清康熙二十八年（公元1689年）春正月庚午日，皇帝下詔將進行南巡，實地視察黃河治理工程。丙子日，皇帝正式啟程，并特別下詔，所經之處無需百姓特意整修道路。在獻縣，當地百姓向皇帝進獻嘉禾。壬午日，皇帝下詔免除山東地區的地丁賦稅。甲申日，皇帝駐蹕濟南。乙酉日，皇帝遙望祭祀泰山。庚寅日，皇帝抵達剡城，實地查看中河工程。壬辰日，皇帝到達清河。癸巳日，皇帝下詔免除江南地區累計拖欠的二十多萬賦稅。乙未日，皇帝駐留在揚州，并下詔說：“朕此次出行是為了觀察民風、詢問民俗，出行不設置隆重儀仗，隨從僅三百人。近日駐留揚州，民間街道滿是裝飾彩綢，雖出自百姓對朕的愛戴敬重，但也難免耗費民力物力。后續行程經過的郡縣，此類裝飾一概停止。”

二月辛丑日，皇帝駐蹕蘇州。丁未日，抵達杭州，隨即下詔增加當地的學額，賞賜軍士，恢復因公降級貶謫官員的官職，按等級賞賜隨行的王大臣銀幣，也賜予駐防當地的年老民眾錢財。辛亥日，皇帝渡過錢塘江，來到會稽山麓。壬子日，皇帝祭祀大禹陵，親自撰寫祭文并署名，行九叩大禮，還撰寫頌文刻石紀念，題寫匾額為“地平天成”。癸丑日，皇帝返回杭州駐留，觀看騎射演練，并大宴將軍及官兵。丁巳日，皇帝再次來到蘇州。已故湖廣糧道葉映榴的兒子葉敷迎接圣駕，為父親請求謚號，皇帝寫下“忠節”二字賜給他。松江百姓立碑為皇帝祈壽，并獻上碑文；江南百姓懇請皇帝多作停留，還獻上當地土產作為御膳，物品堆積在岸邊，皇帝僅取米一撮、果一枚，為此多停留一日。浙江巡撫金鋐因罪被削職流放，朝廷任命張鵬翮為浙江巡撫，并增設武昌、荊州、常德、岳州等地的水師。癸亥日，皇帝駐蹕江寧。甲子日，皇帝祭祀明孝陵，并賞賜江寧、京口兩地駐防的高齡男女白銀。乙丑日，皇帝觀看射箭，又設宴款待眾人。之后，皇帝前往觀星臺，與學士李光地探討星象，提及參宿在觜宿之前，恒星隨天體運行，老人星在江南可見并非隱現等天文知識。江寧百姓也懇請皇帝多留，皇帝為此又停留了兩日。

三月戊辰朔日，皇帝從江寧出發。甲戌日，皇帝視察高家堰，現場指導治河策略。丙戌日，皇帝返回京城，聽聞安親王岳樂去世，便先前往王府吊唁痛哭，之后才回宮。丁亥日，皇帝下令八旗科舉考試需先測試騎射。戊子日，皇帝下詔，鑒于靳輔在治理黃河方面功績顯著，恢復其原有官職。丁酉日，朝廷增設八旗火器營，由副都統負責統領。

閏三月壬子日，朝廷給予安親王岳樂祭葬待遇并立碑，賜謚號“和”。己未日，皇帝前往拜謁皇陵。丙午日，皇帝先后拜謁孝莊皇后陵寢與孝陵。辛酉日，皇帝返回京城。

夏四月乙亥朔日，皇帝撰寫《孔子贊序》以及顏回、曾參、子思、孟子四人的贊辭，并頒布于各地學宮。壬辰日，朝廷再次派遣索額圖等人前往尼布楚，與俄羅斯商議劃定邊界。喀爾喀外蒙古歸附清朝后遭遇饑荒，皇帝命內大臣伯費揚古前往賑濟安撫，同時下令在臺灣鑄造錢幣。

五月乙巳日，朝廷任命阿蘭泰、徐元文為大學士，顧八代為禮部尚書，郭琇為左都御史。壬戌日，《孝經衍義》正式頒行。癸亥日，皇帝下令在歸化城屯駐軍隊，加強邊境防備。

六月乙亥日，朝廷任命佟寶為寧古塔將軍，兩廣總督吳興祚因在鼓鑄錢幣事務中存在欺瞞行為被罷官。

秋七月，朝廷任命石琳為兩廣總督。癸卯日，皇帝冊立貴妃佟氏為皇后。甲辰日，皇后不幸崩逝，謚號“孝懿”。

八月癸酉日，皇帝前往邊外巡視。戊寅日，皇帝駐蹕博洛和屯，賞賜當地居民銀錢和糧食。

九月癸卯日，皇帝返回京城。戊午日，朝廷任命倭赫為蒙古都統，額駙穆赫為漢軍都統。

冬十月丙寅日，朝廷任命郎談為滿洲都統。辛未日，朝廷增設喀爾喀兩翼扎薩克，招撫流亡民眾，編設旗隊。癸酉日，左都御史郭琇因寫信請托本省巡撫而被降職。甲戌日，孝懿皇后下葬，皇帝親自護送。當月，岷州的生番部落歸附清朝。

十一月丙申日，皇帝回宮。辛酉日，孝懿皇后的神位祔祭于奉先殿。

十二月乙丑日，皇帝下詔免除云南康熙二十一年至二十三年百姓拖欠的賦稅。丙寅日，皇帝前往慈寧新宮朝見皇太后。戊辰日，朝廷任命張英為工部尚書。乙亥日，內大臣索額圖上疏奏報，與俄羅斯訂立條約，確定以尼布楚為邊界，并在邊界立碑，碑上用五種文字鐫刻相關內容。

這一年，朝廷免除直隸、浙江、湖北等省十一個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮前來進貢。

清康熙二十九年（公元1690年）春正月癸丑日，皇帝前往南苑。庚申日，朝廷派遣官員賑濟蒙古喀爾喀部。

二月甲子日，安親王岳樂之子馬爾渾繼承安郡王爵位。乙丑日，朝廷派遣大臣巡視直隸災區的流民情況，下令五城的粥廠延長施粥期限，加倍發放銀米，并增設施粥場所。己巳日，皇帝拜謁孝莊皇后陵寢與孝陵。庚午日，天降大雨。癸酉日，皇帝返回京城。甲戌日，皇帝親臨經筵講學。戊子日，朝廷起用陳廷敬為左都御史。

三月壬辰朔日，朝廷免除長蘆新增的鹽課。乙未日，皇帝下詔編纂《三朝國史》。癸卯日，皇帝命令都統額赫納、護軍統領馬賴、前鋒統領碩鼐率軍征討厄魯特部。此前，噶爾丹率兵侵犯喀爾喀部，朝廷多次下詔勸諭和解，噶爾丹拒不服從，且其軍隊逼近邊境，因此朝廷下令額赫納等人前往邊境防御。辛亥日，朝廷免除云南黑井增加的鹽課，同時任命張思恭為京口將軍。

夏四月丁丑日，因干旱，皇帝下詔赦免死罪以下的在押囚犯。甲申日，朝廷在孔子故里闕里修建子思子廟。《大清會典》編纂完成。

五月辛卯朔日，皇帝命令九卿舉薦從州縣行取到京、能夠勝任科道官職的官員。

六月癸酉日，大學士徐元文被免職。戊寅日，噶爾丹追擊喀爾喀部，侵入清朝邊境。皇帝命令內大臣蘇爾達到科爾沁征調蒙古軍隊進行防御，同時命令康親王杰書、恪慎郡王岳希率軍駐扎在歸化城。

秋七月庚寅朔日，朝廷任命張英為禮部尚書，董元卿為京口將軍。辛卯日，噶爾丹進犯烏珠穆沁。皇帝任命裕親王福全為撫遠大將軍，皇子胤禔為副將，從古北口出兵；任命恭親王常寧為安遠大將軍，簡親王喇布、信郡王鄂紥為副將，從喜峰口出兵。內大臣佟國綱、索額圖、明珠、彭春等人參與軍事謀劃，阿密達、阿拉尼、阿南達等人前往軍前會合。己亥日，朝廷任命陳廷敬為工部尚書，于成龍為左都御史。癸卯日，皇帝親自出征，從京城出發。己酉日，皇帝駐蹕博洛和屯，因身體不適決定返回京城。

