同治五年（公元1866年）正月初一，因局勢緊張，朝廷取消了新年筵宴。初四，捻軍侵擾湖北，曾國藩緊急傳令劉銘傳率軍支援黃州。與此同時，馬化龍請求朝廷招撫，并獻出寧夏漢城。初五，廣西官軍收復那檀，朝廷下令免除福建的例行進貢。初九，朝廷命穆圖善負責處理招撫回民后的善后事務。初十，云南巡撫林鴻年前往昭通。十五日，馬賊攻占伯都訥，不久又波及雙城堡，吉林局勢危急。文祥、寶善緊急調遣黑龍江軍隊及馬隊前往支援。十九日，黃巖總兵剛安泰在海上巡邏時，遭遇艇匪襲擊，不幸陣亡。二十三日，林鴻年因畏懼怯懦、貽誤軍機被革職，劉岳昭接任云南巡撫。左宗棠率領各路軍隊成功收復嘉應，廣東境內的匪患至此平定，左宗棠及部下也依功得到朝廷賞賜和提拔。二十六日，馬賊竄擾并攻陷阿勒楚喀及拉林城，富明阿奉命前往吉林圍剿。朝廷命特普欽返回黑龍江部署防御。吳昌壽被降職調任，朝廷將李鶴年調為河南巡撫，曾國荃調任湖北巡撫。二十八日，奉天官軍收復八面城。二十九日，朝廷下令嚴厲緝拿軍營中的哥老會匪。

二月初一，朝廷下詔，讓左宗棠等人暫緩裁撤江西、福建的軍隊，以備隨時調往北方協助圍剿捻軍和回民匪軍。貴州回民匪軍攻陷永寧，但很快又被官軍奪回。初二，朝廷命兆琛前往鎮遠辦理軍務。十一日，官軍收復黃陂。十七日，都興阿因部下士兵肆意殺戮，被革職但仍留任原職。十八日，朝廷命廣東陸路提督高連升赴任，負責剿辦當地土匪。伯彥訥謨祜在鄭家屯圍剿馬賊，大獲全勝。朝廷諭令馬新貽著手籌備海塘修建事務。二十一日，定安的軍隊在長春剿匪獲勝，朝廷下詔恢復其副都統職務。二十二日，德英因丁憂離職，富明阿被任命為吉林將軍。二十六日，朝廷召郭嵩燾入京，命蔣益澧暫代廣東巡撫。二十九日，湖南官軍擊退進犯的貴州苗匪。

三月初二，曾國藩將軍隊轉移至濟寧，親自督戰圍剿張總愚所部捻軍。初五，官軍成功收復阿勒楚喀、伯都訥、雙城堡三座城池。初九，奉天官軍在圍剿南北兩路馬賊時，取得重大勝利。朝廷下令免除奉天、吉林受戰亂侵擾地區的銀米賦稅。初十，明誼因病請求離職，朝廷命麟興統領蒙古軍隊支援伊犁。十五日，賴文光等率領的捻軍逼近開封。十八日，朝廷免除跟隨出征的黑龍江牲丁進貢貂皮的義務，并諭令內外臣工深入研習法律條例。十九日，馬賊竄擾熱河。二十日，朝廷準許馬化龍等人投降。二十四日，張總愚率部竄至濮州、范縣，賴文光等從河南竄入鄆城、鉅野，朝廷諭令曾國藩等人堅守運河防線，喬松年率軍截擊圍剿。二十五日，馬賊攻陷牛莊。二十六日，曹毓瑛去世。二十七日，福建官軍收復崇安、建陽。二十八日，朝廷任命李鴻藻為軍機大臣，胡家玉在軍機處學習任職。這個春天，朝廷免除了河南拖欠的錢糧，以及直隸安州、奉天新民等州縣因水災、戰亂應繳納的賦稅。

夏四月初一，奉天北路匪首馬傻子被處死，其余部眾紛紛投降，官軍順勢收復牛莊。廣東、捻軍進犯直隸河岸，被官軍擊退。初三，朝廷批準曾國荃的奏請，同意裁撤部分軍隊、合并軍餉，并允許他調遣劉聯捷、彭毓橘、朱南桂、郭松林前往湖北。初八，洮州回民頭目向曹克忠的軍隊投降。初十，朝廷命馬如龍暫代云南提督。十二日，朝廷召文祥、福興回京，命都興阿接辦奉天軍務，節制各路軍隊。十三日，訥爾濟收復木壘、奇臺、古城，并招募民眾組成民勇進行防守。十五日，官軍收復綏陽。十六日，回民匪軍攻陷靖遠。二十日，朝廷諭令奉天、吉林聯合圍剿境內外賊匪。二十一日，譚玉龍的軍隊潰散，朝廷命曹克忠一并統領其部眾。二十四日，回民匪軍回竄慶陽。披楞（今印度境內一部分）出動大軍逼迫布魯克巴（今不丹），朝廷命景紋前往邊境查辦此事。二十六日，武緣的土匪被平定。二十八日，廣東、捻軍侵擾銅山、沛縣及泗州、靈壁。勞崇光進駐昆明。杜文秀率領的回民叛軍再次攻陷麗江、鶴慶、劍川。三十日，回民匪軍進犯蘭州，被官軍擊退。

五月初四，貴州匪軍再次攻陷興義、貞豐、永寧。俄國使者堅持要求在黑龍江內地通商，朝廷諭令特普欽整頓軍隊。初七，朝廷對翰林、詹事進行考核，孫毓汶等四人被評為一等，其余人員根據考核結果分別予以晉升或降職。初十，馬朝清投降，靈州被官軍收復。十三日，回民匪首霍三等回竄鳳翔、岐山，被官軍擊退，朝廷諭令楊岳斌、劉蓉聯合出擊，防止匪軍再次進入陜西。十六日，回民匪軍攻陷塔爾巴哈臺，武隆額戰死。朝廷任命德興阿為參贊大臣，奎昌暫代科布多參贊。同時，嚴厲督促成祿迅速出關平叛。十七日，回民匪軍攻陷伊犁，明緒等人殉難，朝廷任命榮全暫代伊犁將軍，命庫克吉泰督辦新疆軍務。十九日，朝廷下詔清理積壓案件。二十四日，因久旱無雨，朝廷下詔征求直言，禁止虐待囚犯。二十六日，朝廷諭令各地舉薦盡心為民的官吏。二十九日，官軍收復荔波。當月，朝廷免除廣東嘉應等受戰亂侵擾地區拖欠的賦稅。

