朱肱研究傷寒最重經絡，特點是以經絡闡述傷寒之三陰三陽，認為治療傷寒，不識經絡，則猶觸途冥行，不知邪氣所在。在傷寒辨證施治中，把表里陰陽作為辯證大綱，作為六經辨證的補充。在用經絡循行部位和生理特點解釋傷寒傳變的同時，還特別強調脈證合參和辯證處方，指出“治傷寒先須識脈，若不識脈，則表里不分，虛實不辨”。

朱肱對外感熱病也有透徹的研究和獨到的見解，將其分類為傷寒、傷風、熱病、中暑、溫病、溫瘧、...