剪除異己
交州的南越人歸附朝廷了，丹陽等郡的山越暴動在呂范、程普、太史慈、韓當、周泰、呂蒙諸將的鎮壓下也漸漸平息下來。但孫權又覺察到東吳內部有一股逆流暗潮涌動，不同的聲音日益響亮。為了確保東吳政權的純潔性，孫權意識到該出重手狠狠地整治一番了。
孫權首先拿宗室孫輔開刀。孫輔是孫權伯父孫羌的次子，孫賁之弟。作為宗室成員，孫輔也為江東出了力，立了功。孫策渡江作戰時，孫輔擔任揚武校尉，轉戰吳郡、會稽、丹陽三郡。此后孫輔駐守江淮水陸之沖——歷陽（今安徽和縣），以抵擋袁術南下。不久又跟隨孫策討伐丹陽的山越宗酋祖郎，在陵陽之戰中生擒祖郎。建安四年（公元199年）孫策討伐廬江太守劉勛，孫輔與哥哥孫賁負責在彭澤切斷敵軍的退路。孫輔身先士卒，殺敵累累，立下戰功，因而被孫策任命為廬陵太守，后來又加封平南將軍、假節領交州刺史。
孫輔在宗室中輩分大、功勞大，因而脾氣也大。孫策死后，孫輔瞧不起不及弱冠的孫權，暗中跟其他宗室人員孫暠等串通一氣，陰謀造反。
孫權巡視東治時，孫輔派人給許昌的曹操送了一封信，大意是痛陳孫權年少才淺，江東在他治下早晚會沉淪下去，期盼曹操以朝廷名義出面干涉東吳內政，另選賢能。當然這個賢能非孫輔自己莫屬。
慶幸的是，這封大逆不道的信件并未送達許昌，送信人唯恐受到牽連，出賣了孫輔，把信件交給尚在東治的孫權。茲事體大，孫權立即趕回吳郡，找到首席大臣張昭。兩人密商之后喚來孫輔當面對質，孫權痛罵孫輔說：“你活得不耐煩了吧，胳膊肘往外拐，勾結外人準備鬧事?！?/p>
孫輔極力否認，孫權拿出信件給孫輔看。孫輔無話可說，只好認罪。孫權當即宣布將孫輔革職。為了顧及宗室的顏面，孫權并未處決孫輔，只把他趕到東部荒涼之地，幽禁起來。孫輔的親信則全部殺頭，部眾重新整編，分給其他將領。
孫權不動聲色，以迅雷不及掩耳之勢，干凈利索地處理了一起謀反事件。盡管年不過十八，但手法老練，令人驚嘆。
對宗室成員，盡管犯了謀反之類的大罪，孫權還可免其一死，但是其他士大夫、謀臣將帥，如果言行舉動觸犯了孫權的心理底線，則必死無疑?？梢妼O權為了鞏固自己的權威，治政的手段不僅老練，而且狠辣，建安九年（公元204年）殺害書生沈友就是一例。
沈友字子正，吳郡人，少有才氣，穎異出眾。曹魏名臣華歆還是個郎中（皇帝的隨從官）時，被派到吳郡觀察民風，路遇十一歲的沈友。華歆見他聰明伶俐，甚是可愛，在馬車上朝他招手：“沈郎，可以上馬車聊聊嗎？”
孰料小朋友猶豫了許久，根本就不給華歆一個面子，還說出了一番大道理：君子之間談經論道，應當在宴會上傾心相談。可惜如今仁義被踐踏，圣賢大道日漸崩壞。華先生身負皇命，試圖宣揚先王教導，以端正陋俗，卻言行隨便，喪盡威儀。這好如抱薪救火，讓火勢愈燃愈旺。
華歆聽后，不勝慚愧，感嘆說：“自漢桓帝、漢靈帝以來，才俊輩出，全都不如這么一個幼小的兒童！”
小沈友的才識由此可見一斑。他二十歲時更是學識淵博，才華迥異，很會寫文章；也喜歡搞軍事研究，曾經為《孫子兵法》注釋；又口若懸河，善于辯論，所至之處，都被他駁得體無完膚。故而世人贈送沈友一個雅號“三妙沈郎”?！叭睢?，指的是沈友“筆之妙，舌之妙，刀之妙”——筆墨之妙、舌辯之妙、武藝之妙，冠絕一時。
孫權聽說沈友是個奇才，下了重禮，把他聘到身邊。沈友一到，就高談闊論，從王霸方略一直說到當前形勢，語若連珠，滔滔不絕，大唱獨角戲，旁人根本就沒有插話的機會。孫權不由地肅然起敬，洗耳恭聽。沈友隨即獻上兼并荊州之策，更令孫權連聲叫好，悉數采納。
