在上海方面，倭患仍然嚴重。嘉靖三十五年五月初一，一支有五十多艘船的倭寇船隊駛入吳淞江，在吳淞港口停泊，五千多名倭寇下船登岸，迅速攻占了附近的天妃宮。上海天妃宮是一座規模宏大，氣勢雄偉的建筑，它坐落在一個巨大的方塔園內，數十座附屬建筑可以容納數千人住宿。由于倭寇曾經多次在這里暫住，對這座天妃宮已經很熟悉，于是倭寇頭目一色輝喜、一色輝元兄弟在中國海盜王直的侄兒王濡、徐海的弟弟徐洪、王直的干兒子阿九、一枝等人的引帶下進入天妃宮，把天妃宮作為臨時住所。

倭寇來中國可不是來觀光旅游的，對天妃宮里面眾多的精美建筑物他們不敢興趣，他們感興趣的大明帝國無比豐富的各種物產。包括絲、絲綿、布、錦繡、紅線等衣料類；針、鐵鍋、瓷器、漆器、女人脂粉等日用器物類；川芎、甘草等名貴藥材；佛經、醫書及四書五經等經典書籍；水銀、硝石等原料類。

倭寇在天妃宮過了一夜，第二天清晨，倭寇早早吃了早點，就集合出發了。他們今天的目標是攻下上海縣城。倭寇們沒有忘記，自從三年前三好家族的武士三好義興屬下的小頭目三好瓦仔在中國海盜肖顯的帶領下第一次來到上海，那一次三好瓦仔只帶了六十三人，卻順利地進入上海，三好瓦仔在上海城內如入無人之境，上海的老百姓都像看大戲那樣看著他們，直到他們開始搶貨物受到SH市民的阻攔而殺了人，上海的市民們才紛紛跑出城外。這一次三好瓦仔只恨帶的人太少，結果只撿最值錢的金銀珠寶裝滿了所帶的麻袋，那一次三好瓦仔算是大發了。三好瓦仔滿懷高興回到了三好義興的船上，向三好義興匯報了這次在上海順利發財的經過。三好義興聽了三好瓦仔的匯報，非常高興，當即決定出動大部隊去上海縣城。五月初七，三好義興率領所屬一千二百人乘坐三十四艘船向上海駛來。倭寇船隊從太平寺竹家橋附近登岸，這里離上海南城門只有十多里路，市民們聽說大隊倭寇來了，紛紛跑回家中將最值錢的東西收藏起來，然后離開家中逃命。由于逃命的人多，街道上出現嚴重的擁擠，而就在此時，三好義興已經殺入城中，看到大街上一片擁擠，于是三好義興就大開殺戒，逢人就砍。居民們看到日本人肆無忌憚地殺入，萬分恐懼，紛紛向著小巷子里逃跑。

一色輝喜、一色輝元兄弟想起，上海軍民在吃了多次大虧以后，開始修筑起城墻。上海有了城墻，進出就不方便了。而且上海的市民們也開始組織起來自衛。這古老的大明帝國人力資源無比的雄厚，老百姓一旦覺悟，爆發的力量是何等的強大。所以在以后的兩三年里，日本人雖然在上海獲得了一定的利益，但是付出了沉重的代價。

一色輝喜、一色輝元兄弟一想起日本人去年在王江涇和陸涇壩遭遇的重大打擊，就不免對古老的大明帝國產生畏懼。但是日本人不能不來。日本國是小小島國，資源非常有限有限，許多重要生活資料本國沒有出產，只能從古老的大明帝國打主意。于是日本人只有逐步加強軍事力量，用武力達到經濟目的。所以這一次一色輝喜、一色輝元兄弟帶了五千多人的精銳部隊，務必打下上海，達到經濟目的。

一色輝喜、一色輝元兄弟為打下上海做了充分的準備，他們準備了攻城車、投石車、攻城塔樓、折疊橋、數十架云梯和上百架竹木單梯。

攻打上海城的戰斗打響了，倭寇首先在護城河上架起折疊橋，倭寇們從折疊橋上越過護城河，接著搶到吊橋處與明軍進行爭奪吊橋的戰斗。說實在話，倭寇的近身格斗厲害，輕靈的騰挪跳躍功夫加上純熟的刀法，一般明軍官兵有點難以抵敵，吊橋很快被倭寇控制，倭寇將笨重的了攻城車、投石車、攻城塔樓通過吊橋運到城門口。攻城車、攻城塔樓開始靠近城門，投石車開始向城墻頂上發射石塊。于此同時，各種大型火炮也一齊發射，數十架云梯和上百架竹木單梯架起來了，倭寇像密密麻麻的蟻群攀緣而上。

此時守城明軍和鄉兵數千人都已經集中在城墻頂上，憑著城墻頂上的掩體，明軍和鄉兵各就各位，能夠用鳥銃射擊的就用鳥銃射擊，躲在箭垛后面的明軍和鄉兵用單箭或者連弩瞄準正在攀爬云梯的倭寇射擊。在城墻頂上助戰的市民們把巨大的石塊和木頭推下，將正在攀爬云梯和竹木單梯的倭寇砸死或者砸傷；一部分軍民把正在沸騰著的開水倒下，不少倭寇被開水燙得受不了而從云梯上重重地跌下；還有少數滑稽的市民則將人的大小便向著倭寇潑下，雖然大小便不能直接對倭寇造成傷亡，但是倭寇非常害怕身上沾了人的大小便，因為在日本，認為人身上沾了大小便就會晦氣，就是老百姓說的“背時”了。倭寇害怕背時，所以聞到大小便的氣味，知道明軍是潑下了大小便，于是唔里哇啦嚷嚷著躲避……攻城和守城的戰斗進入白熱化。

