瑪麗出生六天后即位為蘇格蘭女王。為了躲避與愛德華六世的婚姻，在5歲時被送往法蘭西，由她的母親瑪麗·德·吉斯代為攝政。她在法蘭西生活、長大、接受教育，生活奢侈穩定。1558年，與法蘭西的弗朗索瓦二世結婚。同年她信仰天主教的表親英格蘭的瑪麗一世去世，隨即根據英格蘭法律瑪麗一世的妹妹——伊麗莎白一世女王即位，但是伊麗莎白一世信仰新教，在當時以天主教為唯一宗教的情況下，被視為異端；作為將新教定為國教的英格蘭來說，伊麗莎白一世則是唯一正統王位的繼承人。借由歐洲各國對于異教的恐懼以及羅馬天主教對于異教徒的排斥，瑪麗·斯圖亞特對外宣布自己擁有英格蘭王位合法繼承權。并且拒絕核準《愛丁堡條約》，拒絕承認伊麗莎白一世為英格蘭女王，并將英格蘭王室紋章用于自己的部隊。1560年，弗朗索瓦二世去世，在法蘭西宮廷中受到婆婆凱瑟琳的冷眼，迫于蘇格蘭國內局勢動蕩，次年返回蘇格蘭親政。后來她被伊麗莎白一世囚禁于英格蘭，并最終以叛國罪處決。