六月初二，天降大雨。朝廷批準左宗棠的奏請，同意在福建建廠試制輪船。初四，朝廷諭令內外大臣恪盡職守。十三日，成祿的軍隊進圍肅州。十四日，朝廷諭令富明阿搜捕山林中殘余匪軍。十六日，靈山的土匪被平定。二十日，烏里雅蘇臺將軍明誼因病免職。二十一日，朝廷任命德勒克多爾濟為烏里雅蘇臺將軍，福興為綏遠城將軍。二十二日，鹽池、固原的回民匪軍投降。二十三日，凌云、陽萬的土匪被平定。二十七日，朝廷諭令楊岳斌進剿狄道、河州的回民匪軍。

秋七月初二，廣鳳、圖爾庫被革職，并被逮捕審訊。朝廷命侍郎魁齡等人出使朝鮮，冊封王妃。初四，官軍收復哈密。初六，朝廷諭令整頓廣東的吏治、軍務和厘稅征收。初七，李鴻藻母親去世，皇太后懿旨命他百日后仍到弘德殿、軍機處任職。十二日，湘軍攻克思南的賊軍巢穴。十四日，李鴻藻請求守滿喪期，朝廷未批準。十五日，朝廷減少蘇州、松江、常州、太倉地區的浮收米三十七萬多石，浮收錢一百六十七萬多貫。十八日，崇厚與西班牙使者完成換約。二十一日，貴州匪軍攻陷石阡，但很快又被收復。二十二日，朝廷免除烏梁海七旗應繳納的半數貢賦。二十七日，河南黃河在胡家屯決口。

八月初一，劉蓉因病免職，朝廷將喬松年調任陜西巡撫，任命英翰為安徽巡撫。初二，濮州黃河決口。初三，潯州、郁州的匪患被平定。朝廷裁撤山海關監督一職，改設奉錦山海關道。十四日，朝廷賞賜李云麟頭等侍衛銜，命他協助辦理新疆軍務。十六日，楊岳斌因病免職，朝廷調任左宗棠為陜甘總督，吳棠為閩浙總督，張之萬為漕運總督，并正式任命瑞麟為兩廣總督。十七日，官軍攻克大孤山的賊軍巢穴，匪首徐宗禮被處死。十八日，官軍擊敗張總愚、牛洛紅等率領的捻軍。因出現月食，朝廷認為這是上天警示，飭令朝臣反省自身。二十日，朝廷聽從御史慶福的建議，在張家口、綏遠城囤積糧食，再轉運至新疆，以解決當地民眾的糧食問題。

九月初一，朝廷命譚廷襄會同崇厚辦理與意大利的商約事務。初七，福建興化的土匪被平定。初八，朝廷諭令李云麟與麟興等人整頓北方防線的軍隊。命皂保前往歸化監督運送新疆的餉款。回民匪軍攻陷阜康。祁俊藻去世。十五日，云南回民匪軍攻陷安寧等州縣。二十七日，左宗棠奏請對福建、浙江的綠營進行減兵增餉，利用節省下來的餉銀訓練精兵，朝廷批準了這一請求。這個秋天，朝廷免除了貴州、廣東、山東、福建受戰亂侵擾地區，以及江西受災地區應繳納的賦稅，還有浙江等縣拖欠的賦稅。

冬十月初九，朝廷命劉長佑嚴格核查畿輔地區的兵額。十一日，張總愚從陜州竄至平陸，被官軍擊退。十三日，朝廷命沈葆楨全面負責福建船政事務，同時命劉典協助左宗棠處理軍務。十七日，張總愚向西逃竄，相繼攻陷華陰、渭南。甘肅回民匪軍竄至宜君、三水。朝廷下詔斥責曾國藩未能有效遏制賊軍蔓延。十九日，朝廷批準李鴻藻的病假請求。命富明阿辦理吉林善后事宜，任命汪元方為軍機大臣。二十日，貴州回民匪軍攻陷興義，但很快又被收復，官軍還順勢收復了安平、鎮寧。二十三日，曾國藩因病請求辭去各項職務，只愿在軍營效力，并請求注銷自己的侯爵爵位，朝廷下詔撫慰，命他病好后進京覲見。同時，諭令穆圖善支援陜西。二十四日，朝廷開始修建海寧石塘。當月，朝廷免除安徽、壽州等州縣因水災應繳納的新舊賦稅。

十一月初二，朝廷命曾國藩返回兩江總督任上，并暫署通商大臣。任命李鴻章為欽差大臣，節制湘軍、淮軍各路軍隊，專門負責剿匪事務。初四，朝廷批準山東巡撫閻敬銘的休假請求，命丁寶楨暫代其職。初六，劉銘傳等在金鄉圍剿任柱、賴文光所部捻軍，取得大捷。十一日，三札、兩盟西征的蒙古軍隊潰散，李云麟退回烏里雅蘇臺城。朝廷諭令庫克吉泰統領吉林、黑龍江軍隊迅速前進。十三日，四川官軍攻克桐梓的賊軍巢穴。二十三日，曾國荃彈劾官文貪婪昏庸、驕橫傲慢，朝廷命官文撤職接受查辦。二十五日，朝廷確定福建船政章程。

十二月初二，因給事中尋鑾煒彈劾內容失實，朝廷嚴厲斥責，并借此諭令科道官員謹慎進言。初四，郭松林等在德安大破任柱、賴文光等率領的捻軍。初五，鑒于黃河改道向北，朝廷諭令蘇廷魁實地勘察，并會同直隸、山東、河南三省共同籌辦堤防工程。甘肅回民匪軍再次攻陷哈密。朝廷免去胡家玉軍機大臣職務，革職留任，原因是他收受官文賄賂。初九，曾國藩再次上疏請求辭職，朝廷下旨溫言挽留。十四日，雷正綰的軍隊收復平涼，呼蘭的匪患被平定。十五日，支援貴州的湘軍在銅仁圍剿苗匪，大獲全勝。二十四日，回民匪軍包圍慶陽，提督周顯承等奮力抵抗，最終戰死。二十九日，陜西官軍在灞橋圍剿張總愚時戰敗，總兵蕭德陽等人戰死。因捻軍勢力猖獗，朝廷命曾國藩等人廣泛籌劃應對策略。

