然而，短暫的和平并未持續太久。在遙遠的沙之國邊境，一股神秘的沙塵風暴頻繁肆虐，所到之處，村莊被掩埋，百姓流離失所。據沙之國忍者傳來的情報，這風暴并非自然形成，其中似乎隱藏著某種邪惡的力量。
火影召集木葉村的精英忍者們商議對策，鳴人毫不猶豫地站了出來，主動請纓前往沙之國協助調查。佐助雖未言語，但眼神中也透露出一同前往的決心。就這樣，鳴人、佐助和小櫻等幾位忍者組成了支援小隊，踏上了前往沙之國的征程。
一踏入沙之國，漫天的黃沙便撲面而來，干燥的空氣讓眾人倍感不適。他們在沙之國忍者的引領下，來到了受災最嚴重的城鎮。眼前的景象慘不忍睹，斷壁殘垣間，幸存者們滿臉絕望。鳴人看著這一切，心中滿是憤怒和同情，暗暗發誓一定要找出幕后黑手。
經過一番調查，他們發現這些沙塵風暴似乎都圍繞著一座古老的遺跡活動。這座遺跡深埋于沙漠之中，傳說里面封印著一股足以毀滅世界的力量。鳴人等人意識到，這股邪惡力量很可能與遺跡中的封印有關。
當他們靠近遺跡時，一股強大的壓迫感撲面而來。遺跡周圍布滿了奇異的符文，仿佛在阻止外人進入。佐助仔細觀察著符文，憑借著對忍術的深刻理解，他發現了符文的破解之法。在佐助的引導下，眾人小心翼翼地穿過符文，進入了遺跡內部。
遺跡內陰暗潮濕，彌漫著一股腐朽的氣息。他們沿著蜿蜒的通道前行，突然，一群巨大的沙蟲從墻壁中鉆出，向他們發起了攻擊。這些沙蟲體型龐大，皮糙肉厚，普通的忍術對它們效果甚微。鳴人迅速召喚出影分身，與沙蟲展開近身搏斗，小櫻則在一旁用醫療忍術為受傷的同伴治療。佐助開啟寫輪眼，尋找沙蟲的弱點，隨后施展千鳥，精準地刺中了沙蟲的要害，將其擊退。
繼續深入遺跡，他們終于找到了風暴的源頭——一個巨大的魔法陣。魔法陣中央，一個神秘的黑袍人正念念有詞，他的手中握著一根散發著詭異光芒的法杖，正是這根法杖在操控著風暴。鳴人見狀，立刻沖上前去，準備阻止黑袍人的行動。黑袍人冷笑一聲，揮動法杖，召喚出一道強大的沙塵漩渦，將鳴人卷入其中。
佐助和小櫻見狀，急忙施展忍術攻擊黑袍人，試圖分散他的注意力，救出鳴人。然而，黑袍人的實力超乎想象，他輕松地抵擋了兩人的攻擊，并向他們發起了更猛烈的反擊。在激烈的戰斗中，鳴人在沙塵漩渦中奮力掙扎，他感受到體內九尾的力量在不斷涌動。憑借著九尾的力量，鳴人終于掙脫了沙塵漩渦，向黑袍人發起了最強一擊——九尾螺旋丸。
黑袍人見勢不妙，用法杖釋放出一道護盾，試圖抵擋鳴人的攻擊。就在螺旋丸即將擊中護盾的瞬間，佐助趁機繞到黑袍人身后，用天照將其籠罩。在鳴人和佐助的聯手攻擊下，黑袍人終于抵擋不住，灰飛煙滅。隨著黑袍人的消失，魔法陣也逐漸停止運轉，肆虐的沙塵風暴終于平息了。
沙之國的百姓們歡呼雀躍，對鳴人等人感激不已。鳴人和他的伙伴們帶著欣慰的笑容，告別了沙之國，踏上了返回木葉村的道路。他們知道，在忍者的世界里，和平總是來之不易，而他們將永遠守護這份珍貴的和平。
回到木葉村后，鳴人等人受到了英雄般的歡迎。但鳴人沒來得及享受這短暫的榮耀，就察覺到村子里的氛圍有些異樣。以往充滿歡聲笑語的街道，如今彌漫著一股壓抑的氣息。原來，在他們離開的這段時間，村子里接二連三地發生離奇失蹤案，失蹤者都是擁有特殊能力的忍者。
鳴人決定展開調查，他和佐助、小櫻走訪了所有失蹤者的家屬和朋友，卻沒有找到任何有價值的線索。就在調查陷入僵局時，鳴人在村子的角落發現了一絲若有若無的黑暗查克拉殘留。他順著這股氣息追蹤，最終來到了一個廢棄的地下通道。
通道內陰暗潮濕，彌漫著一股腐臭的味道。鳴人小心翼翼地前行，突然聽到前方傳來陣陣痛苦的呻吟聲。他加快腳步，發現一間密室里關押著那些失蹤的忍者。他們被一種黑色的繩索緊緊捆綁，生命力正逐漸被汲取。
鳴人正要上前解救他們，密室的門突然關閉，一群神秘的黑衣人從四面八方涌出。為首的黑衣人冷笑著說：“鳴人，你果然上鉤了。我們一直在等你。”鳴人怒目而視，質問他們的目的。黑衣人卻并不回答，只是一揮手，眾黑衣人便向鳴人等人發起了攻擊。
這些黑衣人實力不凡，他們的招式詭異，配合默契，鳴人等人一時間陷入了苦戰。佐助開啟萬花筒寫輪眼，施展出須佐能乎，巨大的能量波動暫時震懾住了黑衣人。鳴人趁機施展九尾模式，強大的查克拉將密室照亮。在兩人的聯手攻擊下，黑衣人漸漸落了下風。
然而，就在鳴人以為勝利在望時，為首的黑衣人突然掏出一個神秘的盒子，打開盒子的瞬間，一股更為強大的黑暗力量爆發出來。這股力量不僅讓黑衣人的實力大增，還讓被束縛的忍者們陷入了更深的痛苦之中。鳴人意識到這個盒子是關鍵，他和佐助對視一眼，決定集中力量摧毀盒子。
經過一番激烈的爭奪，鳴人終于抓住機會，用螺旋丸擊中了盒子。隨著盒子的破碎，黑暗力量瞬間消散，黑衣人也紛紛倒地不起。鳴人等人成功解救了失蹤的忍者，將他們送回了各自的家中。
但鳴人知道，這只是冰山一角，背后一定還有更大的陰謀在等著他們。他和佐助、小櫻回到火影辦公室，向火影匯報了此次事件。火影沉思片刻后，決定加強村子的防御，并派遣更多的忍者去調查幕后黑手的身份。鳴人則暗暗發誓，無論前方有多少艱難險阻，他都一定會守護好木葉村，守護好身邊的每一個人。