弘光元年春正月己酉朔，大雪，免百官朝賀。以殿工成，加應熊太子太保，可法太保兼太子太師、進建極殿大學士，士英少師兼太子太師、進中極殿大學士，鐸少保兼太子太保、進武英殿大學士，各賜蟒衣一襲、蔭一子尚寶寺丞，以士英掌文淵閣印充首輔辦事；可法辭太保，許之。以吏部左侍郎蔡奕琛為禮部尚書兼文淵閣大學士，入閣辦事。癸巳，命得功、良佐率兵進屯潁、毫；二人受命不行。許定國陰送款于清。杰至睢州，乙未定國伏兵享杰于城中，殺之。明日，杰部將攻睢州，定國引兵走考城；圍之，定國走降于清。壬寅，命在京諸臣自陳。保國公朱國弼及御史張孫振劾刑部尚書解學龍賣法庇賊。丙午，奪學龍職。丁未，召前都察院左都御史唐世濟復官。壬子，加衙允文兵部右侍郎，總督興平標下鎮將兵馬、經略開歸防剿軍務。是月，清入西安府，李自成走襄陽。

二月甲寅朔，命于嘉興、紹興二府選淑女。左良玉薦太仆寺卿王驥可任巡撫。丙辰，以驥為都察院右副都御史，巡撫湖廣，提督軍務兼理糧儲。命高斗樞回京另用。己未，以阮大鋮為兵部尚書兼都察院左副都御史，協理部事；仍管巡閱江防事務。以工部左侍郎高倬為刑部尚書。人有上書言廣信、建寧、衢州之間有云霧山為先朝封禁，開之可以助國；命太監李國輔往視之。甲子，謚皇太子曰「獻愍」、定王曰「哀」、永王曰「悼」。乙丑，命于蘇州制造大婚冠服。丁卯，禮部尚書顧錫疇免官。蔭方孝孺裔孫樹節為翰林院五經博士。

高杰妻邢氏有子元爵，尚幼，在揚州；可法請以標下囗囗囗囗李本深提督軍馬，與諸裨將分屯梁、宋間。上曰：『興平創立軍府，以忠死事；身肉末寒，兼有嗣子，朕豈忍以其兵馬、信地遽授他人？可令其妻邢氏同元爵照舊統轄。元爵年幼，督師輔臣代為料理，示朕不忘忠臣至意。李本深仍領前鋒，俟有功優敘』。良佐上書追論杰罪，請別委一人統其眾；不許。又言『本深庸弁，恥與為伍』。朝廷亦以提督體統尊，難之。已而邢氏上書請以本深為提督，允文亦具疏如邢氏言；從之，命未下。先是，四鎮之南來也，以揚州富實，各思據之；杰兵先至，揚州人不納，遂圍之。得功引兵至天長，欲爭揚州；朝廷遣萬元吉諭之，得功奉詔。可法至揚州，為杰所要，奏許其家屬居揚州。而得功在廬州，山瘠又新破，嘗怏怏不平；聞杰死，又引兵向揚州。士英以聞；上曰：『大臣當先國事而后私仇。黃得功若向揚州，使高營兵將棄信東顧，狡虜躡之而南，誰執其咎？朕于諸藩鎮恩禮有加，諸藩亦當恪守臣節，無得輕舉以誤國家』。可法在徐州安插高兵，聞之馳還。會上遣太監盧九德、高起潛、李應升諭得功；得功奉詔。李本深等聞得功向揚州，棄信引兵還。上命起潛駐揚州，安撫將士。

