整頓完集團的事情后，藤原開始著手處理組織事情。

經由貝爾摩德提醒，他為了不造成大的動蕩，將組織的研究基地分批次銷毀。

研究人員以及相關工作人員進行了一頓整頓，該處理的處理，該放走的放走，該留下的換了個身份入職海星科技繼續做相關的研究。

期間小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都據說是八年前位于京都山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊。

寺院的住持委托他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地...