這一年，朝鮮、琉球前來朝貢，維持著與清朝的宗藩關系。

同治六年（公元1867年）正月初一，任柱、賴文光率領的捻軍竄至孝感、德安一帶，官軍與之交戰失利，總兵張樹珊不幸戰死。初四，官軍成功收復靖遠。初八，官文被革去總督職務，朝廷召他回京。同時，任命李鴻章為湖廣總督，將李瀚章調任江蘇巡撫，劉昆任湖南巡撫。十一日，張錫嶸在西安魚化鎮圍剿捻軍時戰死，不過劉松山率領的軍隊取得了重大勝利。朝廷命喬松年專門負責陜西軍務。十三日，朝廷任命左宗棠為欽差大臣，督辦陜甘軍務，賞賜劉典三品卿銜，協助辦理軍務。十七日，哈密的回民匪軍竄至巴里坤，被官軍擊退。訥爾濟因病免職，朝廷任命伊勒屯為巴里坤領隊大臣。十八日，朝廷命徐繼畬繼續在總理各國事務衙門任職，并負責管理新設的同文館事務。二十一日，官軍收復鎮雄。

二月初一，劉銘傳在鐘祥追擊任柱、賴文光所部捻軍時失利，鮑超隨后出擊，大敗捻軍。初六，朝廷命李鴻章督軍前往河南。初八，京師爆發瘟疫。初十，劉松山被提拔為廣東陸路提督。十三日，陜西回民馬生彥等人投降。朝廷下令減少廣州地區征收的米折銀十九萬多兩，并將此定為永久制度。二十一日，廣西官軍收復泗城。二十六日，丁寶楨被任命為山東巡撫。二十七日，洮州再次淪陷。二十八日，云貴總督勞崇光去世，張凱嵩接替其職。

三月初四，湖北官軍在蘄水剿匪時失利，道員彭毓橘等人戰死。初十，總兵段步云的軍隊在鄜州潰散。十五日，鮑超多次請求因病休假，朝廷諭令他仍需前往黃州。二十二日，朝廷命倭仁在總理各國事務衙門任職，倭仁推辭，朝廷未應允。二十四日，朝廷諭令李云麟等人安置好新疆的難民。二十八日，曹克忠的軍隊收復洮州。二十九日，回民匪首馬占鰲等人進犯西寧。這個春天，朝廷免除了浙江仁和等鹽場因受擾拖欠的賦稅，以及山西平定等地百姓拖欠的倉谷。

夏四月初一，朝廷允許琉球國的子弟進入國子監讀書，同時批準鮑超的病假請求。初二，何琯的軍隊收復哈密。初三，周祖培去世。初七，吉林的馬賊之亂被平定。初十，西班牙使者前來換約。十六日，劉松山在同州大破捻軍與回民匪軍。二十日，朝廷追贈在哈密殉難的扎薩克郡王伯錫爾為親王，并為他建立祠堂。德勒克多爾濟因病免職，朝廷任命麟興為烏里雅蘇臺將軍，調榮全擔任參贊。二十一日，瞻對的番目大蓋折布被處死。二十四日，貴德的回民匪軍叛亂，攻陷廳城。

五月初一，哈密的回民匪軍竄至玉門，被官軍擊退。因天氣干旱，朝廷下令撫恤難民、養育棄嬰、掩埋暴露的尸體、贍養陣亡者家屬。初五，朝廷諭令廣泛購置書籍，并重新刊印御纂欽定的經史典籍，頒發給各地學府。初六，郭寶昌、劉松山兩軍在朝邑擊敗張總愚率領的捻軍，朝廷免除郭寶昌發配戍邊的處罰。初八，朝廷任命曾國藩為大學士，駱秉章為協辦大學士。十三日，朝廷下詔清理積壓案件。十四日，廣西官軍收復荔波、義寧。十五日，朝廷下詔征求直言，并核查削減宮廷開支。十六日，捻軍渡過運河，朝廷對丁寶楨予以嚴厲議處。十七日，捻軍竄至長垣，被官軍擊退。二十日，因剿賊無功，曾國荃被革去頂戴，與李鶴年一同交部嚴厲議處，朝廷諭令李鴻章戴罪立功。當日，京師發生地震。二十七日，董福祥攻陷陜西甘泉。

六月初一，總理各國事務衙門奏報俄國覬覦新疆，朝廷命大學士、尚書、左都御史會同總理各國事務王大臣妥善商議應對之策。初三，朝廷重申禁止州縣官員浮收漕糧。十一日，倭仁因病請求辭職，朝廷免去其職務，但仍讓他以大學士身份在弘德殿任職。十二日，官軍在即墨擊敗捻軍。十七日，順天府和直隸地區久旱不雨，發生饑荒，朝廷進行賑濟撫恤。朝廷批準鮑超回鄉。十八日，李鴻章傳令劉銘傳、潘鼎新等軍隊防守運河，扼守膠州、萊州一帶。朝廷命成祿節制黃祖淦、王仁和兩軍。因京城地區干旱嚴重，朝廷調撥福建、廣東、江西的厘捐三十萬兩，以及浙江、閩海關的洋稅三十五萬兩，以備賑災之需。二十日，甘肅回民匪軍攻陷陜西華亭，不久后又被官軍收復。二十四日，朝廷免除昌平的例貢果品。二十六日，自三月以來一直無雨，同治皇帝多次祈雨，這一天終于降下雨水。當月，朝廷免除陜西乾州等受災受擾地區的賦稅。

秋七月初七，降雨。陜西官軍收復甘泉。十八日，永定河決口。二十七日，因捻軍越過膠萊河，朝廷諭令各路軍隊扼守黃河、運河防線，革去丁寶楨職務，但仍留任原職。當月，朝廷免除湖南晃州因受擾拖欠的賦稅。

八月初四，朝廷停止奉天的冬季圍獵活動。初六，湖北匪首劉漢忠被處死。初八，朝廷命黎培敬協助辦理貴州的剿匪、招撫及屯田事務。初十，奉天官軍剿平孤山、法庫等地的賊匪。同日，署理貴州提督趙德光在安平剿匪時戰死。十三日，穆隆阿等軍隊在文安圍剿梟匪時失利，濟陽的土匪發動叛亂，很快被官軍平定。十四日，迤西的回民匪軍進犯姚州。十五日，貴州巡撫張亮基被免職并嚴厲議處，朝廷命曾璧光暫代其職，布政使嚴樹森因逗留不前被革職。十九日，朝廷召陳國瑞進京。二十三日，因淮軍、楚軍所到之處常有騷擾百姓的現象，朝廷諭令李鴻章嚴格申明軍紀。二十六日，朝廷裁撤熱河的木稅。二十七日，福建開始創建船塢。

九月初一，朝廷批準左宗棠調遣曹克忠前往陜西的請求。初五，賴文光、任柱率領的捻軍進犯運河，牛師韓的軍隊將其擊退。初六，河州、狄道、西寧的回民紛紛投降。初九，朝廷停止山東的例行進貢。初十，朝廷將額魯特部安置在額爾齊斯河游牧。十三日，總理各國事務衙門奏報關于預先籌備修約的相關事宜，朝廷諭令曾國藩等人各自發表意見。十八日，朝廷命丁日昌前往上海辦理與意大利的換約事務。二十一日，朝廷撫恤巫山遭受水災的百姓。二十六日，朝廷命榮全與棍噶札拉參共同籌劃對哈薩克的剿撫策略。二十七日，朝廷命馮子材前往左江，專門負責南寧、太平的軍務，同時賑濟襄陽等府的災民。