乙亥，追封皇弟由榘為潁王，謚曰「沖」。禮部請朝日，命待南郊禮成行之。丙子，更上先帝廟號曰「毅宗」。封慈爚為崇王，命于福州府居住。時廷論多及先朝舊事，欲追罪當日建言三案之人并及門戶諸人，上優容不許；而科道交章引繩批根，日益深切，群臣多不自安。袁繼咸以總督在九江，疏言「三朝要典」為先帝所焚之書，不宜存。已而，左良玉亦上疏論之。上曰：『此朕家事；列圣父子兄弟之間，數十年無纖毫閑言。當日諸臣妄興誣構，卿一細閱，亦當倍增悲憤。但造禍之臣物故幾盡，與見在廷臣功罪無關。朕已悉從寬宥，不必疑猜』。黃澍之被收也，倚良玉不至；繼咸為之請，許回籍聽勘。御史左光先被收，亦奔良玉，與呂大器皆不至。御史袁弘勛劾繼咸庇護三案，繼咸疏辨；上曰：『袁繼咸身任封疆，自有本等職業。賊信方急，當一心料理軍務，不得借題尋釁』。然自是失職之臣，骎骎有挾藩鎮以抗朝廷之意矣。兵部職方司主事彭遇颽召對，中旨改御史，巡按浙江；以家丁數百人行。至杭州不戢，杭人蹋署門逐之；改巡按淮陽。

己卯，續封張承志惠安伯。禮部右侍郎管紹寧署部印，失之；士英為之請，盡易南京各衙門印，去「南京」二字。

癸未，大悲棄市。鴻臚寺少卿高夢箕奏，先帝皇太子自北來，今往杭州；上遣內臣蹤跡，至錢塘江上得之。三月甲申朔，至京都。人傳言太子至，人人色喜；又言上未有子，且以為子：京城內外，一日中告語幾遍。太子在興善寺中，發勇衛營兵五百人守之。夜五鼓，傳上旨，移太子至錦衣衛掌衛事后軍都督府都督同知馮可宗邸舍。乙酉，上御武英殿，命府部九卿科道官及左春坊左中允劉正宗、右春坊右中允李景廉、前詹事府少詹事方拱干等審視（正宗等皆前東宮講官）。于是百官公服；獨拱干有罪，便服趨上。太子曰：『方先生』。及問正宗等，皆不識。又問講書何地？講何書？習何字？答多不符。兵科給事中戴英進曰：『先帝十六年冬御中左門親鞫吳昌時，太子侍旁，憶之乎』？不對。群臣環詰之，遂供出姓名王之明，為故駙馬都尉王昺之侄孫，曾侍衛東宮，家破南奔，遇夢箕家丁穆虎聲，乃詐稱太子，拱干則于侍衛日識之也。奏上。丙戌，下之明中城兵馬司獄。以禮部尚書兼翰林院學士錢謙益掌部事。丁亥，復故少師兼中極殿大學士溫體仁謚。戊子，命司禮監隨堂內官監太監喬尚總監兩淮鹽課，嚴察兵馬糧餉。命督師大學士應熊兼制云南、貴州、湖廣、廣西、鄖陽、偏沅各督撫；應熊劾馬干淫掠不法，奪官下督撫逮訊。壬辰，命百官會審王之明于午門外。河南有婦人童氏，自稱上藩邸時元妃，巡按御史陳潛夫信之，具儀從送至京；上大怒，下童氏錦衣衛獄，并逮潛夫至京訊之。以耿廷箓為都察院右僉都御史，巡撫四川，提督軍務兼理糧餉。癸巳，遙祭諸陵。戊戌，以黃斌卿充總兵官掛征蠻將軍印，鎮守廣西。三法司以王之明獄上；上曰：『此必奸人密謀授意，圖為不軌；非高夢箕一人可辦。法司其嚴行究訊兩月以來往來蹤跡及主使之人』。于是人情益懼。民間流言，指馬士英、王鐸共謀戕害太子。黃得功上疏言：『先帝之子即皇上之子，真偽未辨，乞多方保留。若驟處死，即果詐偽，天下必以為真東宮矣』。上乃命養之獄中，勿遽加刑；俟布告天下，愚夫愚婦皆已明白，然后申法。而劉良佐上疏，并言太子、童氏二事，謂上為群臣所欺，將使天倫絕滅。上曰：『朕元妃黃氏，先朝冊封，不幸夭逝。繼妃李氏，又已殉難。登極之初，即追封后號，詔示海內。卿為大臣，豈不聞知？童氏不知何處妖婦，詐冒朕妃。朕初為郡王，有何東、西二宮？據供是邵陵王宮人，尚未悉真偽。王之明是駙馬王昺之侄孫，避難南來，高夢箕家丁穆虎聲令冒認東宮，正在嚴究。若果真實，朕于夫妻伯侄之間，豈無天性？況宮媵相從患難者頗多。朕于先帝無纖介之嫌，因宗社無主，不得已從群臣之請，勉承重寄，豈有利天下之心，忍加毒害于其血脈？至于舉朝文武，無非先帝舊臣，寧不如卿；肯昧本心，害其元子？朕夫妻之情，又豈群臣所能欺蔽？但太祖之天潢、先帝之遺體，不可以異姓頑童淆亂宗祏；宮圍風化所關，豈容妖婦闌入？國有大綱、法有常刑，卿不得妄聽妖訛，猥生疑義』。因命法司先將二案審明情節傳示中外，以釋群疑。然而流言日甚。

