清崇德六年（公元1641年）春正月庚辰日，朝鮮國王李倧呈遞奏表向清朝謝罪。壬辰日，席特庫、濟席哈等人所率的軍隊返回。癸巳日，席特庫被晉升為三等總兵官。甲午日，皇太極的皇四女固倫公主雅圖下嫁給了科爾沁卓禮克圖親王吳克善的兒子弼爾塔噶爾額駙。丁酉日，二等副將勞薩因有罪，被革去碩翁科羅巴圖魯的稱號，并降為一等參將。
二月己未日，鑒于八旗佐領下的人員大多貧困，皇太極下令戶部查明情況并上奏。同時告誡佐領不要沉迷酒色而失職。其中有因飲酒而導致失業的四十八人都被解除了職務。皇太極還下令諸王大臣教導子弟練習射箭。丙寅日，多爾袞等人上奏擊敗了明朝的軍隊。
三月己卯日，濟爾哈朗等人代替其他將領繼續圍困錦州。丁酉日，和碩睿親王多爾袞、肅親王豪格被降為多羅郡王，多羅貝勒阿巴泰、杜度以下的官員分別被處以罰款。當時，祖大壽為明朝守衛錦州，清朝多次招降他都沒有回應?；侍珮O命令諸王輪流圍困錦州。而多爾袞等人把軍隊駐扎在離錦州三十里外的地方，還時常派遣軍士回家，所以才有了這樣的處罰命令。己亥日，派遣朝鮮總兵柳琳等人率領軍隊去援助濟爾哈朗的軍隊。壬寅日，濟爾哈朗上奏攻克了錦州的外城。起初，清軍環繞錦州扎營，挖深溝筑高壘，斷絕了明朝軍隊的出入，城中的明軍非?？謶?。蒙古貝勒諾木齊、臺吉吳巴什等人請求投降，并且約定獻出東關作為內應。祖大壽察覺到了這件事，打算逮捕吳巴什等人。于是這些蒙古人大聲呼喊，與明朝軍隊展開搏斗。清軍從外面接應，于是攻克了錦州外城。祖大壽退回到內城堅守。甲辰日，諾木齊、吳巴什等人率領六千多蒙古人前來歸附，抵達了盛京。
夏四月丁未日，派遣阿哈尼堪等人率領軍隊前往錦州援助濟爾哈朗的軍隊。濟爾哈朗上奏在松山擊敗了明朝的援兵。庚戌日，派遣孔有德、尚可喜去協助圍困錦州。多爾袞等人聽說錦州的蒙古人投降了，請求效力贖罪，皇太極沒有準許。
五月丁丑日，明朝總督洪承疇率領六萬軍隊援救錦州，駐扎在松山的北崗。濟爾哈朗等人將其擊退，斬殺敵軍兩千人。丁亥日，索倫部的巴爾達齊投降。己丑日，派遣希福等人去查看錦州屯營的濠塹。壬寅日，皇太極下令駐防歸化城的都統古祿格等人增筑外城，建造敵樓，深挖濠溝，用來加強防守。
六月丁未日，命令多爾袞、豪格代替其他人圍困錦州。辛酉日，濟爾哈朗、多爾袞等人的聯合軍隊在松山擊敗了明朝的援兵。丙寅日，派遣學士羅碩帶著祖澤潤的書信去招降祖大壽。庚午日，多爾袞等人又上奏在松山擊敗了明朝的援兵。
秋七月戊寅日，賞賜考中舉人的滿洲人鄂謨克圖、蒙古人杜當、漢人崔光前等人每人一套朝衣，一二三等生員分別賞賜不同數量的緞布。甲申日，派遣孔有德、耿仲明、尚可喜帶領副都統率兵去協助圍困錦州。乙酉日，評議圍困錦州的功過，親王以下的官員分別受到了不同的賞賜和處罰。
八月甲辰朔日，評定攻克錦州外城各位將領的功勞，晉升鰲拜、勞薩、伊爾登等人的官職品級，恢復勞薩碩翁科羅巴圖魯的稱號。乙巳日，清軍與明軍交戰，明朝陽和總兵楊國柱戰敗而死。祖大壽把自己所率領的軍隊分成三部分，試圖突圍但沒有成功。丁未日，封烏朱穆秦部的多爾濟濟農為和碩蘇勒親王，封阿霸垓部的多爾濟額齊格諾顏為卓禮克圖郡王。丁巳日，皇太極因為明朝洪承疇、巡撫邱民仰等人援救錦州的軍隊號稱有十三萬，駐扎在松山，于是親自率領大軍前去抵御。