乙型肝炎疫苗全程需接種3針，按照0、1、6個月程序，即接種第1針疫苗后，間隔1個月及6個月注射第2針和第3針疫苗。新生兒接種乙型肝炎疫苗要求在出生后12小時內接種，越早越好。接種部位新生兒為臀前部外側肌肉內，兒童和成人為上臂三角肌中部肌肉內注射。

單用乙型肝炎疫苗阻斷母嬰傳播的阻斷率為87.8%。對母親HBsAg陽性的新生兒，應在出生后24小時內盡早（最好在出生后6小時內）注射乙型肝炎免疫球蛋白（HBIg），劑量應≥100IU，同時在不同部位接種10μg重組酵母或20μg中國倉鼠卵母細胞（CHO）乙型肝炎疫苗，在1個月和6個月時分別接種第2針和第3針乙型肝炎疫苗，可顯著提高阻斷母嬰傳播的效果。也可在出生后12小時內先注射1針HBIg，1個月后再注射第2針HBIg。［對此我有一點不同的看法，曾經在某個全國性學術會議分組討論時提出過，可以把兩支乙型肝炎免疫球蛋白（HBIg）合并于嬰兒出生時一次性注射，這樣對于中和出生時感染的病毒顯得更徹底一些，做到不留后患，不給病毒一點復制的機會。］并同時在不同部位接種一針10μg重組酵母或20μg CHO乙型肝炎疫苗，間隔1個月和6個月分別接種第2針和第3針乙型肝炎疫苗。新生兒在出生12小時（其實早于6個小時最好）內注射HBIg和乙型肝炎疫苗后，可接受HBsAg陽性母親的哺乳。為最大限度地保證預防接種的成功率，首先要保證胎兒在出生時較為完美的接生方式，任何導致胎兒的皮膚破損或母血的接觸面積過大，持續時間過長，都有可能導致接種的失敗。

對于母親HBsAg陰性的新生兒可用5μg或10μg重組酵母或10μg CHO乙型肝炎疫苗免疫；對新生兒時期未接種乙型肝炎疫苗的兒童應進行補種，劑量為5μg或10μg重組酵母或10μg CHO乙型肝炎疫苗；對成人建議接種20μg重組酵母或20μg CHO乙型肝炎疫苗。對免疫功能低下或無應答者，應增加疫苗的接種劑量（如60μg）和針次；對3針免疫程序無應答者可再接種3針，并于第2次接種3針乙型肝炎疫苗后1～2個月檢測血清中抗-HBs，如仍無應答，可接種1針60μg重組酵母乙型肝炎疫苗。如再無抗體產生就不要再打了。有一位疾病預防控制中心的同仁談及此事時說，這一類人即使不出抗體今后也不容易感染乙肝病毒，至于為什么，道理并不是很清楚。

接種乙型肝炎疫苗后產生抗體應答者的保護效果一般至少可持續12年，因此，一般人群不需要進行抗-HBs監測或加強免疫。