二十三早辰刻，虜大隊兵數萬抄出山后，直沖出左先鋒鎮之營。時因本藩傳令中軍營，無令不許輕戰，而山下山上又隔遠不見，只聽虜擁擠蝟集，對山用炮攻擊。虜攻具齊備，一齊下馬打死仗，炮矢交擊，無可容足，沖突死戰。我兵冒死迎敵，退卻三處。本藩已遣右沖、右虎往援，山高爬不及到，左先鋒等眾寡不敵，遂被殺敗。前沖鎮藍衍戰沒陣。虜乘勝從山促下，中提督、五軍等在山內被圍，死戰不出，亦在陣亡。左武衛、左虎衛在山下整搠死敵，但大勢已潰，獨力難支，亦在戰沒。后提督堵御大橋頭，與虜對擊，被首尾合攻戰沒。宣毅左鎮萬義，浮水而走。藩見大勢已潰，遂抽下船。虜水師蟻集，齊擁下來。左沖鎮一面堵御，一面防護眷船而出。其我兵有被傷浮水而逃者，左衛鎮令載上眷船配載而出，計活數千人。我船竟護無失，仍擊沉虜船二只，虜是以不敢輕犯。時轄下陳諒張祿囗進，劉明之功居多。

是晚，本藩隨傳令出師鎮江，仍委左沖鎮黃安、宣毅后鎮吳豪等殿后，再等我兵有逃回者，著令載來。

二十四日，藩師至鎮江，官兵有繇（由）路逃回〔者〕，有繇（由）水浮回者，有被左沖載回者，惟查不見大將甘輝、萬禮、林勝、陳魁、張英、藍衍、副將魏標、樸世用、洪復并戶官潘庚鐘、儀衛吳賜等回。藩嘆曰：『是我欺敵之過，輕信余新所致也。然勝敗常事，亦何慮囗』。吊（調）常鎮道馮御史、右武衛周全斌、后沖鎮黃昭并瓜州地方柯平、援剿后鎮劉猷等俱各在船聽令，別作良圖。

二十五日，議正楊祖、楊正、姚國泰等失機之罪，令梟首示眾，后諸將勸免，楊祖、楊正暫管事，姚國泰發刑官監候。

二十六日，令右武衛收拾左武衛官兵；令前協裴德、副領兵林瑞、劉國軒等管束右虎衛，收拾左虎衛官兵；令前協鄭仁、后協陳蟒等管束囗，囗；令右提督收拾五軍驍騎鎮官兵；令中軍虞允升協理，黑云祥等管束囗；令中沖鎮收拾前鋒鎮官兵；令右沖鎮、宣毅左鎮收拾后提督官兵；令右鎮顏囗后勁鎮，收拾中提督官兵；令右鎮李昂、親隨營林正管束囗，囗；令宣毅后鎮收拾前沖鎮官兵。

朱逷先先生曰：『南京之戰，所占篇幅甚長，然其載甘輝之謀，僅得其片段，而又不甚明了。夏琳記甘輝之言則較完備。閩海紀要卷上曰：「瓜鎮既破，甘輝進謂成功曰：瓜鎮、南北咽喉，但坐鎮此。斷瓜州，則山東之師不得下；據北固，則兩浙之路不得通，南都不勞而定矣。成功不聽。將進兵，甘輝又請陸路而行，以為乘破竹之勢，一鼓可下，或攻取其附近州縣，以絕援兵，則南京勢孤，自必難守。若由水路，恐風信稽遲，援兵四集，又費工力」。南京之戰，以甘輝為最重要人物，而謀畫及其死節，皆不為之詳載，故闇然而無光彩也』。

二十八日，派程班師駕出長江：一程本藩文武各官親軍四鎮，二程左沖鎮、宣毅后鎮、后勁鎮、左提督、中沖鎮、中提督、囗囗囗囗左先鋒、援剿右、后提督、宣毅左、右沖鎮、囗囗沖鎮、援剿后等斷后，并專押運糧船，右提督、正兵鎮先行堵口。

