二、獨當一面

咸豐十年（1860）是咸豐皇帝三十整壽，這年三月特開所謂“萬壽恩科”，增加一次會試。左宗棠一直以未中進士，不能從“正途”入仕為憾事，因此離開湘撫幕府后，即想赴京應試。

十年正月，左宗棠從長沙啟程北上，渡過洞庭湖后，風雪很大，他踏雪而行，于二月二十六日（3月18日）抵湖北荊州。三月初三日抵襄陽，雪仍未止，泥深沒踝，行程艱難。在襄陽，安襄鄖荊道毛鴻賓（字翊云，亦號寄云，山東歷城人）面交他一封胡林翼的密札，止其北行。信中說官文“方思構陷之策，蜚語滿都中”。左宗棠聞訊，感到進退維谷，他寫信給好友郭崑燾說：“（胡林翼）密信言‘含沙者意猶未慊，網羅四布’，足為寒心，蓋二百年來所僅見。杞人之憂，曷其有極。側身天地，四顧蒼茫”，“帝鄉即不可到，而悠悠我里，仍畏尋蹤”（《全集》“書信”一，第383頁）。既然去京師有危險，回家鄉又怕“尋蹤”，棲身軍旅也許可以避禍。左宗棠在寫給朋友、時任荊宜施道的李續宜（字希庵，湖南湘鄉人）的信中表示：“將就滌老（指曾國藩）及麾下作一小營官，學戰自效。”（《全集》“書信”一，第385頁）這時，胡林翼已由湖北黃州（今黃岡）駐軍安徽英山，并與曾國藩合力攻占太湖、潛山。左宗棠遂由襄陽坐船順漢水東下，準備投奔胡林翼。三月十八日，離開漢口，翌日晚抵蘭溪。蘭溪位于浠水入長江處，英山即在浠水上游，胡林翼大營距蘭溪不過一百八十里路程。見到胡林翼后，左宗棠又于閏三月二十七日（5月17日）由英山至宿松，會晤曾國藩，并留其幕中。此時，曾國藩已收到咸豐帝有意起用左宗棠的“寄諭”，遂于四月十三日奏請簡用。適在此時，左宗棠卻收到了一封告知兒子病重的家信，只得于當月十八日啟程回湘。

五月初五日，左宗棠抵長沙。初八日即接到清廷給予四品卿銜，襄辦曾國藩軍務的諭旨。皇帝的破格起用，出乎他的意料，他在寫給朋友的信中表示皇上的知遇之恩，大大超出他的期望值。原本，曾國藩是想讓左宗棠別建一軍，支援安徽，但左宗棠卻另有他圖，提出了“保越圖吳”之計，認為應“取遠勢而不能圖速效”。關于建軍規模，按左氏的意圖，開始應在二千五六百人左右，但曾國藩卻囑其募勇五千。這讓左宗棠既興奮，又擔心，此時的心情正如他自己所描繪的：“今選募五千，自為統帶，譬如鄉居富人棄農學賈，起手即開大店，生意雖是好做，恐不免折閱之虞。”（《全集》“書信”一，第399頁）為避免僨事，他決定先網羅一批人才，以資倚靠。除禮聘王錱的弟弟道員王開化（字梅村，時在湖南養病）外，又延攬了湘楚舊將弁崔大光、李世顏、羅近秋、黃有功、戴國泰、黃少春、張志超、朱明亮、張聲恒等九人，然后四出招募。應募之兵有所謂湘勇、郴勇、桂勇，共建四營（每營五百人）、四總哨（每總哨三百二十人），又以精壯二百人為親兵，分為八隊。還收集王錱“老湘營”舊部一千四百人，加上火勇（炊事兵）、長夫（運輸兵）總計十一營五千四百人，號稱“楚軍”。左宗棠以王開化總理全軍營務，劉典（字克庵，湖南寧鄉人）、楊昌濬（字石泉，湖南湘鄉人，曾隨羅澤南辦團練）副之。老湘營一部由王錱的另一個弟弟王開琳（字毅卿）統領。按楚軍營制規定：每五百人設一營官，“坐糧”（駐扎時糧餉）每月二千五百余兩，“行糧”（行軍時的糧餉）每月二千八百兩，“散勇”每名每月四兩二錢，火勇一錢，長夫一錢。招募成軍后，每日“口食錢”（伙食費）每名一百文。招募經費、軍裝費以及一個月坐糧、一個月行糧總計約需銀六七萬兩，均由湖南巡撫駱秉章飭局給領。