冬十月初一，朝廷諭令各路統兵大臣及各地督撫嚴格申明軍紀。初二，察哈爾都統色爾固善去世，朝廷任命庫倫辦事大臣文盛接替其職。初三，朝廷任命張廷岳為庫倫辦事大臣。初四，陜西官軍收復寧條梁及宜君。朝廷飭令席寶田的軍隊前往沅州，統領支援貴州的軍務。初十，迤西的回民匪軍攻陷定遠、大姚。十一日，汪元方去世。朝廷任命沈桂芬在軍機大臣上學習行走。十四日，曾國荃因病免職，朝廷任命郭柏蔭為湖北巡撫，蘇鳳文為廣西巡撫，同時賑濟山東遭受水災的百姓。二十三日，朝廷派美國前公使蒲安臣前往與中國有條約關系的各國，辦理中外交涉事務。二十七日，回民匪軍攻陷寶雞、正寧，不久后又被官軍收復。

十一月初一，朝廷命道員志剛、郎中孫家谷前往與中國有條約關系的各國，擔任辦理交涉事務大臣。初三，劉銘傳等軍隊在贛榆圍剿捻軍，取得大捷，捻軍首領任柱被殺。初四，因梟匪勢力蔓延，劉長佑被革職，但仍責令他戴罪立功。朝廷命官文暫代直隸總督。初七，陜西官軍在洛川圍剿捻軍時，遭遇回民匪軍，作戰失利，提督李祥和戰死。十四日，張總愚攻陷延川、綏德。十五日，朝廷增設布倫托海辦事大臣，任命李云麟擔任此職，明瑤為幫辦，福濟為科布多幫辦。同日，劉銘傳的軍隊在諸城圍剿捻軍，取得大捷。二十八日，陜西官軍收復延川、綏德。

十二月初二，張總愚竄至吉州，左宗棠、趙長齡均被革職留任。成祿在肅州圍剿回民匪軍時失利，總兵黃祖淦戰死。初三，朝廷賞賜陳國瑞頭等侍衛銜，命他隸屬左宗棠的軍隊。劉銘傳等在壽光圍剿捻軍，取得大捷。迤西的回民匪軍攻陷祿豐、廣通、元謀。初九，官軍收復吉州。十二日，直隸的梟匪之亂被平定。十四日，朝廷賞賜劉長佑三品頂戴，命他率領所部返回原籍。永定河的河堤工程合龍。十六日，朝廷命蔣益澧以按察使候補，隸屬左宗棠的軍隊，率領楚勇返回原籍。十七日，駱秉章去世。劉松山等在洪洞擊敗張總愚率領的捻軍。朝廷調任吳棠為四川總督，馬新貽為閩浙總督，李瀚章調任浙江巡撫，丁日昌為江蘇巡撫。十八日，淮軍在高郵圍剿捻軍取得大捷，抓獲賴文光等人，并將其處死。二十一日，東捻被平定，朝廷對李鴻章、曾國藩加賞世襲官職，對劉銘傳、英翰以及郭松林、楊鼎勛、善慶等人也分別賞賜不同等級的世襲官職，恢復曾國荃的頂戴。二十二日，因左宗棠督師進入山西，朝廷命庫克吉泰、喬松年、劉典督辦陜西軍務。二十四日，朝廷命楊占鰲暫代甘肅提督，接辦西路軍務。二十八日，左宗棠傳令喜昌、劉松山等前往磁州迎擊捻軍，同時諭令張曜、劉銘傳等聯合圍剿。朝廷命鄭敦謹前往山西查辦相關事件。當月，朝廷免除浙江仁和等鹽場未墾灶戶的賦稅，以及云南嵩明等歉收地區的額糧。

這一年，朝鮮、琉球前來朝貢，維持著與清王朝的宗藩關系。

同治七年（公元1868年）正月初一，捻軍首領李允等人在盱眙率眾投降，朝廷下詔將其誅殺，并遣散余眾。朝廷任命朱鳳標為協辦大學士。初六，回民匪軍再次攻陷正寧。初七，喜昌等人在河內迎擊張總愚，取得重大勝利。與此同時，西寧的回民匪軍攻陷北川。李云麟以生病為由請求離職，朝廷沒有批準，還任命錫綸為布倫托海幫辦大臣。十二日，張總愚率部向北逃竄至定州，保定形勢危急，進入戒嚴狀態，官文、左宗棠均被革職但仍留任原職。朝廷諭令玉亮統領神機營的軍隊前去剿匪。十三日，張總愚進犯清苑，劉松山、郭寶昌等率軍繞到賊軍前方進行圍剿，朝廷對有功人員予以嘉獎。陳國瑞、宋慶、張曜也相繼率軍抵達保定。達賴請求赦免里塘罪犯東登工布的死罪，朝廷予以批準。朝廷命賈楨等人設立團防總局。十四日，朝廷諭令天津的洋槍隊、練軍等部隊前往河間，與山東軍隊相互配合，聯絡防剿捻軍。十五日，李鴻章派遣周盛波等率軍北上支援。朝廷催促左宗棠趕赴保定以北地區督戰剿匪，同時命恭親王會同神機營王大臣負責巡防事務。二十三日，朝廷允許英翰率軍護衛京城周邊，命他統領牛師韓的軍隊駐守在黃河以南。朝廷飭令程文炳率軍前往河間參與會剿。二十四日，張總愚攻陷饒陽，但很快又被官軍奪回。賈楨因病退休離職。二十六日，朝廷命左宗棠總統各路官軍。

二月初二，官軍收復渭源。初四，朝廷命恭親王節制各路統兵大臣。初九，回民匪軍再次攻陷寧條梁。初十，回民匪軍竄至伊克沙巴爾，被官軍擊退。朝廷革除趙長齡、陳湜的職務，并將他們發配充軍。十三日，陜西官軍收復寶雞。十四日，云南官軍解除鎮雄之圍。然而，迤西的回民匪軍卻攻陷了楚雄。十六日，河南、安徽的官軍在束鹿擊敗張總愚所部。二十一日，左宗棠、李鴻章等率領的軍隊剿匪接連獲勝。但回民匪軍又趁機攻陷懷遠、神木。二十三日，白泥里的苗匪選擇投降。二十六日，因朝鮮請求加強邊境管理，朝廷命延煦、奕榕前往奉天，會同都興阿勘察并籌劃邊境拓展事宜。

