晉愍帝下令給瑯琊王司馬睿，要求率軍抵抗匈奴等少數民族對于中原的進攻，及平定各方的互相攻擊。而和世家南渡到了江東的司馬睿，則是不聽從其命令。而司馬保則多次向晉愍帝請求，召集了西晉諸候王的軍隊，各個地方軍隊進行平定各個勢力的作亂。但沒有任何的諸王及地方軍隊聽從其號令。

到了三一五年，即建安三年。面對司馬保多次召集軍隊平定禍亂的要求。晉憨帝也是多次作出了保證。而司馬保身邊的官員對其進言道，用毒跎咬手，壯士就截斷腕來防止跎毒蔓延的典故。來形容如今的胡人賊寇士氣正盛。應暫時截斷了其進出隴地的主要道路，來觀察事態的變化。從而做出應對之策。

而從事中郎卻說，毒跎已經咬了頭，頭難不成還能截斷嗎？這才使司馬保決定，以鎮軍將軍胡崧為都督。等到各軍集中之后再進發。而麹允卻想護送晉愍帝到司馬保那里。另外一個官員索綝卻說，如果司馬保得到了夫子，一定會放大的自己的私心。就沒有行動。就這樣使得長安以西地區，不再聽從供奉朝廷。這讓朝廷中的文武百宮都饑餓困乏，只能靠采集來野生的谷子維持了生存。是過的非常艱難。

到了農歷三一六年，即建興四年。漢趙政權的大軍圍攻長安，使得了長安城內外斷絕聯系。一直到十月。長安城內就發生了嚴重的饑荒。而一斗米的價格更是達到了黃金二兩。高米價不僅讓長安城出現了人吃人的情況，還餓死了一大半人口。讓長安城陷入了恐荒之中。

晉愍帝身邊的官員鞠允，在大倉中發現有幾十塊釀酒用的曲餅。并將曲餅砸碎熬粥喝。不久，曲餅也吃光了。而晉愍帝眼見長安城內出現了糧盡的困境，而外面也沒有了救援。但想到了將士的磨難，百姓的生存狀況。應趁著長安未陷落時，或許能使百姓免受屠戮之苦。于是，就命人發了書向漢趙投降。

到十一月十一日，晉愍帝就派了侍中宋敞，向劉曜送上了降書。自己則乘坐了羊車，脫掉上衣，口銜玉璧，在待從抬著棺材并陪同之下。出城投降。群臣見到了情景。則是哭泣呼號，這讓晉愍帝不勝悲哀。‘而漢趙大軍的主將劉曜接受了投降，暫時讓晉愍帝回到皇宮中。這也標志了西晉滅亡。

十七日，劉曜將晉愍帝送到了平陽，并在平陽里過上流亡生活。且有大批官員跟到了平陽。漢趙皇帝劉聰將晉憨帝司馬鄴封為了光綠大夫，懷安候的宮職。十八日，晉愍帝在漢趙皇殿中叩頭跪謝。鞠允看到了如此，便伏地痛哭后就自殺了。所以晉愍帝在投降漢趙后‘，是被劉聰進行了百般羞辱的。

農歷三一七傘，即建安五年十月。劉聰外出進行打獵。要晉憨帝擔任了車騎將軍的職務。并穿著了戎裝在前開路。大量的百姓棸在兩邊，被在其中的晉朝遺民故老所看到后。便抽泣濟梯。這讓劉聰所厭惡的。害怕影響到了其統治地位。

后來，劉聰在宴會里讓晉憨帝行酒，洗酒杯，在上廁所時讓其拿馬桶等等。原尚書郎抱著晉憨帝痛哭，就被劉聰所殺了。十二月二十日，晉愍帝在平陽被劉聰所殺，終年十八歲。

農歷三一六牟，長安被漢趙大軍所圍攻時，號令全國抵抗患時，是并沒有得到那次南渡到江南地區里，以司馬睿為首的宗親，及士族的支持與響應。慢慢形成了是南北對立的的基礎局面。這也在十二月十一日，晉憨帝選擇投降，正式標志了滅亡。

而南渡到了江南，及江東地區西晉的皇室宗親與所有士族。經過了幾年的扎根，完全是擁有了獨自建立政權的基礎。而這個基礎，便是后來的東晉政權里的基礎體系。

到了農歷三一七年，即晉憨帝被俘的次年。在建鄴鎮守了十年的瑯琊王司馬睿。得知了晉憨帝在長安被俘后。正式登基稱為了晉王。但并未正式稱帝。建立了東晉的政權。再到了次年，登基稱帝，改制元建武。就開啟了其長達一百零三年的統治。且偏安于江南地區。再沒有了完成對于中原的統一。

在東晉建立的同時，中原地區的各個勢力之間的爭斗。雖然進入白熱化的階段。但也相繼建立了政權。從此，中原大地上幾乎是每隔一段時間就戰亂不斷的。