1579年8月，信長接到了女兒德姬從岡崎城發來的密信，里面例舉了松平信康、筑山殿勾結武田勝賴等12條罪狀。信長看完后勃然大怒，急召作為使者前來送信的酒井忠次詢問詳細情況。德姬是信長的長女，由生駒吉乃所生，是織田信忠的姐姐，于1567年嫁給了德川家康嫡子松平信康。但婚后生活十分不幸，因為松平信康的生母筑山殿乃是被信長殺死的今川義元的侄女，所以婆媳之間相處經常爆發爭吵。“忠次，此信內容你可知曉？”“在下不知”“拿給他看！”信長對這位德川家的老臣還是十分有禮的。酒井忠次看著看著渾身就顫抖了起來。“這……這……這……”“忠次，我跟德川大人是兒時的好友，你也是我敬重的老臣，我只問你一句，信中內容可否屬實？”“唉，此事說來話長……我家主公國事繁忙，加上筑山殿又與今川家有關，所以經常冷落她，以致筑山殿與醫師滅敬私通，此人乃武田家高坂昌信所派來的奸細，以復興今川舊領為誘餌哄騙夫人……”“其他的我不管，我只問松平信康是否也參與了進去？”“這……少主殿下一向很孝順，對筑山殿的話言聽計從……”“夠了，待我寫一封回信，交于德川殿下吧。”酒井忠次的話還沒說完，信長就已經下定了決心。
信的內容是要求松平信康、筑山殿兩人切腹。德川家中頓時大亂，有的人指責酒井忠臣不善言辭以致如此，有的人主張破放棄與織田的同盟出兵一戰，而作為松平信康老師的平巖親吉更是認為這是自己之過，要求代替少主切腹。德川家康在抓獲滅敬的時候，就已經知道此乃是高坂昌信所用的離間之計了，更深知信長這么下令是在試探自己的忠心。如果前去解釋，或是再耍什么花樣，一定會更加激怒信長，影響兩家的同盟關系，所以只能忍痛殺死自己的妻兒，讓這件事情盡快過去。8月29日，筑山殿不愿自盡，在去往而二俁城路上的佐鳴湖畔被殺。9月15日，松平信康在二俁城中切腹自盡，由服部半藏擔任介錯人，年僅20歲。由于家康的隱忍，雖然事件很快就解決了，但還是在織田和德川的關系上抹上了一層陰影。
9月16日，信長次子織田信雄為立戰功，擅自率領8000士兵，從三個方向入侵伊賀國。遭到了以植田光次、百地丹波為首的“伊賀忍軍“的猛烈反擊。忍者軍團借助地形使用夜襲、放火等擾亂戰術，僅僅3天就打跑了織田軍6000余人，信雄本人也好幾次險些喪命。最后幸有重臣柘植保重舍身殿后，織田信雄才得以逃脫，史稱”第一次天正伊賀之亂“。信長得知后，雖然狠狠地斥責了織田信雄。但是對忍者勢力的強大也起了警戒之心。
再說有岡城，從1579年正月開始到9月間，織田信忠與荒木村重多次發生沖突。由于荒木村重期待的毛利、本愿寺援軍都沒到來，而城內兵糧已絕，荒木村重多次奇襲織田信忠的大營，想要突圍。起初還能見效，可燒毀些織田軍的馬匹、糧草。后來織田信忠加強了守備，荒木軍也無計可施。在得知波多野家已經覆沒的消息后，村重攜帶5、6名隨從于9月2日半夜逃出有岡城，坐船逃向荒木村次鎮守的尼崎城。
信長得知荒木村重逃跑后，下令織田信忠引半數人馬去攻打尼崎城，留大將瀧川一益繼續進攻有岡城。瀧川一益并沒有馬上率軍攻城，而是做起了調略的工作，以荒木村重逃走不顧將士性命為由，接連勸降中西新八郎、宮脇平四郎等將。1579年10月15日上午10點，織田軍開始向有岡城發起總攻，二之丸守將渡邊勘太郎帶領增援的雜賀黨抵抗到底，寧死不降。但見身邊的士兵越來越少，只有切腹自盡。10月19日，在本丸的池田知正見大勢已去，開城投降。信長對瀧川一益大加贊譽，“一益不僅武勇卓絕，更具調略之才。真是進也瀧川，退也瀧川。”同時，黑田家臣栗山利安在土牢中發現了被囚禁了將近1年之久的黑田官兵衛。由于多次受到審問和拷打，所以官兵衛遍體鱗傷，再加上關押的山洞非常潮濕，難見陽光，以致于一條腿已經腐爛，失去了感覺。瀧川一益見到黑田官兵衛心中暗樹大指，敬佩其之忠心，急忙讓羽柴秀吉前來探望。
