建文四年六月乙丑，棣兵犯金川門。徐增壽徘徊殿廷，有異志。御史魏冕帥同官毆之，與大理寺丞鄒瑾請速加誅。帝手劍斬之殿廡下。穗景隆及指揮僉事劉清守金川門，登城，見棣麾蓋，開門迎降。門卒龔詡慟哭去之，遂隱而死。御史連楹，叩馬欲剌棣，被殺，屍直立不仆。棣迎皇太后至軍中，述不得已起兵之故。宮中火起。京師嘩言帝及皇后馬氏崩。棣因遣中使出帝后尸火中。越八日，壬申，葬之。殺皇太子文奎。揭榜殿廷，以兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄及文學博士方孝孺等五十余人為奸臣。是日孝孺被執下獄。衡府紀善周是修留書別友人，具衣冠，為贊擊衣帶間，入應天府學，自縊於尊經閣。魏冕、鄒瑾及給事中龔泰、葉福、秦府長史鄒樸、江西副使程本立俱自殺。或云，樸即瑾子也。泰子澄，赴召未至。聞變，泰奔廣德州與王叔英圖興復。子澄欲與姚善航海起兵。善謝曰：“公朝臣，當行收兵，善守土，與城存亡身耳。”子澄乃走嘉興，就前袁州知府楊任謀舉事。已而俱被執。棣將篡位，出孝孺于獄，令草登極詔。孝孺斬衰至，悲慟不已。棣降楊勞曰：“先生無自苦，予欲法周公輔成王耳。”孝孺曰：“成王安在？”曰：“彼自焚死。”曰：“何不立成王之子？”曰：“國賴長君。”曰：“何不立成王之弟？”棣曰：“此予家事耳。”顧左右授筆札，曰：“詔天下，非先生不可。”孝孺投筆于地，哭且罵曰：“死即死耳，詔不可草。”強之，乃大書“燕賊篡位”四字。棣大怒，令以刀抉其口，兩旁至兩耳，復系獄。以草詔屬侍讀樓璉，承命不敢辭。歸語妻子曰：“我固甘死，正恐累汝輩耳。”遂自經死。或曰，草詔者王景；或曰王達也。索國寶不知所在，或言付黃觀出收兵矣。命有司追捕，收其妻翁氏并二女，給象奴。翁氏攜女及家屬十人投淮清橋死。棣既篡立，泰子澄被執至，親詰問之。投辯不屈，遂與孝孺磔于市。孝孺并慨然就死，作絕命詞曰：“天降亂離兮孰知其由，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求。嗚呼哀哉兮庶不我尤。”時年四十六。門人都督廖鏞等檢遺骸瘞聚寶門外山上。弟孝友同時被戮，亦賦詩一章。妻鄭氏、子中憲、中愈先自經死，二女投秦淮河死。宗族親友及門下士坐死者八百七十三人。鏞及弟銘、太常少卿盧原質，及弟原樸、御史鄭公智、陜西僉事林嘉猷、刑部侍郎胡子昭、河南參政鄭居貞并坐孝孺黨誅死。鏞、銘，永忠之孫也。大理寺丞楊端、刑部郎中王高坐縱孝孺息樹陰，同棄官去，劓鼻死。泰從兄弟敬宗等皆誅死。叔時永、陽彥等謫戍。黃子澄族人無少長皆斬。姻黨悉戍邊。楊任亦礫死。子禮、益俱斬。親屬戍邊。時諸臣以不屈誅及族親者，御史大夫練子寧、戶部侍郎卓敬、主事巨敬、御史高翔、王度，及其子弟者，禮部尚書陳迪及子鳳山、丹山等六人，俱磔死。
國子博士黃彥清以在梅殷軍中私謚帝，誅死。漳州教授陳思賢、諸生伍性原、陳應宗、林玨、鄒君默、曾廷、瑞呂賢以為帝哭臨，有司執送京師，皆死。南昌知府葉惠仲以與修《太祖實錄》直書靖難事，族誅。遼府左長史程通從王徙荊州以前上封事，多指斥，械至京，死于獄。其友人徽州知府黃希范亦逮至論死。賓州知州蔡運追論奸黨死。
初棣發北平，道衍以孝孺為讬，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿殺之。殺孝孺，天下讀書種子絕矣。”棣頷之。卓敬之下獄也，惜其才，使人諷以管仲、魏徵事。敬泣曰：“先皇帝曾無過舉，一旦橫行篡奪，恨不即死，見故君地下，乃更欲臣我耶！”及其死也，棣猶嘆曰：“國家養士三十年，惟得一卓敬。”然孝孺競誅及十族；敬誅及三族；其余親戚連坐被誅及遣戍者，不可勝數。