八月初一日，師回至狼山，上沙時，糧運船多重載，不堪駕駛，委戶都事楊英分派各中軍船并各提督統鎮船只運載，預作兵糧。各船俱滿載，糧船放回，賜手梢各路糧千余石。

初四日，師泊吳淞港。遣禮都事蔡政往見馬進寶。進京議和事機宜，俱授蔡政知之。亦無書往來。

初八日，舟師至崇明港，集諸將議曰：『師雖少挫，全軍猶在。我欲攻克崇明縣以作老營，然后行思明吊（調）換前提督等一枝，再圖進取。一則逼其和局速成，二則采訪甘提督等諸將生死信息，三則使虜知我師雖敗，尚全力攻城，不敢南下襲我。諸將以為何如』？眾簽曰：『可』。于是隨派防水師并攻城官兵。以左沖鎮黃安督配援剿右鎮、前鋒鎮、右虎衛、左武衛、協將裴德、五軍、左虎衛等共戰艦十六只，提調羅蘊章防御七了港口，泊白米沙外洝。以援剿后鎮劉猷、宣義左鎮萬義、中沖鎮蕭拱辰、右沖鎮萬祿等共戰艦十二只防御吳淞港口，泊新興沙外洝。以右先鋒楊祖、后勁楊正督配中提督、前沖鎮等防御狼山上流，泊王家港。各分遣防守去訖。

初十日，傳令登岸札營，攻崇明縣城，派定處所：

一、右武衛堵攻西門，并護大炮；

一、宣毅后鎮堵攻北門橋；

一、正兵鎮堵攻東北角；

一、后沖鎮堵攻西南角；

一、右提督為各路應援；

一、左提督札土堡為老營，接應北門；

一、伙兵限初十夜俱到城下，照所分汛地在河溝干吶喊，分其銃路便安籧篨。

十一日早辰時開炮，至午時，西北角城崩下數尺，河溝填滿。藩親督催促登城。守將梁華鳳死敵不退。時正兵鎮韓英勇壯登城梯，被銃傷中左腿，跌下。矢石交加，有如雨下。監督王起俸亦被銃傷而退。藩見城堅難攻，傳令班回。越數日，韓英死之，王起俸亦被傷而亡。時本藩又欲吊（調）集諸將前來攻打。右武衛周全斌言曰：『此城深溝高壘，梁華鳳請加守援，已難驟拔。況官兵被創之余，昨日韓英被傷，聞者寒心，無意戀戰。且得此孤城絕島，亦是無益，不如漸回舊汛休養，號召精銳，候明年再進長江，以圖大舉，未為晚也。伏請睿裁』。藩從之。隨傳令班師。

是日晚，適馬提督差中軍官同都事蔡政至營，言：『馬提督因聞大師攻圍崇明，特遣中軍前來說和，稱：「既欲奏請講和，仍又加兵襲破城邑，教我將何題奏？貴差將何面君？不如舍去崇明，暫回海島候旨，成否之間，再作良圖，亦未為晚」』。藩諭之曰：『爾酋等大張示諭，謂我水陸全軍覆沒，國姓亦沒陣中，清朝無角逐英雄之患，吾故打開崇明，安頓兵眷，再進長驅。爾主其亦知之否？我今攙施數銃，其城已倒及半，明日安炮再攻，立如平地。既爾主來說，姑且緩攻，留與爾主好題請說話也』。令人同看營中兵器船只整備，嘆曰：『京都覆沒，豈有是耶』？藩隨令搬營在船。

十二日，遣蔡政同馬提督中軍再回吳淞，往京議和。

十八日，藩督師回至林門。傳令左武衛、左虎衛、中后提督等各協營將所收拾將領官兵并配執軍器造報查點操練。查報陣亡將領官兵家眷安頓給贍。左武衛前協裴德收管中協并后協官兵；副領兵林瑞收管領旗協、驍翊營、火攻營、正領兵下官兵；左協蕭泗收管右協并候缺官兵；隨征營劉國軒自收并同張魁收左右協理官兵；一營洪善收二、三營直庫。