此時，羽柴秀吉正按照竹中半兵衛的遺言與備前國的宇喜多直家進行交涉。“直家大人，見您氣色不是很好，可要注意身體啊。”直家摟著身邊的兩個美女說道：“人生得意須盡歡，秀吉大人覺得我這兩名愛妾如何啊？”“真乃天姿國色。”“哈哈哈，秀吉大人也是同道中人啊。我知你此次來意是想讓我反毛利投織田，但不知信長大人能否容下我這等惡人呢？”“哈哈，想當年美濃的蝮蛇齋藤道三正是看中了信長大人的器量，才將美濃一國托付給他。再看看松永久秀，信長大人不管世人如何評論其惡毒，還依然委以大用。”“恩，之前我也有所耳聞，不問出處，人盡其才。但是信長好殺成性，日久必天怒人怨。不知，羽柴大人，可有取天下之心？”直家一邊說著一邊上下打量著秀吉。羽柴心中一驚，“直家大人說笑了，我乃百姓出身，蒙信長大人重用，現為一國之主，能追隨信長大人平定天下我愿足矣。”“哈哈，真正的太平天下，也許只能有你這等百姓出身的人才能創造。我愿歸順信長，但有兩件事相求。”“大人請說。”“我有一子，懇請羽柴大人收為養子。另外，毛利知我歸順信長，必來攻打，到時還望您出兵相助。”“一定，一定。”之后，此子借秀吉的“秀”字取名宇喜多秀家。1579年10月末，宇喜多直家正式歸順織田，打破了織田與毛利原本勢均力敵的狀態，勝利的天平倒向了織田一方。地處播磨國、攝津國的毛利軍完全喪失了與本國的聯系。羽柴秀吉得知黑田官兵衛未死，急忙趕來相見。見到躺著營中的官兵衛，眼淚奪眶而出。“官兵衛，官兵衛，你還活著，真是太好了。”“羽柴殿下，我沒背叛信長大人。”“我知道，我知道。這1年來，你受苦了。”“被關押的日子里，我曾想一死了之。可看到身邊枯萎的藤條又發出了新芽，還開出了紫色的花。就一直堅信您還是會來救我的。”“恩，我是不會放棄你的，你先安心養病。回頭我們再去跟信長大人說明一切。”
1579年11月19日，信長派遣投降的池田知正去尼崎城勸降荒木村重，“交出尼崎城和花隈城，不然就殺光有岡城中荒木村重一族。”荒木村重大笑道：“我已不能回頭了，告訴信長讓他想殺就殺吧！。”池田知正知道自己沒有完成使命也難逃一死，隨即向四國的淡河國跑去。得知池田知正逃亡，信長大怒，將有岡城俘獲的與村重有關的670人押到了尼崎城織田信忠的大營。12月13日上午，織田軍在尼崎城下立起了97根處刑柱，開始處決。起初，先是用鐵炮和長刀，最后直接就放火焚燒。死去的人中不僅包括荒木村重的側室、重要家臣，還有池田知正年僅14歲的兒子，以及還在身懷六甲的荒木隼人介之妻。犯人悲鳴之聲、獄卒斥責之聲伴隨著風火響徹天空，讓人肝膽俱裂、不寒而栗。行刑執行了兩天，尼崎城前死尸遍野，血流成河。荒木村重恐城內士兵因懼怕織田軍而反叛，隨即于12月16日，跑向攝津國最后的城池——花隈城。
黑田官兵衛經過2個月的修養后，身體已無大礙，但是一只腳殘廢了，只能靠拄拐行走。在得知竹中半兵衛死去的消息后，黑田也感到十分悲傷，并在心底深深地感謝其救下了自己的孩子，之后便跟隨秀吉來到了安土城拜見信長。“官兵衛，你還活著真是太好了！詳細情況，我已經聽猴子說過了。我錯怪你了，還將松壽丸……唉”。“大人，其實松壽丸未死。是竹中大人他用計將犬子救下，一直居住在美濃的菩提山城。”“半兵衛果然神機妙算，要不是這樣，我真不知道該如何面對你們父子啊。”“大人，如今宇喜多直家已投靠我軍，正是用兵之際。我愿再隨羽柴大人一起，平定中國。”“好，你原來的主公小寺政職再度謀反，命你討之。另外，不許你在使用小寺這個姓了，就讓黑田的名字響徹播磨國吧！”
1580年1月，被包圍了1年10個月之久的三木城終于撐不住了。城中無糧，起初靠軍馬、狗、老鼠還能充饑，最后就只能靠吃草根、樹皮度日。1月14日，秀吉派遣別所重棟為使者，以城主一族切腹為條件，來勸降。別所吉親反對投降，當場被士兵亂刀砍死，別所長治只好答應投降。1月17日，別所長治一族切腹。同時，黑田官兵衛奉命攻打小寺家的御著城勝利，當主小寺政職逃往毛利家避難。至此，播磨國完全歸屬信長，攝津國只剩下固守石山本愿寺的和尚們以及花隈城的荒木村重了。