天啟六年，周順昌好為德。于鄉有冤抑及郡中大利害，輒為所司陳說，以故士民德順昌甚。緹騎至，眾咸憤怒，號冤者塞道。比開讀，不期而集者數萬人，咸執香為周吏部乞命。諸生文震亨、楊廷樞、王節、劉羽翰等前謁巡撫都御史毛一鷺、巡撫御史徐吉，請以民情上聞。旗尉厲聲罵曰：“東廠逮人，鼠輩敢爾！”大呼：“囚安在？”手擲瑯珰于地，聲瑯然。眾益憤，曰：“始我以為天子命，乃東廠耶！”蠭擁大呼，勢如山崩。旗尉東西竄，眾縱橫毆擊，斃一人，余負重傷，踰垣走。一鷺、吉不能語。知府寇慎、吳縣知縣陳文瑞素得民，曲為解諭，眾始散。會旗尉往浙江逮黃尊素，過蘇州，橫肆甚。城外復群擊之。旗尉失駕帖，不敢復往。順昌、尊素皆自詣吏。高攀龍聞逮者至，晨謁宋儒楊時祠，以文告之。歸與二門生、一弟飲后園池上，笑曰：“吾視死如歸，今果然矣。”入與夫人語，如平時。出書二紙，告二孫曰：“明日以付官校。”因遣之出，扃戶。移時諸子排戶入，一燈熒然，已衣冠自沈於池矣。發所封紙，乃遺表也。云：“臣雖削奪，舊為大臣。大臣受辱則辱國，謹北向叩頭，從屈平之遺則。”復別門人華允誠書云：“一生學問，至此亦少得力”。時年六十五。遠近聞其死，莫不傷之。旗尉乃欲逮攀龍子，葉茂才力救得免。常州知府曾櫻乃助繆昌期、李應升資，而經紀攀龍身后事。昌期、應升、尊素、順昌、及周宗建皆北行，一鷺飛章告變，東廠刺事者言吳人盡反，謀斷水道劫漕舟。魏忠賢大懼。已，一鷺言，縛得倡亂者顏佩韋、馬杰、沈揚、楊念如、周文元等，亂已定，忠賢乃安。然自是緹騎不出國門矣。昌期等先后下鎮撫獄。昌期慷慨對簿，詞氣不撓。竟坐贓三千，五毒備至。辛丑晦，死于獄。
初，揚州知府劉鐸，作詩書僧扇，有“陰霾國事非”句，偵者得之，聞於魏忠賢，倪文煥復構之，遂逮治。鐸雅善魏良卿，事得解，許還故官。良卿從容問鐸：“曩錦衣往逮，索金幾何？”曰：“三千。”良卿令錦衣還之。錦衣怒，日夜俟鐸隙，言鐸系獄時，與囚方震孺同謀居間，辛巳，再下鐸鎮撫獄。會鐸家人有夜醮者，參將張體乾誣鐸咒詛忠賢，刑部尚書薛貞坐以大辟，竟殺之。
熹宗天啟六年丙寅二月，魏忠賢大構東林黨。楊漣、左光斗等已逮死于詔獄。復逮吏部員外郎周順昌等。周為吳縣人，字景文，號蓼洲。時正家居不出。適魏大中被逮過蘇，周憤甚，與之同起居者三日，并設宴餞行。廷尉促行。周大罵曰：“汝知世間有不畏死男子周順昌耶？”廷尉歸告忠賢，忠賢即令廷尉矯旨逮周，欲置之死地。廷尉至蘇，時蘇撫為毛一鷺，固忠賢之黨羽也。廷尉至周家中。周即囚服隨之至撫署。士民聞訊送者數千人。開讀時有諸生遮請毛一鷺疏救。毛不敢發一語。廷尉即大聲曰：“東廠逮人，爾等何敢置喙？”眾大嘩。市人顏佩葦等乃推登堂上，叢毆廷尉，立死一人。余則受傷，踰垣而遁。此外，逮御史黃尊素之廷尉亦於是時抵蘇，泊舟胥門外，亦被士民擊沉其舟。于是毛一鷺上章告變，謂蘇民謀斷糧道，繼復捕獲為首者五人，立予斬決。即今叢葬于虎邱山塘，張溥為作碑記之五人墓也。周氏被逮抵京后，忠賢下令拷掠，五毒備至。周氏在途中，嘗寄書友人云：“當豎起脊梁，做一個鐵漢”等語。諸生朱文祖，并間行抵都，為之營救，皆無效果。至六月十七日，被謀死于獄中。及至領埋，已越三日，血肉狼藉，全身已腐，僅余須發。其死事之慘，實令人不忍言者矣。天啟七年丁卯七月，熹宗既崩，信王即位。首逐客氏，繼將魏忠賢放于鳳陽。后經群臣疏劾其罪，忠賢懼，在途中自縊。至崇禎元年戊辰三月，又詔贈冤死諸臣。