八月乙未朔日，發生日食。撫遠大將軍裕親王福全在烏蘭布通大敗噶爾丹，噶爾丹派喇嘛濟隆前來求和，福全沒有及時進軍追擊，皇帝嚴厲斥責了他。乙丑日，皇帝回到京城。丙子日，噶爾丹進獻誓書，皇帝說：“這個敵人不可輕信，我們仍需整頓軍隊嚴陣以待。”

九月癸巳日，此前烏蘭布通之戰中，內大臣公佟國綱陣亡，此時靈柩運回，皇帝命令皇子率領大臣迎接。對戰亡官員均賜予祭奠，并按等級給予撫恤。戊申日，朝廷停止當年的秋季處決。壬子日，朝廷放寬民間養馬的禁令。

冬十月己未日，皇帝病情稍有好轉，便召大學士等大臣到乾清宮輪流奏對。乙亥日，朝廷任命鄂倫岱為漢軍都統。辛巳日，領翰林院學士張英因未能察覺編修楊瑄撰寫的佟國綱祭文不當，被削去禮部尚書一職，楊瑄則被革除官職，流放邊疆并編入旗籍。

十一月己亥日，朝廷任命熊賜履為禮部尚書。甲辰日，達賴喇嘛請求為皇帝上尊號，皇帝沒有答應，同時拒絕了他進獻的貢品。己酉日，裕親王福全等人回到京城聽候審查。王大臣商議后上奏處理意見，皇帝從輕發落，仍對將士們論功行賞。

十二月丁丑日，皇帝拜謁皇陵，舉行孝莊文皇后三年祭禮。庚辰日，皇帝返回京城。

這一年，朝廷免除直隸、江南、浙江、甘肅等省三十二個州縣衛所因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮前來進貢。

清康熙三十年（公元1691年）春正月戊申日，朝廷冊封阿祿科爾沁貝勒楚依為郡王。這是因為他在與厄魯特的作戰中奮勇力戰，受傷被俘后仍不屈服，最終成功逃脫。對于阿祿科爾沁部十二旗在戰斗中陣亡的臺吉，朝廷均追贈為一等臺吉，并賜予“達爾漢”稱號，其子孫可世襲該稱號。此時，噶爾丹再次對喀爾喀發動掠奪。朝廷迅速做出軍事部署，任命瓦岱為定北將軍，駐守張家口；郎談為安北將軍，駐守大同；同時命令川陜總督會同西安將軍，在寧夏駐扎軍隊進行防備，還啟用在籍的勇略將軍趙良棟參與軍事事務。乙卯日，朝廷任命馬齊為兵部尚書。

二月丁巳朔日，發生了日食。乙丑日，皇帝親臨經筵講學。朝廷下令讓步軍統領率領巡捕三營，同時兼管五城的督捕事務。戊午日，厄魯特策旺阿拉布坦派遣使者前來。策旺阿拉布坦是噶爾丹的侄子，皇帝厚賞了使者。待使者返程時，朝廷還派遣郎中桑額護送其前行。

三月戊子日，《翻譯通鑒綱目》編纂完成，皇帝親自撰寫序文。己酉日，皇帝賜戴有祺等一百四十八人不同等級的進士及第、出身。

夏四月戊午日，左都御史徐乾學給山東巡撫錢鈺私自發信，事情敗露后，徐乾學被革職。丁卯日，因喀爾喀歸附清朝，皇帝決定親自前往邊外安撫。當天，皇帝啟程出發。

五月丙戌日，皇帝駐扎在多羅諾爾，喀爾喀前來朝見。此前，喀爾喀土謝圖汗聽信哲卜尊丹巴的唆使，殺害了同族的扎薩克圖汗得克得黑墨爾根阿海，由此內亂不斷，最終被厄魯特趁機侵擾。此時，皇帝派遣大臣調查此事，土謝圖汗、哲卜尊丹巴上奏請罪，皇帝赦免了他們。考慮到扎薩克圖汗曾是七旗之長，皇帝令其弟策旺扎布承襲汗號，并封為親王。丁亥日，皇帝在行幄中召見土謝圖汗、哲卜尊丹巴，二人伏地請罪。大臣宣布赦免令后，他們感激涕零。皇帝賜茶、賜宴、賜座，舉行盛大宴會，二人行九叩首禮后告退。戊子日，皇帝再次召見土謝圖汗、哲卜尊丹巴、策旺扎布、車臣汗以及喀爾喀諸部濟農、偉徵、諾顏、阿玉錫等三十五名大臺吉賜宴，并說：“朕想與你們熟識，所以再次設宴款待。”隨后賞賜他們冠服。因策旺扎布年幼，皇帝特賜給他皇子的衣帽和數珠。車臣汗的叔叔扎薩克濟農納穆扎爾，此前曾勸說車臣汗率領十萬部眾歸順，起到帶頭作用，朝廷認為他的行為十分可嘉，準許他照舊擔任扎薩克，去掉濟農稱號，封為郡王，其余人也分別被封以不同爵位。皇帝還傳諭喀爾喀部：“你們已窮困到極點，還相互搶奪，朕已對你們進行拯救和撫養。如今將你們與四十九旗一樣編設各處扎薩克進行管轄和稽查，你們務必遵守相關規定。若再肆意妄為，必將受到國法懲處。”己丑日，皇帝身披甲胄、騎著馬，全面檢閱各部。下馬后親自射箭，十箭射中九箭。隨后舉行大規模閱兵，滿洲兵、漢軍兵、古北口兵列陣，號角齊鳴，鳥槍齊發，聲響震動山谷。眾多喀爾喀人圍觀后驚嘆：“真是神威啊！”科爾沁、喀爾喀各蒙古王貝勒請求為皇帝上尊號，皇帝沒有答應。庚寅日，皇帝巡視喀爾喀營寨，賞賜牛羊給當地窮困之人。辛卯日，朝廷派遣官員前往編設喀爾喀佐領，并劃定游牧區域。烏珠穆秦臺吉車根等人因歸降厄魯特，經核實后被治罪。壬辰日，皇帝啟程回朝。癸卯日，皇帝返回京城。辛亥日，朝廷根據御史江蘩的建議，將會試中卷分為南左、南右、北左、北右、中左、中右。壬子日，群臣請求為皇帝上尊號，皇帝依舊沒有答應。

六月乙卯日，朝廷任命李天馥為吏部尚書，陳廷敬為刑部尚書，高爾位為工部尚書。

秋七月甲申日，西安將軍尼雅翰奉皇帝詔令，督率軍隊將巴圖爾額爾克濟農遷往察哈爾。濟農因懼怕而逃走，尼雅翰追擊未果，經審查被判處死刑。皇帝命令總督葛思泰繼續追討。朝鮮有人因購買《一統志》在其國內獲罪。退休的大學士杜立德去世，朝廷給予祭葬，謚號文端。

閏七月丙辰日，葛思泰上疏奏報，濟農的弟弟博濟在昌寧湖，經總兵柯彩派兵圍剿擊敗，生擒博濟及此前被拘禁的格隆等人，全部斬首。乙亥日，皇帝前往邊外巡視。

九月辛酉日，皇帝回朝，途中經過遵化，拜謁孝莊皇后陵寢與孝陵。乙丑日，皇帝返回京城。庚午日，朝廷任命公阿靈阿為蒙古都統。甲戌日，皇帝命令侍郎博濟、李光地、徐廷璽偕同靳輔視察黃河工程。

冬十月庚寅日，謝爾素番盜殺害參將朱震，西寧總兵官李芳述擒獲盜首華木爾加并將其誅殺。癸巳日，朝廷任命巴德渾為滿洲都統，杭奕祿為荊州將軍。丁未日，甘肅提督孫思克討伐阿奇羅卜藏，并將其斬殺。此前，前往厄魯特的侍讀學士達虎返回途中，行至嘉峪關時被阿奇羅卜藏殺害，皇帝于是命令孫思克前往討伐，至此傳來捷報。