濟爾哈朗留守。諸王、貝勒、大臣認為明朝軍隊勢力強大，勸皇太極暫緩出兵?；侍珮O笑著說：“只怕他們聽說我到了，會偷偷撤軍逃走罷了。如果他們不撤，我攻破他們就如同摧枯拉朽一般容易?！庇谑强焖傩熊娗斑M。戊午日，渡過遼河。洪承疇率領軍隊攻打清軍的右翼，豪格將其擊敗。壬戌日，皇太極到達戚家堡，準備前往高橋，召多爾袞帶兵前來會合。多爾袞請求駐扎在松、杏之間?；侍珮O聽從了他的建議，親臨松山。明朝有一支軍隊駐扎在乳峰山，從乳峰到松山，排列著七營步兵，騎兵則環繞在城的東西北三面，防御工事非常堅固。清軍從烏欣河南山到海邊，橫截大路駐扎下來。皇太極對各位將領說：“敵人眾多，糧食必定不足，他們看到我軍截斷了他們的運糧通道，必定沒有堅守的決心，我們設下埋伏等待他們，他們的整個軍隊都可以被殲滅。”癸亥日，明朝軍隊前來進犯，被清軍擊退。清軍又在塔山擊敗了明軍，繳獲了他們囤積的十二屯糧食。甲子日，明朝軍隊再次來犯，又被擊退。當時洪承疇因為軍餉缺乏，打算到寧遠就食。皇太極知道他們將要逃跑，于是分路設下埋伏，告誡各位將領嚴陣以待，扼守住他們逃回寧遠以及奔向塔山、錦州的道路。這天夜里，明朝吳三桂等六位總兵果然偷偷率軍先逃，在昏暗中被清軍的伏兵攔截，軍隊大敗。只有曹變蛟、王廷臣返回了松山。乙丑日，清軍又攻克了明軍的四個營臺。王樸、吳三桂逃奔杏山。曹變蛟放棄乳峰山，乘夜襲擊皇太極的大營，奮力拼殺，曹變蛟受傷逃走。己巳日，吳三桂、王樸從杏山逃奔寧遠，遇到清軍的伏兵，又被打得大敗，吳三桂、王樸僅僅自己逃脫性命。在這場戰役中，清軍斬殺明軍五萬，繳獲戰馬七千匹，軍用物資和器械數量也很多。洪承疇收攏了一萬多敗兵進入松山，據城堅守，無法再戰。清軍于是挖掘壕溝包圍了松山。這天，札魯特部的桑噶爾率領軍隊到達。
九月乙亥日，科爾沁卓禮克圖親王吳克善率領軍隊到達。命令多爾袞、豪格分兵回去守衛盛京。戊寅日，清軍攻打寧遠。乙酉日，關雎宮宸妃生病?；侍珮O準備返回京城，留下杜度、阿巴泰等人圍困錦州，多鐸、阿達禮等人圍困松山，阿濟格等人圍困杏山。丙戌日，皇太極起駕回朝。庚寅日，宸妃去世。辛卯日，皇太極回到京城。
冬十月癸卯朔日，出現了日食。甲辰日，派遣阿拜駐扎在錦州南的乳峰山。丁未日，派遣孔有德、耿仲明、尚可喜等人協助圍困錦州。己巳日，追封宸妃為元妃，謚號敏惠恭和。壬申日，封蘇尼特墨爾根臺吉騰機思為多羅墨爾根郡王。
十一月乙亥日，命令多爾袞、羅讬、屯齊駐扎在錦州，豪格、滿達海等人駐扎在松山。
十二月甲寅日，濟爾哈朗、多爾袞上奏在松山擊敗了洪承疇。
清崇德七年（公元1642年）春二月癸卯日，皇太極外出到葉赫打獵。戊申日，明朝的德王朱由賸去世，清朝以相應的禮儀將他安葬。戊午日，阿濟格上奏在寧遠擊敗了明朝的軍隊。辛酉日，豪格、阿達禮、多鐸、羅洛宏上奏攻克了松山，擒獲了明朝的總督洪承疇，巡撫邱民仰，總兵王廷臣、曹變蛟、祖大樂，游擊祖大名、祖大成等人。在這之前，洪承疇的援兵斷絕，多次突圍都沒有成功，他的副將夏承德約定投降，并且請求作為內應，把自己的兒子夏舒作為人質。戊午日的半夜，豪格等人用梯子登上城墻攻破了松山。捷報傳來，皇太極把所俘獲的人員和物資分發給官軍，收繳的軍器貯存在松山城。壬戌日，皇太極回宮。