楚軍指揮系統及編制表

六月初二日，新建的楚軍已經集中了二千三百余人，左宗棠即親自在長沙城外校場每日訓練，“晝夜少暇”，二十四日，所募兵員陸續到齊，全軍遂由校場移駐城南金盆嶺，晨夕訓練。

咸豐十年（1860）春，石達開部太平軍進入廣西，達開駐節慶遠（今宜山縣）。五月，連克永寧州、廣順州、歸化廳。消息傳到北京，清廷認為石達開可能假道進軍四川，擬派左宗棠率部入川阻擊。但左宗棠卻有自己的打算，他認為四川烽煙四起，形勢嚴峻，剛剛開始獨領一軍的左宗棠決不愿把這點“血本”白白送掉，他對胡林翼明確表示：“我志在平吳，不在入蜀矣！”（《全集》“書信”一，第402頁）當時，曾國藩已實授兩江總督，并任欽差大臣、督辦江南軍務，也急需宗棠相助，自然不同意派左軍入川；胡林翼認為他們的“事業”在下游，所以也來信相勸：“公入蜀則恐氣類孤而功不成。”（胡林翼：《胡文忠公遺集》卷七六）并給在北京的郭嵩燾寫信說：“季公（指左宗棠）得林翼與滌丈左右輔翼，必成大功，獨入蜀中非所宜也。”（胡林翼：《胡文忠公遺集》卷七六）在這些地方實力派的反對下，清廷才改變主意，另派湖南巡撫駱秉章督辦四川軍務。

咸豐十年八月初八日（1860年9月22日），在英法聯軍于京郊八里橋大敗清軍后，咸豐帝攜后妃、皇子倉皇北逃。也正是在這一天，左宗棠從長沙率楚軍東向，由醴陵取道江西，出祁門。對于這次出征，左宗棠極為重視，把它看成是獨自創業的開端，兩個多月后，他在家書中說：“我此去要盡平生之心，轟烈做一場。”（《全集》“詩文·家書”，第14頁）

這時的太平軍，已經渡過了因“楊韋事變”和石達開出走造成的危機，洪秀全重建了領導核心。咸豐八年（1858）八月，陳玉成、李秀成率軍于浦口擊破清軍江北大營，殲敵一萬余人；十月，又在三河鎮大破李續賓部湘軍，殲其精銳六千多人，李續賓以下骨干四百余人斃命，戰場形勢有了轉機。咸豐十年（1860）閏三月，各路太平軍在天京（南京）城外第二次擊破清軍江南大營，殲敵數萬，清軍主帥和春自縊。咸豐帝不得不把消滅太平軍的整個希望寄托在曾國藩率領的湘軍身上，這也就是曾國藩能獲兩江軍政大權的原因。

咸豐十年（1860）八月，太平軍各路將領齊集天京，決定南北配合進行第二次西征，以解安慶之圍，并預定于咸豐十一年（1861）三月會師武昌。英王陳玉成統率的北路軍于八月十六日從天京渡江北上，二十五日，占領安徽定遠爐橋；南路軍侍王李世賢部于二十五日攻克徽州，旋取休寧。十月十九日，太平軍從石埭破羊棧嶺、桐林嶺，李秀成的大軍進至離曾國藩祁門大營只有六十里，“朝發夕至，毫無遮阻”（曾國藩：《曾文正公家書》卷七），嚇得曾國藩連遺囑都準備好了。只是李秀成在與敵援軍交戰失利后，未能堅持進攻，竟改道浙江入贛，使曾國藩絕處逢生。

