康熙二十年三月甲寅朔，命都統覺羅吉哈禮為宣威將軍。將軍鄂克濟哈等言：建昌官兵棄城突出，悉由臣等庸劣不能救援所致；罪俱在臣，乞嚴加處分。上諭：鄂克濟哈久駐成都，既不能退敘州諸處來犯之賊，復不馳援建昌，以致失陷；令解將軍任，還漢中，同大將軍公圖海守漢中諸處。以都統覺羅吉哈禮為宣威將軍，統其所部官兵馳赴將軍總督趙良棟軍前，會商剿御賊寇，綏輯疆圉。
丁巳，貝子準達請仍帥師進取遵義，上不許。準達奏言：臣兵分防各路，所余無幾；緣進討力單，故以綠旗兵為請。嗣以南川諸處賊警稍緩，臣即親統官兵鼓行而進，安敢推諉不前；請以臣原轄之兵仍付臣率之，以取遵義。上諭：準達自抵重慶，并無寸功；今若復令統兵，必致誤誤事機。其仍遵前旨率疲憊兵丁速回荊州，令將軍噶爾漢疾馳進取遵義。
壬戌，將軍佛尼勒奏復馬湖。時偽將軍胡國柱等率眾二萬余犯竇壩、大溪口諸處，佛尼勒率滿、漢官兵進擊，大破之；乘勝遂復馬湖府。
癸亥，命將軍噶爾漢等帥師赴敘州。先是，命噶爾漢同總兵官王用予進取遵義；至是，總督董衛國等兵已克遵義，賊犯瀘州、敘州諸路。上因復命噶爾漢率兵馳赴敘州速剿逆賊，竟入云南；王用予亦率兵與噶爾漢同至敘州，滅賊之后即駐鎮敘州諸處。
甲子，大將軍賴塔奏大敗賊于黃草壩。時賊將何繼祖等自石門坎敗遁至新城所，會偽將軍詹養等率眾幾二萬人據黃草壩，列鹿角、挨牌，驅象迎敵。賴塔于二月二日分布滿、漢官兵，躬親指示；自卯戰至日晡，賊大敗，奪其營。二十二，生擒偽將軍詹養、王有功及賊眾千余人，得獲象馬無算。賴塔以聞。上諭：賴塔自閩，廣深入云南，獨先諸路大創逆賊，調度有方、將士奮勇，殊屬可嘉！在事有功人員，著從優議敘具奏。
將軍穆占奏復黔西、大定。穆占等既下平遠，即公議遣土司頭目阿五等恢復黔西、大定二府，追擊逆賊；斬殺甚多，生擒偽巡撫張維堅等于軍前正法。
丙寅，敕大將軍公圖海等遣兵剿慶陽賊。巡撫巴錫奏報：慶陽所屬地方有賊渠景飛妄自稱王，偽設總兵、副將等官，聲言先取慶陽、后定三邊；臣已遣兵往剿。上命大將軍公圖海、將軍侯張勇、提督孫思克等速遣官兵剿滅賊渠景飛等，務絕根株，勿使滋蔓。
戊辰，大將軍賴塔奏復曲靖。賴塔等率大兵自黃草壩前進，二月十一日抵曲靖府，偽總兵尹士元等率眾出城迎降；賴塔分遣官兵，并復交水城。
辛未，大將軍貝子彰泰、賴塔等奏敗賊于歸化寺。彰泰等兵抵曲靖，與賴塔合兵齊進，距云南省城十里，營于歸化寺。二月二十一日，賊渠吳世璠遣發偽將軍胡國柄、劉起龍、黃明率馬步賊兵萬余，攜鹿角、挨牌，驅象迎敵；我兵大敗之，追至城下，陣斬胡國柄、劉起龍，生擒賊弁兵六百余人。