三月癸酉日，斬殺了邱民仰、王廷臣、曹變蛟。下令讓洪承疇、祖大樂來京城，而放祖大名、祖大成進入錦州。己卯日，攻克錦州，祖大壽率領他所部的七千多人出城投降。乙酉日，阿濟格等人上奏說明朝派遣職方郎中馬紹愉前來求和，并拿出明朝皇帝給兵部尚書陳新甲的書信作為憑證?；侍珮O說：“明朝的文書大多不真實，而且言辭意思夸大，沒有求和的誠意。然而他們的真假不能確定，而和好本來就是我長久以來的愿望。我為百萬百姓考慮，如果事情真能成功，各自治理自己的國家，讓百姓安居樂業，那么兩國都能享受太平的福分。你們把我的意思傳達給他們?！币椅慈?，下令讓多爾袞、豪格駐扎在杏山、塔山，濟爾哈朗、阿濟格、阿達禮等人返回京城。
夏四月丁未日，皇太極下敕令招降吳三桂等人。庚戌日，天空中出現大小兩個太陽一同升起的現象，大的那個很快就消失了。辛亥日，濟爾哈朗、多爾袞、豪格等人上奏攻克了塔山。甲子日，上奏攻克了杏山。之后毀掉了松山、杏山、塔山三座城池。濟爾哈朗等人率領軍隊班師回朝。讓阿巴泰守衛錦州。
五月己巳朔日，濟爾哈朗等人上奏說明朝派遣馬紹愉前來議和，于是派遣使者去迎接他。癸酉日，洪承疇、祖大壽等人到達京城，入宮拜見皇太極并請求賜死。皇太極赦免了他們，告誡他們要盡忠報效朝廷，洪承疇等人哭泣著感謝。皇太極問洪承疇說：“明朝皇帝對待被俘的宗室，置之不理。對于陣亡的將帥以及走投無路而投降我們的人，都將他們的妻子兒女殺戮。這是以前的規定呢？還是新的條例呢？”洪承疇回答說：“以前沒有這樣的條例，近來因為文臣胡亂上奏，所以才這樣?！被侍珮O說：“君主昏庸臣子蒙蔽，竟然枉殺到這種地步。那些將士被擒獲請求投降，如果他們的罪行可以贖免，尚且應當贖免他們，怎么能殺戮他們的妻子兒女呢！”洪承疇說：“皇上真是仁德的君主啊?！蔽煲?，禁止善友邪教，誅殺了黨首李國梁等十六人。壬午日，明朝的使者馬紹愉等人才到達。
六月辛丑日，都察院參政祖可法、張存仁進言說：“明朝的盜賊日益興起，兵力枯竭而糧倉空虛，征調的軍隊不能前進，形勢如同瓦解一般。守衛遼東的將帥喪失了十分之八九，現在不得已請求議和，估計他們必定會南遷。我們應該要求他們納貢稱臣，以黃河為界限?！被侍珮O沒有采納。他寫信回復明朝皇帝說：“以前多次寫信請求和好，貴國不答應，事情已經過去，又有什么好說的呢。我承蒙上天眷顧，從東北海濱一直到西北，其中使犬、使鹿、產狐產貂的地方，以及厄魯特部、斡難河源，都已歸我臣服，蒙古、朝鮮全部納入版圖，因此昭告天地，正式即位改元。近來我軍進入貴國境內，攻克城池、攻破敵陣，乘勝長驅直入，又有什么可畏懼的呢。我只是懇切地為百萬百姓考慮，如果雙方能夠各自審察禍福，誠心和好，從此以后，完全消除往日的怨恨，至于尊卑的名分，又何必計較呢。古人說：‘情感相通就會明智，情感被蒙蔽就會昏庸?！拐咄鶃?，期望能夠當面相見，這樣情感就不會被阻塞蒙蔽。遇到吉兇大事，互相慶賀或吊唁。每年各自把當地所產的物品相互贈送，兩國逃亡的人員也相互送還。以寧遠的雙樹堡作為貴國的邊界，塔山作為我國的邊界，而在連山適中的地方進行互市。那些從海上往來的，則以黃城島的東西作為界限。越界的就各自懲罰自己的下屬。貴國如果采用我的這些建議，兩位君主或者親自對天地發誓，或者派遣大臣主持盟誓，我都聽從命令。否則以后就不要再派遣使者了。”于是厚賞了明朝的使臣及隨從人員，送他們回去。后來明朝的議和商議中途發生變化，和談最終沒有成功。癸卯日，皇太極告誡諸王貝勒，凡是行軍或打獵時，踐踏田禾的人要治罪。甲辰日，設立漢軍八旗，任命祖澤潤等八人為都統。任命貝子羅讬為都察院承政，吳達海為刑部承政，郎球為禮部承政。乙巳日，多羅安平貝勒杜度去世。
