黃龍自然保護區規模大、類型多、造型奇、景觀美、生態完整，具有科學和美學等重要保護價值。

黃龍保護區自然遺產價值主要表現在巨型地表鈣華景觀、過渡型的地理結構、最東冰川遺存、高山峽谷江源地貌、生物物種資源寶庫、優質的礦泉和浴泉等。

1992年，黃龍自然保護區被聯合國教科文組織列入《世界自然遺產名錄》。2000年又被正式納入聯合國人與生物圈保護區網絡。

（一）巨型地表鈣華景觀

黃龍自然保護區的主要景觀是地表鈣華群，它們規模宏大、類型繁多、結構奇巧、色彩豐艷，成為我國自然遺產一絕。

黃龍自然保護區內高山摩天，峽谷縱橫，莽林蒼蒼，碧水蕩蕩，其間鑲嵌著精巧的池、湖、灘、瀑、泉、洞等各類鈣華景觀，點綴著神秘的寨、寺、耕、牧、歌、舞等各民族鄉土風情。

這些奇特的自然景觀，景類齊全，景色特異，在高原特有的藍天白云、艷陽驟雨和晨昏時光的烘染下，呈現出神奇無窮的天然畫境。

自然保護區內主景溝是一條淺黃色地表鈣華堆積體，形似一條金色的巨龍。鈣華體上，彩池層疊，飛瀑轟鳴，流泉輕唱，奇花異草，古木老藤點綴其間，大熊貓等珍稀動物常有出沒。三千四百多個鈣華彩池在陽光照射下，一塵不染，流光溢彩。

保護區內的鈣華景觀分布集中。例如，在全區廣闊的碳酸鹽地層上，鈣華奇觀僅集中分布在黃龍溝、扎尕溝、二道海等四條溝谷中，海拔3000米至3600米高程段。

區內黃龍溝、二道海、扎尕溝分別處于鈣華的現代形成期、衰退期和蛻化后期，給鈣華演替過程的研究提供了完整現場。

在黃龍溝區段內，同時組接著幾乎所有鈣華類型，并巧妙地構成一條金色巨龍，翻騰于雪山林海之中，實為自然奇觀。

（二）過渡型的地理結構

黃龍自然保護區在地理空間位置上處于單元間的交接部位。在構造上，它處在揚子準臺地、松潘、甘孜褶皺系，與秦嶺地槽褶皺系三個大地構造單元的結合部。

在地貌上，它屬中國第二地貌階梯坎前位，青藏高原東部邊緣與四川盆地西部山區交接帶。在水文上，它是涪江、眠江、嘉陵江三江源頭分水嶺。

在氣候上，它處于北亞熱帶濕潤區與青藏高原和川西濕潤區界邊緣。在植被上，它處于我國東部濕潤森林區向青藏高寒、高原亞高山針葉林草甸草原灌叢區過渡帶。動物群落也處于南北區系混雜區。

風景區被東西向雪山斷裂、虎牙斷裂和南北向岷山斷裂，扎尕山斷裂、交叉切錯。而且黃龍本部與牟尼溝景區在巖性、層序、沉積等古地理條件和地層構造、構造形跡上均有較大差異。

這種空間位置的過渡狀態，造成自然環境的復雜性，為各學科提供了探索自然奧秘的廣闊天地。

（三）我國最東冰川遺存

海拔3000米以上的黃龍自然保護區留有清晰的第四紀冰川遺跡，其中以岷山主峰雪寶鼎地區最為典型。它的特點是：類型全面，分布密集，最靠東部。這一地區山高地廣，峰叢林立，僅海拔5000米以上高峰就達七座，其中分布著雪寶鼎、雪欄山和門洞峰三條現代冰川，這一區域成為我國最東部的現代冰川保存區。

這一地區主要冰蝕遺跡有角峰、刃脊、冰蝕堰塞湖等；主要冰磧地貌有終磧、中磧、側磧、底磧等；分布在各冰川谷中，其中終磧主要分布高程為3000米至3100米、3550米至3650米、3750米至3850米。總之，這里的現代冰川和古冰川遺跡與鈣華之間的關系，都具有重要的科研價值。

（四）高山峽谷江源地貌

黃龍自然保護區地貌總體特征是：山雄峽峻，角峰如林，刃脊縱橫；峽谷深切，崖壁陡峭；枝狀江源，南直北曲。這里高程范圍在海拔1700米至5588米，一般峰谷相對高差千米以上，3700米至4000米以上，大多數是冰蝕地貌，氣勢磅礴，雄偉壯觀。

保護區的喀斯特峽谷也比較多見，這些喀斯特峽谷空間多變，崖峰峻峭，水景豐富，植被繁茂。依谷底形態分，有丹云喀斯特溪峽、扎尕鈣華森林峽和二道海鈣華疊湖峽等數種。

黃龍保護區境內涪江江源為一個主干東西樹枝狀水系，上游河床寬平，下游峽谷深曲，南側支流平直排列，北側支流陡曲排列，形成上寬下深、南直北曲的獨特江源風貌。

（五）生物物種資源寶庫

黃龍自然保護區是天然動植物種質資源的寶庫。區內有高等植物一千五百多種，大部分為我國特有種屬，屬國家一至三級保護的植物，有四川落葉松、眠山冷杉、獨葉草、星葉草等。許多植物具有重要的科研、經濟價值。

黃龍自然保護區特殊的地理位置使之成為大熊貓等野生動物棲息和繁衍的理想地區。這里珍稀動物品種多，南北動物混雜現象突出，還有當地特有種屬。屬國家一至三級保護的動物有大熊貓、金絲猴、牛羚、云豹、白唇鹿、紅腹角雉等近百種。

此外，南北動物混雜現象以山星鳥最為突出，胸腺齒突蟾等為當地特有物種。對于“活化石”大熊貓的生態研究，有助于揭示自然生態的深層奧秘。

（六）優質的礦泉和浴溫

黃龍自然保護區礦泉水主要出自于牟尼溝景區。最大流量0.58升每秒，水溫9.5度至9.8度，酸堿度在6.3左右，礦化度1159毫克每升。經國家有關部門鑒定，這里的水質富含鍶、二氧化碳，是優質天然飲用礦泉水。

此外，在牟尼溝景區的二道海溝，還有一處溫泉群，水溫在22度左右，溫泉噴出的水柱高達近半米，每升含硫0.16毫升，更是優質的藥用浴泉。