摧毀了關鍵的信號發射裝置后，斯普納等人來不及慶祝，立刻將注意力轉向阻止病毒合成。根據情報，“機械黎明”的病毒研發實驗室隱藏在城市的地下深處。

小隊迅速返回城市，與凱文博士和大衛會合。凱文博士和大衛經過日夜研究，已經研發出了一種可以干擾病毒合成的程序，但還需要進一步測試才能確保萬無一失。

斯普納等人決定一邊等待程序測試完成，一邊收集更多關于病毒實驗室的情報。然而，就在此時，他們發現情況變得更加復雜。

一些跡象表明，“機械黎明”可能已經改變了病毒的研發地點，或者故意放出假消息誤導他們。而且，城市中又出現了一些機器人的異常行為，雖然規模不大，但卻讓人擔憂。這些異常行為是否與即將完成的病毒有關？病毒研發實驗室究竟在哪里？斯普納等人陷入了迷霧之中，他們必須盡快解開這些謎團，否則人類依然面臨著巨大的危機。