秋七月庚午日，皇太極告誡諸王、貝勒、大臣說：“你們對于自己所屬人員的賢能與否，應當已經詳細了解。知道有賢能的人卻不舉薦，用什么來表示鼓勵呢？太祖的時候，蘇完札爾固齊費英東等人看到別人有善行，先自己給予獎勵，然后舉薦；看到別人有不善的行為，先自己加以斥責，然后彈劾。所以人們既沒有驕傲的神色，也沒有怨言。現在沒有像這樣公正耿直的人了。”諸王貝勒等人都表示認罪。辛未日，承政索海因為有罪被革職。壬申日，任命紐黑為議政大臣。丙子日，評定功勞，晉升多羅?？ね醵酄栃?、肅郡王豪格恢復為和碩親王，多羅貝勒多鐸為多羅郡王，鄭親王濟爾哈朗以下的人分別給予不同的賞賜。戊寅日，派遣輔國公博和讬代替別人戍守錦州。乙酉日，評議濟爾哈朗以下各位將領征討錦州時違反紀律的罪行。皇太極考慮到他們長期辛勞，全部寬恕了他們。告誡刑部要謹慎地審理案件。己丑日，命令多羅郡王阿達禮掌管禮部事務。
八月己亥日，在錦州鑄造火炮。癸卯日，鎮國將軍巴布海有罪，被廢為庶人。癸丑日，評定攻克錦州、松山、杏山、塔山各位將領的功勞，分別晉升不同的官職品級。
九月，評定外藩諸王、貝勒、大臣隨從征討錦州的功勞，分別給予不同的賞賜。丁丑日，派遣貝子羅讬等人代替別人戍守錦州。壬午日，命令沙爾虎達等人征討虎爾哈部。
冬十月癸卯日，派遣英俄爾岱等人審訊朝鮮閣臣崔鳴吉等人的罪行。辛亥日，任命阿巴泰為奉命大將軍，與圖爾格率領軍隊征伐明朝。壬子日，軍隊出發。丁巳日，皇太極身體不適，赦免了死罪以下的犯人。己未日，命令多鐸、阿達禮駐扎在寧遠。下敕令招降吳三桂。又命令祖大壽寫信招降他。吳三桂是祖大壽的外甥。甲子日，命令鄭親王濟爾哈朗、睿親王多爾袞、肅親王豪格、武英郡王阿濟格裁決日常政務，那些不能決定的事情上奏報告。
十一月丁丑日，多鐸上奏擊敗了吳三桂的軍隊。丙申日，阿巴泰上奏從墻子嶺進入并攻克長城，在薊州擊敗了明朝的軍隊。
閏十一月甲辰日，皇太極回到京城。己酉日，沙爾虎達等人招降了虎爾哈部一千四百多人。丙辰日，派遣巴布泰等人更替戍守錦州。己未日，任命宗室韓岱為兵部承政。制定圍獵時誤射人馬的處分條例。
十二月丁卯日，皇太極外出到葉赫打獵。乙亥日，派遣金維城率領軍隊戍守錦州。丁丑日，皇太極在開庫爾駐蹕?；侍珮O身體不適，諸王貝子請求停止打獵，皇太極不答應。丙戌日，月亮周圍出現三個日暈。丁亥日，太陽周圍出現三個日暈。癸巳日，皇太極回到京城。
這一年，杜爾伯特部札薩克塞冷前來朝見。
清崇德八年（公元1643年）春正月丙申朔日，皇太極身體不適，命令和碩親王以下，副都統以上的官員，到堂子行禮。辛亥日，沙爾虎達等人率領軍隊返回，評定功勞并分別給予不同的賞賜。甲寅日，明朝寧遠總兵吳三桂回復了祖大壽的書信，但態度猶豫未決，于是皇太極再次下敕令招諭他。乙卯日，派遣譚布等人更替戍守錦州。辛酉日，多羅貝勒羅洛宏因為有罪被削去爵位。
