上述方法看上去近乎完美，但不能100%保證“母嬰垂直傳播”的阻斷，也有失敗的案例。究其主要原因來自于胎兒的宮內感染。對于這種情況中國的肝病醫生在實踐中逐漸摸索出了一種新的方法，具體措施為：對于攜帶乙肝病毒的母親妊娠超過3個月以后，可用核苷類藥物如拉米夫定或替比夫定或替諾福韋進行干預，每天1粒，選擇你認為日常生活中最為方便的時間定時服用，雷打不動，長期堅持，一直到胎兒出生至滿月為止。此時選擇用藥對于胎兒的發育幾乎沒有影響，因為3個月大的胎兒各個系統、組織、器官發育基本成型（實在不放心可放寬到4個月以后），加之這兩種藥物均被視為妊娠B級（被權威組織推薦可用在孕婦身上，有較多的實驗數據支持）的藥物，特別是近年來已經有很多的乙肝患者在服用拉米夫定期間意外懷孕后生下的小孩都很正常。有一項研究表明與正常孕婦生下的孩子發生缺陷的概率沒有區別。就全國而言目前已有幾千例的觀察病例了。幾乎每個專家都曾遇到過類似的情況。

目前在全國至少有十幾個地方的婦幼保健醫院的相關專家陸續開展了類似的研究，研究的結果讓人感到振奮。其中有位專家在會議上報告了他的研究成果：在臨床上隨機選取了2組均為HBeAg陽性的孕婦，每組100例，其中一組給予拉米夫定100mg，每日1粒，口服；胎兒出生時兩組均給予乙肝疫苗和乙肝免疫球蛋白注射，最終的免疫成功率為服用拉米夫定的一組達到98%以上。