十一月丁巳日，朝廷任命索諾和、李振裕為工部尚書，伊勒慎為滿洲都統。己未日，皇帝下詔說：“朕崇尚道德教化，廢除繁雜苛刻的政令，對大小臣子都施以恩禮。即便有人因事被罷退，仍讓他們能在鄉里安度生活。近來臣子之間相互爭斗、結怨，紛爭不斷，甚至出現黨同伐異的不良風氣，難道想要重蹈明朝末年黨爭的覆轍嗎？希望大家摒棄私人恩怨，共同秉持公正忠誠之心。若有人堅持錯誤不知悔改，朕必定徹底追究懲處。”當時，徐元文、徐乾學、王鴻緒已被罷官，而傅臘塔等人又挖掘一些細微之事，牽連他人制造案件，所以皇帝特此下詔警示告誡。甲戌日，皇帝下詔說：“欽天監奏報，來年正月初一將發生日食。天象出現警示，朕深感憂慮。因此取消正月初一的筵宴等禮儀。各位大臣應一心盡職，幫助朕反省修身。”

十二月甲申日，皇帝下詔說：“朕統治天下，一心想著愛護養育百姓，使他們生活安穩富足。近年來，地丁賦稅已多次減免，但每年運送的漕米，百姓仍在繳納，朕時常掛念于心。除河南已減免外，湖廣、江蘇、浙江、安徽、山東的漕米，將依次各減免一年，以緩解百姓負擔。”丁亥日，朝廷將旗莊壯丁遷移到古北口外達爾河開墾田地。派遣侍郎阿山、德珠等人前往陜西監督賑災。壬辰日，皇帝諭令總督、巡撫、提督、總兵等舉薦有能力且曾立過功的武職人員，在京的八旗旗員，則由都統等負責舉薦。

這一年，朝廷免除直隸、江南、江西、河南、山東、陜西、湖廣、云南等省一百八十八個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮、安南、琉球前來進貢。

清康熙三十一年（公元1692年）春正月辛亥朔日，發生日食，朝廷因此免去朝賀儀式。甲寅日，皇帝駕臨乾清門，向大臣展示太極圖、五音八聲八風圖，并說道：“《律呂新書》中‘徑一圍三’的方法，實際應用并不準確。直徑一尺，圓周應當是三尺一寸四分一厘，累積到百丈，誤差就超過十四丈了，怎能采用呢？只有隔八相生的理論，經過驗證完全符合。”皇帝還談論到河道閘口的流水量，通過計算可以得出晝夜的流量。隨后又展示測日晷表，并畫出正午日影的位置，經驗證毫無誤差，大臣們無不嘆服。庚午日，皇帝前往南苑圍獵。

二月辛巳日，朝廷任命靳輔為河道總督。乙酉日，因陜西發生旱災，朝廷調撥山西庫銀、襄陽糧食前往賑濟。丁亥日，皇帝巡視京城周邊地區。辛卯日，陜西巡撫薩弼因賑災工作不實被革職。戊戌日，皇帝返回京城。己亥日，皇帝親臨經筵講學。乙巳日，朝廷任命馬齊為戶部尚書。

三月丙辰日，朝廷派遣內大臣阿爾迪、理藩院尚書班迪前往邊外設立蒙古驛站。乙丑日，朝廷命令府丞徐廷璽協助辦理河工事務。朝廷加封甘肅提督孫思克為太子少保，并授予世襲官職。退休的大學士馮溥去世，朝廷給予祭葬，謚號文敏。朝廷任命阿席坦為滿洲都統，設置云南永北鎮。

夏四月庚辰朔日，朝廷任命希福為滿洲都統，護巴為蒙古都統。己丑日，朝廷調撥百萬兩庫銀賑濟陜西，并派尚書王騭、沙穆哈前往監督并酌情增加賑濟力度。戊戌日，皇帝駕臨瀛臺，召集近臣觀賞稻田和竹林。河道總督靳輔奏請新建新莊、仲家淺各一座水閘，朝廷將此提議交予相關部門審議后施行。

五月庚寅日，皇帝諭令戶部，鑒于山西平陽豐收，可派官員前往采購糧食以備荒年。朝廷任命王維珍負責此事。癸卯日，朝廷將喀爾喀部劃定為三路，土謝圖部為北路，車臣部為東路，扎薩克圖部為西路，其所屬部落各自按照劃分的區域劃定左右翼。

六月庚辰日，朝廷任命宋犖為江寧巡撫。乙未日，蒙古科爾沁部進獻錫伯、卦爾察、打虎爾等一萬多戶人口，朝廷賞賜銀兩作為酬謝。

秋七月乙亥日，皇帝前往塞外巡視。

八月己丑日，朝廷任命翁叔元為刑部尚書，博濟為西安將軍，李林隆為固原提督，李芳述為貴州提督。

九月戊申日，噶爾丹的部屬擒獲并殺害了朝廷使臣馬迪。庚戌日，皇帝返回途中駐留湯泉。己未日，皇帝回到京城。丁卯日，皇帝親臨經筵講學。壬申日，皇帝在玉泉山舉行大規模閱兵。

冬十月己卯日，皇帝下詔說：“陜西連年遭遇災荒，又加上瘟疫流行，朝廷雖多方賑濟，但百姓長期積累的困苦仍未緩解。明年陜西的地丁稅糧全部免除，以往拖欠的賦稅也一概豁免，以此體現朕愛護百姓的心意。”庚辰日，朝廷任命李天馥為大學士。壬午日，皇帝拜謁皇陵。朝廷特赦陜西，除犯十惡不赦之罪及在軍中獲罪者外，其余罪犯均免死并減罪一等。朝廷任命佛倫為川陜總督，宗室董額為滿洲都統。庚寅日，皇帝返回京城。癸巳日，朝廷任命熊賜履為吏部尚書，張英為禮部尚書。庚子日，朝廷停止各省進獻鮮茶以及遞送表箋。

十一月庚戌日，朝廷任命阿靈阿為滿洲都統。甲寅日，朝廷命令熊賜履勘察淮、揚兩州濱河干涸的田地。丙寅日，朝廷加封孫思克為振武將軍，任命覺羅席特庫為蒙古都統。

十二月壬午日，河道總督靳輔去世，朝廷給予祭葬，謚號文襄。朝廷任命于成龍為河道總督，董訥為左都御史。壬辰日，朝廷任命郎化麟為漢軍都統。辛丑日，因西安發生饑荒，朝廷運送襄陽糧食前往平抑物價。朝廷加封希福為建威將軍，移師駐守右衛。皇帝召科爾沁蒙古王沙津入京，當面授予計策，讓他誘引噶爾丹。

這一年，朝廷免除陜西、江南、四川等省十三個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮前來進貢。

清康熙三十二年（公元1693年）春正月甲子日，皇帝下詔，朝鮮每年進貢的黃金、木棉永遠停止。二月乙亥朔日，朝廷調撥庫銀，招募商人運米到西安，以平抑物價。丙子日，朝廷派遣內大臣坡爾盆等人前往督管歸化城三路屯田事務。皇帝下詔修建南河周橋堤工，往年靳輔與陳潢曾規劃治理此地，此時閱河大臣將相關圖紙進呈，皇帝特地下詔修建。策旺阿拉布坦派遣使臣入朝進貢，并報告了使臣馬迪被害及噶爾丹的秘密情況，朝廷賞賜彩緞表示嘉獎。癸未日，皇帝親臨經筵講學。朝廷將宣府六廳十衛改為一府八縣。戊子日，朝廷任命郎談為昭武將軍，偕同阿南達、碩鼐率領軍隊奔赴寧夏，將軍博濟、孫思克參與軍事事務。庚寅日，皇帝巡視京城周邊地區，查看霸州苑家口堤工，諭令巡撫郭世隆負責修繕。庚子日，皇帝返回京城。貴州巡撫衛既齊上疏奏報剿辦土司情況失實，被革職流放至黑龍江。

