1999年10月19日，巨大隕石突然向地球飛來，落下并直接擊中日本涉谷，周圍地區因此毀滅，傷亡慘重，稱為“涉谷隕石事件”。

即使七年后，涉谷仍未復興，并持續封鎖中。只是災難并未就此結束，一切才剛開始。

隕石落下后，不明宇宙生物擬態成人類活動于城市中，不斷殺害人類并繁殖，造成人們的恐慌。

為了消滅這些被稱為“Worm”（異蟲）的生物，人類組成了一個秘密組織ZECT。

但由于異蟲擁有難以肉眼辨認的高速移動能力“Clock Up”，ZECT一再戰敗。

最后的希望只剩下未及完成的武裝系統Masked Rider System（假面騎士系統）。

如果有能夠裝備這套系統，并運用自如的人出現，那么ZECT就能得到足夠的力量和異蟲對抗。

某天，ZECT的實習隊員加賀美新，遇見了一個自稱“行天之道，總司一切”（天の道を往き、総てを司れ!）的奇怪男子。此人名為天道總司。

異蟲再度出沒，ZECT隊員們被逼入絕境。目睹苦戰的同伴，加賀美決心要成為騎士而戰。

但是，從空中飛來的Masked Rider System核心之一“Kabuto Zecter”，卻飛到了忽然出現的天道手中。

把從童年時就得到的腰帶與Kabuto Zector聯組在一起，天道在一瞬間被獨角仙外型的裝甲服包住身體，輕而易舉的打倒異蟲，假面騎士Kabuto就此誕生。

對于他如此桀驁不馴的態度，加賀美感到驚愕而困惑。

但是，對于不過是一介平民，而且非組織成員的天道，ZECT判定他沒有資格成為Kabuto的裝備者，并委托接連誕生的新騎士們，抹殺假面騎士Kabuto適能者天道總司。

與隕石掉下毀滅涉谷的宇宙生物異蟲，基本形態為綠色的「幼蟲」，統一的外貌有一雙手掩蓋面孔。

它們遇見過人類，便能模擬對方面貌、記憶、行為及聲音。

在人類社會殺害及進行侵略活動，ZECT軍事武器也未能使異蟲損傷太多

。如果從「幼蟲」進化脫皮為成「成蟲」，外貌就會不同，活動及破壞能力也大大提升，并可進行超越人類感知能力的加速運動性。

此現象被稱為「超速化」（補充甲斗是操控粒子控制時間流形成加速，也即是外面看起來速度很快但對他自己而已速度是不變的特殊CU的定義。

近似于時間停止（光速）的技能，就是說HCU快不過光速）。

天道總司：假面騎士Kabuto（甲斗王）的適能者，本名日下部總司，三歲時因為父母被原蟲殺死并取代，天道總司。自稱是“行天之道，總司一切（天の道を行き総てを司る）”的男人。

以自己為中心，認為自己是世界上最偉大最強的熱血青年。

事實上的確如此，屬于天才型人物。雖然表面上很冷酷，但實際上對妹妹很溫柔，而且有時也會因為妹妹而有很好笑的表情。

和義妹天道樹花一起生活，并疼愛義妹。非常尊敬收養他的天道奶奶，常把“奶奶說過”掛在嘴邊，奶奶所傳授的天道語錄有著不可思議的勸導力。

對親生妹妹小煦也十分疼愛。擅長做料理，神代老爺子45歲時出版的食譜貼身不離地帶著，頭腦聰明，無論各方面的能力都非常優秀，是屬于如果去工作的話是絕對不會有問題的類型。

