在生物界中，最早出現的分類模式就是動物和植物兩大類：能夠進行新陳代謝并以有機物為食物的生物是動物；可以進行光合作用，吸收無機物以促進個體生長的生物是植物。這個分類是由瑞典生物學家卡爾?馮?林奈提出的，被稱作“兩界系統”，但是隨著生物學的發展，人們發現大自然的生物遠非這兩種分類可以概括的。林奈在《植物種志》一書中，根據植物所開花的不同，將所有植物劃分成24個綱目。這樣一分，問題就出現了：那些不開花的植物到底屬于哪一綱目呢？為了解決這個問題，林奈隨便把那些不開花、不結果的“植物”歸于自己劃分的最后一綱中。如此一來，像苔蘚、蘑菇及一些蕨類植物就都成了“第24綱”的成員。由于這些植物不開花，而且是用孢子繁殖的。因此，為了研究的方便，林奈將第24綱的“植物”稱作“孢子植物”或“隱花植物”。其實，林奈所說的“孢子植物”中，有許多都不是嚴格意義上的植物。蕨類植物和苔蘚可以進行光合作用，吸收二氧化碳和水，并制造有機物供應自體的生長，但是蘑菇就不同了，它們不含有葉綠素，根本就不能進行光合作用。既然不能進行光合作用，又怎能說蘑菇是植物呢？

自然界的生物可被劃分為原核生物界、原生生物界、動物界、植物界和真菌界。由于蘑菇不能像植物那樣自己制造養分，只能依靠腐生、寄生的方式生存，因此，之后的生物學家們就在林奈的研究基礎上，把蘑菇歸到了“真菌”一類。自此，蘑菇就徹底地從“植物大家族”中獨立出來并自成一體了。