癸酉，命將軍佛尼勒等帥師窮追逆賊。先是，上諭兵部：將軍佛尼勒報瀘州江岸屯踞之賊，已經敗走。今大將軍貝子彰泰、大將軍賴塔等兵已抵云南省會大敗逆賊，旦夕其城可下；度敘州賊將胡國柱、王敘、黑邦俊等必且遁逃。如胡國柱等遁去，將軍佛尼勒、趙良棟等即率兵速行追剿。至是，賴塔等奏言：大兵已逼云南省城，掘濠圍困；詢之降人，言吳世璠殊無降意，嬰城死守，往調在蜀賊將馬寶、胡國柱、夏國相等應援。佛尼勒等復奏：敘州對壘賊將胡國柱等悉遁。上因復諭曰：逆賊胡國柱等退援云南，事關重大；將軍佛尼勒、趙良棟等于文到日，即各統官兵速行躡擊，俾逆賊不得至云南，悉就剿除。將軍噶爾漢、吉哈禮等到日，亦即與佛尼勒等協力追賊。如延遲觀望、有失事機，俱以貽誤軍情重處。
臣謹按：當大兵之初抵滇省也，皇上即料川中賊將必棄營奔還，自顧巢穴；若使之合勢并力，恐撲滅需時。乃命佛尼勒等于賊遁走時，即率兵追剿。至是，逆渠吳世璠調賊將馬寶等還，胡國柱等亦棄敘州遁回；報至，皇上復嚴諭佛尼勒等速行躡擊，俾賊不得至云南，悉就剿除。于是諸將奉命分道窮追，賊果披靡潰散；或迫蹙歸降、或束手就縛、或為我兵斬馘，終無一人得至滇者。蓋皇上先事預籌，曾不少緩；應機默運，罔有或疏。所以諸路賊黨次第殄平，逆渠世璠不旋踵而授首也。
甲戌，大將軍貝子彰泰、賴塔等奏復武定。大兵抵云南，偽將軍韓天福率偽官兵與和曲長官司偽總兵那天鳳等縛防守武定偽總兵王來吉、何興祚以武定府城降。
四月庚寅，將軍穆占等奏偽將軍楊應選降。時偽將軍高啟隆、楊應選等自平遠敗遁，穆占等遣人往撫。于是應選棄其黨眾，惟率所部偽官兵家口及偽將軍王永清妻子繳印札來降。
壬辰，將軍佛尼勒等奏復永寧。時駐守永寧偽將軍宋國輔遣人乞降，佛尼勒即令署副都統覺和托率兵往撫，又親統官兵繼進。于是，國輔及偽將軍陸道清率眾以永寧降。三月十五日，我兵入城。
丙申，敕巡撫王新命等速運進蜀兵餉。提督徐治都奏言：譚天秘遁入叢山深麓，進兵剿蕩，轉餉維難；已留兵開縣要地相機招撫外，臣于三月十日自萬縣還駐夔州。上諭：巡撫王新命、郎中范承勛等乘川峽未漲，速運糧米用濟軍需；茍有稽延，俱以貽誤軍機治罪。
贈總督甘文焜兵部尚書。當吳三桂初反，文焜聞變，自貴陽還至鎮遠，為叛寇要截，遂自殺。至是，偏沅巡撫韓世琦收其骸骨，奏聞。上諭：甘文焜可贈兵部尚書，蔭一子入監讀書。未幾，將軍總督蔡毓榮奏：吳三桂初反時，巡撫朱國治抗不從逆，為其所害。上因贈國治戶部右侍郎，亦蔭一子入監讀書。
辛丑，敕將軍噶爾漢等同總督哈占等速進云南。將軍佛尼勒疏言：臣所部兵由陜入蜀，諸路征剿歷有年所，致馬匹缺乏、軍械敝壞，困苦已極。如率此兵前進，似屬無濟。請以重慶護軍統領佟佳等所部每佐領護軍各二人、將軍噶爾漢等兵內撥每佐領驍騎各三人、西安副都統翁愛兵八百人付臣等統領，進定云南。將軍吉哈禮所部兵盡發建昌一路，漢中陜、西諸處竟致空虛；請以年久困乏之兵遣赴大將軍公圖海軍，令防守漢中諸路。上諭：今諸路逆賊俱遁還云南，或恐中外交攻。將軍噶爾漢不必于重慶秣馬，即馳會將軍佛尼勒軍，每佐領簡六、七人，以留兵之馬給之；躬自統率，同總督哈占等前進云南。佛尼勒量率留兵防守敘州諸處；其困苦無馬之兵，令署副都統覺和托率赴漢中。將軍吉哈禮每佐領簡官兵六、七人，同將軍總督趙良棟速進云南；如有困苦無馬者，令副都統恰塔率回成都防守。