在上海通判劉本學的率領下，倭寇連續攻城十七天也不能攻下。但是倭寇仍然不死心，五月十八日深夜，倭寇派出一部分精銳部隊從西南部搞偷襲，五十多個倭寇用爪鉤鉤住城墻頂上的箭垛，然后抓住繩子往上爬。但是倭寇剛剛把爪鉤摔上城墻頂部的箭垛，響聲驚動了正在值夜班的守城軍士楊鈿，楊鈿當即大聲叫喊，守在城墻頂上的明軍被驚醒，正準備發起反擊，此時倭寇最前面的人已經爬上城墻頂部，看到一位明軍大聲叫喊，于是把大聲叫喊的楊鈿一刀砍死了。眾守城明軍一齊向倭寇發起反擊，將已經登上城墻頂上的三名倭寇先后打死了，然后向正在攀爬的倭寇發起反擊，守城軍民用準備在城墻頂上的斧頭、柴刀、殺豬刀、石頭、磚頭等一齊砸下，五十多名搞偷襲的倭寇全部被打死在城墻底下。準備配合偷襲的倭寇看到偷襲失敗，悄無聲息地回到駐地。

倭寇偷襲不成，只得在第二天放棄攻城，轉移到閔行。五月二十日，倭寇自斜塘轉移到蘇州，在吳江被劉堂的水軍截住混戰一場，倭寇敗退，轉向松江府西門，在松江府西門放起火來。由于松江府西門外有一片樹林，樹林中有一個村子，被倭寇放火燒了村子，火勢蔓延開來，直接威脅到松江府府城，明軍忙于集中力量撲滅大火，倭寇則乘機逃跑。把總劉堂率領部隊追擊至泖湖，任環與蘇松兵備僉事熊桴率領部隊在淀山湖攔截倭寇，與劉堂的部隊夾擊倭寇，倭寇大部分被打死，少數倭寇突圍逃散。

五月初七，俞大猷得到斥候報告，在吳淞江江面出現一支巨大的倭寇船隊，估計船只在一百多艘。事情緊急，俞大猷當即把情況報告給在蘇州大營的胡宗憲，胡宗憲命令任環和董邦政率領水軍火速趕往吳淞江配合俞大猷作戰，務必阻止如此大股的倭寇上岸危害地方。俞大猷則率領水軍趕到劉家河口截擊倭寇。而此時任環與熊桴的水軍已經趕到榮山東北部的海域，準備在那里截擊倭寇船隊。

果然，倭寇的巨大船隊向劉家河口駛來，被俞大猷的巨大船隊一陣火炮轟擊，倭寇知道“俞“字號明軍厲害，不敢戀戰，一邊發射火炮還擊一邊轉向榮山方向逃跑，又被任環與熊桴率領的水軍截住，一陣狂轟濫炸，數十艘倭寇戰船被擊沉，一百多名倭寇被炸死。倭寇遭受明軍沉重打擊，先后有六十多艘戰船被擊沉，三百多名倭寇被炸死。殘余倭寇在當晚向海上逃去。正好海上刮起颶風，第二天明軍經哨船檢查，發現在昨天晚上的颶風襲擊中，有多艘倭寇戰船沉沒。

五月初，另一支龐大的倭寇船隊從上海外海域駛來。這股倭寇的總頭目乃是日本大隅島的辛五郎，二號頭目有種子島、薩摩、日向、和泉等地的武士細川忠興、助才門、彥太郎、和泉細屋等。在日本被尊為“活佛”的中國海盜頭目徐海、在日本薩摩領主之弟的幕下擔任書記的中國海盜陳東、中國海盜頭目葉麻等作為倭寇的副將，率領五六萬人乘坐一千多艘大小船只，向大明東南沿海殺來。但在中途遇上臺風，大量船只沉沒，一部分船只返回日本，總頭目辛五郎與武士細川忠興、助才門、彥太郎、細屋等倭寇頭目率領兩萬多名倭寇到達大明沿海地區。

倭寇首先占領了寧波東北部的普陀山、定海和岑港等地，然后以這些地方為基地，隨時向蘇松杭地區發起侵擾。當徐海的倭寇大軍剛剛在普陀山、定海和岑港等地站穩腳跟，徐海、辛五郎、助才門、彥太郎、細屋、陳東、葉麻等倭寇頭領立即率領兩萬多人馬殺向乍浦。乍浦地處杭州灣北岸，依山傍海，自古就有“江浙門戶”、“海口重鎮”之稱。如果倭寇攻陷乍浦，則蘇松杭門戶洞開，其后果不堪設想。

面對如此強大的倭寇實力，抗倭主帥胡宗憲感到壓力非常大。當時，比較能打的抗倭將領俞大猷、盧鐺、湯克寬、劉恩至等都還在閩浙沿海各地與倭寇打得難解難分，戚繼光雖然有膽識，但是目前戚繼光手頭沒有多少兵，而且還在臺州，一時間也趕不來。能夠獨擋一路的將領只有通泰參將總其帥狼山總兵鄧城。但是倭寇有兩萬多人啊，怎么能夠對付得了呢？但是沒有辦法，胡宗憲只得命令鄧城火速趕往乍浦參加保衛乍浦的戰斗，同時命令海鹽知縣、兵科給事中鄭茂率領守城部隊和鄉兵做好死守縣城的準備。