上次同基多拉大戰，哥斯拉受重傷，一直保持在海底修養，國際對G組織在近兩年的時間里，從未發現過哥斯拉的蹤跡。

另一邊，由于B-基因公司的非法行為，美軍已經封鎖了這家公司，并和警方聯手調查此公司的相關信息。除此之外，還有消息稱，其公司創始人科爾森并沒有死，而且很有可能依舊在進行怪獸基因編輯實驗。

在德克薩斯州，哥斯拉的腫瘤細胞又一次讓美國陷入困境。基多拉的出現，代表了這一機密向國際公開了，再加上這些細胞處理起來非常之困難，美國現在已經步入了財政赤字。

此刻的日本，借著美國的危機，步步抓取國際領導權力，不斷壯大國際對G組織。既然黑洞發射器的確有效，那么日本就不會輕易放棄這一消滅哥斯拉的武器。

一個月后，日本刻意使用核輻射吸引哥斯拉，終于，哥斯拉出現在了日本，日本第一次進行了對于哥斯拉的活體怪獸試驗。怪獸試驗的目的只有一個，那就是殺掉哥斯拉。

日本用出國際對G組織的最后戰斗機，轟天號來吸引哥斯拉的注意力，一步一步地把哥斯拉引向埋伏區。

然而，一場突如其來的地震直接打斷了計劃。

“昨天儀器分析的，今天根本沒有地震這種事情，這又是什么情況？”

“儀器壞了，這樣的事情發生，只能說運氣不好，不過還有機會，君子報仇，十年不晚。”

最后，哥斯拉返回深海，日本的計劃落空，且受到反G組織的嘲諷。

科研人員開始查詢地震的來源，最后得出一個結論：“地底下還有一只怪獸。”

日本政府此刻開始學習美國隱瞞怪獸的出現，他們不需要其他人的援助，唯有獨自處理怪獸，才可以贏得更高的國際地位。

在這段時間里，地震連續不斷，嚴重影響了日本人民的日常生活，逐漸有了傳聞稱日本對人民的利益不管不顧。這種流言越來越盛，最后甚至傳言日本政府將要對普通民眾采取強硬措施。

這種情形持續了很久，直到有一天，在日本東京某個大廈的天臺，發現了一個怪獸。

“那個家伙終究還是出來了，那個被我們命名為安基拉斯的地底怪獸！只可惜，我們已經做足了準備，享受槍林彈雨的爆破感吧，雜種生物！”

一時間，數架轟天號戰斗機發出無數炮彈，打在安基拉斯身上，不過和哥斯拉一樣，這些炮彈并沒有造成實際傷害，反而激怒了安基拉斯。

安基拉斯發動攻擊，瘋狂的撞擊著轟天號戰斗機的主裝甲，瘋狂地撕咬著轟天號的主裝甲，并不停地往前爬去。

與此同時，哥斯拉來到東京。

“早就料到了，又是兩只怪獸一決勝負的大戰。”

“你確定嗎？哥斯拉似乎沒有表現出攻擊性。眼前，哥斯拉和安基拉斯相遇，卻不像是要開打，反而像是在交流。”

“他們是共生關系，簡直不可思議。”克林頓說道。

很快，兩只怪獸達成共識，大量建筑被無情摧毀。最后，哥斯拉回到深海，安基拉斯則繼續在地下創造地震。

此事之后，日本的威望已經跌落到谷底了，俄羅斯在對G組織的會議中一一枚舉了日本的過失，日本的主導權逐漸不保。

一波未平一波又起，一只渾身黑色的類似淤泥的怪獸登陸日本東京，開始了破壞。日本命名他為黑多拉，一只可以腐蝕建筑的怪獸。這一次日本沒有猶豫，請求海外的國家派遣兵力幫助他，俄羅斯、英國、西班牙等國家紛紛應允。

在幾大國的攻擊下，黑多拉在日本的破壞更加猛烈了，一時間，日本損失慘重，民眾人心惶惶，一個個逃竄到了避難所，卻又不知道避難所是否安全。

衛星發來的信息表示，黑多拉在接近安基拉斯。看起來又和上次一樣，兩只怪獸合作破壞城市。

此時，哥斯拉也攜帶著數百米的海嘯上岸，一路追隨黑多拉。

在一座大橋上，哥斯拉和黑多拉碰面。同時，安基拉斯也朝著哥斯拉的位置趕來。

哥斯拉和黑多拉二話不說，直接開始大戰。哥斯拉的尾巴狠狠地抽在黑多拉身上，把黑多拉打倒，哥斯拉又一腳踩在黑多拉的臉上，黑多拉的整個腦袋都凹陷進去了。黑多拉見狀，立刻用光線攻擊哥斯拉的眼睛，順利打退了哥斯拉。

此刻，日本也沒有閑著，讓黑洞發射衛星對準了哥斯拉，黑洞的發射步入倒計時。

在擊退哥斯拉后，黑多拉乘勝追擊，放出酸液腐蝕哥斯拉的皮膚。哥斯拉雖然有鋼筋鐵骨，卻抵擋不住酸液的腐蝕，被酸液腐蝕的皮膚頃刻間便潰爛。哥斯拉的眼睛也受到了刺激，開始流血，哥斯拉發出一聲痛苦的吼叫，它的眼睛開始失明。

