福建之戰

嘉靖四十一年（1562年），倭寇進犯福建，并聯合福寧、連江等地的倭寇，先后攻陷壽寧、政和、寧德等地，從廣東南澳方面侵略的倭寇聯合福清、長樂的倭寇攻陷玄鐘所，并進犯龍巖、松溪、大田、古田、莆田等地。

倭寇聲勢浩大，當地官軍不敢進攻，于是胡宗憲傳令讓戚繼光帶兵剿賊。戚繼光領命后引兵先進攻橫嶼，橫嶼四面水路險隘不易通行，戚繼光命將士們每人手持一束稻草，填壕而進，大破橫嶼倭寇，斬首兩千二百余級。而后，戚繼光乘勝追擊，殺至福清，搗毀牛田，端了倭寇巢穴。倭寇余黨慌忙逃往興化，戚繼光也不停歇，一路狂追，又搗毀倭寇據點六十余營，斬首無數。

戚繼光平定福建倭患后班師回浙江，行至福清，遇見少量倭寇從東營澳登入，戚繼光率兵急攻，斬首兩百人。經過幾番戰斗，閩廣一帶的倭寇幾乎被戚繼光殺光。

興化之戰

戚繼光回到浙江后，從日本國本土而來的新的倭寇又伺機侵略，他們人數日益壯大以后，襲擊興化，但圍攻了好幾個月都沒有攻下來。而此時劉顯派了八個人帶著書信到興化傳達信息，被倭寇攔殺，倭寇就換上劉顯使者的服飾騙開城門，趁機攻陷了興化城。

倭寇攻陷興化后，劉顯率兵逼近興化，但因為兵少，劉顯不敢擅自攻城，卻因此被彈劾，背負罪名。而福建總兵俞大猷也表示需要有大軍合圍。

嘉靖四十二年（1563年），朝廷以譚綸為右僉都御史、巡撫福建，前來支援，而都指揮歐陽深卻中了倭寇埋伏搏戰而死，倭寇遂占據平海衛。

四月，戚繼光率領浙江兵前來支援。戚繼光到后，譚綸立刻籌備對倭寇的總攻，先在各海道上環立柵欄阻斷倭寇歸路，而后譚綸以劉顯為左軍，俞大猷為右軍，譚綸自領中軍，以戚繼光為先鋒，圍攻平海衛，一舉告破，斬首兩千余級，戚繼光等率兵追擊，倭寇道路不通，又被斬殺三千多人。于是劉顯等光復興化。朝廷以戚繼光先前橫嶼大戰，錄前后戰功，以戚繼光為都督同知，世廕千戶，代替俞大猷為總兵。

仙游之戰

嘉靖四十三年（1564年）二月，倭寇余黨糾合一萬多人圍攻仙游，打了三天，戚繼光率兵前往解圍，倭寇敗走，戚繼光率軍追擊，追至王倉坪，斬首百余級，不少人都墜于懸崖摔死。余黨數千人逃走占據漳浦蔡丕嶺。戚繼光分五哨（古代軍事編制單位）將士攀巖而上，與倭寇短兵相接，連俘帶殺一百多人。剩下的倭寇劫掠漁船逃到海上，而后侵擾福寧，戚繼光率領李超等前往將其擊敗，又乘勝追至永寧，殺死三百多人。

同年，潮州倭寇聚眾二萬，與海盜吳平互為犄角之勢劫掠潮州，俞大猷率兵殺敗倭寇，并將吳平招降，讓吳平駐扎在梅嶺。但不久之后，吳平糾合被明軍擊敗的流散倭寇一萬多人，伙同林道乾、曾一本先后在走馬溪、泊浦澳登陸，洗劫南村堡和港口村。戚繼光即刻率軍前來圍剿，吳平得知后放棄之前據守的梅嶺，集合大船一百多艘，逃入南澳，并修筑大寨防御。

嘉靖四十四年（1565年），俞大猷率領水軍，戚繼光率領步兵，二人合力圍剿吳平，吳平破敗，孤身逃往鳳凰山。

北御韃靼

隆慶元年（1567年），給事中吳時來向明穆宗上疏，建議讓戚繼光、俞大猷等人訓練薊門一帶的士兵。但朝議后決定只任命戚繼光即可。于是朝廷任戚繼光為神機營副將。當時譚綸剛剛在遼、薊一帶募集了三萬步兵，又在浙江招募了三千士兵，請求讓戚繼光對其訓練，得到了穆宗的許可。

隆慶二年（1568年），明穆宗讓戚繼光訓練薊州、昌平、保定等地的士兵，總兵官以下的官員都受戚繼光的節制。戚繼光到任后，時薊州有總兵郭琥，而戚繼光為總理，無法統一號令，于是朝廷將郭琥調走，以戚繼光為總兵官，鎮守薊州、永平、山海等地。又以戚繼光前破吳平有功，進封為右都督。時北蠻子侵略青山口，戚繼光引兵將其擊退。

隆慶二年（1568年），明穆宗讓戚繼光訓練薊州、昌平、保定等地的士兵，總兵官以下的官員都受戚繼光的節制。戚繼光到任后，時薊州有總兵郭琥，而戚繼光為總理，無法統一號令，于是朝廷將郭琥調走，以戚繼光為總兵官，鎮守薊州、永平、山海等地。又以戚繼光前破吳平有功，進封為右都督。時北蠻子侵略青山口，戚繼光引兵將其擊退。

萬歷二年（1574年），董長昂又入侵邊境但無法從關口攻入，于是逼著他的叔父董長禿寇犯邊境。戚繼光領兵將其擊敗并活捉董長禿。董狐貍與董長昂率領宗族三百人來到戚繼光關前請罪，董狐貍穿素服大哭請求赦免董長禿。戚繼光與部下商議后決定接受其投降，董狐貍于是將劫掠的百姓放回，并發誓不再反叛。自此董狐貍與董長昂再也不敢侵犯薊門。不久，戚繼光因守邊功勞，升為左都督。

戚繼光鎮守的薊門固若金湯，北蠻子無法攻入，于是轉而進犯遼東，戚繼光率兵增援，協助遼東守將李成梁將其擊退。朝廷封戚繼光為太子太保，又進封少保。

名將隕落

萬歷十年（1582年），朝廷里內閣首輔張居正病逝，給事中張鼎思趁機上言戚繼光不應該放在北方，于是戚繼光被朝廷調往廣東。

萬歷十三年（1585年），給事中張希皋再次彈劾戚繼光，戚繼光因此遭到罷免，回鄉后病死。