三月丙午日，朝廷派遣皇子胤禔祭祀華山。丁未日，朝廷將饒州府治所遷至景德鎮。乙卯日，朝廷設置廣東運司、潮州運同。庚午日，皇帝下詔，趙良棟是朝廷舊臣，可暫時兼任寧夏總兵。

夏四月丙戌日，喀爾喀臺吉車凌扎布從俄羅斯前來歸附，朝廷賞賜他袍服，并賜予克魯倫作為游牧之地。癸巳日，朝廷下令核查各省解送的物料，共九十九項，減去其中四十項，免除解送。丁酉日，朝廷任命心裕為蒙古都統。

五月庚戌日，朝廷任命內大臣伯費揚古為安北將軍，駐守歸化城。

六月乙亥日，朝廷增加八旗鄉試、會試的中選名額。

八月甲戌日，朝廷免除廣西、四川、貴州、云南四省明年的地丁稅糧。癸未日，皇帝前往塞外巡視并圍獵。蒙古科爾沁各部前往皇帝駐地朝見，皇帝賞賜他們冠服和銀幣。

九月丁未日，朝廷修繕盛京城。丙寅日，琉球前來進貢，朝廷遣返其作為人質的王子回國。丁卯日，皇帝返回京城。

冬十月壬申日，皇帝下詔說：“給事中彭鵬彈劾順天考官，請求朕親自審訊，這是認為大臣都不可信了。治理天下應當注重整體，若朕事事都親自處理，那么眾多事務如何能辦理完呢？”壬辰日，皇帝在玉泉山舉行大規模閱兵。丁酉日，俄羅斯察漢汗前來進貢。皇帝對大學士說：“藩屬國前來朝貢，固然是盛事，但傳到后世，未必不會因此滋生事端。只有國家安寧，外患才不會發生，應當把培養國家元氣作為根本。”

十一月辛丑日，皇帝侍奉皇太后拜謁孝莊皇后陵寢、孝陵。庚申日，皇帝返回宮中。甲子日，皇帝下詔免除順天、河間、保定、永平四府明年的稅糧。

十二月辛未日，朝廷任命宗室公楊岱為蒙古都統。丁亥日，皇帝前往南苑圍獵。皇帝諭令：“滿洲官兵近來不如從前精銳，所以近年來朕親自校閱，并時常舉行圍獵。近日看到士卒們行列整齊，進退熟練，賞賜軍校一個月的錢糧，賞賜其主管官員綢緞，以此激勵軍隊。”丁酉日，皇帝在太廟舉行合祭大典。

這一年，朝廷免除直隸、江南、江西、浙江、山西、湖廣等省六十九個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮、琉球前來進貢。

清康熙三十三年（公元1694年）春正月乙卯日，盛京糧食歉收，皇帝命馬齊迅速前往，用倉庫的糧食供給兵丁，并通過海運將山東倉庫的糧食運往盛京，以保障百姓的糧食供應。丙辰日，皇帝召見河道總督于成龍，問道：“你之前說減水壩不應該開，還說靳輔浪費錢糧，現在結果如何？”于成龍回答：“臣之前確實是妄言。如今所辦之事都是依照靳輔的方法。”皇帝說：“既然如此，那你之前說得不對，靳輔做得對，為何不明白上奏，還要等著誣陷他嗎？”于是皇帝告知大學士：“于成龍之前上奏說靳輔未曾在河堤種植柳樹，朕南巡時，指著河堤邊的柳樹詢問，他無言以對。又上奏說靳輔放水淹沒民田，朕又親自到當地查看，根本不會淹到麥田。而王騭、董訥等人也附和于成龍的說法。”朝廷相關部門商議后，決定將于成龍革職并施以枷刑、杖責。皇帝表示：“他經手的工程還未完成，應革職留任。”王騭被令退休，董訥被革職。

二月辛未日，皇帝親臨經筵講學。癸酉日，大學士請求每隔三四日舉行一次御門聽政。皇帝說：“昨日下令六十歲以上的大臣隔日奏事，只是優待老臣罷了。至于朕，怎敢貪圖安逸，仍要每日照常聽政。”丁丑日，朝廷任命諾穆圖為漢軍都統。庚辰日，皇帝巡視京城周邊地區，并下令修繕通州至西沽兩岸的堤工。

三月辛丑日，皇帝返回京城。禮部尚書沙穆哈因在商議皇太子祭祀奉先殿的儀式注疏時態度不敬被免官。辛酉日，皇帝賜胡任輿等一百六十八人不同等級的進士及第、出身。朝廷任命范承勛為左都御史。

夏四月庚午日，理藩院上奏，經編審，外藩蒙古四十九旗人口共有二十二萬六千七百余人。辛巳日，朝廷任命查木揚為杭州將軍。

五月戊寅日，步軍統領凱音布上奏，請求禁止行人在新修的天壇道路上往來。皇帝說：“修路是為了百姓。如果不讓人走，修它有什么用？以后要是道路損壞，讓步兵隨時進行修繕。”順天學政李光地遭遇母親去世，皇帝命他在京城守喪。甲辰日，皇帝命令翰林院、詹事府、國子監每日輪流派四名官員入值南書房。辛亥日，朝廷任命紀爾他布為滿洲都統，噶爾瑪為蒙古都統。甲寅日，皇帝下詔編纂《類函》。丁巳日，皇帝巡視京城周邊地區，查看河堤，并告誡隨行衛士要魚貫而行，不要踐踏農田。戊午日，皇帝視察龍潭口。己未日，皇帝又視察了化家口、黃須口、八百戶口、王家甫口、筐兒港口、白駒場口，對于薄弱之處，都下令進行增修。庚申日，皇帝視察桃花口、永安口、李家口、信艾口、柳灘口等處新修的堤壩，說：“新修的堤壩非常堅固，百姓可以免受數年水患之苦了。”壬戌日，皇帝返回京城。

閏五月庚午日，皇帝在豐澤園對翰林出身的官員進行考試。

六月辛丑日，朝廷加封湖廣提督徐治都為鎮平將軍。丙辰日，朝廷任命范承勛為江南江西總督。

秋七月丁卯日，朝廷任命蔣弘道為左都御史，調任王士禛為戶部左侍郎，王掞為戶部右侍郎。巴圖爾額爾克濟農奏報，歸降之人祁齊克逃走，朝廷派兵追擊并斬殺了他。丁亥日，皇帝尋求文學方面的人才。大學士舉薦了徐乾學、王鴻緒、高士奇以及韓菼、唐孫華。皇帝說：“韓菼不是被貶降職的人，應當以原官職召回補用。徐乾學、王鴻緒、高士奇可以起用他們編纂書籍。同時把徐秉義也召來。”后來，皇帝測試唐孫華的詩作，認為很好，授予他禮部主事、翰林院行走的職位。己丑日，江南江西總督傅拉塔去世，朝廷追贈他為太子太保，給予祭葬，謚號清端。庚寅日，皇帝前往塞外巡視。

八月己未日，皇帝駐扎在拜巴哈昂阿。喀爾喀哲布尊丹巴前來朝見，皇帝賞賜他冠服。

九月己巳日，朝廷增加八旗入學名額。己卯日，皇帝返回京城。壬午日，朝廷任命石文炳為漢軍都統，王繼文為云南貴州總督。

冬十月丙申日，朝廷任命吳赫為四川陜西總督。乙巳日，朝廷任命金世榮為福州將軍。十一月丁卯日，溫僖貴妃鈕祜祿氏去世。癸酉日，朝廷任命張旺為江南提督。戊寅日，朝廷起用陳廷敬為戶部尚書。