危機時刻，安基拉斯趕到，分散了黑多拉的注意力。黑多拉轉而向安基拉斯攻擊，給了哥斯拉很好的恢復時間。黑多拉一次次向安基拉斯放出腐蝕液，安基拉斯開始大出血，傷口隨著腐蝕愈加嚴重。

另一邊，克林頓開始翻閱兩只怪獸的資料。安基拉斯是安基拉龍的后代，安基拉龍和哥斯拉龍曾經是共生關系；而黑多拉，沒有任何資料，基本上確定是B-基因公司的試驗品。

戰場上，哥斯拉恢復了視力，而安基拉斯已經遍體鱗傷。

黑多拉看見哥斯拉恢復過來，又一次對他下了手。只見得哥斯拉難以放出放射熱線，黑多拉不緊不慢地用光線攻擊哥斯拉的軀干。

哥斯拉受到了致命的傷害，但是，他依舊堅挺。安基拉斯趁著黑多拉忽視了自己，一頭撞向黑多拉，把黑多拉撞翻。哥斯拉再次發動攻擊，一記尾鞭抽在黑多拉的臉上，把黑多拉抽飛到天空，哥斯拉也摔倒在地上，身體上出現大量的窟窿。哥斯拉的傷勢越來越嚴重，已經不能夠承受更多的重量了。

摔到地上的黑多拉，重新站了起來，向安基拉斯走去，噴涌出大量的腐蝕液，徹底腐蝕掉了安基拉斯的皮膚和護甲。安基拉被腐蝕液淹沒，最后消失了。

哥斯拉見狀，十分憤怒，眼睛里燃起火焰，非把黑多拉殺死不可。

哥斯拉發動了攻擊，黑多拉躲避不及，被哥斯拉擊中了。哥斯拉的尾巴再次把黑多拉打向空中。

此刻，哥斯拉抓住黑多拉的尾巴，給黑多拉一次過肩摔，把黑多拉摔倒在地上，哥斯拉騎在黑多拉的身上，對著黑多拉發動了狂風暴雨般的攻擊。雖然用不了放射熱線，但是簡單的撕咬，也可以對黑多拉造成有效傷害。

哥斯拉的每一擊，都帶著恐怖的沖擊力，黑多拉的身體在哥斯拉的攻擊下一次次變形。

黑多拉也不甘示弱，拼命掙扎，最終讓哥斯拉從身上摔下。黑多拉從地上爬起來，繼續向哥斯拉撲去。

此時此刻，日本東京上演了一幕慘劇：黑多拉不斷攻擊哥斯拉，哥斯拉也拼命地攻擊黑多拉，日本的房屋在它們的撞擊之下倒塌。黑多拉和哥斯拉的戰斗越演越烈，兩只怪獸都受到不小的傷害。

然而，哥斯拉的傷勢愈合很慢，哥斯拉的眼睛也在逐漸失明。雖然，此時哥斯拉正在努力恢復，但是哥斯拉的體內已經出現了大量的毒素，這些毒素正在麻痹哥斯拉。黑多拉見狀，繼續對哥斯拉展開攻擊，哥斯拉的傷勢愈加嚴重。

這時候，哥斯拉的身體忽然開始變紅，周圍的溫度極速上升。黑多拉察覺到了異常。

“哥斯拉要開啟紅蓮了！”對G組織警告日本。

此刻，日本并沒有膽怯，只要黑洞成功發射，就是紅蓮哥斯拉也不可能擋得住。

黑多拉和哥斯拉再一次大戰了一番，結果還是沒有分出勝負。隨后哥斯拉的背鰭出現熔化的跡象，已經步入了紅蓮形態。哥斯拉的眼睛在這時已經變成了猩紅色，一發接一發的無限熱線打在黑多拉身上。

黑多拉感覺到自己的軀體在快速溶解，黑多拉感覺到了絕望。每一發熱線都是致命的，讓黑多拉的組織四分五裂。

黑多拉想逃離這里，但是，哥斯拉已經沒有給黑多拉留后路了。最后一發放射熱線打中了黑多拉的要害，黑多拉瞬間爆開，血肉紛飛。

最后關頭，黑洞發射衛星放出人造黑洞。哥斯拉看見黑洞，聚集體內的能量，放出威力巨大的熱線，后人將這熱線命名為超紅蓮G無限熱線，以示對怪獸之王的致敬。熱線和黑洞相撞，爆發出毀滅性的火光，將周圍的建筑物全部摧毀，大片的區域被火光籠罩，巨大的海嘯同極強的地震隨著撞擊到來，整座城市在這場災難中被徹底毀滅。

爆炸過后，日本已然成為廢墟，其影響甚至波及到了中國、韓國的部分地區，廢墟之中。一只怪獸鉆出地表，他不是哥斯拉，而是安基拉斯。安基拉斯發出哀嚎，紀念自己的好友，曾經的怪獸之王。

事后，無數追隨哥斯拉的人來到日本，高呼著“吾王萬歲，怪獸之王萬歲！”

克林頓看著這場廢墟，并沒有找到哥斯拉的遺體，問道：

“一代梟雄，終戰哥斯拉真的消失了嗎？”