正當徐光啟致力于農業科學研究之時，明朝政局發生了很大變化。聚居在我國東北地區的女真族不斷強大起來，萬歷四十四年（1616年），他們杰出的首領努爾哈赤建立了后金政權，并向南擴張。萬歷四十六年（1618年），后金攻占了明朝設在東北的重鎮撫順，接著又在廣寧大破萬余明軍，明軍生還者不到十分之一二。明朝朝野上下十分震驚，禮部官員何宗彥向朝廷推薦了徐光啟，說他“素知兵略”，應急召回京商量防守事宜。

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