又派他率代表團去喀什噶爾。英國通過這個代表團給阿古柏送來了陸軍專用的大炮若干門和一萬支步槍，作為他的禮物。福西特是“最先創議利用阿古柏把英國勢力滲入新疆”的英國政界人物。英國派他出使俄國談判勢力范圍的劃分，又派他赴喀什噶爾活動，這表明英國力圖把阿古柏政權作為它在南疆的代理人。阿古柏則兩次派遣代表團前往倫敦，英國女王都熱情地接見了他們，并送給阿古柏步槍六萬支和一個修理廠的設備。
阿古柏得到英國的支持，軍事發展很快，1859年，攻克庫爾勒和喀喇沙爾。1870年，越過天山攻克烏魯木齊，消滅了以烏魯木齊為中心的“清真王”妥明的封建神權割據政權。地理位置優越的沙俄以先下手為強的姿態，采取了蠻橫的武力侵略政策。1870年，沙俄派兵強占了中國的穆札爾特山口，扼住了伊犁通往南疆的咽喉。1871年夏天，當阿古柏勢力伸入北疆時，沙俄出兵強占伊犁，當地各族人民英勇抗擊沙俄侵略者，與敵人拼死戰斗達50多天。最后，侵略軍占領了伊犁地區九城（寧遠、惠遠、惠寧、綏定、廣仁、熙春、拱宸、瞻德、塔爾奇），消滅了以伊犁為中心的塔蘭奇蘇丹封建君主割據政權，并悍然宣布“伊犁永歸俄轄”。這樣，俄國就依托伊犁這一戰略要地以遏制阿古柏和英國勢力的向北擴張，并妄圖進而逐步兼并我全疆。而英國對俄國侵占伊犁不置一喙（huì），這就等于向俄國表示，英國承認俄國侵占伊犁等地的既成事實，承認北疆屬于俄國的勢力范圍。
緊接著沙俄又展開外交攻勢，一個以總參謀部大尉考利·巴爾斯為首的代表團于同治十一年五月（1872年6月）到達喀什噶爾，與阿古柏簽訂了通商條約。該約規定：沙俄承認阿古柏為“哲德沙爾首領”，阿古柏允許俄國人在南疆通商和通行，在南疆各城設商務代表和建立“商館”，俄貨入口稅為值百抽二點五。沙俄通過這個通商條約把自己的侵略魔爪伸進了南疆。同時它也表明，在《英俄協定》之后，沙俄對阿古柏政權的策略有所變化，由不承認其獨立國家的立場轉而予以正式的外交承認。但它也并不完全受《英俄協定》的制約，其對新疆的總政策沒有變，那即是把它從中國的版圖肢解出去，以便在時機成熟時將它一口吞并。英國為了與沙俄抗衡，加緊了對南疆的滲透。
1873年，阿古柏的代表團又由土耳其去印度，英印政府總督再次派遣上校福西特率300人的特別使團在喀什噶爾逗留了四個月。他們給阿古柏帶來了大批槍炮彈藥，并表示“如果需要的話，還可以派一個領事和一兩萬名武裝軍隊駐扎在喀什噶爾保護你”。這批使團還給阿古柏帶來了英國女王維多利亞的一封親筆信，信里承認“哲德沙爾”政權為“合法的獨立王國”，福西特承認阿古柏是“喀什噶爾和葉爾羌地區元首”。阿古柏因對沙俄充滿恐懼，因而也極力尋求英國的庇護。他卑躬屈節地對福西特表示：“女王就和太陽一樣，在她的溫和的陽光里，像我這樣可憐的人才能夠很好地滋長繁榮，我特別希望獲得英國人的友誼，這對我是不可少的。”