九月初五日，曾國藩檄調左宗棠一軍由江西南昌東進馳援。九月二十日，左軍進抵贛東北的景德鎮。二十七日，左宗棠親至祁門會見曾國藩，面商軍事，然后回景德鎮駐守。十月，左宗棠派部將王開琳率老湘營四旗共一千四百人在周坊（廣信西北）擊敗來自廣東的農民軍。十一月初一日，左軍攻占德興，初三日又克婺源（屬安徽）。這時，西征太平軍中路楊輔清、黃文金、劉官方等部正分別自寧國、蕪湖西進，十一月初九日，黃文金、李遠繼一軍進克彭澤，十一日又占景德鎮東北的浮梁，切斷了曾國藩祁門大營的糧道。與此同時，太平軍侍王李世賢于十一月十七日自休寧由東面逼近祁門；右軍主將劉官方及古隆賢、賴文鴻等于十五日自黟縣從東北方向向前挺進；南面的李秀成大軍則于二十一日進抵婺源。湘軍祁門大營處在三面包圍之中，只有西南方向還保存了一條運輸補給線。景德、浮梁被稱為“江西前門，祁門后戶”，所以駐扎景德鎮的左部楚軍就成了屏障祁門西南門戶的一支舉足輕重的軍事力量。

十一月十二日，楊載福率湘軍水師復奪彭澤。十四日，太平軍黃文金部攻湖口不克，南下都昌。李遠繼部在左軍壓迫下從浮梁西行，攻克饒州府城（今鄱陽）。二十五日，黃文金、李遠繼從饒州分兵五路直搗景德鎮，并分兵攻浮梁，左宗棠悉調各營回防。二十七日，太平軍猛攻浮梁，被左軍擊退。二十八日，鮑超的“霆軍”自皖南增援景德鎮。咸豐十一年正月初十日（1861年2月19日），太平軍由浮梁退回彭澤及皖南的建德，清軍乘勢追擊，攻占建德縣城，太平軍此次在贛東北終未能站穩腳跟。

其時，楊輔清部已往寧國，黃文金部退駐蕪湖一線，劉官方部則扎池州府，至咸豐十一年（1861）正月，活動于江西的太平軍只剩下李秀成和李世賢兩支。李秀成率部從廣豐、廣信直下吉安，攻入江西腹地；李世賢則于正月二十七日從安徽休寧前進，占領婺源，準備進入江西，截斷湘軍糧道，與左宗棠形成對峙局面。二月，左軍與李世賢多次交戰，互有勝負。二月三十日，李世賢攻占景德鎮，左宗棠從金魚橋退守樂平，湘軍贛北糧道終被切斷，曾國藩所部三萬人候糧三十日不至，軍心動搖。太平軍在達到截斷湘軍糧道的目的后，李世賢即回師皖南，再攻祁門大營。左宗棠一軍雖被擊退，但元氣未傷，在樂平略作整頓，幾天后即卷土重來。三月初六日，與太平軍李尚揚部戰于樂平之桃嶺、塔前。李世賢聞訊，遂統軍南下，號稱十余萬，于十三、十四日圍攻樂平。左宗棠命軍士在城外挖筑掩壕，憑借工事抵抗，并引水塞堰，使其溢漫，大大限制了太平軍騎兵的作用。然后他督王開化、劉典、王開琳、丁長勝等分三路越壕出擊。當時風狂雨驟，兩軍奮力廝殺，結果太平軍敗走，陣亡四千余人（據《李秀成自述》，此役李世賢損失萬余人）。經此大敗，李世賢被迫東撤，由贛東北折入浙西。左軍這一勝利，鞏固了祁門后路，曾國藩大喜過望，他在家信中說：“凡祁門之后路一律肅清，余方欣欣有喜色，以為可安枕而臥。”（《曾文正公家書》卷七）左宗棠乘勝向東追擊，由德興南下，進至廣信（今上饒）。

四月，太平軍將領李遠繼、胡鼎文（均黃文金部）由池州進占皖南的建德，并進入江西饒州府境。五月初七日，左宗棠率部從廣信北返，回到景德鎮，敗李、胡部太平軍于饒州松樹嶺。二十二日，左軍王開化、黃少春部占領建德。未幾，左宗棠因功晉升為太常寺卿（正三品），幫辦軍務。