三月初三，張凱嵩以生病為由請求離職，朝廷斥責他逗留觀望、逃避責任，將其革職。回民匪軍攻陷鄜州，劉典駐守三原督率軍隊進行圍剿。初四，朝廷任命劉岳昭為云貴總督，岑毓英為云南巡撫。初六，陜西官軍收復鄜州。十四日，朝廷諭令庶吉士散館考試仍以詩賦為內容。十九日，張總愚竄至延津、封丘，劉松山、郭寶昌率軍將其擊敗。二十二日，朝廷任命沈桂芬為軍機大臣。二十六日，朝廷任命朱鳳標為大學士。二十七日，迤西的回民匪軍攻陷易門。二十八日，張總愚竄至滑縣，同樣被官軍擊退。這個月，朝廷免除直隸安州等遭受水澇地區拖欠的賦稅。

夏四月初一，哈密的回民匪軍攻陷五堡，好在官軍及時將其擊退。初六，張總愚攻陷南皮。初九，朝廷諭令左宗棠、李鴻章、丁寶楨等人，督率各軍在運河東西兩岸分路防剿捻軍。十一日，苗匪首領何正觀投降。十二日，陜西官軍在邠州圍剿回民匪軍時失利，譚玉龍戰死。二十一日，永定河決口。二十四日，朝廷召都興阿進京。二十七日，黎平的苗匪進犯晃州、沅州等地，被官軍擊退。三十日，寧條梁的回民匪軍侵擾鄂爾多斯游牧地區，貝子札那格爾濟率軍將其擊退。回民匪軍進犯哈密，伊勒屯等人聯合將其擊退。同日，朝廷賜洪鈞等二百七十人進士及第或出身。這個月，朝廷免除四川各土司三年的租賦。

閏四月初一，迤西的回民匪軍竄擾并攻陷昆陽、新興、晉寧、呈貢、嵩明。十一日，回民匪軍再次攻陷神木。十六日，陜西官軍收復延長。十七日，董福祥選擇投誠，朝廷諭令他立功贖罪。十八日，回民匪軍占據烏紳旗，并分兵侵擾準噶爾旗，逼近托克托城。二十日，程文炳、陳國瑞、劉松山等率軍在高唐、茌平、博平迎擊張總愚，取得大捷，賊軍被迫竄至東光。二十二日，回民匪軍再次攻陷慶陽及寧州、合水，知縣楊炳華戰死。二十四日，朝廷任命都興阿為欽差大臣，會同左宗棠、李鴻章圍剿捻軍，并有權調遣春喜、陳國瑞、張曜、宋慶四軍，崇厚協助辦理軍務。

五月初一，劉松山等率軍在鹽山、海豐圍剿張總愚，大獲全勝。初二，朝廷創設長江水師，設置岳州、漢陽、湖口、瓜州四鎮總兵官。初六，陜西官軍擊退竄至邠州、鳳翔的回民匪軍。十五日，北山的土匪進犯延安，官軍作戰失利，副將劉文華等人陣亡。二十三日，云南官軍收復元謀、武定、祿勸、羅次。這個月，朝廷免除湖南晃州因受戰亂侵擾拖欠的賦稅。

六月初十，郭松林等在臨邑、濱州、陽信圍剿捻軍，取得大捷。朝廷諭令水師嚴加扼守運河防線。十二日，廣西官軍收復歸順。十四日，金匪竄入寧古塔界內，被官軍剿滅平定。十五日，陜西官軍攻克宜川。十七日，張總愚進犯運河岸邊，官軍將其擊敗，眾多捻軍投降。十九日，官軍又在商河與捻軍交戰，再次取得大捷。二十六日，李云麟因罪被革職查辦。朝廷任命明瑤為布倫托海辦事大臣。浙江的海塘工程竣工。

秋七月初一，朝廷免除直隸、山東、河南受戰亂侵擾各州縣的田賦。初三，春壽因欺瞞掩飾被革職。初六，朝廷撫恤滄州等受戰亂侵擾地區的難民。初九，張總愚投水自盡，捻軍之亂至此平定。朝廷為表彰有功人員，加封李鴻章、左宗棠太子太保銜，李鴻章以湖廣總督身份協辦大學士；丁寶楨、英翰、崇厚均加太子少保銜；恢復官文的官銜和翎頂；晉升劉銘傳為一等男，郭松林為一等輕車都尉；賞賜宋慶、善慶二等輕車都尉；賜予劉松山黃馬褂、三等輕車都尉；授予郭寶昌、張曜、溫德勒克西騎都尉；給黃翼升加一云騎尉；恢復陳國瑞的提督世職，其余有功人員也分別得到晉升和賞賜。朝廷命惇親王前往定陵祭告。朝廷批準彭玉麟回鄉守滿喪期。初十，朝廷召左宗棠、李鴻章進京覲見。十一日，滎澤黃河決口。十五日，毛昶熙上奏稱軍務逐漸平息，朝廷上下應更加敬畏謹慎，隨后御史張緒楷上疏請求保持國家安泰、居安思危，及時倡導講學之風，朝廷對這些建議均予以采納。十六日，朝廷批準左宗棠的請求，出資遣送投降的捻軍回原籍。十七日，武陟的沁河堤決口。十九日，朝廷調任曾國藩為直隸總督，馬新貽為兩江總督，英桂為閩浙總督。朝廷命彭玉麟前往江蘇、安徽，會同籌劃長江水師相關事宜。二十二日，朝廷諭令江蘇、安徽、河南、山東各屬地修筑圩寨，整頓鄉團。二十四日，朝廷批準將宋儒袁燮配享文廟。支援貴州的四川官軍收復龍里、貴定，另一支四川官軍在圍剿越巂的夷匪時獲勝，俘虜其首領勒烏立。朝廷任命曾璧光為貴州巡撫。二十五日，布倫托海的變民竄至烏隴古河。德勒克多爾濟去世。二十七日，朝廷撫恤滎澤、鄭州的災民。甘肅的回民匪軍侵擾白水、郃陽，被陜西官軍擊退。二十八日，支援貴州的湘軍收復甕安。

八月初一，御史德泰因奏請修理圓明園被革職，庫守貴祥因妄言希求利益，被發往黑龍江為奴。永定河再次決口。初五，朝廷諭令明瑤等人恢復布倫托海的舊有制度。朝廷命馬新貽兼任辦理通商事務大臣。初八，延安的土匪扈彰投降。十九日，朝廷諭令左宗棠兼顧山西的軍務。二十四日，朝廷諭令吉林嚴格劃定開墾圍荒的界限。二十七日，朝廷諭令金順專門負責支援陜西的軍務。這個月，朝廷免除安徽、江蘇、山東、河南、湖北受戰亂侵擾多年拖欠的賦稅。