周氏長子茂蘭，字子佩，以雖蒙贈恤，然父仇未報，倪文煥、毛一鷺等，仍未置之于法，心有不甘。遂刺血上疏，為父鳴冤。疏成，步行三千里，伏闕上書。抵京后，寓姚文毅公官舍，擬懇姚公代為遞進。姚氏覽疏，見血跡殷然，霍然改容。讀至中間，見有“鼎湖勸進”一語，謂周曰：“今上初立，君以此語上疏，恐有犯圣怒，且僨事矣。”周曰：“然則重書可乎？”姚公曰：“墨書易耳，今為血書，何可再改，恐爾血枯矣。奈何？”周遂破舌重書貼黃以進。帝覽疏動容，竟至淚下。于是詔贈太常卿，謚忠介，并推贈三世。倪文煥亦因而伏法，毛一鷺已死，下詔追戮其尸。至是，周氏沉冤，乃得昭雪。考周氏之死，在丙寅六月十七日，及至昭雪在戊辰三月，相去不及二載，沉冤終至大白，父仇終得報復，亦可謂迅速也。周茂蘭為父鳴冤，不惜兩度刺血書疏。其孝行之烈，尤為難得。此項血疏，周氏累世保存，并為裝裱。明末清初諸名家，均會為之題跋。至道光年間，乃被南昌萬氏所得。至光緒二十四年，復由南昌萬氏后裔萬福昌氏，將原文及題跋抄錄付梓，由俞曲園先生為之作序。血疏全文，共計一百四十四字。今此項刻本，已極稀少。至于原疏，歷經兵燹，未識其無恙否也。
福王弘光元年，（清順治元年）治從賊之獄，仿唐制六等定罪，十二月，刑部尚書解學龍議定上之。其一等應磔者：宋企郊、牛金星、李振聲、喻上猷、陸之祺、楊王休、知府張嶙然、提學參議黎志升、太仆寺少卿曹欽程、給事中高翔漢、檢討劉世芳十一人。二等應斬秋決者：光時亨、鞏焴、周鐘、主事方允昌四人。三等應絞擬贖者：楊枝起、廖國遴、王承曾、副使原毓宗、庶吉士何孕光、少詹事項煜、修撰陳名夏七人。四等應戍擬贖者：侯恂、主事王孫蕙、檢討梁兆陽、大理寺錢位坤、副使王秉鑒、御史陳羽白、裴希度、張懋爵、郎中劉大鞏、員外郎郭萬象、給事中申芝芳、修撰楊廷鑒、舉人吳達、金汝厲、黃繼祖十五人。五等應徒擬贖者：方拱乾、參議宋學顯、主事繆沅、給事中吳兆龍、傅振鐸、進士吳剛思、檢討方以智、傅鼎銓、庶吉士張家玉、及沈元龍十人。六等擬杖應贖者：員外郎潘同春、吳泰來、主事張琦、行人王于曜、行取知縣周壽明、進士徐家麟及向列星、李？八人。其留北俟后定奪者：楊觀光、龔鼎孳、孫承澤、張若麒、少詹事何瑞徵、副使方大猷、侍郎黨崇雅、熊文舉、太仆寺卿葉初春、給事中戴明說、劉昌、御史涂必泓、張鳴駿、司業薛所蘊、參議趙京仕、編修高爾儼、郎中衛周祚及黃紀、孫襄十九人。其另存再議者：給事中翁元益、郭充、庶吉士魯櫓、吳爾壎、史可程、王自超、白孕謙、梁清標、楊樓鶚、張元琳、呂崇烈、李化麟、朱積、趙潁、劉廷琮、郎中侯佐、吳之琦、員外郎左懋泰、鄒明魁、行人許作梅、進士胡顯、博士龔懋熙及王之牧、王皋、梅鶚、姬琨、朱國壽、吳嵩孕二十八人。其已奉旨錄用者：兵部尚書張縉彥，衛允文、給事中時敏、喻德、韓四維、御史蘇京、行取知縣黃國琦、施鳳儀、郎中張正聲、中書顧大成及姜荃林等十人也。得旨：周鐘等不當緩決；陳名夏未蔽厥辜；侯恂、宋學顯、吳剛思、方以智、潘同春等，擬罪未合；新榜進士，盡污偽命，不當復玷班聯，令再議。惟方拱乾結納馬士英、阮大鋮，特旨免其罪。然學龍所定案亦多漏網，而所擬一等諸犯，皆隨西行，實未嘗正刑辟也。
大清順治二年弘光二年，先是，有狂僧大悲出語不類，為總督京營戎政趙之龍所捕。阮大鋮欲假以誅東林及素所不合者，因造十八羅漢、五十三參之目。書史可法、高宏圖、姜曰廣等姓名，納大悲袖中，海內人望，無不備列。禮部尚書錢謙益，先已疏頌馬士英，且為大鋮訟冤修好矣。大鋮憾不釋，亦列焉，將窮治其事；獄詞詭秘，朝士皆自危。士英不欲興大獄，乃當大悲妖言律斬而止。