二十七年戊辰（日本元祿元年），吳三桂余殃擾亂。初，三桂姬妾有稱八面觀音、四面觀音者，八面絕美，四面次之。及三桂之敗，清將湖廣、四川總督蔡某虜獲二觀音，獻四面于帝，匿八面以自嬖焉。帝后知八面在蔡家，責之；蔡不得已，獻八面，途病死，帝疑以為蔡殺之，遂囚蔡于滿洲，蔡部兵大恚焉。茲歲五月，蔡部將馮龍率浪士數千詣湖廣部院，訴曰：「今天下弭兵，軍俸悉除，妻孥皆濱饑餓，請賜俸米，以得生活」。部院曰：「俸米之事，非我所預，訴之軍門」。乃訴軍門，軍門不答。馮龍等怒罵曰：「皇帝惑一女子，辱大功巨，使吾輩饑困，爾等所為，亦仿之乎」！喧嘩不已。軍門駭，召布政使議之。馮龍遂毀門入，殺軍門及布政使，直攻部院，部院一家殲焉。兵士以馮龍為將舉兵，不日而取四府。山海群賊來附，遂掠七、八府，南京、杭州大震。詔發兵討之。湖廣賊陳化龍兵數十萬與馮龍合，欲陷北京，勢甚張。詔重發江南兵，纔得時平之（外國異聞）。

三十九年庚辰（日本元祿十三年），帝想往事，嘗謂：「成功明室遺臣，而非吾亂臣賊子也」；特詔令成功及子經喪歸葬南安（鄭成功傳）。自臺灣入清版圖后，再有明遺民朱一貴亂。

六十年辛丑（日本享保六年），一異僧來臺灣，周游街巷；告民云：「茲歲將有大難；難至，惟戶設香案，書『帝令』二字于黃紙小旗，鋪之案，難庶可免矣」！言訖不知其所之。一貴，漳之長泰人，小名祖，嘗來臺灣飼鴨為生；而鴨旦暮出入，自能編隊整伍，見者異焉。有奸慝經過，必殺鴨具饌，罄其歡。時承平日久，守土者不以吏治民生為意，防范疏闊，一貴心易之。茲春，鳳山令缺，臺郡太守王珍攝縣篆，而收斂苛刻，奸慝毀其短以搖民心。一貴竊與其所善黃殿、李勇、吳外、鄭定瑞、汪飛虎、王金、全陳印等謀舉兵（臺灣軍談曰：「勇字子維，李文忠之裔」）。一貴自稱明后裔，眾遂推為元帥，招募俄得黨數百人，旌幟書「大元帥朱」，起兵。四月，警報至邸，總兵官歐陽凱令游擊周應龍剿之。一貴兵至檳榔林，泛防把總張文學迎戰，一貴設計以寡兵敗之；應龍不能救，一貴大掠而去。南路賊首杜君英（臺灣軍談曰：「英父某，仕莊烈帝，死于明季亂。英時幼，母抱而遁，來往于臺地。長而膂力絕人，常傷中國陸沉，因事而殺縣令，入山中而聚兵」。又曰：「一貴嘗嘆曰：君英勇而寡謀；李勇有將才，然有沉湎癖；汪飛虎其勇無敵，而性懆智淺；國基、君論、福壽有才學而見機遲；其余碌碌不足數。恐大事終不成矣」）等望風皆應一貴，所在蜂起，攻陷莊社，共攻府。清兵與一貴等戰赤山，大敗。君英攻鳳山縣。臺郡聞赤山敗，大震，文武各遣家屬夜遁，士民相率逃竄。歐陽凱出兵，一貴、君英僇力夾擊。百總楊泰通賊，殺凱于陣中；副將許云、守備胡忠義、千總蔣子龍、游崇功、林文煌、李茂吉等苦戰皆死，游擊劉得紫被擒，水師中營張彥賢等揚帆遁去澎湖。五月，一貴、君英等遂陷臺灣。一貴之亂起也，家家悉設香案，插「帝令」旗，如異僧教，清兵誤以為百姓皆從賊，遂慌亂及于敗。一貴、君英據府，同開府庫，分掠金銀，復開紅毛樓。紅毛樓，所謂赤嵌城也；鄭氏鎖閉以來，無啟四十年。賊謂金窖，發之，炮槍鉛鐵，倚迭如山。一貴僭為偽王，歲號永和。時北路奸民賴池、張岳等陷諸羅縣，殺營將羅萬倉，斬首獻一貴。一貴以全臺既陷，大對群賊，置偽國師、太師、國侯、將軍、都督等官，令鄭定瑞、蘇天威領兵三千鎮守鹿耳門。浙閩總督覺羅滿保聞臺陷告變，且言星馳赴廈，促水師提督施世驃刻期出師，檄召南澳總兵藍廷珍赴廈門。滿保疾趨至廈門，施世驃舟既出港。先是，君英欲立其子會為王，眾不服，立一貴。一貴出令禁淫略。戴穆奪民間婦女，一貴僇之。君英亦慝婦女于營中，一貴令出之。故君英怒而驕蹇，遂相攻。君英敗，率賊數萬走虎尾溪，剽略村舍。藍廷珍到廈，總督大喜，與定方略，令總督水陸大軍刻期進剿。六月，發銅山，到澎湖；會施世驃選善水者駕小舟于鹿耳門深港插標，記舟行路徑，舟師進抵鹿耳門。蘇天威據炮臺發炮，又以小舟扼險；清先鋒林亮等亦發炮擊炮臺，臺上火藥桶火發，天威兵潰。廷珍共前鋒連檣并進入門，登岸奪炮臺。天威逃入安平鎮城，林亮等攻破之。施世驃軍亦到安平。一貴出兵犯安平，廷珍擊敗之。一貴再遣李勇、吳外等率眾數萬駕牛車列陣首，復犯安平，大戰復敗，退入府治，不敢再至，沿岸列炮固守。西港仔民詣安平鎮為鄉導攻府，世驃然之，與廷珍謀。廷珍率水師進港登岸，回舟亦必死；遣兵戰，大勝。廷珍進，直搗臺郡。施世驃遣兵并力攻府治，一貴遁去，廷珍復府治，安民，報捷于滿保。世驃登岸屯北較場，檢殺獲。六月，滿保疏而聞捷。初，警報至京師也，帝惻然，諭臺民曰：「汝等俱系內地民，非賊寇比，或迫饑寒、或不肖官員刻剝所致；若即就撫，自諒爾罪。前海賊占踞六十余年，猶且剿服不遺余孽；今匪類數人，又何能為？諭旨到時，改惡反正，不得執迷不悟，妄自取死」！至是，諭旨到臺，滿保檄傳諭旨，安撫百姓。臺郡既平，世驃、廷珍分遣大兵廓清南北二路。剿撫南路逃賊，收復鳳山營，撫下淡水、大昆麓各處，南路皆平。別遣兵剿北路，劉得紫脫而來，是行與矣，大敗賊，降者十之九，北路亦平。一貴逃走。有王仁和者，以一貴同鄉，知其蹤跡，欲捕一貴而自效；密告廷珍，許以授守備。閏六月，一貴率千人至溝尾莊，兵饑漸散去，遂索食于莊。仁和豫知一貴至，竊興莊民楊旭、楊雄等謀，椎牛饗之，欺以鄉壯相助，備館舍而令宿，分遣從兵于民家，集鄉壯佯為守護，潛以水灌賊炮。夜五更俄起，金皷火炮齊鳴，一貴等倉皇失措，遂就擒。廷珍檻送廈門。元兇既擒，余黨解散。尚有當日倡謀渠魁如陳福壽、劉國基、江君論及君英父子未就逮，滿保令廷珍擒。國基等走匿在山中，廷珍遣人誘降；國基等至，廷珍好言慰藉優待，聽其入山，陰令人為備，賊不悟，相踵而降。是月，捷報至京，總督以下榮恩有差。時臺中癘疾盛行，將士死者多。八月，怪風暴雨，屋瓦悉飛，雨中流火條；水驟漲，所泊戰艦擊碎而上陸，拔樹倒墻，百姓呼號。明日，郡無完宅，浮尸蔽江，于是發倉賑貸，以風災上聞；朝廷發帑金賑恤。諸羅一縣幸免風災，而一貫余孽聚黨刼掠。廷珍遣人擒斬，益訪緝余孼，招來陳福壽留軍中，待以家人禮，遂羅致君英父子。世驃于風災時終夜露立，裂肌破面，驚悸疾作；至九月，遂卒于軍。廷珍欺君英、福壽等以授官，輿而登舟送廈。滿保奉旨，遣京師訊鞠。一貴、勇、外等凌遲處死，福籌及君英父子以就撫從寬棄市，其余擒諸賊亦伏法。至明年余孽未絕，臺地叛亂相踵。