六月初二日，左宗棠留軍守景德鎮，自率四千人東進，移駐皖南婺源。此時，左宗棠全軍已增至七千余人，但面臨兩大困難：一是軍餉嚴重不足；二是部隊因作戰、患病，減員很多。對此，左宗棠甚感苦惱。

咸豐十一年（1861）下半年，中國國內局勢發生了很大變化。七月十五日，在第二次鴉片戰爭中逃往熱河的咸豐帝，病死于承德行宮，年僅六歲的兒子載淳繼位。載淳的生母葉赫那拉氏（1835—1908）被尊為“圣母皇太后”，加徽號稱慈禧太后。慈禧拉攏咸豐帝的皇后鈕祜祿氏（尊為“母后皇太后”，加徽號稱慈安太后），依靠咸豐帝的六弟、恭親王奕于九月三十日發動政變，解除了八個“贊襄政務王大臣”的職務，協辦大學士肅順被處死，怡親王載垣、鄭親王端華被逼令自盡，其他輔政大臣也受到相應處分。奕則被任為議政王，兼管軍機處。原擬定的年號“祺祥”被改為“同治”。此時名為慈安、慈禧兩宮皇太后“垂簾聽政”，實則是一種太后垂簾與親王輔政體制，慈禧由于統治經驗不足，對奕還處于一個依賴階段，正如一位曾長期服務于中國海關的美國人所說，這兩個人“在謹慎地互相監視著”（馬士：《中華帝國對外關系史》第二卷，第67頁）。從太平天國的事業來看，咸豐十一年（1861）下半年也是個轉折關頭。八月初一日，湘軍攻占了被稱為“扼江淮之吭，當吳楚之沖”的軍事重鎮安慶。曾國藩對爭奪這個天京西面門戶一向非常重視，他曾說：“吾但求力破安慶一關，此外皆不遽與之爭得失。”（《曾文正公全集》，“家訓”卷上）安慶失守，使整個軍事形勢急轉直下，從此，太平天國的事業轉入低潮。

慈禧太后與恭親王掌權后，更加重用曾國藩集團。十月十八日，曾國藩受命統轄蘇、皖、贛、浙四省軍務（兩江總督原不轄浙江），提、鎮以下悉歸節制。曾國藩在準備調遣湘軍順流東下之時，太平軍卻在東線發動凌厲攻勢，連克浙江大部分地區，直搗杭州，威逼上海。上海官紳惶惶不可終日。基于政治、軍事、經濟多方面的考慮，曾國藩決定分兵救滬，以形成從東西兩面夾擊天京之勢。于是李鴻章受命招募淮勇，組建援滬之師。同時，左宗棠又多次與曾國藩函商，以援浙為己任。全軍援浙的建議得到了曾國藩的肯定，認為“不援浙江，不能并力，一向終無了日，亦至當之論”。（曾國藩：《曾文正公全集》“書札”，卷一六）十月十六日，曾國藩奏請以左部援浙，十一月二十六日，左宗棠接到“督辦浙江軍務”的詔命。二十八日，太平軍攻占杭州，席卷浙江全境，清浙江巡撫王有齡自縊而死。三十日又攻克杭州內城。十二月二十四日，清廷根據曾國藩的保薦，任命左宗棠為浙江巡撫。同治元年正月初四（1862年2月2日），又任湘軍將領蔣益澧（字薌泉，湖南湘鄉人，先投王錱、羅澤南，后由駱秉章派援廣西）為浙江布政使，帶所部八千人赴浙。

當太平軍圍攻杭州時，忠王李秀成曾派輔王楊輔清西進皖南，圍徽州府治，以牽制左宗棠的援浙之軍，掩護主力行動。迫使左宗棠不得不派劉典率馬步三千余人于咸豐十一年（1861）十二月初三日從廣信回防婺源（婺源原防軍僅一千六百人），“擬固婺以援徽，事竣后即由此入浙”。十九日，宗棠自己亦移駐婺源，另派王開來率老湘七營共二千五百人赴德興、婺源交界的白沙關。同月，太平軍逼近皖、浙交界的大鏞嶺、濟嶺。二十六日，楊輔清在徽州戰敗，左軍劉典部又于浙西開化縣張村擊敗楊輔清部將鐘明佳一軍。二十九日，楊輔清撤徽州之圍，向浙江遂安、淳安一帶退卻。這樣，就解除了左宗棠的后顧之憂。