九月初二，官軍收復慶陽。初四，肅州的回民匪軍攻打敦煌，被官軍擊退。朝廷諭令伊勒屯等人籌辦巴里坤的屯田事務。初五，支援貴州的四川官軍聯合收復平越。十一日，朝廷命延煦出關查辦奉天邊境拓展事宜。十三日，云南官軍收復晉寧、呈貢。這個月，朝廷免除浙江橫浦等鹽場因歉收應繳納的灶課。

冬十月初三，回民匪軍進犯涇州、靈臺，被官軍擊退。十一日，文麟抵達哈密，朝廷諭令他興辦蔡巴什湖等地的屯田。十二日，穆圖善攻克河州。朝廷賑濟南下、武定的水災。十三日，李云麟被發配到黑龍江戍邊。十四日，朝廷命李鴻藻繼續在弘德殿任職并擔任軍機大臣。十六日，因堅守科布多有功，朝廷加封土爾扈特郡王凌札棟魯布親王銜。二十五日，貴州的苗匪再次攻陷興義，但很快又被官軍收復。

十一月初一，支援貴州的四川官軍收復麻哈。十四日，涼州總兵周盛波因約束不力，被革職。回民匪軍侵擾鄂爾多斯等旗，并竄至榆林，朝廷諭令定安等人進行截擊圍剿。十九日，朝廷諭令革除官吏衙役的積弊。二十六日，貴州官軍攻克都勻，朝廷賞賜張文德黃馬褂。二十七日，臺灣的英國領事縱容洋將掠奪船只，占據營署，焚燒局庫，并索要兵費。朝廷諭令總理衙門進行詰問查辦，飭令英桂等人選派官員與英方交涉。二十九日，熱河的匪患被平定。朝廷免除吉林雙城堡遭受水災的屯田租賦。

十二月初一，四川官軍在圍剿西昌的夷匪時接連獲勝，各夷部紛紛投降。支援貴州的湘軍收復天柱。初三，回民匪軍進犯包頭，蒙古軍隊作戰失利。初四，熱河匪首彌勒僧格被處死。十一日，根據曾國藩的建議，因川鹽流入影響楚地鹽業，朝廷諭令籌劃停止川鹽濟楚的章程，撤銷相關鹽局并停收賦稅。十四日，云南官軍收復澂江。十七日，朝廷再次諭令各省禁止種植罌粟。十九日，貴州的苗匪竄擾河池，被官軍擊退。二十二日，朝廷諭令對朝審中緩決三次以上的犯人減罪處理。永定河的治理工程竣工。二十五日，麒慶被罷官，朝廷任命慶春為熱河都統。二十七日，劉松山在大理川剿匪取得大捷。二十九日，朝廷截留湖北的餉銀二十一萬兩賑濟河南的災民。這個月，朝廷免除江蘇荒地的糧賦，以及山東泰安、河南汝寧等受戰亂侵擾地區拖欠的糧食賦稅。

這一年，朝鮮前來朝貢，維系著與清朝的宗藩關系。

同治八年（公元1869年）正月初一，因局勢或節儉等原因，朝廷停止了新年筵宴。初五，四川、湖南、貴州、廣西各路軍隊聯合圍剿苗匪，貴州官軍收復長寨。初六，云南官軍攻克富民。十七日，劉松山等率軍進擊土匪和回民匪軍，在清澗將其擊敗。成祿攻克肅州，朝廷賞賜他與楊占鰲黃馬褂。二十二日，滎澤的黃河決口工程合龍。二十四日，劉松山的軍隊在靖邊擊敗賊軍，董侍有等人率鎮靜堡及靖邊投降。迤西的回民匪軍進犯昆明，岑毓英等率軍將其擊退。二十九日，雷正綰攻克涇州董家堡。

二月初六，朝廷命袁保恒督辦西征的糧餉事務。

三月初一，林自清殺害興義知縣，提督陳希祥誘殺林自清，朝廷賞賜陳希祥黃馬褂。初二，支援貴州的湘軍收復鎮遠府及鎮遠衛兩座城池。初七，甘肅提督高連升所部發生兵變，高連升被殺，部將周紹濂在同官攻擊叛軍，將其剿滅。十三日，朝廷諭令各地督撫在收復的州縣中謹慎挑選地方官員，安撫流亡百姓。十八日，回民匪軍攻陷磴口。二十二日，吐魯番的回民匪軍進犯哈密，官軍多次將其擊敗。二十三日，廣西官軍攻克憑祥。二十七日，皇太后懿旨強調，大婚典禮要大力崇尚節儉。

這個春天，朝廷免除了江蘇山陽、直隸安州等受災、受戰亂侵擾地區的賦稅，以及兩淮富安等鹽場拖欠的灶課。

夏四月初一，迤西的回民匪軍攻陷楊林營，劉岳昭退守曲靖，朝廷嚴厲斥責了他。初三，麟興因畏懼事務被革職。朝廷任命福濟為烏里雅蘇臺將軍，文碩為布倫托海辦事大臣。初七，雷正綰、黃鼎的軍隊收復鎮原、慶陽。支援貴州的四川官軍收復甕安。十七日，支援貴州的湘軍聯合收復清江。十八日，朝廷批準劉銘傳因病請假的請求。十九日，朝廷免除陳湜發配充軍的處罰。這個月，朝廷免除山東東昌等地區拖欠的賦稅。

五月初八，支援貴州的湘軍收復施秉，在進攻黃飄的賊軍堡壘時失利，按察使黃潤昌、道員鄧子垣、提督劉長槐戰死。初十，回民匪軍攻陷澂江。十二日，杜嘎爾等軍隊在杭錦旗大破賊軍。十九日，朝廷命李鴻章前往四川查辦吳棠彈劾的案件。同時申斥岑毓英任用勾結賊軍的練目，以及苛斂百姓捐稅的行為。朝廷任命馬如龍為云南提督。二十四日，官軍在保安剿匪取得大捷，匪首袁大魁等被處死。自正月以來一直無雨，同治皇帝多次祈禱求雨。二十五日，終于降下雨水。