雍正元年癸卯（日本享保八年），正月，逸賊楊合謀乘圣祖升遐，作亂犯郡縣；廷珍擒獲。二月，世宗登極，恩詔到臺，臺民歡呼，農商安業，不復思亂；奸慝之徒，恐懼革面。四月，千總何勉捉獲賊王忠、劉富生、陳郡等，朱一貴孽黨至是盡絕，臺灣平矣。藍鼎元論事宜云：「臺地寇亂、兵疲后，民之憔悴極矣。然其土廣而沃，易墾辟，饒物產，眾利之所聚，但勿加之以刻剝，以實心行實政，一年而民志可安；二年而疆圉可固，三年而禮讓可興，生番化為熟番，熟番化為平民，而全臺不久安長治，吾不信也。或謂棄之無聚民可也。是亦有說：疆域可開，有日辟，無日蹙，氣運使然；既委而棄之，必有從而取之，如澎湖、南鎮皆為海外荒陬，明初周德興遷其民、虛其地，后皆為賊巢窟，閩廣為之騷擾，至設兵戍守。臺地古無人跡，至明中葉始知之；而明人不保，島夷、盜賊后先竊踞，至為邊患。比設郡縣，始成樂郊。由此觀之，可見有地不可無人。經營疆里，則為戶口貢賦之區；廢置空虛，則為盜賊禍亂之階。眾利之所存，人必趨矣。不歸之民則歸之番，不歸之番則歸之賊，即使內賊不生，野番不作，又恐寇自外來，將有日本、荷蘭之患，不可不早為綢繆也」（平臺紀略）。

長孺曰：此志紀年，起明天啟元年辛酉，而終清雍正元年癸卯。根據諸書，必期確實；而如其行文則會粹錯綜，務加刪潤，令其有次序。事雖專系鄭氏，傍及華夷之隆替。凡一百有三年間，治亂盛衰興廢之故，天命人心去就之際，蓋有略可觀省者云。