左宗棠的作戰原則是“寧肯緩進，斷不輕退”。同治元年（1862）正月十五日，在后路穩固后，左宗棠率全軍從皖南翻山越嶺進入浙江開化縣境，十八日在篁岸擊敗太平軍鐘明佳、藍以道部。兩天后，左軍又分道出擊，占領開化及高坪、高環、馬金街等處，太平軍向東北遂安方向敗退。宗棠除留王開來一軍守開化外，全軍扎于馬金街。

太平軍攻占杭州后，清廷十分震驚。曾國藩在奏疏中分析浙江局勢時說：“全浙惟衢州一府可以圖存。”（曾國藩：《曾文正公奏稿》卷一七）清廷據奏嚴令左宗棠速入衢州，以圖金華、嚴州兩府。左即派部將王開來、劉典、劉璈、李耀南、楊鼎勛等由馬金街進援衢州。二月初五日，太平軍侍王李世賢派盧有成、黃文政、譚世德、陳老北等部會合遂安守將賴連繡（楊輔清部）進攻開化，騷擾左軍后路。于是，左宗棠飛檄調援衢各軍分三路回攻遂安，“以為攻嚴州，保衢州之計”（曾國藩：《曾文正公家訓》卷上）。初八日，太平軍棄遂安縣城，退至楊村。初九日，左軍趕至交戰，太平軍失利，賴連繡、盧有成陣亡，黃文政等率余部南撤，左軍占領遂安縣城。

二月十三日，左宗棠留王開來、王文瑞率老湘營二千五百人守遂安，自己則率大軍援衢州。十八日，抵常山。二十三日、二十八日，淳安太平軍兩次反攻遂安，均被王文瑞擊退，分走嚴州、徽州府境。二十九日，侍王李世賢親率大隊從金華、龍游至大洲、金旺，南趨江山。時清軍由總兵李定太、崇志守衢州；新任浙江按察使李元度守江山，各擁眾八千余人（三月，曾國藩劾李元度援浙不力將其革職）。三月十五日，左軍進入江山，在江山以南之清湖鎮擊敗李世賢部。李部東走龍游、壽昌、蘭溪。此時，太平軍楊輔清部從安徽寧國南下，由浙江昌化直取遂安。左宗棠堅持“慎于前敵，亦當慎于后顧”的方針，從常山北上，返回開化。三月二十二日，劉典部抵馬金街，太平軍退走。五月初四日，左宗棠從江山進衢州，以衢州為奪取全浙的基地。十二日，左督新任按察使劉典、道員屈蟠、王德榜及處州鎮總兵劉培元、總兵李定太等分九路并進，在龍游附近擊敗李世賢部。十五日，太平軍再戰又失利，遂從龍游退守金華府，二十四日，天王洪秀全命李世賢率軍回救天京，太平軍在浙江逐漸處于被動地位。

同治元年（1862）五月初三日，湘軍水陸并進，逼近天京，曾國荃率陸師駐雨花臺，彭玉麟率水師泊護城河口。此時，忠王李秀成正率大軍第二次進攻上海（太平軍第一次攻上海在咸豐十年六七月間），盡管上海正式成立了“中外會防局”，英、法軍隊直接參與對太平軍作戰，但太平軍仍取得了一系列勝利。但天京被圍，使李秀成不得不于五月二十三日自松江撤軍，并于八月下旬回援天京。

六月初七日，左宗棠分南北兩路繼續東進，一路由劉典、楊昌濬率領進攻衢州北部地區，連破太平軍營壘三十余座；另一路由劉培元、屈蟠、王德榜等指揮進攻衢州東、南兩面太平軍營壘，迫使太平軍退守龍游、蘭溪。李世賢因急于擺脫左軍糾纏，回援天京，遂于六月中旬以攻為守，調大軍分兩路直取遂安，奔襲左軍后路。于是，左宗棠調劉典等九營四千人回援。六月二十日，劉典部與太平軍戰于遂安東南，二十二日，李世賢退回金華，集中兵力于金華、蘭溪、龍游、武義一線，作堅守打算。

