在PLANT，帕特利克·薩拉的肅正行動仍在繼續；而克萊茵派也針鋒相對地在地下持續進行著反戰宣傳。

一直追求以和平方式來解決爭端的前最高評議會議長西格爾·克萊茵在肅正行動中被射殺。

芙蕾與克魯澤和伊扎克一起返回PLANT。

聯合軍在奪回了維多利亞基地的質量加速機之后，為追擊大天使號而向宇宙發進。

卡嘉莉向基拉告知了兩人的雙胞胎關系；阿斯蘭想回到PLANT，再次與父親好好談一談。

另一方面，娜塔爾前往月面基地就任大天使級二號艦主天使號的艦長，軍銜也晉升為少校。

阿斯蘭前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”與父親見面，但帕特利克·薩拉這個“這場戰爭的目的就是為了滅絕自然人”的回答讓阿斯蘭徹底死了心。

居間惠說道：“沒想到，阿斯蘭的父親帕特利克·薩拉簡直瘋了，想要殺掉地球上所有的自然人。”

為了從阿斯蘭那里獲取自由高達與正義高達的所在，帕特利克將阿斯蘭拘禁起來；得知消息的拉克絲等人立即開始行動起來。

將脫出的阿斯蘭收容的，是以拉克絲為指揮官的ZAFT軍的新造戰艦“永恒號”，而艦長正是安德魯·巴特菲爾德。

向宇宙要塞“雅金·杜埃”發進的永恒號遭到了ZAFT軍追擊隊的攻擊。危急時刻，駕駛自由高達的基拉出現，解救了永恒號。

草剃號、大天使號和永恒號在L4的殖民衛星“門德爾”會合了。

安迪、拉克絲這些“克萊茵派”的人，也與大天使號的眾人再度見面。

基拉說道:“安德魯先生，沒想到你那個時候還活著”

安德魯說道：“是的，那個時候我殘疾了，失去了一個手臂和一條腿。”

得到ZAFT軍正在向大天使號駐留的L4殖民衛星群發進的消息后，藍色波斯菊的總帥穆爾塔·阿茲拉艾爾帶著三架高達來到主天使號上，準備搶先一步對大天使號發動攻擊。

另一方面，正在追擊永恒號途中的克魯澤，似乎對門德爾這個地方十分的熟悉。

主天使號對大天使號、永恒號及草剃號所在的門德爾發動了突襲。

除了未完成最終調試的永恒號之外，大天使號和草剃號先后出動迎戰。

雙方交戰之前，娜塔爾向大天使號表明了自己的身份，勸眾人投降并表示愿意在軍事法庭上作證；但被瑪琉婉言謝絕。

在娜塔爾的出色指揮下，大天使號被打得毫無還手之力，草剃號也被牽制住無法行動，克魯澤隊于此時趕到。

看著正在交戰的雙方，克魯澤決定帶著伊扎克秘密潛入門德爾。

感應到克魯澤的存在的穆也和迪亞克回到了殖民衛星，前去幫助大天使號的基拉，自己也陷入了極其嚴重的境地。

危急時刻，基拉和阿斯蘭先后爆發了種能力，將不利局面扳了過來；克羅特等三人被打得一敗涂地，機體能量逐漸見底；

與此同時，草剃號也擺脫了牽制，前來協助大天使號。

見勢不妙的娜塔爾當機立斷，下令撤退。

另一方面，穆和迪亞克在殖民衛星內部遇上了秘密潛入的克魯澤和伊扎克，四人捉對展開了激烈的MS戰。

得知駕駛暴風高達的對方正是迪亞克的伊扎克大吃一驚，而迪亞克也要求和伊扎克談一談。

發覺穆和迪亞克仍未歸來的基拉也前往殖民衛星內部，正好救下了被克魯澤擊傷的穆。

在克魯澤的有意帶領下，穆和基拉來到了研究所內部。

在研究所里，克魯澤不僅說出這里就是基拉的出生地，而且還透露出一個驚天的秘密……

奧特之王說道：“原來這里居然是基拉出生的地方。”

在殖民衛星門德爾的研究所內部，穆和基拉兩人因克魯澤說出的沖擊性的事實而受到極大的震撼：

原來基拉是雙胞胎中唯一被進行遺傳基因操作而在人工子宮里成功出生的新人類；而克魯澤竟然是穆的父親——阿爾塔·佛拉達的克隆體；克魯澤的最終目的，則是終結這個充斥著欲望的世界。

