從廢棄工廠驚險逃脫后，林修、顧明遠(yuǎn)和學(xué)者疲憊地回到據(jù)點(diǎn)，每個人都清楚，“暗影聯(lián)盟”的反擊只是時間問題。顧明遠(yuǎn)癱倒在沙發(fā)上，有氣無力地說：“這次可真是命懸一線，我感覺我的小心臟都快罷工了，得趕緊來杯82年的拉菲壓壓驚。”林修沒理會他的抱怨，和學(xué)者坐在桌前，將從工廠收集的零碎線索一一擺出。
這些線索看似毫無關(guān)聯(lián)，一張被燒焦一半的地圖碎片、一個刻著奇怪符號的金屬零件，還有一段模糊不清的錄音。學(xué)者戴上老花鏡，拿起地圖碎片，仔細(xì)端詳許久后，眉頭緊鎖：“這地圖上的標(biāo)識，像是指向一座位于偏遠(yuǎn)山區(qū)的廢棄科研基地，我曾聽聞那里進(jìn)行過一些高度機(jī)密的實(shí)驗。”林修眼睛一亮，“看來這很可能是‘暗影聯(lián)盟’的下一個目標(biāo)，我們必須搶在他們之前趕到。”
顧明遠(yuǎn)一聽，瞬間從沙發(fā)上坐起來：“什么？又要去那種荒郊野嶺，我的高級登山裝備還在倉庫吃灰呢！”林修瞪了他一眼，“別廢話，趕緊收拾東西，這次任務(wù)危險程度只會更高，你要是不想去，就留在這里。”顧明遠(yuǎn)撇撇嘴，嘟囔著：“我怎么可能臨陣脫逃，只是抱怨一下而已。”
三人連夜準(zhǔn)備，天還未亮就踏上了前往山區(qū)的路程。一路上，道路崎嶇難行，顧明遠(yuǎn)坐在后座，緊緊抓著扶手，不停地抱怨：“這路比我走過的人生還坎坷，我的屁股都快被顛成八瓣了。”林修專注地開車，沒有理會他。
終于抵達(dá)山區(qū)，按照地圖碎片的指引，他們在一片茂密的森林深處找到了那座廢棄科研基地。基地大門緊閉，周圍布滿了生銹的鐵絲網(wǎng)和監(jiān)控攝像頭。林修觀察了一圈后，發(fā)現(xiàn)攝像頭雖然陳舊，但似乎仍在運(yùn)行。他從背包里拿出一個干擾器，對準(zhǔn)攝像頭發(fā)射信號，瞬間，監(jiān)控畫面陷入一片雪花。
三人小心翼翼地翻過鐵絲網(wǎng)，進(jìn)入基地內(nèi)部。里面一片死寂，墻壁上掛滿了斑駁的油漆，各種實(shí)驗設(shè)備散落一地，顯得破敗不堪。他們沿著昏暗的走廊前行，突然，顧明遠(yuǎn)踩到一塊松動的地磚，觸發(fā)了一個隱藏的機(jī)關(guān)，一排尖刺從墻壁兩側(cè)彈出，朝著他們飛速射來。
林修反應(yīng)迅速，一把將顧明遠(yuǎn)和學(xué)者拉到身后，同時抽出匕首，擋開部分尖刺。然而，還是有幾根尖刺擦過他的手臂，留下幾道血痕。“小心點(diǎn)，這里到處都是陷阱。”林修低聲說道。
繼續(xù)深入基地，他們來到一個巨大的地下室。地下室中央擺放著一個巨大的金屬容器，周圍連接著各種復(fù)雜的管道和線路。學(xué)者走上前，仔細(xì)研究容器上的標(biāo)識，臉色瞬間變得煞白：“不好，這是一個用于儲存和釋放生化病毒的裝置，‘暗影聯(lián)盟’很可能打算利用它制造一場大規(guī)模的生化危機(jī)。”
話音剛落，地下室的燈光突然熄滅，四周傳來一陣陰森的笑聲。神秘人帶著一群手下從黑暗中涌出，將他們再次包圍。“你們果然上鉤了。”神秘人得意地說，“這個基地馬上就要成為你們的葬身之地，而這場生化危機(jī)，將是我們統(tǒng)治世界的開端。”
林修和顧明遠(yuǎn)迅速掏出武器，與敵人對峙。“你們的陰謀不會得逞的。”林修冷冷地說。戰(zhàn)斗一觸即發(fā)，地下室里槍聲回蕩，火花四濺。林修和顧明遠(yuǎn)配合默契，不斷擊退敵人的進(jìn)攻。然而，敵人的數(shù)量太多，他們漸漸陷入了困境。
在激烈的戰(zhàn)斗中，林修發(fā)現(xiàn)神秘人正朝著生化病毒裝置靠近，他意識到敵人是想啟動裝置。林修不顧危險，朝著神秘人沖了過去。神秘人見勢不妙，迅速掏出一把手槍，朝著林修射擊。林修靈活地躲避著子彈，在千鈞一發(fā)之際，撲倒了神秘人，阻止了他啟動裝置。
顧明遠(yuǎn)和學(xué)者也趁機(jī)解決了剩余的敵人。就在他們以為危機(jī)解除時，地下室突然響起一陣警報聲，原來，敵人在撤離前啟動了基地的自毀程序，倒計時只有五分鐘。
三人迅速尋找出口，卻發(fā)現(xiàn)所有的通道都被堵住了。在這生死關(guān)頭，林修突然想起在進(jìn)來時看到的一個通風(fēng)管道。他帶著顧明遠(yuǎn)和學(xué)者迅速找到通風(fēng)管道，艱難地爬了進(jìn)去。
就在基地爆炸的前一刻，他們成功從通風(fēng)管道逃出，看著身后熊熊燃燒的基地，三人心中一陣后怕。這次雖然再次阻止了“暗影聯(lián)盟”的陰謀，但他們知道，敵人不會輕易放棄，下一次的危機(jī)或許會更加致命。而在城市的黑暗角落，“暗影聯(lián)盟”的首領(lǐng)正在謀劃著更加瘋狂的計劃，一場更大的風(fēng)暴即將來臨......