在浙東方面，英、法軍隊于四月十二日協助清軍悍然占領寧波，迫太平軍撤走。當時英軍出動有軍艦四艘、水兵三百三十人；法軍有軍艦兩艘，水兵七十余人。經過激戰，太平軍戴王黃呈忠、首王范汝增受重傷撤退，法軍統領“伊臺”號艦長耿尼（Lieut Kenney）亦被擊斃，由“孔夫子”號艦長勒伯勒東（A.F.Lebreihon de Caligny）繼任統領。此外，英國駐寧波海軍軍官刁樂克在當地招募一千人，由英國人訓練，組成所謂“常安軍”和“定勝軍”（即中英混合軍，又稱“綠頭勇”）；六月，法國人、寧波海關稅務司日意格（Giquel Prosper）也招募四百人組成中法混合軍——“常捷軍”（亦稱“花頭勇”）。他們伙同清朝已革道臺張景渠攻占慈溪。七月初八日，又占余姚，閏八月二十五日，奪得奉化。清廷還應法國公使之請，任命勒伯勒東為署浙江總兵，率“常捷軍”一千五百人防守寧波。寧波是對外貿易的一個重要商港，通過寧波既可輸入軍火、糧食等重要補給品，又可以取得海關稅這筆重要收入。所以它在軍事上、經濟上均居重要地位。左宗棠對這個重要港口是很重視的，在寧紹臺道梁恭辰滯留福建原籍七八個月之久后，他奏請將其革職，另推薦正在上海勸辦捐輸的前江西南昌知府史致諤任寧紹臺道，并對其寄予厚望：“寧、紹兩郡在浙中失事各郡中受禍稍輕，宜慎以圖之。”“浙之肥壤在嘉湖與寧紹，吾軍積欠實已九個月有奇，今方有事于浙西、皖南，非巨款不濟”，“請閣下急為我謀之，不但滬上所得不宜分取，即甬上所得亦未可私之，自慚德薄能淺，于浙事少所裨益，不能不過望于公也！”（以上《全集》“書信”一，第479頁、第540頁）

左宗棠統軍入浙后，進展相當緩慢。由于兵力單薄，不足一萬人，入浙八個月始終未能越過衢州一線。直至同治元年七月，新任浙江布政使蔣益澧率廣西左江鎮總兵高連陞、副將熊建益部湘軍八千人從廣西經湖南開抵衢州，戰局才發生變化。其時，福建總兵秦如虎由浙南溫州攻占處州府（府治在今麗水縣）。閏八月十三日，蔣部高連升一軍攻占嚴州府壽昌。李世賢見一時無法擊潰左軍，只得一面派李尚揚、劉政宏等分領十余萬人扼守金華、湯溪、龍游一帶，阻截其東進，一面自率一軍北上救援天京。作為浙江太平軍主帥的侍王李世賢至此一去不復返，浙西太平軍陷于群龍無首的境地，使左軍得以乘機東進。