奧特之父說道：“原來這個克魯澤居然是穆父親的克隆體”

穆和基拉留在了研究所里；克魯澤則返回了威薩利烏斯號上。

克羅特等三人恢復過來后，主天使號再度對大天使號發動了攻擊；而強襲、暴風和自由三架高達均未返回的大天使號，只得由正義高達獨自應戰。

另一方面，返回到威薩利烏斯號上的克魯澤，將“打開門的鑰匙”托付給了芙蕾之后，開始向大天使號發動攻擊。

戰斗中，芙蕾帶著“打開門的鑰匙”乘上救生艙離開了威薩利烏斯號，并發出了救命信號。

聽到芙蕾的聲音后，基拉迅即趕往救生艙，但卻為三個強化人所阻攔，救生艙被主天使號回收成功。

終于得到了“打開門的鑰匙”里關于“中子干擾消除器”的情報，阿茲拉艾爾不禁大喜過望。

愛迪說道:“沒想到，這個阿茲拉艾爾簡直就是怪物，他非常憎恨調整者。”

遭到主天使號和ZAFT艦隊夾擊的大天使號等三艘戰艦突破了ZAFT艦隊的阻擊。

草剃號和永恒號向ZAFT的旗艦威薩利烏斯號合力發動了攻擊。

在曾經的部下阿斯蘭和迪亞克的敬禮中，亞迪斯艦長和威薩利烏斯號永遠地消失在漆黑的宇宙之中。

由于主天使號的三個強化人都達到了活動的界限，ZAFT方面也失去了旗艦威薩利烏斯號，大天使號等終于在激戰中得以生還，但受傷醒來的基拉卻因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克絲的膝蓋上痛哭不已。

得到了“中子干擾消除器”的情報的主天使號暫時撤離了戰斗，向月球方向撤退，準備用核武器來壓制新人類。

然后，從月面基地發進的地球聯合軍第六、第七艦隊帶著裝備了“中子干擾消除器”的核彈頭向ZAFT軍的宇宙要塞“博亞茲”進軍。

沒有料想到地球方面會擁有“中子干擾消除器”的ZAFT軍被打得大敗。

醉心于“博亞茲”的勝利的地球聯合軍，更進一步地向PLANT本國發射了核彈，幸好被駕駛自由高達和正義高達的基拉和阿斯蘭聯手阻止。

焦慮不已的帕特利克·薩拉生怕“染血的情人節”的悲劇再現，決定對地球聯合軍的艦隊使用ZAFT方面的核武器——“創世紀”。

喜比說道：“這個武器好巨大啊。”

崛進說道：“紅凱，這個武器叫什么名字？”

紅凱說道：“它的名字叫核武器創世紀。”

ZAFT軍的秘密武器“創世紀”所放出的γ射線肆意地射向地球聯合軍的宇宙艦隊，地球聯合軍傷亡慘重。

居間惠說道：“沒想到，僅僅一擊就讓聯合軍傷亡慘重。”

中島說道：“是啊，創世紀發射的光線居然是一個巨型伽馬射線”

雖然深為“創世紀”的恐怖所震撼，藍色波斯菊的盟主阿茲拉艾爾卻主張繼續攻擊。

在彼此的兵器的恐怖和被煽動的戰意驅動下，地球聯合軍和ZAFT軍開始向你死我活的戰場發進。

另一方面，基拉等人為了阻止核武器和創世紀繼續造成破壞，決定介入地球聯合軍和ZAFT軍的死斗。

最終之戰的序幕，即將拉開。

大古說道：“看來，最終決戰終于開始了。”

“創世紀”發動了第二波攻擊，直接摧毀了月面基地，從月面基地出發的地球聯合軍艦隊也被全滅。

斷絕了后路和援軍的主天使號在阿茲拉艾爾的堅持下只得孤軍奮戰。

在激烈的戰斗中，M1 Astray小隊成員大半陣亡，使得卡嘉莉的種能力覺醒；禁斷高達和災厄高達相繼被趕來協助的決戰高達和正義高達擊毀；穆所駕駛的強襲高達在與克魯澤駕駛的神翼高達的對決中受損，不得不暫時撤回大天使號。