二月乙丑朔日，出現了日食。甲戌日，安葬敏惠恭和元妃。庚寅日，禁止修建寺廟。
三月丙申日，皇太極下敕令禁止朝鮮的臣民與明朝往來。丙午日，發生地震，從西邊角落到東南方向有響聲。庚戌日，皇太極身體不適，赦免了死罪以下的犯人。派遣阿爾津等人征討黑龍江的虎爾哈部，葉臣等人更替戍守錦州。辛酉日，重新制定六部的處分條例。
夏四月癸酉日，派遣金維城等人更替戍守錦州。甲戌日，多鐸請求暫時停止軍事行動，停止工程建設，致力于農業生產，以滿足百姓的生活需求。
五月丙申日，重新封羅洛宏為多羅貝勒。在這之前，圖白忒部的達賴喇嘛派遣使者前來行聘問之禮，使者留在京城八個月，到這時，將他們送回，并賞賜了前來的使者。庚子日，努山在界嶺口擊敗了明朝的軍隊。癸卯日，阿巴泰上奏說清軍進入明朝境內，攻克了河間、順德、兗州三府、十八個州、六十七個縣，招降一個州、五個縣，與明朝進行了大小三十九次戰斗，殺死了魯王朱衣珮以及樂陵、陽信、東原、安丘、滋陽五位郡王，還有宗室文武官員共一千多人，俘獲的百姓、牲畜、金幣數以十萬計，并將詳細情況登記上報。丁巳日，阿爾津征討虎爾哈部傳來捷報。
六月癸酉日，多羅饒余貝勒阿巴泰率領軍隊返回，鄭親王濟爾哈朗、睿親王多爾袞、武英郡王阿濟格到郊外迎接他。甲戌日，賞賜阿巴泰以及隨從出征的將士不同數量的白銀和綢緞。己卯日，皇太極告誡諸王貝勒說：“治理家業的人務必在于節約用度，治理國家的人重在擁有土地和人民。你們不要專門從事俘獲來偏袒自己的親信。大家都應該各自辛勤地從事農桑，以注重根本大計?！卑榷Y代替別人戍守錦州。丁亥日，朝鮮國王李倧請求戍守錦州的軍隊每年更換一次。庚寅日，皇太極告誡戶、兵二部清查蒙古的人口，編入佐領，讓他們都披甲服役。
秋七月戊戌日，阿爾津等人率領軍隊返回，評定功勞并分別給予不同的賞賜。皇太極告誡諸王不要用黃金裝飾馬鞍和馬籠頭。制定了諸王、貝勒、貝子、公的府第規制。壬寅日，制定諸王貝勒失誤朝會的處分條例。丙辰日，制定外藩王、貝勒、貝子、公等與諸王、貝勒、貝子、公相見的禮儀。丁巳日，因為征討明朝取得大捷，向朝鮮宣告此事。辛酉日，命令滿達海掌管都察院事務。
八月丙寅日，貝子羅讬有罪被判處死刑，后免死，被幽禁起來。戊辰日，任命宗室鞏阿岱為吏部承政，郎球為禮部承政，星訥為工部承政。庚午日，皇太極駕臨崇政殿。這天夜里，亥時，皇太極沒有疾病突然駕崩，享年五十二歲，在位十七年。九月壬子日，安葬在昭陵。冬十月丁卯日，上尊謚為應天興國弘德彰武寬溫仁圣睿孝文皇帝，廟號太宗，后來多次加尊謚為應天興國弘德彰武寬溫仁圣睿孝敬敏昭定隆道顯功文皇帝。
評論說：皇太極有文才武略，對內修明政事，對外勤于征伐，用兵如神，所到之處都能建立功勞。雖然宏大的功業尚未完成，但世祖即位一年后，朝廷內外就歸于統一，這大概是因為皇太極的謀劃深遠。明朝政治混亂，盜賊橫行，皇太極固然知道明朝可以攻取，然而他不想急于通過戰爭來殘害百姓的生命，曾七次寫信給明朝的將帥，委屈心意請求和好。明朝人不衡量雙方的強弱，導致自己的國家滅亡，實在不值得一提。然而皇太極與鄰國交往的方式，實際上與商湯侍奉葛國、周文王侍奉昆夷沒有什么不同。啊，真是圣明??！