九月初五日，左宗棠進駐衢州府龍游縣的新涼亭，其對龍游的幾次進攻均未獲勝。此后數月內，雙方在金華府西的蘭溪、湯溪一帶展開激戰，互有勝負。十一月，太平軍戴王黃呈忠、首王范汝增、梯王練業坤率十余萬人增援金華。同治二年正月十一日（1863年2月28日），蔣益澧會同粵軍康國器部攻占湯溪。湯溪失守使龍游太平軍腹背受敵，次日，太平軍即棄龍游東走。同一天，太平軍蘭溪守將譚星棄城撤至浦城，蘭溪被劉典攻占。十三日，黃、范、練等太平軍主力又在湯溪東面的白龍橋被擊敗，向義烏、諸暨方向撤退。清軍占領湯溪、龍游、蘭溪后，高連升部再克金華府城，同時，金華府屬之武義、永康、東陽諸縣亦為福建清軍林文察部及團練所占。二十五日，蔣益澧又奪義烏。十八日，劉典等攻下義烏西北的浦江，并繼續東進，占領諸暨（屬紹興府）。二十九日，劉培元等水陸并進（左宗棠在衢州設船廠制造戰船，建立內河水師），攻克桐廬（屬嚴州府）。桐廬位于浙江中游，自桐廬七里瀧往下地勢漸平，江面漸闊，往下即富春江、錢塘江。由于桐廬失守，太平軍在杭州上游的關鍵駐點只有富陽（屬杭州府）一城了。為便于指揮各軍沿江直取杭州，左宗棠將大本營從金華北移至建德（嚴州府治）。在東線，清軍于正月二十六日占領紹興，而“常捷軍”頭目勒伯勒東在紹興之役被擊斃。二月初，已革道臺張景渠部又占蕭山，逼近杭州。

太平軍方面，自紹興失守后，陸續從金華、龍游、嚴州、溫州、臺州等處撤退，兵屯富陽。聽王陳炳文、歸王鄧光明（均李秀成部將）亦趕來增援，力保杭州。二月，左軍水師由副將楊政謨率領在富陽擊毀太平軍船只數百艘。三月，左宗棠升任閩浙總督，兼署浙江巡撫（新任巡撫曾國荃不到任），負責浙江、福建軍務，節制兩省軍隊。

為牽制左軍東進，皖南太平軍分兩路入贛，以擾左軍后方：一路由歙縣、休寧準備越婺源直取江西德興、樂平；一路由黟縣擬越祁門取江西浮梁、景德鎮。為鞏固后方，左宗棠不得不將劉典一軍八千余人調回建德，轉向皖南。這時由左宗棠直接指揮的兵力雖已達三萬余人，但相當分散，除劉典、王開琳兩軍一萬余人（王開琳部三千余人）部署在皖南外，還有一萬人左右分守下游的新城、桐廬和上游的淳安、遂安以及衢州、金華、嚴州等地，進攻富陽的部隊只有蔣益澧一軍萬余人，加以軍餉缺乏、瘟疫流行（左軍前后病死四千多人），所以在富陽與太平軍相持五個多月，毫無進展。左宗棠自己也得了瘧疾，陷于一籌莫展的境地。于是他決計求助于法國人組織的洋槍隊。同治二年（1863）七月二十六日，左宗棠將浙東德克碑的“常捷軍”一千五百人調來配合蔣益澧進攻富陽。八月初七日，清軍與“常捷軍”聯合攻破富陽城外卡壘，翌日，即占領富陽城。高連陞部亦破新橋，并進迫杭州。九月初六日，太平軍聽王陳炳文、歸王鄧光明集中一萬余人分四路反攻，被擊敗。十月十八日，太平軍再次從杭州反擊，又被高連陞及“常捷軍”擊退。十一月初十日，左宗棠由富陽趕到余杭督師，雙方在杭州、余杭兩地展開了激烈的爭奪戰。

當杭州太平軍正進行頑強抵抗時，其周圍地區的防線卻已逐步瓦解，局勢急轉直下：首先，太平軍在長江下游的重鎮蘇州被李鴻章的淮軍奪取。十月二十四日，蘇州守將郜永寬等八人刺殺慕王譚紹光，向淮軍投降。接著，在浙江也出現了一連串叛降事件，從十一月初七日到同治三年（1864）正月初八日，平湖、乍浦、海鹽、澉浦、嘉善、海寧、桐鄉（均屬靠近江蘇的嘉興府）等地的太平軍守將紛紛投敵，杭州成了一座孤城。

此時，皖南太平軍由績溪進入昌化（屬杭州府），并南下淳安、遂安（屬嚴州府），威脅左軍后路。同治三年（1864）正月初九日，左宗棠將提督黃少春一軍從余杭調至嚴州，以阻扼從皖南援浙的太平軍。同時，又命魏喻義自新城南屯嚴州，俞得成屯金華，戴奉聘屯衢州，并調援皖的王開琳部“老湘營”由屯溪下趨淳安，加強了后路防務。正月十五日，王開琳會合黃少春部擊敗太平軍于遂安之昏口，太平軍分走婺源（皖南）、玉山（贛東）。