六月初八，援軍聯合攻克尋甸。初九，朝廷命董恂、崇厚辦理與奧斯馬加（今奧地利）的換約事宜。十一日，永定河決口。十五日，朝廷給予在黃飄之戰中戰死的提督榮惟善、總兵羅志宏等人世襲官職，并提升等級。十八日，武英殿發生火災。二十日，倭仁、徐桐、翁同龢奏請皇帝勤修圣德，以消除災變，同治皇帝表示贊許并采納。二十三日，朝廷諭令各地督撫考核督促農桑事務。二十七日，回民匪軍進犯阿拉善定遠營，蒙古軍隊作戰失利。

秋七月初一，出現日食。初三，張曜等軍隊在察漢淖爾擊敗回民匪軍。朝廷命吳坤修前往沿江各屬地撫恤災民。初四，云南官軍收復嵩明，攻克白鹽井。十四日，廣西官軍會同越南軍隊攻克九葑、洛陽等關隘。十五日，朝廷諭令錫綸賑濟撫恤額魯特部民眾。十六日，朝鮮請求在鴨綠江北禁止流民建房墾田，朝廷催促都興阿等人妥善辦理。二十二日，何琯的軍隊在木壘河等地擊敗賊軍。這個月，朝廷免除晃州因受戰亂侵擾拖欠的賦稅。

八月初一，俄國商船停泊在呼蘭河口，請求在吉林、黑龍江內地通商，朝廷諭令總理衙門按照條約阻止，并禁止軍民私自與俄商貿易。初四，太監安得海出京，丁寶楨上奏后將其誅殺。貴州匪軍再次攻陷都勻。初七，廣西官軍會同收復越南的高平。十一日，朝廷再次諭令約束太監。十三日，官軍剿平杭錦旗屬地逃竄的回民匪軍。十四日，寧夏官軍剿匪失利，副將方大順陣亡。十九日，棍噶札拉參的軍隊收復布倫托海，賊首張匊等被處死。二十日，官軍剿滅達拉特旗逃竄的匪軍。這個月，朝廷賑濟浙江杭州、湖州各屬地以及湖南安鄉等縣的水災。

九月初二，高臺的兵勇潰散，朝廷革除成祿的職務，但仍讓他留任。初四，朝廷撥出京餉三十萬兩，用于武漢等屬地的工程和賑災。初六，馬化龍再次反叛，襲擊并攻陷靈州。官軍收復威戎堡、水洛城。初十，云南官軍收復易門。十四日，朝廷免除暹羅補交歷年的貢品。二十二日，烏魯木齊的匪軍竄至哈密，何琯等將其擊敗。二十七日，福建新造的第一艘輪船建成，朝廷命崇厚進行勘驗。三十日，朝廷諭令福濟等人讓額魯特部各自安于舊居，僧眾居住在阿爾泰山南，俗眾居住在青格里河。

冬十月初二，劉松山在吳忠堡等地擊敗回民匪軍。初三，金順又在納家徬擊敗匪軍。朝廷命楊占鰲暫代甘肅提督，辦理肅州的善后事宜。法國公使羅淑亞與其水師提督率領兵船前往江西、湖北、四川等省查辦教案，朝廷諭令各地按照條約接待。初七，雷正綰、黃鼎在固原、鹽茶擊敗回民匪軍。初九，朝廷命毛昶熙、沈桂芬在總理各國事務衙門任職。同日，朝廷命文碩等人會同勘察布倫托海的分界事宜，董恂辦理與美國的換約事務。十六日，云南官軍收復楚雄、南安、定遠。劉岳昭將軍隊轉移至昆明。二十一日，哈密官軍在圍剿西路的回民匪軍時取得大捷。二十六日，鳳凰城匪首王慶等被處死。二十七日，劉松山的軍隊收復靈州。這個月，朝廷賑濟云南的水災以及直隸的旱災。

十一月初八，茌平的教匪孫上汶等圖謀叛逆，被逮捕誅殺。初九，朝廷裁撤新設的布倫托海辦事大臣。十二日，朝廷賑濟江寧的水災。十五日，朝廷免除科布多屬地進貢貂皮的任務。十六日，云南官軍收復昆陽。十八日，甘肅官軍收復靖遠。二十二日，永定河河口合龍。二十七日，朝廷命文碩進京，改由奎昌辦理分界事務。這個月，朝廷免除直隸東明因被淹、受戰亂侵擾，以及安徽無為等州縣衛因水災拖欠的賦稅。

十二月初二，支援云南的四川官軍攻克魯甸。初七，劉松山的軍隊進攻金積堡，總兵簡敬臨等人戰死。十七日，披楞（今印度境內一部分）侵占哲孟雄（今錫金）各地，廓爾喀與唐古特（今西藏地區）產生嫌隙，朝廷諭令恩麟防范并開導。布魯克巴（今不丹）發生內亂，朝廷也諭令恩麟進行調解安撫。十九日，越南的匪患被平定。朝廷諭令蘇鳳文嚴格申明朝廷的邊境禁令。二十五日，朝廷賑濟畿南地區的災情。

這一年，朝鮮、越南、琉球前來朝貢，維持著與清王朝的宗藩關系。

同治九年（公元1870年）正月初一，朝廷停止新年筵宴。初七，云南官軍收復祿豐。初八，甘肅官軍在王家甿擊敗前來支援的賊軍。十三日，回民匪軍攻陷定邊。十七日，神武門的木庫發生火災，朝廷下詔要求自省反思。二十四日，回民匪軍攻陷安定，不過陜西官軍很快收復了定邊。二十八日，馬德昭被留下辦理潼關的防務。

二月初五，劉松山在督剿金積堡的回民匪軍時，中炮身亡。朝廷賞賜道員劉錦棠三品卿銜，讓他接統劉松山的軍隊。由于俄國官員前往齊齊哈爾、吉林商談商務，朝廷諭令富明阿、德英依據條約接待，不得遷就退讓。初九，回民匪軍分路竄至安邊、清澗，被陜西官軍擊退。初十，匪軍又分路竄至花馬池、榆林，宋慶率軍進行圍剿。十二日，官軍擊敗竄至米脂的匪軍。十六日，朝廷命李鴻章前往陜西督辦軍務。十八日，回民匪軍竄至同官、宜君，陜西官軍將其擊敗。二十日，法國公使因教案一事以出兵相要挾，朝廷諭令各地疆吏和通商大臣迅速處理相關交涉事宜。二十五日，寧夏各堡投降的回民再次反叛。

三月初一，回民匪軍竄至準噶爾旗，被馬玉昆擊敗。十五日，雷正綰因疏于防范峽口，被革職留營。朝廷諭令告誡西征各軍不要貪圖功勞而貿然冒進。十九日，云南官軍收復彌渡、賓川、麗川、緬寧。二十五日，回民匪軍分路侵擾岐山、鳳翔，被李輝武擊敗。