甲辰，命戶部郎中明格禮等赴云南采買兵糧。云南巡撫伊辟疏言：兩路大兵齊集滇中，請亟令貴州、廣西二路協濟銀米。上諭：廣西、云南相去遼遠，路險山多，且有苗蠻盤踞；大兵糧餉，關系良急。若由廣西轉運，必致有誤軍需。如止令該撫一人料理，恐亦不無貽誤。其遣戶部郎中明格禮、沙木哈馳赴云南，與大將軍、將軍、督、撫、提督等會同酌議撫恤民人，設法采買，勿誤軍需；不必由廣西、貴州運致。
命郎中額爾赫圖等趣將軍覺羅吉哈禮、噶爾漢兩路進兵。議政王等奏言：克取云南省會，所關至要；向趣大將軍賴塔等軍，曾遣學士額庫禮。今趣將軍覺羅吉哈禮、噶爾漢等兩路之兵，應遣部院賢能官各一員前往。上諭：自京遣官，有需時日。前遣理餉郎中額爾赫圖、范承勛現在軍中，可令額爾赫圖赴吉哈禮、范承勛赴噶爾漢軍，速越大兵前進，仍令兼理糧務；大兵進止、逆賊情形，其令不時以聞。
戊申，命將軍穆占還貴州。穆占奏言：平遠、大定、黔西、遵義悉經恢復，諸處向有賊將，俱奔赴云南，貴州無警；臣已同參贊都統華色、漢軍副都統宜思孝遵大將軍貝子等檄，率護軍驍騎漢軍兵每佐領四人，指云南而進，余兵付前鋒統領薩克察巴圖魯、總督董衛國等留鎮貴州。上諭：賊雖奔散，黔省有土司苗蠻雜處，關系匪輕；將軍穆占酌量率兵仍回貴州統攝官兵固守疆土。副都統華色、宜思孝既已前赴云南，薩克察巴圖魯不必赴云南。
己酉，大將軍貝子彰泰、賴塔等奏偽將軍張國柱等降。時彰泰等率大兵圍云南省城，宣布皇上好生之仁，遣使招撫諸路。大理府偽定遠大將軍東平公張國柱、臨安偽總兵徐衷明、李三彬、羅文獻、永順鎮偽總兵郭壯興、范應泰、姚安府偽親軍車騎后將軍劉漢章、總兵謝文明自蜀遁回，偽親軍鐵騎左將軍楊洪德及偽將軍趙玉、楊開運、高啟隆、劉魁、白起升、儂朋、邵文魁、劉培吾、偽總兵高攀喜、楊斌等各率所部偽官員兵丁呈繳印札，相繼詣軍門降。
辛亥，命郎中蘇赫臣等速運大兵糧餉。將軍總督趙良棟等奏言：臣遣人密探各營，不惟前行無有裹糧，即目前亦已告匱；臣因檄令暫還銅河就食。上諭：大兵見圍云南省會，自蜀前進之兵關系至急；郎中蘇赫臣等與該督、撫會商，務殫心竭力速策運餉，勿誤軍需。如誤饋餉，致失軍機，以軍法從事。
康熙二十年五月丁巳，命總兵官王用予馳赴永寧。總督哈占奏言：臣發前隊官兵自永寧啟行，即親統士卒相續前進，由赤水、畢節追剿逆賊馬寶，進定云南。但臣所部兵為數無多，力甚單弱；永寧系新復之地，且接壤貴州，土司雜處；請敕固原總兵官王用予率其標下官兵來永寧，為臣后繼。上命總兵官王用予速率所部馳赴永寧固守。
