1.5 程序包

R提供了大量備用功能，通過可選模塊的下載和安裝來實現。目前有2500多個稱為包的用戶貢獻模塊可從http://cran.r-project.org/web/packages下載。這些包提供了橫跨各種領域、數量龐大的新功能，包括分析地理數據、處理蛋白質質譜，甚至是心理測驗分析的功能。

1.5.1 什么是程序包

R程序包是多個函數的集合，具有詳細的說明和示例。Windows下的R程序包是經過編譯的zip包。每個程序包包含R函數、數據、預編譯代碼、幫助文件、描述文件等。計算機上存儲包的目錄稱為庫。函數.libPaths()能夠顯示庫所在的位置，函數library()則可以顯示庫中有哪些包。R自帶了一系列默認包（包括base、datasets、utils、grDevices、graphics、stats以及methods），它們提供了種類繁多的默認函數和數據集。其他包可通過下載來進行安裝。安裝好以后，它們必須被載入會話中才能使用。

1.5.2 安裝程序包

R程序包是R功能擴展特定的分析功能，需要用相應的程序包實現。例如：系統發育分析常用到ape程序包、群落生態學vegan包等。常用的安裝包有以下幾種。

·ade4：利用歐幾里得方法進行生態學數據分析。

·Adephylo：系統進化數據挖掘與比較方法。

·Ape：系統發育與進化分析。

·apTreeshape：進化樹分析。

·boot：Bootstrap檢驗。

·cluster：聚類分析。

·ecodist：生態學數據相異性分析。

·FD：功能多樣性分析。

·Geiger：物種形成速率與進化分析。

·Graphics：繪圖。

·Lattice：柵格圖。

·Maptools：空間對象的讀取和處理。

·Mefa：生態學和生物地理學多元數據處理。

·Mgcv：廣義加性模型相關。

·Mvpart：多變量分解。

·Nlme：線性及非線性混合效應模型。

·Ouch：系統發育比較。

·Pgirmess：生態學數據分析。

·Phangorn：系統發育分析。

·Picante：群落系統發育多樣性分析。

·Raster：柵格數據分析與處理。

·Seqinr：DNA序列分析。

·Sp：空間數據處理。

·Spatstat：空間點格局分析，模型擬合與檢驗。

·Splancs：空間與時空點格局分析。

·Stats：R統計學包。

·SDMTools：物種分布模型工具。

·Vegan：植物與植物群落的排序，生物多樣性計算。

CRAN提供了每個包的源代碼和編譯好的程序包，有許多R函數可以用來管理包。第一次安裝一個包，使用命令install.packages()即可。不加參數執行install.packages()將顯示一個CRAN鏡像站點的列表，選擇其中一個鏡像站點之后，將看到所有可用包的列表，選擇其中的一個包即可進行下載和安裝。如果知道自己想安裝的包的名稱并已經連接到互聯網，可以直接將包名作為參數提供給這個函數。在括號中輸入要安裝的程序包名稱，選擇鏡像后，程序將自動下載并安裝程序包。一個包僅需安裝一次。但和其他軟件類似，包經常被其作者更新。使用命令update.packages()可以更新已安裝的包。要查看已安裝包的描述，可以使用installed.packages()命令，這將列出安裝的包，以及它們的版本號、依賴關系等信息。

Windows下的程序包為zip文件，安裝時不要解壓縮。路徑為“Packages>install packages from local files”，選擇本地磁盤上存儲zip包的文件夾。

包的安裝是從某個CRAN鏡像站點下載包，并將其放入庫中的過程。程序包中的函數，都要先導入再使用，因此導入程序包是第一步。需要使用library()命令載入這個包，程序包內的函數的用法與R內置的基本函數用法一樣。在載入一個包之前必須已經安裝了這個包。在一次應用中，包只需載入一次。如果需要，你可以自定義啟動環境以自動載入會頻繁使用的那些包。

載入一個包之后，就可以使用一系列新的函數和數據集了。包中往往提供了演示性的小型數據集和示例代碼，能夠讓我們嘗試這些新功能。幫助系統包含了每個函數的一個描述（同時帶有示例），每個數據集的信息也被包括其中。查詢程序包內容最常用的方法包括菜單和查看PDF幫助文檔。