大天使號和主天使號仍然在持續地互相攻擊。

娜塔爾不愿意再繼續這種毫無意義的戰斗，在阿茲拉艾爾舉槍威脅下仍然下令全員棄船，結果自己被阿茲拉艾爾射殺。

阿茲拉艾爾單獨對大天使號發動了最后的進攻，穆駕駛強襲高達為大天使號擋住了這致命的一擊，自己卻壯烈犧牲（其實沒死）。

萬分痛苦的瑪琉下令擊毀了主天使號。

朝陽說道：“紅凱前輩，穆先生他死了。”

紅凱說道：“他沒有死，他還活著，后來失去記憶，在兩年后的最終戰役中，恢復了全部的記憶。”

活海說道：“原來如此”

良說道：“決戰馬上就要結束了。”

感應到克魯澤的存在的基拉駕駛著自由高達與天命高達開始了死斗。

混戰中，迪亞克所駕駛的暴風高達被天命高達的浮游炮擊中；駕駛決戰高達的伊扎克前來援救，卻被強奪高達所阻擊。

決戰高達使用了暴風高達的大型光束炮，將無論是機體還是機師都到達極限的強奪高達擊毀，克羅特戰死。

在與克魯澤的死斗中，基拉處于一邊倒的不利局面，流星系統也被擊毀。

就在這時，基拉突然發現了逃生艇上的芙蕾，當兩人行將見面時，逃生艇被神翼高達的浮游炮擊毀，芙蕾死亡。

草剃號和永恒號同時向創世紀開火，但由于相轉移裝甲的保護，創世紀安然無恙。

阿斯蘭和卡嘉莉決定進入雅金·杜埃要塞內部來破壞創世紀。

陷入瘋狂的帕特利克·薩拉將創世紀的下一個目標定為北美大陸的華盛頓，并開槍打傷了勸阻他的部下，最后被部下射殺。

雅金·杜埃的自爆系統被啟動，然而自爆程序上還連帶著創世紀的發射命令。

阿斯蘭決定以一己的犧牲讓正義高達在雅金·杜埃內部自爆來阻止創世紀的發射，卻被卡嘉莉勸阻。

基拉與克魯澤的死斗也終于到了最后。

神意高達的駕駛艙遭到自由高達光束劍的直擊，克魯澤死亡。

雅金·杜埃發生爆炸，創世紀同時發射，神意高達首當其沖，自由高達也被波及。

PLANT臨時最高評議會發布了停戰通告，戰爭終于結束。

劫后余生的阿斯蘭和卡嘉莉相擁而泣。

在從大天使號上飛出的機械鳥的帶領下，阿斯蘭和卡嘉莉找到了飄浮在宇宙中的基拉。

泰迦說道：“戰爭終于結束了，就會有新的開始。”

紅凱與基拉他們告別了，回到地球，炸毀了聯合軍所有設施，拿走了圣盾、強襲、迅雷、決斗、暴風、禁斷、災厄、強奪的數據資料。

紅凱在扎夫特獲取了神意、傳說、混沌、深淵、蓋亞、救世主的數據資料。

在地球上，紅凱還抓走了隆德·蜜納·薩哈克、蕾娜·伊梅麗婭和珍·休斯頓以及賽蕾妮·馬克格蕾夫、艾爾莎·維斯、墨羅爾·皮斯蒂斯，還拿走觀星者高達和漆黑強襲高達、蔚藍決斗高達、翠綠暴風高達的殘骸和資料。

還獲取了拂曉高達和勇士高達、旋風救世主高達、烏黑迅雷高達、星云迅雷高達、吹雪神意高達、真紅圣盾高達、海伯里安高達、雷轟高達、赭黃強奪高達、蒼藍災厄高達、緋紅禁斷高達、劍裝災厄高達、圣約高達、重生高達、異端高達非規格機、強襲高達E、暴雨決斗高達、雹陣暴風高達、疾風強襲高達、混沌脈沖高達、蓋亞脈沖高達、深淵脈沖高達、命運脈沖高達的數據資料。

基拉說道：“紅凱還抓了隆德·蜜納·薩哈克、蕾娜·伊梅麗婭和珍·休斯頓以及賽蕾妮·馬克格蕾夫、艾爾莎·維斯、墨羅爾·皮斯蒂斯，拿走觀星者高達和漆黑強襲高達、蔚藍決斗高達、翠綠暴風高達的殘骸和資料。”

真飛鳥說道：“難怪沒有她們的信息，紅凱還獲取了很多高達機體的資料。”