基因診斷可以確定血友病致病基因，用于攜帶者檢出和產前診斷，并可預測抑制物的產生。

采用分子生物學方法（PCR、DGGE、SSCP、DNA測序等）直接測定致病基因的缺陷。FⅧ22內含子倒位分析可作為重型HA的篩選試驗，也是目前唯一用于臨床診斷的直接基因檢測方法。FⅧ 22內含子倒位和內含子1倒位測定可檢出50%的血友病A重型患者。FⅧ 22內含子倒位和其他一些基因突變常伴有抑制物發生，因此有助于預測抑制物的產生。

利用致病基因內外的限制性片段長度多態性（RFLP）作為特異分子遺傳標志物，通過家系成員間的連鎖關系確定血友病基因的遺傳情況。應用DNA多態性分析的遺傳學診斷（RFLP、VNTR、STR等方法），可使診斷率達99%。應用遺傳連鎖分析，檢測FⅧ基因內外8個STR位點，包括DXS51、DXS52、DXS9901、G6PD、DXS1073、DXS1108、F8civs22、F8civs13及性別基因位點等，基本可正確診斷血友病A。而檢測FⅨ基因外的6個STR位點，包括DXS8094、DXS1211、DXS1192、DXS102、DXS8013、DXS1127及性別基因位點，基本可正確診斷血友病B。RFLP分析的局限性：必須具有先證者的標本；母親系該多態位點的雜合子，聯合多個RFLP才可診斷。