十二月庚戌日，朝廷任命覺羅席特庫為滿洲都統，杜思噶爾為蒙古都統。

這一年，朝廷免除直隸、山東等省十二個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮前來進貢。

清康熙三十四年（公元1695年）春正月丁亥日，朝廷任命護巴為滿洲都統。

二月己亥日，朝廷任命郭世隆為浙江福建總督。丁巳日，太和殿修建完成。退休的大學士李之芳去世，朝廷給予祭葬，謚號文襄。

三月丙戌日，朝廷任命石文英為漢軍都統。

夏四月丁酉日，平陽府發生地震。甲辰日，朝廷派遣使者冊封班禪胡土克圖。己酉日，朝廷追敘趙良棟平定四川、云南的功績，授予他一等子的世襲職位，其部下將領也分別得到升遷和賞賜。己未日，朝廷任命李輝祖為河南巡撫。

五月壬寅朔日，朝廷派遣尚書馬齊前往勘察、賑濟地震災民。巡撫噶世圖因玩忽救災職責被免職。辛未日，皇帝命令在京的八旗分別劃分土地，各自建造兩千間房屋供士兵居住。壬申日，皇帝巡視京城周邊地區，查看新修的堤壩以及海口運道，并下令修建海神廟。戊子日，皇帝返回京城。

六月丁酉日，朝廷冊封皇太子胤礽的妃子石氏。庚子日，因長時間降雨，皇帝下詔讓朝廷大臣陳述時政得失，禮部舉行祈晴儀式。庚申日，漕運總督王樑上奏彈劾衛千總楊奉在漕運船上裝載貨物。皇帝諭示：“商人裝載貨物，對漕運有什么妨礙？王樑卻將貨物搜出丟棄在兩岸，行為十分粗暴，立即解除他的職務。”

秋七月己丑日，朝廷任命覺羅舒恕為寧夏將軍，鄂羅順為江寧將軍。趙良棟請求前往江南就醫，皇帝下令給予他南巡時乘坐的舊船。

八月壬辰日，皇帝前往塞外巡視。辛丑日，博濟上奏報告，噶爾丹的屬下五百名回子擅自進入三岔河汛界，肅州總兵官潘育龍將他們全部俘虜，并拘禁在肅州。丙午日，皇帝抵達克勒和洛。皇帝命令宗室公蘇努、都統阿席坦、護巴領兵防備噶爾丹。己酉日，皇帝抵達克勒烏理雅蘇臺。朝廷調任董安國為河道總督，桑額為漕運總督。

九月辛巳日，皇帝返回京城。癸未日，皇帝下詔，順天、保定、河間、永平四府因水災損害莊稼，免除明年的地丁錢糧，同時運送四萬石米前往平抑糧價。

冬十月丁未日，皇帝命令內大臣索額圖、明珠前往視察噶爾丹的情況。

十一月己未朔日，發生日食。壬戌日，皇帝命令大軍分三路防備噶爾丹，軍隊攜帶八十日的口糧，所需的駝馬、糧食，命令侍郎陳汝器、前左都御史于成龍分別監督運輸。丙寅日，朝廷停止當年的秋季處決。庚午日，皇帝命令李天馥再次擔任大學士。庚辰日，皇帝在南苑舉行大規模閱兵。戊子日，皇帝任命安北將軍伯費揚古為撫遠大將軍。朝廷派遣大臣前往蒙古征集軍隊，并告知出師日期。

十二月己亥日，皇帝命令將軍博濟、孫思克率軍從鎮彝出發。乙巳日，平陽發生地震，皇帝命令免除本年的糧食賦稅，同時免除山西、陜西、江南、浙江、江西、湖廣、廣東、福建等省拖欠的賦稅，赦免死罪以下的犯人，并下令，如果有不利于百姓的政令，讓各地督撫上報。朝廷任命齊世為滿洲都統。

這一年，朝廷免除直隸、山西、江西、福建、廣東等省十二個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮、琉球前來進貢。

清康熙三十五年（公元1696年）春正月甲午日，康熙皇帝下詔，宣布將親自率軍征討噶爾丹，并設宴犒勞隨征的大臣和將士。甲申日，朝廷任命公彭春參與西路軍務的謀劃與協助。

二月丁亥朔日，皇帝拜謁皇陵。辛卯日，皇帝返回京城。壬辰日，朝廷任命碩鼐為蒙古都統。癸丑日，皇帝舉行儀式，向天地、宗廟、社稷祭告此次出征之事。甲寅日，皇帝命皇太子胤礽留守京城。丙辰日，皇帝親自統率六軍，正式踏上征程。

三月戊辰日，皇帝來到行宮，觀看將士射箭演練。辛未日，大軍抵達滾諾，突降大雨雪，皇帝堅持露天站立，直到軍士們扎營完畢，才進入營帳；等軍中都做好飯，他才開始進餐。還把自己營帳中的糧草留下，供給后面趕到的人。庚辰日，朝廷賜予已故巡撫王維珍祭葬的待遇，并追謚“敏愨”。

夏四月辛卯日，皇帝駐扎在格德爾庫。壬辰日，移駐塔爾奇拉，并下令：“如今已抵達邊界，從明日起，全軍都要環形扎營。”前方哨兵偵察到噶爾丹在克魯倫一帶，皇帝便命蒙古兵先行進發，占據河岸。

五月丙辰朔日，皇帝駐蹕拖陵布拉克。辛酉日，抵達枯庫車爾。壬戌日，得知噶爾丹確切位置后，皇帝親自率領前鋒部隊率先出發，其他各軍分成兩翼跟進，在燕圖庫列圖扎營。此地向來缺水，然而大軍一到，山泉竟噴涌而出，皇帝還親自前去查看。癸亥日，大軍抵達克魯倫河。皇帝對大臣們說：“噶爾丹不懂得憑借河流據守抵抗，看來他沒什么本事了。”此前，前哨中書阿必達偵察后報告，噶爾丹一開始根本不相信清軍會突然到來，等他登上孟納爾山，遠遠望見皇帝的黃色營帳和龐大的軍陣，大軍如烏云般聚集，一眼望不到邊際，不禁大驚失色：“怎么來得這么快！”于是丟棄營帳，連夜逃跑。清軍查驗其軍隊留下的馬糞，判斷他們大約已逃走兩天。皇帝率輕騎兵追擊，沿途所見，噶爾丹部丟棄的各種財物、駝馬，還有婦女兒童，數不勝數。皇帝回頭問科爾沁王沙津：“敵人怎么如此倉皇？”沙津回答：“為了逃命罷了。”喀爾喀王納木扎爾也說：“當年我們逃難的時候，也是這般狼狽。”皇帝寫信給皇太后，詳細匯報軍中情況，并約定回京日期。追擊到拖納阿林后，皇帝決定回師，改令內大臣馬思喀繼續追擊。戊辰日，皇帝正式班師返程，當天清晨，天空中出現五色祥云。癸酉日，大軍駐扎中拖陵。撫遠大將軍伯費揚古在昭莫多大敗噶爾丹，斬殺敵軍三千人，還陣斬噶爾丹的妻子阿奴，噶爾丹僅率數名騎兵逃脫。癸未日，皇帝抵達察罕諾爾，召見蒙古諸王，褒獎他們在修路、打井、放牧等方面的功勞，分別賞賜白銀。

六月癸巳日，皇帝回到京城。此次戰役，中路軍由皇帝親自統帥，逼走噶爾丹；西路費揚古大敗噶爾丹；只有東路薩布素因路途遙遠，未能按時到達，沒有立下戰功。甲午日，朝廷論功行賞，喀爾喀郡王善巴因將全部馬匹借給軍隊用于作戰，晉封為親王；貝子盆楚克因偵察敵情立有功勞，被封為郡王。大臣們舉行慶賀儀式。乙未日，皇帝下令，察哈爾護軍每月餉銀增加一兩，喀爾喀人每人賞賜六兩白銀，期限為三年。同時下詔，暫停當年的秋審。壬子日，朝廷任命吳琠為左都御史；調張旺任福建水師提督，張云翼任江南提督。

秋七月戊午日，朝廷因平定朔漠的功績，在太學立碑刻石以作紀念。任命李輝祖為湖廣總督。癸亥日，朝廷增加各省鄉試錄取名額。戊辰日，改任吳英為福建陸路提督，岳升龍為四川提督。

