亞健康產生的原因極其復雜，有專家認為，亞健康狀態產生的原因是機體內環境與外環境（工作氛圍、社會人際、壓力競爭及破壞環境）平衡失調導致。研究發現導致人體平衡系統穩態發生障礙，使其產生波動變化的有關因素有以下幾種：

地理環境因素是影響亞健康的重要因素之一。地理環境不同，人的亞健康也有差異，從而發展為不同的地方性疾病。《素問·陰陽應象大論》云：“東方生風”，“南方生熱”，“西方生燥”，“北方生寒”，“中央生濕”。《素問·五運行大論》亦云：“地有高下，氣有溫濕，高者氣寒，下者氣熱。”這是說東方風氣較盛，南方熱邪較盛，西方易生燥邪，北方易生寒邪，中央則濕邪較盛，地勢高者寒氣偏勝，地勢低者熱邪較盛。現代流行病學和地質學研究得知，地殼表面元素分布的不均勻性，在一定程度上影響著世界各地區人類甚至所有生物的生長發育和生理、病理，使一些疾病具有明顯的地區性和地方性。有專家認為，微量元素和體內平衡是人體陰陽平衡的物質基礎之一。另有學者抽查了西北、東北、中原、沿海等地2269人的體質情況后得出：陰虛體質具有極其顯著的地理性分布差異。

目前，人類生活水平的提高和生存環境惡化之間的矛盾越來越突出，人生活在自然環境中且與自然環境相依相存。由于自然環境不斷被破壞，人類長期處于各種環境污染中，如廢氣、廢水、輻射、噪音以及氣候惡劣和驟變等，對于人類的生活及個人身體造成潛在持續的危害。

人生活在由一定社會關系結合而成的社會因素之中，包括家庭、鄰里、朋友、工作團體等。進入21世紀，社會競爭更加激烈，社會生活的復雜性、多變性及錯綜復雜的各種關系，對人們工作、婚姻、家庭生活的穩定性產生了前所未有的猛烈沖擊，使人不得不承受各種壓力；科技迅猛發展，信息變化加速，使更新知識、創造新思維成為人們越來越重的壓力和負擔。在市場經濟條件下，在經濟收入的逼迫下過重的工作，出現身、心透支現象。許多利益沖突交織在一起使社會人際關系變得復雜，也使每個人建立和處理人際關系變得更加困難，繼而人們之間的情感交流變得越來越少，由此導致的焦慮、緊張、憤怒、過度自私、自卑、孤僻、妒忌、冷漠、抑郁、空虛、猜疑等心理因素不能得到有效的控制和疏導，從而影響人體的神經體液調節和內分泌調節，造成機體各系統的功能失常。

近年來，由食品污染而引發的疾病越來越引起廣泛的關注，工業化帶來的數百萬種化合物、重金屬、有毒產品存在于自然界食物鏈中，并最終威脅人類的健康。更有甚者，大棚蔬菜使用各種催長素、飼料中添加激素、熏烤食品加入過量的亞硝酸鹽等食品污染事件不斷出現。

營養不足或過剩均可導致疾病。飲食結構不合理，不良飲食習慣，如偏食、暴飲暴食、多食或不食，導致人體消化、吸收功能紊亂，造成營養不良、營養過剩或肥胖，已成為引發亞健康的一個重要原因。

生活不規律，長時間的工作，使人體長期處于超負荷狀態，人體生物鐘被打亂，不良的生活習慣如吸煙、酗酒、濫用藥物等可誘發多種疾病。我國前3位疾病死因中，心血管疾病中不良生活方式與生物因素的比例為45.7%︰29.0%；腦血管疾病為43.3%︰36.0%；惡性腫瘤為43.6%︰45.9%，均與不良生活方式和習慣有關。

吸煙是人類頭號慢性殺手。據統計表明，全世界每13分鐘就有一人死于和煙草有關的疾病。吸煙對人類危害，不僅僅表現在對吸煙者本人的傷害，對周圍的被動吸煙者也具有同樣的傷害，尤其對胎兒、嬰幼兒、孕期婦女的傷害更大。

關于亞健康中的慢性疲勞綜合征的成因有多種說法，有人認為是病毒感染，也有人認為與免疫系統失調有關。但可以肯定的是，人的身體總是處于一個動態平衡系統中，過度疲勞造成機體平衡失調，精力、體力透支。表現為精力不足，注意力不集中，記憶力衰退，睡眠質量不佳。

經常鍛煉身體的人，肌肉萎縮和力量的減退可推遲10~20年，血壓可保持穩定的正常水平，運動還能推遲神經細胞的衰老，促進代謝產物的排出。因此，缺少運動可導致衰老和疾病。

睡眠不足可直接導致疲勞及神經內分泌免疫系統的異常。人到中年，睡眠是緩解疲勞的重要方式。在進入信息時代的當今，人們在工作緊張、壓力增大的情況下，睡眠時間被學習、交友、上網等活動占用，睡眠時間漸趨于減少。導致身體疲勞，體力不支，影響人的心理平衡，降低工作積極性及效率，從而對工作失去興趣，情感壓抑，消極被動。

少量飲酒可引起大腦皮質興奮，促進血液循環。一次大量飲酒后可出現共濟失調、昏睡、昏迷，導致急性乙醇中毒。長期酗酒會造成肝臟功能損害、營養不良，還會降低人體對傳染病的抵抗能力。若進一步發展，則可引起脂肪肝、肝硬化、高脂血癥、動脈硬化等疾病。

現實生活中，緊張的工作節奏、繁忙的學業、激烈的崗位競爭以及社會的、家庭的問題使人的精神壓力加大，是導致亞健康的危險因素。憤怒情緒可以刺激人體內交感神經興奮，使內分泌發生變化，導致心血管疾病、精神疾病；急躁情緒使神經系統高度興奮，引起血管收縮，血壓升高，導致高血壓、冠心病等；自卑、敏感、抑郁可使大腦皮層處于抑制狀態，降低內分泌系統、免疫系統功能，發生記憶力減退、免疫力下降、反應遲鈍、焦慮、早衰等。已證實，應激或心理防御機制的破壞，與某些自身免疫、腫瘤和傳染病的發生發展相關。有文獻報道，亞健康的發生率與職業有一定關系，在知識分子人群中高達70%。從事以腦力勞動為主的亞健康者，心理癥狀也比較嚴重。

個性主要包括能力、氣質和性格三個方面。由于遺傳生理和環境的不同。每個人的個性特征都有一定差異。個性影響著人們的適應和應對能力，決定著情緒反應的形式。個性不良因素往往導致人們不能很好地適應環境。

人類的健康和長壽40%決定于遺傳和客觀條件（其中15%為遺傳，10%為社會因素，8%為醫療條件，7%為氣候條件），而60%依靠自己的生活方式和心理行為習慣。

即使一個健康人在身體各方面功能上也有處于低潮的時候，此時身體處于亞健康狀態，這是正常的生理現象。

人到中年以后機體器官開始老化，體力、精力、能力、代謝隨年齡增加而遞減，各種生理問題會逐漸出現，此時人體處于亞健康狀態。

許多慢性病的形成，是一個長期積累的慢性過程，其臨床癥狀不明顯，如心腦血管疾病、腫瘤等。因此，當精神負荷過重，抵抗力下降，就會加速疾病的形成。所以，在發病前相當長的時間內，人體處于亞健康狀態。