敕大將軍貝子彰泰、賴塔等招徠土司苗蠻。將軍海潮龍奏言：兵以食為重，若不急先安撫百姓、綏輯土司，萬一失其所望，遠避深山，則軍糈從何措置！上命大將軍具子彰泰、賴塔、將軍總督蔡毓榮等加意招徠，獎勵土司苗蠻，勿致有誤兵餉。將軍總督趙良棟抵云南，亦須善為撫綏，令軍糈無誤。
庚午，命巡撫韓世琦等剿撫黃明諸逆。廣西提督哲勒肯奏：逆賊黃明、馬承烈等于三月十八日俱入湖廣靖州八萬猺內，臣迭據偵報，皆云逆賊深入古州猺峒；是黃明等或由楚界投賊、或入猺峒負固，俱未可知。疏入，上命巡撫韓世琦、署巡撫事麻勒吉、沅州總兵官和山、永州總兵官盧崇耀就近速行剿撫，務盡根株。
丙子，趣總督哈占等速運大兵糧餉。將軍覺羅吉哈禮等奏言：將軍趙良棟親統綠旗官兵進自雅州，臣盡率前鋒及每佐領護軍驍騎各一人于本月十一日起行，相繼前進。因見在米少——滿洲綠旗騎兵止赍二十日糧、步卒止赍十五日糧，已留參贊副都統席布統每佐領官兵各四人有奇駐雅州，令得糧即攜赍以進。臣等所挈糧糗無多，不可無米接濟，請更行嚴敕。疏入，上諭：將軍吉哈禮、噶爾漢等兩路征進大兵，糧餉最為急需；總督哈占、巡撫杭愛、郎中蘇赫臣、額爾赫圖、范承勛等以進征大兵攜帶之糧及繼運之米陸續速運，務令無誤。如少稽緩，從重治罪。
辛巳，大將軍貝子彰泰、賴塔等奏復鶴慶、麗江。時大兵抵云南會城，偽將軍李發美聞風震詟，遂舉發逆賊吳世璠與達賴喇嘛請兵偽書，率其部下偽官兵以鶴慶、麗江二府降。
六月戊子，命罷將軍穆占還黔。大將軍貝子彰泰、賴搭等奏言：將軍穆占，宜令率官兵還黔。但今楚雄府有偽將軍陳光祿等復叛從賊，臣等擬令都統希福等率兵往剿；如又量撥官兵付穆占率回黔中，則圍城兵力不支。況諸路賊勢悉向云南，請就近令常德滿兵進貴州，遣貴州薩克察巴圖魯等兵赴云南，則攻圍調遣似有裨益。疏入，上諭：平定滇中，最為要計。將軍穆占不必遣還貴州；令署前鋒統領薩克察巴圖魯率所部每佐領兵三人，速赴云南。常德署副都統諾敏率所部兵速往貴州，與總督董衛國、提督趙賴、周卜世等固守貴州。荊州副都統莫達率所部每佐領兵二人，赴常德駐鎮。
壬寅，贈提督伯王之鼎、總兵官費雅達太子少保。時四川建昌衛陷賊，之鼎等被執，不屈遇害。上諭吏部曰：提督伯王之鼎、總兵官費雅達等以單弱之兵堅守孤城，眾寡不敵，因致城陷；矢志不為賊屈，竭忠殉難，深可憫惻！王之鼎贈太子少保、費雅達贈太子少保，授為左都督；準副都統陣亡例，其子俱授拜他喇布勒哈番。
甲辰，命大將軍貝子彰泰、賴塔等遣諳悉賊情人員乘傳詣京師。上諭議政王等曰：傳諭大將軍貝子彰泰、賴塔、將軍總督趙良棟等，見在投誠人員內有原屬吳三桂下舊人，且親近知賊情始末及吳應麒腹心信用者，大將軍等親加詳察，令馳驛來京。至投誠土司偽總兵陸道清及海潮龍心腹同往達賴喇嘛處者并切知賊情始末人員，令趙良棟親加詳察，亦令馳驛來京，以備詢問。