八月丁酉日，索諾和因軍需供應不足被免職，朝廷任命凱音布為兵部尚書。

九月甲寅朔日，回回國王阿卜都里什克上奏：“臣仰仗天威，得以歸降。如今臣將返回葉爾欽，懇請陛下下旨，讓策旺阿拉布坦不要加害于我。”乙卯日，朝廷賞賜歸降的厄魯特人官職、衣物和糧食。壬申日，皇帝前往塞外巡視。丙子日，抵達沙城后，皇帝下詔：“近年來，宣化地區為牧養軍馬，百姓負擔繁重，民力損耗極大，特免除該地區明年全部賦稅。”丁丑日，副都統祖良璧在翁金擊敗噶爾丹部將丹濟拉。

冬十月甲申朔日，朝廷派遣官員攜帶衣物、裘皮、牛羊等物資，賞賜西路軍將士。丁亥日，皇帝駐扎昭哈，賞賜右衛、大同兩地在戰斗中陣亡的軍士家屬白銀。庚寅日，大將軍費揚古押送俘虜前來，皇帝下令賜銀將俘虜贖回，讓他們與家人團聚。戊申日，皇帝親自看望右衛軍士，賜給他們食物，并傳旨說：“昭莫多之戰，你們在缺糧的情況下徒步作戰，還能抵御敵人，所以特地賞賜食物，你們向國庫所借的銀子也全部免除。受傷生病的人，另外還有賞賜。”眾軍士叩首，歡呼致謝。庚戌日，皇帝駐蹕麗蘇，寫信給皇太后，感謝她賞賜的裘皮衣物。

十一月戊寅日，噶爾丹派使者前來乞降，使者格壘沽英抵達后，其實是想試探皇帝的態度。皇帝告訴他：“給你七十天時間，超過這個期限，我就繼續進兵！”庚辰日，皇帝開始啟程回京。

十二月壬寅日，皇帝回到京城。朝廷任命宗室費揚固駐守右衛，祁布為滿洲都統，雷繼尊為漢軍都統。庚戌日，皇帝下詔：“陜西、甘肅沿邊的州縣衛所，地處軍隊過往要道，供應物資繁多，百姓生活困苦，特免除這些地區明年的地丁銀米賦稅。”

這一年，朝廷免除江南、江西等省三十二個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮前來進貢。

清康熙三十六年（公元1697年）春正月丙辰日，皇帝前往南苑圍獵。戊辰日，哈密回部將噶爾丹之子塞卜騰巴爾珠爾抓獲并獻給朝廷。己巳日，朝廷派遣官員慰問勇略將軍趙良棟，賞賜人參、鹿尾。甲戌日，皇帝說：“我看《明史》，整個明朝都沒有太后干預政事，也沒有大臣欺凌君主的情況。我朝有很多事例都借鑒了明朝。我不會像前人那樣，動輒譏諷前朝是亡國之朝。如今正在修訂《明史》，把我的這番話加入敕書之中。”

二月丁亥日，皇帝再次親自出征噶爾丹，啟程出發，當天駐扎昌平。阿必達上奏，哈密抓獲了厄魯特人土克齊哈什哈，此人正是殺害使臣馬迪的主犯。皇帝下令將其處死，子女罰沒，給馬迪家為奴。戊戌日，皇帝駐蹕大同。丁未日，抵達李家溝。戊申日，皇帝下詔，免除大軍行進途中所經過的岢嵐、保德、河曲等州縣當年的賦稅。當天，駐扎輦鄢村，此地原本缺水，沒想到山泉突然涌出，人馬用水充足。庚戌日，朝廷派遣官員祭祀黃河之神。

三月丙辰日，皇帝駐蹕屈野河，厄魯特人多爾濟、達拉什等人先后前來歸降。皇帝賞賜哈密回王金銀財寶、冠服。丁巳日，趙良棟去世，皇帝聽聞后，嘆息哀悼許久，對身邊大臣說：“趙良棟，真是個了不起的人物！”辛酉日，皇帝抵達榆林。戊辰日，到達安邊城。寧夏總兵王化行邀請皇帝到花馬池打獵，皇帝拒絕道：“何不好好休養馬力，用來對付噶爾丹？”辛未日，皇帝抵達花馬池。丙子日，皇帝從橫城渡過黃河，派遣皇長子胤禔前往祭奠趙良棟和前任提督陳福。丁丑日，皇帝駐蹕寧夏，撫恤昭莫多、翁金戰役中陣亡的官兵。己卯日，祭祀賀蘭山。庚辰日，皇帝舉行閱兵儀式，還讓侍衛把自己御用的食物分賜給戰士們。

閏三月辛巳朔日，發生日食。庚寅日，康親王杰書去世。寧夏百姓聽說皇帝即將離開，懇請他多停留幾日，皇帝說：“邊境地區土地貧瘠，我多留一天，就多給百姓增添一天的負擔。你們的誠意，我已經知道了。”

夏四月辛亥日，皇帝駐扎狼居胥山。甲寅日，開始返程。庚申日，皇帝下令，各省選拔文才與品行俱佳的士人作為拔貢生，送入國子監學習。甲子日，費揚古上疏奏報，閏三月十三日，噶爾丹服毒自盡，其女兒鐘齊海率領三百戶人前來歸降。皇帝率領百官舉行拜天儀式，并下令各路軍隊班師回朝。當天，天降大雨。歸降的厄魯特人請求舉行慶賀活動，皇帝制止了他們。此前，皇帝本打算視察寧夏的黃河，從橫城乘船出發，到湖灘河朔后登陸，步行率領侍衛打獵，以打到的魚和水鴨為食，最后在包頭鎮與車隊會合。

五月乙未日，皇帝回到京城。丁酉日，朝廷進行人事調整，任命傅拉塔為刑部尚書，席爾達為左都御史，翁叔元被罷官，吳琠改任刑部尚書，張鵬翮任左都御史。癸卯日，禮部請求為皇帝上尊號，皇帝沒有答應。

六月甲寅日，禮部請求在大軍經過的名山上，刻石記載此次戰功，皇帝同意了。朝廷賜予已故勇略將軍、一等子趙良棟祭葬的待遇，追謚“襄忠”。

秋七月癸未日，群臣請求為皇太后上徽號，多次上奏，均被皇太后拒絕。乙未日，因朔漠平定，朝廷派遣官員祭告天地、宗廟、皇陵和先師孔子。皇帝賜李蟠等一百五十人不同等級的進士及第、出身。晉封大將軍伯費揚古為一等公，參與軍務的其他官員也分別授予世襲官職。辛丑日，朝廷免除旗兵向國庫的借款。乙巳日，朝廷派遣官員攜帶財物賞賜外藩四十九旗的士兵。丁未日，皇帝前往塞外巡視。

八月乙亥日，皇帝駐蹕巴圖舍里，賞賜蒙古的王爺、公卿、臺吉們銀幣。

九月癸未日，厄魯特部的丹濟拉前來歸降，皇帝單獨在氈帳中召見了他。丹濟拉出來后對人說：“我是個有罪之人，皇上卻絲毫不懷疑我，真是神人啊！”甲午日，皇帝返回京城。庚子日，朝廷任命都統凱音布兼任步軍統領。壬寅日，皇帝親臨經筵講學。乙巳日，振平將軍、湖廣提督徐治都去世，朝廷追贈他為太子少保，給予祭葬，謚號“襄毅”；賑濟黑龍江遭受水災的居民；任命席爾達為兵部尚書，哈雅爾為左都御史。

冬十月己巳日，朝廷開始允許宗室子弟參加鄉試、會試。壬戌日，皇帝下詔：“近年來，軍隊出征往返，多次經過山西，百姓承擔了物資供應和運輸的勞苦，特免除山西明年的賦稅。”朝廷論功行賞，為隨征的鎮國公蘇努晉升爵位，封為貝子。庚午日，皇帝拜謁皇陵。甲戌日，太監劉進朝因訛詐他人，被判處死刑。

十一月辛巳日，皇帝返回京城。丙戌日，和碩恪靖公主下嫁喀爾喀郡王敦多布多爾濟。戊戌日，朝鮮前來請求購買糧食，朝廷下令運送三萬石米前往賑濟。甲辰日，皇帝下詔，要求各省一旦發現災情，必須立即查明并上報。

