眾人狼狽地摔倒在地，還沒來得及起身，就被一群身著校服的學生圍了起來。這些學生眼神警惕，其中一個面色冷峻的男生走上前，質問道：“你們是什么人，怎么會突然出現在這里？”柯南站起身，整理了下衣服，冷靜地說：“我們也不清楚，被一股力量拉到了這里。請問這是什么地方？”那男生上下打量著他們，說道：“這里是黑主學園。”就在這時，遠處走來一位氣質優雅的銀發男子，他溫和地說：“讓他們先起來吧，看起來他們也很迷茫。”男生這才讓眾人起身。原來，這位銀發男子是學園的理事長黑主灰閻。他了解了眾人的遭遇后，表示可以暫時讓他們留在學園。但學園里潛藏著吸血鬼，這對眾人來說又是新的挑戰。柯南暗自警惕起來，準備和伙伴們在這陌生的學園里，一邊尋找回去的方法，一邊應對可能出現的危機。

就在柯南他們準備跟隨理事長去安排住處時，一個面容蒼白、眼神陰鷙的吸血鬼突然從暗處竄出，向著小蘭撲去。柯南反應迅速，立刻擋在小蘭身前，一腳踢飛了足球，足球如炮彈般擊中吸血鬼。那吸血鬼吃痛，憤怒地咆哮著，更多的吸血鬼從四面八方涌了出來。學園里的學生們見狀，紛紛驚恐地逃竄。

塞巴斯蒂安和夏爾再次展現出強大的戰斗力，與吸血鬼們激烈交鋒。柯南則利用自己的智慧，分析著吸血鬼們的弱點，指揮伙伴們進行反擊。忍足侑士和跡部景吾也發揮出自己的能力，協助戰斗。

黑主灰閻理事長急忙趕來，大聲制止：“住手！這里是學園，不得肆意妄為！”那些吸血鬼聽到理事長的話，竟真的停下了攻擊。原來，這些吸血鬼是受了一股神秘力量的蠱惑，才會突然對柯南他們發動攻擊。柯南意識到，要想在這學園安全待下去并找到回去的路，必須先解開這神秘力量的謎團。

柯南向理事長詢問這神秘力量的線索，理事長皺著眉頭思索片刻道：“我也不太清楚，但聽聞學園的舊圖書館里或許藏有相關記載。”于是，柯南帶著伙伴們前往舊圖書館。舊圖書館里彌漫著一股陳舊的氣息，書架上擺滿了古老的書籍。眾人開始分頭尋找，就在柯南翻閱一本古籍時，突然一道奇異的光芒閃過，一個幽靈般的身影浮現出來。這幽靈自稱是圖書館的守護者，知曉神秘力量的秘密，但要柯南他們先通過一個考驗。考驗是解開圖書館內隱藏的謎題，否則就別想離開。柯南迅速投入到解謎中，在大家的共同努力下，一道道謎題被解開。幽靈滿意地點點頭，告知他們神秘力量來自學園地下的一個封印之地，那里封印著一只強大的邪惡吸血鬼，近期封印似乎出現了松動。柯南等人謝過幽靈，決定前往地下封印之地，一探究竟，解開謎團，讓學園恢復平靜。