在眾人眼中，沈友簡直就是一朵含苞待放的鮮花，一旦綻放必將笑傲花叢。但沈友是朵帶刺的玫瑰花，在朝會上表情嚴肅，不可冒犯；針砭時弊時，直言不諱，是個慷慨激昂的“憤青”，結果政敵一大堆，他們紛紛群起攻之，誣蔑沈友要謀反。
孫權也討厭沈友動不動就口無遮攔。一次朝會上，沈友竟然毫不忌諱地指斥孫權的不是。孫權憋紅了臉，喝令左右將沈友拉出去，還爆出一句話：“人們都說你要造反！”
沈友是個聰明人，知道大難臨頭，但他絕不會屈服，寧死也要替自己扳回一局，于是強硬地還了一句：“皇帝在許昌，你陰藏無君之心，難道可以說不造反嗎？”
孫權怒不可遏。沈友憑著叛逆的個性，雖有蓋世之才，但終不會為己所用，于是狠下心來，把他殺了。一朵奇花尚未完全開放就這樣凋謝了。沈友與當時孔融、禰衡、楊修等幾位名士相同，都死于一張嘴，死于沒底線地抨擊時政。臺灣學者李敖評論孔融的死如是云：“是亂世中一個真人的悲劇?！边@句話同樣適用于沈友，亂世之中顯露出叛逆的本性，無論善惡，唯有死路一條。
如果說沈友只是死于孫權一時的氣憤，那么吳郡太守盛憲之死，則徹底顯露出孫權冷酷無情的本性。這個可怕的本性在孫權晚年處理“太子黨爭事件”中表現得淋漓盡致。
盛憲，字孝章，會稽人。史書上稱，盛憲“器量雅偉”，也算是一位當世之杰，官至吳郡太守，因病辭官回老家休養。孫策打下江東之后，當時的豪杰之士能用則用，不能用則誅。盛憲名動天下，是個非常棘手的人物，孫策用不得也誅不得，只好把他留給孫權。
盛憲與少府（皇家生活大臣）孔融是好友，孔融深為盛憲的命運而擔憂，他給曹操寫了一封非常誠懇的書信，說：時光流逝，我的故交好友都赴黃泉而去了，僅存一個會稽的盛憲。他在東吳受困，妻兒已死，形影相吊，孤苦伶仃，甚是可憐。如果憂傷可以殺人，恐怕盛憲早已變成一抔黃土。此君堪稱人中豪杰，天下名士都要靠他來推銷自己。懇請曹丞相書信一封，快馬加鞭，招來盛憲，也不枉我們朋友一場。
孔融洋洋灑灑數百言，字字珠璣，曹操看得感動不已，趕緊讓漢獻帝下詔，拜盛憲為騎都尉，要他盡快來許昌就職。
孫權聽說盛憲要北上許昌，投靠曹操，殺心驟起，結果皇帝的任命書尚未到達會稽，盛憲就先人頭落地了。
孫權殺了盛憲之后，竟引來一場動亂。
盛憲的兩個門生媯覽、戴員怕受到牽連，逃入深山躲藏。大約一年后，建安八年（公元203年），孫權任命弟弟偏將軍孫翊為丹陽太守，代替病故的舅舅吳景。孫翊聽說媯覽、戴員有點學問，就請他們出山做官，媯覽為大都督負責軍事，戴員為郡丞負責民政。這個孫翊年僅二十，有其長兄孫策勇猛之風，但是媯覽、戴員不思效忠，反而陰藏禍心，時刻惦記著為盛憲報仇。恰逢孫權西征黃祖，媯覽、戴員乘隙勾結孫翊的隨從邊鴻，在酒宴上謀殺了孫翊。
孫翊的妻子徐氏懸賞重金抓捕躲匿深山的邊鴻，媯覽、戴員怕事情敗露，就殺了邊鴻滅口。眾人都知道媯覽、戴員是幕后黑手，但是誰也不敢出手。
孫權的族兄孫河，為孫氏女子嫁給俞氏后所生。孫策見他老實巴交，言語謹慎，辦事敏捷，就讓他跟隨母姓，列入宗室譜系。孫權討伐廬江太守李術時，孫河立了大功，被提拔為威寇中郎將，擔任廬江太守。孫河聽說孫翊被殺，立即趕到宛陵，痛斥媯覽、戴員嚴重瀆職，致使奸人逆謀得逞。媯覽、戴員大為驚恐，面面相覷，心想：這個孫河只不過是外姓的宗室成員，就如此兇狠，要是孫權來了，那我們豈不是死無葬身之地？于是媯、戴二人惡從膽邊生，宣布叛亂，殺害孫河，派人去見揚州刺史劉馥，讓他進駐歷陽。媯、戴則在宛陵為內應，企圖顛覆東吳政權。