庚戌，令副都統得爾德率兵赴敘州。將軍噶爾漢奏：臣兵自重慶啟行時，因副都統得爾德兵丁馬疲，令于重慶秣馬十日，即赴軍前；及檄令率所部兵馳赴敘州，乃不遵檄前往。比臣兵抵瀘州，督趣攜帶糧糗，得爾德率兵至，乃稱其兵馬疲，宜遣赴敘州，惟彼一身務欲隨征；不從臣約束。上諭：副都統得爾德兵沿途取支芻秣，且荊州、彝陵飼馬四月有余，而馬仍疲瘦；及令率所部兵赴敘州，復不遵將軍調遣，欲孑身前進，殊屬不合！宜將得爾德即嚴察議處。但見在行間，俟事平旋師日察議；仍令得爾德率所部兵赴敘州，聽將軍佛尼勒調遣。
七月甲寅，命總督哈占等速撫譚天秘。提督徐治都奏：臣檄駐守開縣參將涂鎧遣人接應譚洪之子天秘，天秘已約六月十六日赴夔州投誠；因川陜總督復遣官招彼屬員令赴陜投誠，是以未即就撫。上諭：譚天秘先欲投誠，已經檄送偽印；今或赴哈占軍前投誠、或赴徐治都軍前投誠，俱宜速行招撫。哈占等其更遣能員多方招致，毋令遷延時日。
辛酉，大將軍貝子彰泰、賴塔等奏敗賊于烏木山。彰泰等趣都統希福、提督桑額率兵進擊楚雄，逆寇偽國公馬寶等詐敗以誘我兵；希福等追至烏木山，賊復據險以待。我兵奮擊，大敗之，擒斬甚眾；馬寶越山而遁，僅以身免。
乙丑，將軍總督趙良棟奏復建昌。時良棟遣總兵官李之芳等率兵進剿，逆賊胡國柱等敗走，建昌遂復。
戊辰，命大將軍公圖海還京師。上諭兵部：大將軍都統大學士公圖海年老有疾，今四川、云南諸地俱已平定，可令攜大將軍敕印同鄂克濟哈還京師；留將軍烏丹守漢中，將軍王輔臣可孑身同圖海來京陛見。
命逮馬寶來京。大將軍貝子彰泰、賴塔等奏：據都統希福等報：偽國公馬寶、偽將軍巴養元等繳印投降，于本月五日馬寶等俱至軍前。上諭：逆賊馬寶，所在抗拒大兵；今無地可遁、力窮勢迫，始來投誠，殊屬可惡！所犯情罪重大，斷不可宥。大將軍貝子彰泰等，其執馬寶，撥官兵嚴解來京。其余偽屬官兵，大將軍如常發落。尋彰泰等又奏：大兵至滇，環困城池，招撫賊寇。馬寶等背叛國恩，臣事吳世璠，屢次招撫，不即悔罪投誠；反奔尋甸，攜妻子赴楚雄，糾集逆黨，蹂躪疆圉。為大兵所敗，窮蹙已極，方率眾不滿百人，往姚安投降；非首先向化歸誠者可比。偽將軍巴養元、趙國祚、鄭旺、李繼業、偽總兵郎應璧等亦與馬寶同在一所，若輩宜作何發落？仰乞睿裁。上命巴養元等亦同馬寶執送京師。
趣將軍覺羅吉哈禮等進兵。安塘筆帖式報：偽將軍胡國柱、王敘等所部賊眾自姚安逃散過半，胡國柱等俱遁入山中。上命以此事移知將軍吉哈禮、噶爾漢、趙良棟、總督哈占，令速行進兵。
乙亥，敕巡撫楊雍建速修鐵索橋。兵部奏：大將軍貝子彰泰咨稱：前經行文黔撫楊雍建，令其修理鐵索橋，至今尚未興工。請由部具題，移令作速修理；凡修理橋梁，乃地方官專責，宜移文該撫速行修理。上諭：鐵索橋系運餉及大兵往返要路，關系重大；大將軍貝子彰泰行文修理，該撫理宜速行葺治。乃至今尚未與工，殊辜職任！著該撫將鐵索橋速行修理，以便行軍轉餉。