十二月丁卯日，朝廷改任宗室董額為滿洲都統。乙亥日，皇帝在太廟舉行合祭大典。

這一年，朝廷免除直隸、江南、安徽、江西等省五十九個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮、琉球、安南前來進貢。

清康熙三十七年（公元1698年）春正月庚寅日，策旺阿拉布坦上奏，陳述第巴隱瞞達賴喇嘛圓寂一事，排斥班禪而抬高自己的地位，懇請皇帝明察。皇帝回復道：“朕曾下敕令斥責第巴，讓他上奏認罪，如果他堅持錯誤不知悔改，朕絕不會輕易饒恕。”同時派遣侍讀學士伊道等人攜帶敕令前往。癸卯日，皇帝啟程前往五臺山巡視。甲辰日，抵達涿州，皇帝命令皇長子胤禔、大學士伊桑阿前往祭祀金太祖、世宗陵寢。

二月辛亥日，皇帝下詔，免除山西康熙三十六年拖欠的賦稅。癸丑日，皇帝駐蹕菩薩頂。乙丑日，朝廷派遣官員前往山東賑濟災民。戊辰日，皇帝返回京城。

三月丙子朔日，皇帝親臨經筵講學。丁丑日，皇帝進行皇子冊封，封皇長子胤禔為直郡王，皇三子胤祉為誠郡王，皇四子胤禛、皇五子胤祺、皇七子胤祐、皇八子胤禩均封為貝勒。戊子日，朝廷下令禁止釀造燒酒。辛卯日，直隸巡撫于成龍上奏，稱與西洋人安多等人一同勘察渾河，計劃進行加固修繕和疏浚工作，并繪制圖紙呈交皇帝。皇帝批復：“務必在六月內完工。”

夏四月癸亥日，朝廷減少廣東海關的稅額。己巳日，皇帝下詔，溫郡王延壽因行為不端，降為貝勒；貝子袁端被削去爵位。壬申日，朝廷命貝子蘇努掌管盛京將軍事務。癸酉日，皇帝巡視漕河。

五月甲戌日，武清百姓請求修筑外堤。皇帝表示：“修筑外堤恐怕會損害民田。”百姓回應：“河水決堤的危害，比損害農田更為嚴重。”皇帝說：“雨季即將來臨，暫且先豎立木樁保護堤壩，開挖小河排水，等到明年春天雨水來臨前，一定為你們建成外堤。”癸未日，皇帝返回京城。壬寅日，朝廷裁撤上林苑。同時任命李林盛為陜西提督，張旺為廣西提督。就在這個月，策旺阿拉布坦上奏，陳述與哈薩克發生戰爭，以及拘禁丹津鄂木布的緣由。皇帝命將此奏疏出示給議政大臣們商議。

六月辛亥日，朝廷將吳英調任為福建水師提督。丁巳日，朝廷將四川梁萬營改為化林營，并設置參將及以下官職。己未日，云南巡撫石文晟上奏，請求準許三藩屬人中，那些奉旨免于緝拿的人，開墾田地并參加科舉考試。皇帝批準了這一請求。

秋七月癸酉朔日，張玉書遭逢母親喪事。朝廷任命吳琠為大學士，王士禛為左都御史。辛卯日，皇帝命令吏部，每月選拔的同知、通判、知州、知縣等官員，需經皇帝親自召見。癸巳日，霸州新河修筑完成，皇帝賜名“永定河”，并修建河神廟。己亥日，朝廷任命盧崇耀為廣州將軍，殷化行為廣東提督。庚子日，朝廷任命蘇爾發為滿洲都統。辛丑日，皇帝侍奉皇太后東巡，取道塞外。

八月癸丑日，皇帝侍奉皇太后駕臨喀拉沁端靜公主府第，賞賜公主金幣，也賞賜了她的額駙噶爾臧。甲子日，皇太后在發庫山遙祭父母。己巳日，皇帝賞賜端敏公主及其額駙達爾漢親王班第金幣。與此同時，湖南山賊黃明進犯靖州，陳丹書進犯茶陵州，朝廷派遣官兵前往，成功將其平定。

九月壬申日，皇帝抵達克爾蘇，親臨科爾沁已故親王滿珠習禮的墓前灑酒祭奠，滿珠習禮是孝莊皇后的父親。癸巳日，皇帝駐蹕扎星阿，賞賜黑龍江將軍薩布素等人金幣、冠服。庚子日，朝廷下令暫停盛京、烏拉當年的死刑執行。

冬十月癸卯日，皇帝外出圍獵，親自射殺兩只老虎，其中一只老虎，是隔著山澗射中，箭矢穿透其肋部。丁未日，皇帝再次圍獵，用槍擊斃兩只熊，當天，皇帝駐蹕輝發。己酉日，朝廷裁撤云南永寧府，設置永北府。癸巳日，皇帝駐蹕興京。甲寅日，皇帝拜謁永陵，派遣官員前往祭奠武功郡王禮敦之墓。朝廷對貴州水西土司進行改制，設置大定、平遠、黔西三個由流官治理的行政區。丁巳日，皇帝拜謁福陵、昭陵，并親臨武勛王揚古利、直義公費英東、弘毅公額亦都之墓祭奠。皇帝下令免除奉天當年的米豆賦稅。壬戌日，皇帝侍奉皇太后啟程返回。

十一月癸未日，皇帝侍奉皇太后回到宮中。丙戌日，皇帝下詔：“朕此次巡視所經過的敖漢、奈曼、阿祿科爾沁、扎魯特等蒙古部落，水草豐美，但百姓生計艱難，原因在于牲畜常被盜賊偷走，致使他們不敢在夜間放牧。朕已派遣郎中李學圣等人前往處理，如今盜竊現象有所減少。其他蒙古地區也應仿照此例，派遣官員前去。若有旗員自愿前往蒙古教導當地百姓，準許其前往。涉及命案、盜竊案等各類案件，一同參與判決。”庚寅日，朝廷任命張鵬翮為江南江西總督。

十二月辛丑朔日，皇帝命令徐廷璽協助辦理河務，同時派遣尚書馬齊，侍郎喻成龍、常綬前往視察河工。庚戌日，皇帝諭令宗人府：“對于那些閑散宗室中，有才能、精于騎射，以及生活貧困無以為繼的人，要詳細查明并上報。”皇帝還下詔，規定官民妻女若因事受到牽連，不得隨意拘押審訊，并將此定為法令。朝廷將四川東川土司轄地改為東川府，設置知府及以下官員。戊午日，皇帝下詔，命八旗查訪孝子節婦。己未日，朝廷任命巴錫為云南貴州總督，馬自德為京口將軍。己巳日，皇帝在太廟舉行合祭大典。

這一年，朝廷免除直隸、江南、福建、浙江、湖廣等省三十五個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮前來進貢。

清康熙三十八年（公元1699年）春正月辛卯日，皇帝下詔：“朕即將南巡，視察黃河治理工程，沿途一切供應所需，均從京城籌備。提前告誡各地官吏，切勿給百姓增添負擔。”

二月壬寅日，詹事尹泰因不稱職被解除職務。癸卯日，皇帝侍奉皇太后開始南巡之旅。戊申日，皇帝因天津總兵潘育龍訓練軍隊頗有成效，賞賜他御賜貂裘。

三月庚午日，皇帝抵達清口，侍奉皇太后渡過黃河。辛未日，皇帝乘坐小船，親臨視察高家堰、歸仁堤、爛泥淺等水利工程。朝廷截留十萬石漕糧，發放至高郵、寶應等十二個州縣，用于平抑糧價。壬申日，皇帝巡視黃河堤壩。丙子日，皇帝車駕駐蹕揚州，告誡隨從兵士不要踐踏麥田。壬午日，皇帝下詔，免除山東、河南拖欠的賦稅，并特赦死罪以下的犯人。癸未日，皇帝車駕抵達蘇州。辛卯日，皇帝車駕駐蹕杭州。丙申日，皇帝舉行閱兵儀式，并觀看將士射箭比賽。戊戌日，皇帝侍奉皇太后開始返程。