媯覽豎起叛旗后，干脆壞事做絕，將孫翊的小妾、侍女全部占為己有；又覬覦徐氏美色，要霸王硬上弓。徐氏擔心死于非命，假裝答允，哄騙說等這個月底守喪日結束，祭祀孫翊之后就嫁給他。媯覽不知是計，就應允了。徐氏暗中聯絡孫翊的舊部心腹孫高、傅嬰等二十余人，在祭祀禮結束后誘殺媯覽、戴員，報了殺夫之仇。
孫河之子孫韶年僅十七歲，收攏孫河余部，整固京城（今江蘇鎮江）的防御工事，準備抵抗劉馥的進攻。孫權在椒丘（今江西新建），聽說丹陽叛亂，弟弟被殺，趕緊率部奔喪，將媯覽、戴員的余黨一網打盡，并提拔孫高、傅嬰為牙門將（相當于偏將軍），而后回到吳郡。孫權夜過京城下時，想試探孫韶的才干，佯裝進攻，只見城內警報聲長鳴，亂箭飛出。孫權大喜，翌日立即提拔孫韶為承烈校尉，統領孫河的舊部，將曲阿、丹徒賜給孫韶為封邑。
次年（公元204年），孫權任命堂兄孫瑜（孫堅弟弟孫靜次子）為丹陽太守。揚州刺史劉馥見孫權有備，不敢來攻，一場不大不小的內亂總算平息了。
從建安八年至十一年（公元203年至206年）的四年間，孫權一直忙于安內。東吳很不平靜，懲孫輔、殺沈友、殺盛憲、媯戴之亂，鎮壓山越人的軍事行動也是如火如荼。與山越人的戰爭在豫章郡內進行，從西到東，戰火燃遍了全郡。
宜春東北三百里的建昌（今江西奉新）山越作亂，孫權將西安（今江西武寧）長潘璋南調，改任建昌長，兼武猛校尉，命其率部討伐建昌的山越亂民，不到一個月就全部剿平。
鄱陽湖以東，韓當、呂范圍剿鄱陽的山越人，程普圍剿樂安的山越人，凌統、董襲、蔣欽、步騭等合力圍剿鄱陽大盜彭虎的數萬叛軍，均捷報頻傳。
潘璋南調后，西邊的艾縣（今江西修水）、西安兩地守備空虛，荊州悍將、劉表的侄兒劉磐趁機襲擊。孫權趕緊將駐守?；杩h的建昌都尉太史慈西調過去對付劉磐，太史慈矯健善射，劉磐畏之如虎，不敢妄動。太史慈調走后，孫權令樂安的程普西移，代太史慈鎮守海昏。韓當在鄱陽獲勝后，被孫權東調擔任樂安長，接替程普震懾當地的山越民。
建安十年（公元205年），上饒又發生山越叛亂。孫權將閩中統將平東校尉賀齊、討越中郎將蔣欽調過去，賀齊晝夜殊死征戰，很快就剿平山越之亂。孫權為了加強對當地山越人的管轄，將上饒的部分地區分出去，新置建平縣。
在孫權為剪除異己、平定內亂而殫精竭慮時，曹操也再次出兵河北，經過兩三年艱苦卓絕的征戰，終于將袁紹的三個兒子袁熙、袁尚、袁譚趕盡殺絕，并將勢力范圍擴展至遼東。建安九年（公元204年）十月，漢獻帝詔令曹操為冀州牧，標志著曹操徹底完成北方的統一大業。
孫權也不甘落后，安內之后開始攘外，致力于一統江南。建安十一年（公元206年），孫權令周瑜、孫瑜討伐麻、保二屯的山越人。麻、保二屯是江夏以南百余里、赤壁附近長江東岸的兩個山村。孫權掃蕩這兩個村莊的山越人，意在截彎取直，為東吳西討荊州開辟陸上通道，從陸路包抄江夏的黃祖。兩瑜攻勢凌厲，很快就將這兩個村莊夷為平地，斬殺山越宗族酋長，俘獲萬余人，回到宮亭（今江西鄱陽湖）。
麻、保之戰的勝利，確保了孫權掌控江夏郡以南的大片領地，東吳盡得地利之便。江夏太守黃祖大為震恐，派遣部將鄧龍率數千水軍順流而下，殺入柴桑。結果幾乎被周瑜包餃子，鄧龍被俘，周瑜將其送到吳郡，獻給孫權。柴桑之戰，顯示了長江中游的戰場主動權已經落到孫權手中，黃祖只有等待挨打了。
可惜的是，在這一年，建昌都尉太史慈病死，終年四十一。太史慈相貌堂堂，胡須飄胸，臂力過人，精通騎射，箭無虛發。他臨終前悲嘆說：“丈夫生世，當帶七尺之劍，以升天子之階。今所志未從，奈何而死乎！”——大丈夫活在世上，當為天子之臣，光耀千古。我壯志未酬，怎么會這樣死去？
噩耗傳到吳郡，孫權悲痛不已。爭霸天下，自己又少了一員得力干將。