赦左先鋒楊祖、后勁楊正、準革職戴罪暫管鎮事。援剿右鎮現在擬罪，其官兵船只撥歸后沖鎮黃昭管轄。正兵鎮韓英已故，全鎮官兵未有管束，傳令集諸將會推一員以代。時會推裴德、洪羽、蕭泗、劉國軒、鄭仁、楊富、張志等以進，惟右武衛獨保張志堪任，楊祖惟薦楊富。藩諭曰：『二員俱各堪任，但思功次，則楊富系洪益進親隨，從桃花山以來，歷有戰績尤多；張志從施郎時到，功次尤（猶）較不如；當以楊富惟（為）是』。于是諸將跪謝曰：『藩主照功次陞授，諸將益當勵效矣』。

二十七日，行委楊富管理正兵鎮事。派各地方發各鎮官兵休養訓練：援剿后鎮劉猷、后提督右鎮顏望忠札右提督原札溫州石塘一帶地方；宣毅后鎮吳豪、中沖鎮蕭拱辰、宣毅左鎮萬義札原左武衛清江一帶地方；親軍右武衛并左武衛裴德等札原前鋒鎮金鄉、瑞安一帶地方；左先鋒、右沖鋒札蓁嶼一帶地方；后勁鎮、后沖鎮中提督右鎮李昂札三都地方；左提督正兵鎮札興化南日一帶地方；忠靖伯陳輝督水師前鎮阮美并都督羅蘊章、李順等為水師，泊住舟山，防御各港，抗掣上流；右提督馬信同左沖鎮黃安為陸師，鎮守舟山應援。

以掛印都督李必管舟山地方事。

九月初三日，藩令各鎮駕歸汛地。藩駕至沙關澳，分派餉地，安插官兵，俱已得宜。

初七日，藩駕回至思明州，廣行招募舊時散逸將領官兵。

十月，藩駕駐思明州。援剿后鎮劉猷侵入隘頑所內地征餉，為虜所誘，與戰不勝，顏右鎮救援，不久，猷死之。

右武衛周全斌屯札沙園所，就地征輸兵餉，溫虜來阻餉道，斌乘醉率兵與戰，不勝，左協方英死之。

十一月，藩駕駐思明州，修整船只，備造軍器。

十二月，藩駕駐思明州。蔡政自京回，京報和議不成，逮系馬進寶入京。偽朝委滿酋長達素帶滿漢萬余騎前來剿海，另吊（調）浙直、廣東數省水師合剿。藩令差監督李長吊（調）各汛守官兵回思明州。議遣前提督黃廷、戶官鄭泰督率援剿前鎮、仁武鎮往平臺灣，安頓將領官兵家眷。

十四年庚子（一六六〇）正月，藩駕駐思明州演武亭。

初八日，行兵官造報南京陣亡將領家眷，厚賜優恤。并查陣亡提督統鎮有男女者，與之姻親。時只中提督甘輝、左武衛林勝有子女合婚，遂令禮官擇吉行聘。

十一日，傳令督練官兵。催前提督等督各文武官隨侍帳房住宿，待令軍機。

十七日，陞禮武鎮林順為援剿右鎮；陞前提督右鎮劉俊署前沖鎮；陞禮武鎮林福管理禮武鎮事，以其有居守之功。

二十一日，遣蘇迪章押送漳平伯周金湯、太監劉國柱到龍門港登程，往行在復命。

虜酋達素頭站兵馬至福省。

二十四日，北汛右武衛同左沖鎮等師吊（調）至思明。

二十六日，吊（調）仁武鎮康邦彥出征，以左沖鎮黃安交代防守新城，諭之曰：『重地鎖鑰，非爾不可。爾勉之』！撥正兵鎮楊富代前提督右鎮葉伯防守思明、東渡。

右武衛周全斌啟：

『為切陳末議、仰祈睿監事。竊謂治外必先治內。疊據各報，虜添設兵馬，修造船只，乘我失利之時，故敢浪逞。但彼悉皆地方之眾，未習船務，區區水戰，與我慣習之師相角逐，實天資我戰勝之會，恢復亦未可知也。而今日我所要著者，惟在強兵裕賦，固足兵心。察各鎮營官兵，奉令屯札舟山各處，皆離鄉有日，在外風霜，各有歸思。兼以措餉維艱，日復一日，暫為弊端。尚有缺少軍器衣甲者，有警未免空拳赴敵，不如調回思明訓練，擇地取餉以裕兵食，以鼓兵心。以戰則勝，以守則固，虜雖百萬來犯，亦可立破也』。