夏四月十八日，譚廷襄去世。

五月十四日，朝廷命崇實前往貴州，會同曾璧光查辦教案。十七日，朝廷開始允許英國在沿海各口設置電線。十八日，支援貴州的四川官軍攻克黃飄、白堡等苗寨。二十四日，天津民眾與天主教發生沖突，焚毀教堂，打死法國領事。朝廷命曾國藩與崇厚會商辦理此事。二十九日，朝廷諭令各地疆吏禁止傳播謠言蠱惑民眾，保護通商和傳教區域。李鴻章督軍入關，請求調遣郭寶昌的軍隊，朝廷批準。朝廷命崇厚為出使法國大臣，成林暫代三口通商大臣。這個月，朝廷免除直隸安州等地區拖欠的賦稅。

六月初二，奎昌前往塔爾巴哈臺，與俄國使者勘辦邊界事宜。初六，賽音諾顏部的蒙古軍隊圍剿回民匪軍失利。十一日，云南官軍收復威遠。十三日，朝廷命彭玉麟前往江南，會同沿江督撫整頓長江水師。十四日，甘肅官軍在鞏昌擊敗回民匪軍。十九日，永定河決口。二十四日，因疏于防范導致民教沖突發生，朝廷革除天津知府張光藻、知縣劉杰的職務，并交部治罪。二十五日，云南官軍收復姚州。二十七日，朝廷命毛昶熙會同曾國藩查辦教案。曾國藩上奏稱：“妥善保全和局，是保護百姓的方法。做好防備以應對意外，是國家立足的根本。”朝廷下旨嘉獎勉勵。朝廷命丁日昌前往天津協助辦理洋務。

秋七月初二，鑒于琿春邊務事務繁雜，朝廷將協領加副都統銜，并定為制度。初十，法國公使羅淑亞因曾國藩不答應將天津知府、知縣抵罪，返回北京。朝廷諭令曾國藩迅速緝拿原兇，從速辦結此案。十一日，朝廷召崇厚回京。命毛昶熙暫代三口通商大臣。十八日，周盛傳等將北山的殘余匪軍打散。二十日，朝廷諭令：“海上水師與江上水師截然不同。想要抵御外侮、謀求自強，沒有二十年的時間，很難見到成效。然而因為事情艱難，就畏縮不前，那么永遠沒有自強的那一天。近年來，內外臣工在事情緊急的時候，只是慌亂應對。禍患稍微平息，又采取茍且偷安的策略。即使創立了戰守章程，卻執行不力，讓朝廷的謀劃都成為一紙空文。因循守舊的積習，讓我怎能不焦慮。如今福建、上海兩個船廠的輪船建成，馬新貽、丁日昌、英桂、沈葆楨各自挑選統將出海，常年練習，以備不時之需。廣東也應該籌備輪船，瑞麟、李福泰務必切實辦理。將校中有熟悉風濤沙線的，隨時選拔保薦，即使是民間山野中擅長海戰的人，也應當隨時留意，根據才能破格提拔。各位督撫要統籌全局，不辜負朝廷的委任。”二十四日，南路的甘肅官軍收復渭源、狄道。這個月，朝廷免除晃州因受戰亂侵擾拖欠的賦稅。

八月初一，汝陽人張汶祥刺殺馬新貽。朝廷命曾國藩為兩江總督，李鴻章調任直隸總督，李瀚章為湖廣總督。初二，朝廷設立黃河水師。初四，北山匪首李凡覺被處死。初六，朝廷命張之萬會同魁玉審訊張汶祥。十三日，朝廷召毛昶熙回京。命李鴻章會同曾國藩查辦天津教案。十七日，廣西官軍剿平安邊、河陽的賊匪，匪首梁添錫被處死。朝廷允許越南進貢土特產品及馴象。二十三日，朝廷命李成謀為新設輪船統領。九月初三，云南官軍收復新興。初五，朝廷諭令崇實仍前往遵義辦理教案。初九，朝廷懲治天津民教沖突的罪犯，張光藻、劉杰被發配充軍，十五名行兇殺人的罪犯被處死。

這個秋天，川東、荊州、熱河遭受水災，朝廷進行賑濟撫恤。

冬十月初一，沈葆楨遭遇丁憂，朝廷命他百日后仍繼續管理船政事務。初二，朝廷命劉銘傳督辦陜西軍務。朝廷諭令嚴禁四川州縣的苛派行為，并撥款繼續賑濟北山的難民。初七，由于江北漕船因水淺受阻，改由陸路轉運至臨清。初十，天津制造局建成。十六日，日本請求立約通商，朝廷允許總理衙門挑選官員商議條約。十七日，朝廷免除科布多進貢貂皮的任務。十八日，朝廷裁撤三口通商大臣，命直隸總督兼任相關事務，如同南洋大臣的慣例，給予欽差大臣關防。朝廷嚴厲諭令各地疆吏在交涉事務中謹慎保密，如有泄露者立即處死。二十二日，因水旱災害接連出現，朝廷下詔自省反思。二十四日，將周盛傳的軍隊調往保衛京城周邊。陜西的回民禹生彥等竄至平番，官軍作戰失利，提督張萬美等人戰死。二十六日，朝廷設立直隸津海關道。劉錦棠等各路軍隊攻克漢伯等堡，對金積堡形成合圍之勢。

閏十月初二，俄國使者倭良嘎哩來京。初七，湘潭的會匪之亂被平定。十二日，云南官軍收復永北、鶴慶、鎮南、楚雄。回民匪軍攻陷烏里雅蘇臺。十三日，永定河合龍。朝廷諭令曾國藩籌劃河運事務。十五日，越南的吳亞終等被處死。

十一月初二，朝廷命鄭敦謹會同審訊張汶祥一案。不久后定案，在江寧將張汶祥凌遲處死。初六，回民匪軍竄至涼州，副將謝元興陣亡，王仁和將匪軍擊退。初十，支援貴州的湘軍收復臺拱。十七日，福濟、榮全因匪軍攻入烏里雅蘇臺，被革職留任。朝廷命曾國藩兼任通商大臣。十九日，甘肅總兵周東興因侵吞賑款，被下令在軍前斬首。二十九日，劉坤一因泄露機密諭令，被革職留任。

十二月初四，朝廷諭令嚴禁河工中偷工減料、侵蝕等弊端。十一日，云南官軍收復鄧川、浪穹。回民頭目馬源發殺害提督丁賢發等人，被逮捕誅殺。

這一年冬天，朝廷免除貴州興義等州縣衛、陜西綏德等州縣因災受擾拖欠的賦稅。

這一年，朝鮮前來朝貢，維持著與清王朝的宗藩關系。