外星侵略者被擊退之后，地球迎來了一段短暫的和平。雷佩昂奧特曼與喬伊納奧特曼在守護地球的日子里，和人類的羈絆愈發深厚。翔太也利用自己的攝影作品，向世人展現奧特曼守護地球的英勇身姿，激勵著無數人。

然而，平靜的表象下，一場更為可怕的危機正在悄然醞釀。在地球的極地深處，一座被冰封萬年的神秘遺跡，因全球氣候異常開始逐漸顯露。一支由多國科學家組成的科考隊，在政府的支持下前往探索。

在遺跡中，科學家們發現了一塊散發著詭異藍光的晶體。當他們觸碰到晶體的瞬間，一股黑暗力量瞬間涌入他們的意識，將他們的心智扭曲。不久后，科考隊成員開始性情大變，舉止詭異，他們偷偷離開了極地，分散到世界各地。

隨后，世界各地陸續出現奇異現象。城市中時常出現黑色的霧氣，霧氣所到之處，電子設備全部失靈，人們陷入恐慌。翔太在街頭拍攝時，也察覺到了這股異樣的氣息。與此同時，雷佩昂奧特曼感受到一股熟悉又邪惡的力量在地球復蘇，他意識到，更大的麻煩即將來臨。

果不其然，沒過多久，被黑暗力量侵蝕的科考隊員們在世界各地集結，喚醒了沉睡在地球深處的遠古怪獸——貝希摩斯。這只怪獸體型巨大，全身覆蓋著堅硬的黑色鱗片，眼睛閃爍著血紅色的光芒，口中噴出的黑色火焰，所到之處皆化為焦土。

貝希摩斯的出現，瞬間讓地球陷入巨大危機。城市在它的肆虐下變得滿目瘡痍，人們流離失所。翔太看到這一幕，心急如焚，立刻拿出閃電火花，變身成為雷佩昂奧特曼。喬伊納奧特曼也迅速加入戰斗。

雷佩昂奧特曼率先沖向貝希摩斯，他一記強力飛踢，重重地踢在怪獸的身上。然而，貝希摩斯的鱗片太過堅硬，這一擊對它造成的傷害微乎其微。貝希摩斯憤怒地咆哮一聲，揮動巨大的爪子，向雷佩昂奧特曼拍去。雷佩昂敏捷地躲開，同時發射出閃電光線，光線擊中貝希摩斯，但僅僅讓它退后了幾步。

喬伊納奧特曼從側面發動攻擊，她釋放出治愈光線，試圖削弱貝希摩斯身上的黑暗力量。但黑暗力量太過強大，治愈光線的效果并不明顯。貝希摩斯轉過頭，對著喬伊納奧特曼噴出黑色火焰，喬伊納奧特曼急忙用奧特屏障抵擋，火焰的沖擊力將她擊退數米。

面對如此強大的對手，雷佩昂奧特曼和喬伊納奧特曼陷入了苦戰。但他們沒有放棄，不斷尋找著貝希摩斯的弱點。此時，翔太在雷佩昂的意識中說道：“雷佩昂，我們不能盲目進攻，得想個辦法。這只怪獸和以往的不同，黑暗力量似乎是它的核心。”雷佩昂聽后，陷入沉思。

突然，雷佩昂想到了一個辦法。他讓喬伊納奧特曼繼續吸引貝希摩斯的注意力，自己則飛向高空，匯聚全身的能量。只見雷佩昂奧特曼周身的閃電能量愈發強烈，光芒照亮了整個天空。他將所有能量集中在右手，形成一個巨大的閃電能量球。

與此同時，喬伊納奧特曼不斷釋放光線，干擾貝希摩斯的行動。貝希摩斯被喬伊納奧特曼的攻擊激怒，瘋狂地朝著她攻擊。就在貝希摩斯注意力全在喬伊納奧特曼身上時，雷佩昂奧特曼從高空俯沖而下，將手中的閃電能量球狠狠地砸向貝希摩斯的頭部。

巨大的能量爆發，光芒耀眼奪目。貝希摩斯發出一聲痛苦的吼叫，身體開始搖晃。雷佩昂奧特曼和喬伊納奧特曼趁機再次聯手，發射出最強光線。光線穿透了貝希摩斯的防御，直擊它體內的黑暗核心。隨著一聲巨響，貝希摩斯轟然倒地，化作一片灰燼。

危機解除后，雷佩昂奧特曼和喬伊納奧特曼降落在城市中。人們歡呼雀躍，紛紛向他們表達感激之情。然而，雷佩昂奧特曼知道，這只是暫時的勝利，地球的未來依然充滿未知的挑戰。但只要他和喬伊納奧特曼還在，只要人類的信念不滅，他們就會一直守護著地球，守護這片充滿希望的家園。