夏四月庚子朔日，皇帝一行返回蘇州。皇帝下詔，免除鹽課、關稅中增加的銀兩，并特別增加江浙兩省的科舉錄取名額。乙巳日，朝廷任命丹岱為杭州將軍。己酉日，皇帝車駕抵達江寧，并在此閱兵。庚申日，皇帝車駕抵達揚州。辛酉日，朝廷任命彭鵬為廣西巡撫。丙寅日，皇帝渡過黃河，乘坐小船視察新筑的堤壩。

五月辛未日，皇帝抵達仲家閘，親筆書寫“圣門之哲”匾額，懸掛在先賢子路祠中。乙酉日，皇帝侍奉皇太后回到宮中。丁亥日，朝廷任命馬爾漢為左都御史，王鴻緒為工部尚書。

六月戊戌朔日，朝廷起用郭琇為湖廣總督，任命鎮國公英奇為蒙古都統。

秋七月甲申日，黃河在淮、揚地區決口。

閏七月戊戌日，敏妃張佳氏去世。誠郡王胤祉是她所生，因在她去世后不滿百日便剃發，被降為貝勒。癸丑日，此前，苗賊黃明多次被奏報抓獲或死亡，但仍不斷犯事。直至此時，朝廷派遣官員徹查審訊，將黃明及其同伙陳丹書、吳思先等三十余人處死。對于那些奏報不實的督撫麻勒吉等人，分別給予降職、罷黜等處分。皇帝前往塞外巡視。

九月丙午日，皇帝返回京城。丙辰日，皇帝親臨經筵講學。朝廷改任揚岱為滿洲都統，魯伯赫、拖倫、崇古禮均為蒙古都統。戊午日，大學士阿蘭泰去世，皇帝深感惋惜，派遣皇長子胤禔前去探視病情，并賞賜祭奠、增加祭禮，賜謚號“文清”。

冬十月癸酉日，皇帝巡視永定河工程。庚辰日，皇帝返回宮中。大學士李天馥去世，朝廷給予祭葬，賜謚號“文定”。

十一月乙巳日，皇帝拜謁皇陵。壬辰日，朝廷任命馬齊、佛倫、熊賜履、張英為大學士，陳廷敬為吏部尚書，李振裕為戶部尚書，杜臻為禮部尚書，馬爾漢、范承勛為兵部尚書，王士禛為刑部尚書。壬寅日，皇帝命令滿、漢給事中各四名輪流侍班。丙午日，皇帝下令寶源局收購廢舊銅錢。

十二月戊辰日，皇帝返回京城。癸巳日，皇帝在太廟舉行合祭大典。

這一年，朝廷免除直隸、江南、江西、浙江、福建、陜西、湖廣等省七十三個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮、琉球前來進貢。

清康熙三十九年（公元1700年）春正月己未日，朝鮮國王李焞因清朝遣返本國難民，進獻地方特產表達謝意，康熙皇帝將特產退還。癸亥日，皇帝前往視察永定河治理工程。

二月甲戌日，皇帝乘船巡視郎城、柳岔等地水道，因水淺換乘小艇繼續前行，在途中親自指示河道修建策略。壬午日，皇帝返回京城。己丑日，皇帝命內大臣費揚古、伊桑阿對宗室子弟的騎射能力進行考核。

三月甲午日，皇帝親臨經筵講學。吏部奏報安徽巡撫李鈵被彈劾一案，提議將案件交由將軍、提督查辦。皇帝指出：“將軍、提督不負責民政事務，吏部的提議不合理。”對吏部予以嚴厲斥責，尚書庫勒納不久后被免職。癸卯日，朝廷改任張鵬翮為河道總督。張鵬翮請求裁撤協理官員及效力人員，并希望朝廷放寬相關法規，以便更好地完成治河任務，朝廷批準了他的請求。甲寅日，朝廷任命宗室特克新為蒙古都統。丙辰日，皇帝賜汪繹等三百零一人不同等級的進士及第、出身。四川巡撫于養志與提督岳升龍相互彈劾，朝廷派遣官員調查審訊，二人皆被革職。

夏四月庚辰日，皇帝再次視察永定河，命令八旗兵丁協助開河，并讓直郡王胤禔統領，僖郡王岳希等五人一同前往。壬午日，皇帝視察子牙河。壬辰日，皇帝返回京城。

五月丁未日，朝廷任命阿山為江南江西總督。甲寅日，朝廷任命阿靈阿為蒙古都統。

六月癸亥日，張鵬翮奏報疏浚海口工程完工，河道暢通，于是將攔黃壩改名為大通口，并修建海神廟。杜臻被免職，朝廷任命王澤弘為禮部尚書，李柟為左都御史。丁亥日，朝廷暫停宗室子弟參加科舉考試。

秋七月甲午日，理藩院審議喇嘛商南多爾濟奏報的策旺阿拉布坦派兵前往青海一事，認為無需處理。皇帝說：“此事目前看似微不足道，但將來影響重大。理藩院打算不予處理，倘若青海方面詢問商南多爾濟，該如何答復？策旺阿拉布坦為人狡詐，向來行事奸惡，周邊部落都與他有仇。他聲稱要征討第巴，路途遙遠且充滿險阻，也有可能是虛張聲勢來恐嚇青海，這都說不定。關鍵是要讓他不敢挑起事端。”乙巳日，朝廷規定翰林官中的編修、檢討、庶吉士每月發放三兩白銀，學道出缺時，按照任職資歷依次派出。壬子日，原振武將軍孫思克去世，皇帝命皇長子胤禔前往奠酒，并賞賜兩匹鞍馬、一千兩白銀，賜謚號“襄武”。丁巳日，皇帝前往塞外巡視，同時命李光地、張鵬翮、郭琇、彭鵬詳細商議科舉考試相關事宜。

八月辛未日，皇帝駐扎在齊老圖。

九月癸巳日，朝廷停止當年的秋季處決。皇帝下詔，命張鵬翮專門負責河工事務，將范成勛等九人召回。給事中穆和倫奏請禁止奢侈的服飾穿戴，內閣大臣票擬進行斥責。皇帝說：“言官負責監督進諫，若因言論而治罪，今后誰還敢說話？不過他說奢侈之風始于康熙十年之后并不對，那其實是輔政大臣時期的事，如今已有所收斂。”

冬十月辛酉日，皇太后六十大壽，皇帝撰寫《萬壽無疆賦》，親自書寫在圍屏上作為賀禮進獻。癸酉日，皇帝巡視永定河。戊寅日，皇帝返回京城。己卯日，皇帝下令，將本年經行取卻尚未補缺的科道官員，任命為額外御史，跟隨班次參與議事。

十一月庚寅日，皇帝命令青海的鄂爾布圖哈灘巴圖爾遷移至寧夏駐扎。皇帝下詔，命侍郎溫達巡查陜西、甘肅的驛站。王澤弘被免職，朝廷任命韓菼為禮部尚書。皇帝下令，大臣及重要官員子弟參加科舉考試時，單獨編為官號，并限制錄取名額。辛亥日，皇帝前往邊外巡視，同時命令政績優異的官員按照行取的慣例，由皇帝親自召見。戊午日，四川打箭爐的土著蠻族發動叛亂，朝廷派遣侍郎滿丕偕同提督唐希順率軍前往征討。

十二月己未朔日，皇帝駐扎在暖泉，賞賜外藩王公以下至普通官兵白銀。戊辰日，皇帝返回京城。癸酉日，朝廷調任蕭永藻為廣西巡撫，彭鵬為廣東巡撫。壬午日，已故安親王岳樂因之前在審理貝勒諾尼一案時誤判，被追降為郡王，其子僖郡王岳希、貝子吳爾占均降為鎮國公。丁亥日，皇帝在太廟舉行合祭大典。

這一年，朝廷免除直隸、江南、安徽、陜西、浙江等省五十七個州縣因受災應繳納的賦稅，數額各有不同。朝鮮前來進貢。