朝鮮內亂的暫時解決，挫敗了日本企圖吞并朝鮮、進攻中國的計劃，但是列強吞并朝鮮的野心并沒有破滅。朝鮮之行，使張謇清醒地看到了保護朝鮮的重要性。

朝鮮介于中國、日本的要沖，朝鮮的南部，與日本僅隔一個海峽，輪船由朝鮮的釜山海口到日本，只需要6個小時。朝鮮的中部和北部與中國東三省接壤，朝鮮不保，中國東三省就面臨威脅。就日本和俄國而言，日本要防止俄國進攻東亞，俄國要防止日本進攻西伯利亞，朝鮮都是重要的戰略要地。

張謇作為吳長慶的幕僚，參與了慶軍重要事務的決策，他以自己的學識先后寫了《壬午東征事略》《乘時規復流虬策》《朝鮮善后六策》等政論文章，其中尤以《朝鮮善后六策》治論最為深刻。

在這篇文章中，張謇檢討了朝鮮問題的來龍去脈，根本解決朝鮮半島危機的多種策略計劃。文章提出解決朝鮮問題的幾個步驟：（1）通人心以固國脈；（2）破資格以用人才；（3）嚴澄敘以課吏治；（4）謀生聚以足財用；（5）改行陣以練兵卒；（6）謹防圉以固邊陲。

張謇在極短的時間內草就了《朝鮮善后六策》，他希望張樹聲在代理北洋大臣、直隸總督期間，能夠選擇幾個方案，讓政府批準執行，定為中國對朝鮮的長久政策。

誰知這篇由張謇起草、吳長慶代奏的呈文，因為交通不便、旅途耽擱，送到天津的時候，張樹聲還沒有來得及反應，李鴻章已經假滿回任，張樹聲只好把《朝鮮善后六策》交給李鴻章。李鴻章看了這篇呈文，認為是多事，把它扔在一旁。

張謇以為此事告一段落，誰知張樹聲的兒子張華奎當時在天津休假，他在父親的軍營中看到了這篇文章，就把它抄錄下來，帶到了北京。

張華奎那時是某部的捐納郎中，他把這篇文章在同僚之間傳閱。很快京城都知道了這篇文章，有幾位重要官員到總理衙門和軍機處詢問他們對《朝鮮善后六策》的看法，而兩個部門沒有接到李鴻章的上奏，根本不知道這篇文章，一時間京城輿論大嘩。

南派清議首領潘祖蔭、翁同龢立即支持這篇文章，并由侍郎寶廷把文章抄錄上達皇帝和太后。但慈禧太后沒有看重這篇文章的觀點。

李鴻章看到《朝鮮善后六策》引起了朝廷的重視，他痛恨吳長慶在自己不在的時候大談什么外交問題，尤其是個別御史在上達皇帝、太后的奏折中，竟對自己大加攻訐，于是李鴻章決定對付吳長慶。

李鴻章在吳長慶回國述職的時候，就讓部下傳言他想把慶軍交給馬建忠。吳長慶聽到后，立即就要辭職，幸虧他的兩個朋友袁保齡和周馥從中進行了斡旋，李鴻章才沒有對吳長慶立即下手。

張謇看到吳長慶已經是艱難度日，自己在慶軍中前景黯淡，決定逐步歸退。

光緒九年（1883）秋，他把自己的哥哥引入慶軍，自己提前告假回鄉。

光緒十年（1884），李鴻章命吳長慶調防奉天，把他的部隊一分為二，慶軍終于被李鴻章瓦解。

這年5月，吳長慶一病不起之時，非常想念張謇。他去函催請張謇面見，張謇接信后從上海乘船趕到金州，發現吳長慶已經病入膏肓。

7月13日，吳長慶去世。他手下的幕府賓客這時都向糧臺索取金銀，不達目的，就惡聲相向。

吳長慶可以說對張謇有知遇之恩，他的去世使張謇對世道人心頗感失望。他后來寫道：“觀人于不得意時，于不得意而忽得意時，于得意而忽不得意時，經此三度，不失其常，庶可為士。”

光緒十年七月，也即1884年8月，張謇終于離開了慶軍，又開始了他之后的科舉蹉跎路。