己亥，上懿安皇后謚曰「孝哀慈靖、恭惠溫貞、偕天協圣悊皇后」，更上皇考謚曰「孝皇帝」。壬寅，先帝忌日，上于宮中舉哀，百官于太平門外設壇遙祭。甲辰，封囗囗囗囗囗囗黃九鼎為雒中伯。己巳，以殿工成，加可法太師，士英太保，鐸少保，弘圖、曰廣各太子太傅。李際遇、許定國既降于清，清盡得河南開封之地，引兵南下；王之綱走宿州。是日，清陷歸德府。巡按御史凌駉死之。丙午，罷安慶巡撫。以兵部右侍郎朱大典為兵部尚書兼都察院右副都御史，提督廣昌、靖南、池皖等鎮軍務，巡撫應天、安慶等處地方，總理糧儲兼督上江漕糧。丁未，命后軍都督府右都督總兵官方國安掛鎮南將軍印，駐防池口。己酉，以光祿寺少卿錢繼登為都察院右僉都御史，總理兩淮鹽法兼理江防軍務。贈高杰太子太保，蔭一子錦衣衛百戶世襲。

左良玉在先帝時已擁兵跋扈，及上即位，數上書侵撓朝政。聞有太子事，具疏言大臣蔽主，危害皇儲。時良玉且病，其子掛平賊將軍印總兵官中軍都督府右都督夢庚性兇狡，一時失職諸臣在軍中者，又為「春秋」「與趙鞅」之說以贊成之，遂舉兵反，以奉太子密旨誅奸臣馬士英為名。壬子，加李本深太子太保、囗軍都督府左都督，提督興平標下兵馬。

夏四月丙辰，良玉陷九江府。丁巳，追恤三案諸臣劉廷元等二十人并復原官，仍各贈蔭有差。良玉兵自九江而下，所至焚掠；乙未，陷東流。京師戒嚴，以公侯分守長安等門及都城十三門，征靖南、廣昌、東平三鎮兵入衛，命可法至江北調度，命阮大鋮率兵巡防上江。上諭三法司：『附逆一案，日久不結，殊非法紀。朕新政之初，姑從寬貸。光時亨力阻南遷，致先帝蒙難；周鍾以詞臣降賊，乘馬不下梓宮；武愫為賊偽官任事：三人即便會官處決。其余擬斬者發云南金齒等衛永遠充軍，擬絞者發廣西地面充軍終身，責令地方撫按官拘解。軍罪以下，并宥為民，永不敘用。周鑣、雷演祚結黨亂政，招引外兵，圖為不軌；于獄中勒令自盡。此外當日有挾持異議者，都與大赦。朕為天子，豈計匹夫夙嫌？并案內曾得罪皇祖妣、皇考者俱勿問。文武諸臣不許再提往事，屢污奏章；違者冶罪』。是日戮時亨、鍾、愫于市，鑣、演祚自盡。以光祿寺卿祁逢吉為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史，總督倉場。續封劉允柱為寧晉伯。庚申，續封張國材為安鄉伯。是日，良玉陷安慶府。