二月十八日，進入浙江北部的淮軍攻占嘉興。其實，早在四個月前，淮軍即兵分三路，北圍無錫，中取蘇州，南入浙江。同治二年（1863）十一月，淮軍劉秉璋、潘鼎新部攻占了浙江嘉善、乍浦、海鹽、澉浦等縣。淮軍進入自己轄區，這是左宗棠不愿看到的，但他鞭長莫及，無力北顧，只好聽之。嘉興失守后，杭州太平軍更失犄角之勢，城內個別將領圖謀通敵。二十一日，蔣益澧、高連陞等用大炮轟塌城垛三丈，二十三日后半夜，聽王陳炳文棄城北走。二十五日清晨，左軍攻占杭州。蔣益澧、高連陞等部及德克碑的“常捷軍”入城后即大肆搶掠。同一天，太平軍康王汪海洋也棄余杭，北走武康（屬浙江湖州府），清軍康國器等占領余杭城。三月初二日，左宗棠進駐杭州城，始“申虜獲之禁，婦女、財物各從其主，有敢取自‘賊’中者，罪之。禁軍士無入民居，招商開市”（《湘軍志·浙江篇》）。由于奪得杭州，清廷特加左宗棠以太子少保銜，并賞穿黃馬褂。

三月初四日，左宗棠又遣楊昌濬督親軍攻占武康。初五日，太平軍石門（屬嘉興府）守將鄧光明投降。同日，李世賢、楊輔清、陳炳文、汪海洋等從德清匯合西走。初八日，退至昌化。以后，李世賢由皖南進入江西，汪海洋、陳炳文等轉戰浙、皖。黃文金、楊輔清則留守湖州，與清軍在湖州一帶激戰兩個多月。

六月十六日，湘軍占領天京。時天王洪秀全已于一個多月前病死，忠王李秀成護送幼天王洪天貴福突圍被俘。幼天王潰圍后由洪仁玕、吉慶元等保護到達安徽廣德。二十六日，黃文金迎幼天王入湖州，因湖州城小兵單，難以立足，擬經江西入湖北，據荊、襄，以圖西安。七月初三日，復回廣德。其時，湘軍、淮軍已向湖州合擊，二十五日，湖州南門守將陳學明向蔣益澧投降。翌日，洪仁玕、黃文金棄湖州，走江西。二十七日，左軍將領蔣益澧、高連陞以及洋將德克碑會同淮軍將領郭松林、潘鼎新、張樹聲、劉秉璋等占領湖州府城。二十八日，左軍又在梅溪擊敗由湖州西走的太平軍。同日，楊昌濬經過月余圍攻，占領湖州府西境的安吉縣城，并追擊至孝豐。

七月底、八月初，黃文金與洪仁玕、黃文英、李繼佑等在皖南作戰失利，東走浙江昌化。八月初五日，黃文金病死，其弟黃文英接統其軍。初七日，左軍總兵羅大春、劉榮合，副將崔大成等在昌化白蛇嶺擊敗黃文英等，迫其西走。初八日，左軍提督黃少春、道員李耀南、總兵劉明燈、楊芳桂，副將周紹濂、張福齊等在淳安之蜀口（浙、皖交界處）再敗太平軍。初十日，黃文英、李繼佑折回淳安，又失利于建口。十八日，黃少春在遂安十六都迫使太平軍兩萬余人投降。八月下旬，左軍劉明珍、王德榜、蕭得龍、戴奉聘等部分別在常山、江山（屬衢州府）一帶擊敗太平軍，太平軍由浙江轉入江西廣豐，浙江境內戰事基本結束。

九月初九日，太平天國干王洪文玕、昭王黃文英在江西廣昌、石城交界處被清軍席寶田部俘獲，二十五日，幼天王亦在石城縣荒谷被俘。清廷論功行賞，江西巡撫沈葆楨被封一等輕車都尉，左宗棠則于十月十一日被封為一等伯爵，并賜爵名“恪靖”。