藩批：『曉得。已先吊（調）回了』。

二十八日，委左沖鎮右營陳廣、拔授正領兵中軍，以左武衛副領兵林瑞管左營事。

二月，藩駕駐思明州。

初二日，陞中提督右鎮李昂為義武鎮，左虎衛前協鄭仁為正領兵，右武衛中協張志為援剿后鎮。

初四日，陞左提督左鎮胡酉為游兵鎮，改名胡靖。

十八日，陞右提督左鎮陳瑞為英兵鎮，謝任為左營；陞正領兵陳璋為囗兵鎮，林卻為左營，改名明祚。

二十六日，陞后提督右鎮顏望忠為智武鎮，何佑為左營；以原護衛左縣革職降尾名兵杜輝為水師。改左提督翁天佑照舊總理監營事，官兵船器，交與左鎮胡靖，任游兵鎮事。赦姚國泰罪，撥為右提督協理，黑云祥為左協理。

遣前提督黃廷、右提督馬信率后勁、右沖等鎮下揭取糧。

三月，藩駕駐思明州。報偽酋長達素到泉，催促船只舵梢齊備，刻日犯攻思明。藩令宣毅前鎮陳澤同奇兵鎮黃應、援剿左鎮黃昌等各水師，拋泊岞后獺、窟澳等處，堵防泉港。吊（調）回南下取糧官兵，分派屯札防守。

時官兵多思逃躲，將領每有驕悍。故左沖鎮黃安有啟：

『為定制束兵以一體統事。竊照同仇敵愾，貴在和眾，而兵士參差，尤宜嚴束。近察一二兵士沿習刁風，只知本管將領，而藐視別鎮；遇有交加，輒敢侮慢。優容之，自可視為細故，苛責之，遂不免于生嫌。安深戒此弊，屢諭轄下將領，切責班官，不準在外生端。尤慮故習難以驟消，必使尊卑相承，管轄無分于彼此，有犯立懲，驕悍庶儆于將來。庶體統一而兵自和，澤袍親而戰自克矣。伏請通行申飭施行』。

藩從之。

寧國府知府高一階報家后被逮啟：

『為天恩曲賜矜憐以全孝治事。臣系南都首先效順之員，矢竭犬馬，以佐中興，是以破家捐軀，隨駕東下，依懸圣明，有死無二，臣之愿也。詎家后八十老母，被虜尋拿嚴酷。聞報肝腸寸斷，日夜涕零，不禁泣盡而繼之以血也。向在鎮江，蒙藩主面諭，憐臣家有老母，至性關心，催促搬請；不則送臣還里，以完天親。時臣未忍奉詔者，以國爾忘家，虜未必至是吹求也。今老母逮去，方寸亂矣，以風燭之年，萬一不測，終天遺恨，則萬死不足以贖罪也。求忠臣于孝子，豈用不孝之臣，以玷圣明哉？姑瀝血哀陳，賜臣還里，舍身救母。倘徼天庇得全，刻期再趨報效。不然，雖在異鄉，亦無異依依闕下，銜結以報也』。

藩許之。令禮都事宴送，并贈二百金盤費。諭之曰：『漢中之不留徐庶，亦以母故。爾欲回，用銀救得爾母，可即遣人來取，雖千金亦不靳也』。感泣辭回。

行兵官忠振伯議南京功罪。

四月，藩駕駐思明演武亭。報虜出征兵馬備到，船只器械舵梢齊集，約期來犯思明。

初三日，改右提督馬信為提督親軍驍騎鎮。隨啟：『轄將黃嶼，行陣久著智勇，臨敵多奏功績，應授驍翊營缺，俾試錐利，以策奇勳』。許之。隨以黃嶼為提督親軍驍騎鎮驍翊管理南兵營缺。

傳令各提督統鎮下將領官兵家眷搬住金門，仍委英兵鎮陳瑞督轄兵往金門保護家眷，并令余宮鎮鄭戶官幫同照管家眷。

初四日，遣中沖鎮蕭拱辰率轄兵同援剿左鎮、奇兵鎮、宣毅前鎮、宣毅后鎮、合〈舟宗〉拋泊囗武，堵御泉港，并上流虜船。委輔明侯為總督水師，共商堵御機宜。