初，興平所將皆秦人，于四鎮中最強，朝廷以沖地委之。自李本深等引兵還，囗自大梁以南，如入無人之境；而提督之命久不下，將士無固志，因留揚州不進。于是清自歸德分兩道，一趨毫州，一趨碭山、徐州。李成棟奔揚州。壬戌，封常澄為襄王，命于汀州府居住。是日，都督黃斌卿等與良玉兵戰于銅陵之灰河，敗之。明日復戰，沉其船三十艘；上命赍銀幣至軍中勞諸將。是時勤王之兵四集，軍勢稍振。良王尋死于九江；然淮南單弱，清自此益進而南，事不可為矣。己丑，清陷泗州；丙寅，渡淮。丁卯，選淑女于元輝殿。潞王在杭州上盡，請移僻靜一郡；戊辰，命移于湖州府，賜敕獎諭。且命移周、魯二王于江西、廣東。時河南盡入于清，獨劉洪起尚在光、黃之間；己巳，以洪起為提督汝、寧、開封等處援剿總兵官。庚午，命王永吉總督防河兼巡撫鳳、淮、廬三府，錢繼登兼巡撫揚州一府，召田仰回部；繼登辭，命永吉并撫揚州。時上流梗塞，王驥未行；而言者以湖南多警，命楊鶚仍為巡撫，駐常德、澧州。于是興平兵盡棄信還，挈其家眷至瓜洲，掠民舟欲渡江。有旨令鄭鴻逵扼守京口，敢有一兵渡江者，以大炮擊之，日有斬獲報捷；而清遂長驅南下。辛未，清圍揚州。甲戌，加得功左柱國，蔭一子錦衣術指揮僉事世襲。丙子，以御史霍達為都察院右僉都御史，巡撫蘇、松、常、鎮四府，提督軍務兼理糧儲。丁丑，清陷揚州，屠之；督師太傅兼太子太師兵部尚書兼建極殿大學士史可法不知所在。戊寅，追封于謙為臨安伯。

五月壬午朔，以山東布政使司右參議李彬為都察院右僉都御史，巡撫河南。癸未，命移惠王于嘉興府。得功率兵進擊夢庚，敗之。丙戌，進封得功靖國公世襲，加大銀、大典太子太保蔭一子錦衣衛千戶，諸將各升蔭有差；遣司禮監太監王肇基赍銀幣往勞。丁亥，封鄭鴻逵靖虜伯。分蘇松、常鎮為二巡撫；以兵部職方司郎中楊文驄為都察院右僉都御史巡撫常、鎮二府兼轄沿海楊州等處地方，提督軍務兼理糧儲。己丑夜，清以小舟自七里江渡；庚寅旦，抵南岸，鴻逵以水師奔福建。清陷鎮江府。辛卯夜二鼓，上出通濟門，幸太平。壬辰未明，士英奉皇太后如杭州。日晡，已有百姓數百人破中城兵馬司獄，出王之明稱皇太子，奉入宮；宮中金帛器玩，搶奪一空。吏部尚書張捷、刑部尚書高倬、戶部江西司郎中劉成治、山西司主事吳嘉允、中書科中書舍人龔廷祥、欽天監博士陳于階、國子監監生吳可基皆死之。癸巳，上至蕪湖，命大典、大鋮東閣大學士督師，以揚州府同知李繼晟為都察院右僉都御史巡撫安慶；時無紙，亦不及用寶，各以一幅紙書其官銜姓名。京城百姓，相聚搜殺士英故所部黔兵及其姻黨，破人家、劫財物；總督京營戎政少保兼太子太保忻城伯趙之龍捕斬數十人，閉城門，遣人具啟于清。清兵自丹陽趨句容；乙未夜，前隊至郊壇門。丙申，豫王至，營于郊壇北；之龍及諸勛戚文武大臣皆迎降，清執之。明廣昌伯劉良佐率兵入援，次上新河，降于清。己亥，豫王入南京。上將幸杭州，命大典、國安以所部兵先發，都督杜弘域扈從，得功率兵斷后；未行。癸卯，良佐率兵犯駕，左柱國太師靖國公黃得功死之，其將田雄等奉上如營。丙午，上至南京。九月甲寅，上北狩。