童年看見父母被原蟲所殺，擬態總司父母的原蟲生下日下部煦，于是總司決定把小煦作為親妹妹拼命保護。

作為“太陽神Kabuto”而戰斗。15話為了消滅Worm暫時加入ZECT，成為幻影部隊的隊長，然后退出。

33話再次加入ZECT，為的是毀滅ZECT和搶奪其他騎士的Zecter，35話在立川大吾的勸服下放棄了搶奪其他騎士的Zecter的念頭。

而后得知ZECT是為了消滅Worm而建立的，也放棄了毀滅ZECT，進而利用ZECT的影響力來消滅Worm。

加賀美新：假面騎士TheBee（皇蜂）與假面騎士Gatack（鋼斗王）的變身者。

ZECT蟻兵的裝著者。

21歲，原本是ZECT的見習隊員。平時在洋餐館“Bistro la Salle”做兼職。

隸屬田所修一的小隊，負責記錄異蟲的數據從而制定作戰計劃。

因為弟弟亮被異蟲所殺，所以對異蟲懷有強烈的憎恨而加入ZECT并積極投身于戰斗。

父親是警視總監同時也是ZECT的高層領導人，但父子兩人的關系并不和睦，似乎有很深的代溝。

曾接替矢車成為TheBee作戰，后來因為不愿意和Kabuto對戰而放棄了TheBee的身份。

在被異蟲襲擊至重傷昏迷，在瀕死之際借助“騎士腰帶”的力量復蘇，并作為“戰神Gatack”一直戰斗到最后。

矢車想：假面騎士The Bee（皇蜂）的第一個適能者.作為ZECT本部直屬精銳部隊Shadow（影子）的隊長在戰場上活躍。

向部下發出正確的指示殲滅Worm，以Perfect Harmony“完美調和”作為信條。

但是因為太過執著于打倒Kabuto，而不顧部下的生死失去了變身成為The Bee的資格。

后來由于影山瞬的叛變暫時歸隱，在第33話再度出場時，已經能變身成假面騎士Kick Hopper（踢蝗）之后把影山瞬視為弟弟，親密無間地一起行動。

48話消滅了變成原蟲的影山后決定尋找光明.劇場版中作為The Bee消滅Neo-ZECT，最后卻被Hercus打敗。

神代劍：假面騎士Sasword（劍蝎）的適能者。

以作為英國名門迪斯卡比爾家嫡系的后裔而驕傲（實際上家族早已沒落），過著奢侈的生活。

在所有領域中都立志站在頂點。但其實他真實身分是殺害姐姐的異蟲所擬態而成的（真正的本尊早已死去）。

只是擬態時神代劍對于異蟲的恨意，讓他忘記自己是異蟲的身份，一直以為自己在之后失去意識而存活下來。

自稱“代替神揮舞劍的男子”！

因為親愛的姐姐被異蟲所殺，所以立志要消滅所有的異蟲，并找出殺害姐姐的異蟲報仇。

從第20話結尾可知道神代劍就是殺害姐姐的異蟲，但是他自己卻不知情。

后來了解到家道的沒落，奢侈的作風有所收殮，認定了加賀美為最好的朋友。

曾一度加入過地獄兄弟。故事后段與岬祐月談戀愛，有一部分是因為在岬身上看到了姐姐的身影。

45話在天道的勸服下加入ZECT，46話得知自己就是蝎型Worm時，絕望而投海。

之后從海中出來后假裝成意識被Worm吞噬，并成為最強的Worm之后與天道商定由他自己來吸引所有的Worm并將其全部消滅。

最后被Kabuto的Perfect Zecter重創，死在家中的椅子上。

影山瞬：精銳部隊幻影。從心底景仰信賴作為隊長的矢車想，全心全意地實踐著矢車想的Prefect Harmony“完美調和”。

在加賀美新之后，成為假面騎士The Bee的第三適能者，并成為幻影的新隊長。

但在第33話里，被天道搶去TheBee Zecter之后，被幻影拋棄淪落成孤立無助的人，第35話假裝成為了天道的弟子，想和天道打好關系以便奪回TheBee Zecter，但失敗了。

為了奪回TheBee Zecter，接受了間宮麗奈的請求不惜一切代價的想要殺死立川大吾，還是失敗了。

之后在矢車想的指引下成為假面騎士Punch Hopper，與矢車形影不離地行動。

第44話再次變身為假面騎士The Bee戰斗，但最后還是決定和矢車想一起行動。

最后被根岸蟲化，受了Kick Hopper的Rider Kick之后，在矢車想懷中安詳逝去。

風間大介：假面騎士Drake（雷蜓）的適能者，自由的化妝藝術家。

愛護一切女性，以“讓女性更加美麗”為宗旨。憑借高超的“風間流奧義—究極化裝術”博得女性們的芳心，另一面卻對男性卻冷淡無情。

如何獲得Drake適能者資格的至今是個迷。

第11話出場時已經能變身，但是作為騎士對戰斗并不熱心。第39話愛上了恢復人心的間宮麗奈，最后不得已消滅了已經恢復蟲心的間宮麗奈。

戰爭結束后，與榴為伴仍然當化裝師。

擬態總司：能變身成假面騎士Dark Kabuto（暗黑甲斗王）。

原本是人類，ZECT的“改做人類成為原蟲計劃”的第一位實驗者。

ZECT再讓他擬態成天道，成為騎士系統的開發實驗者。

同時解釋到能同時使用“Kabuto”的主因。

和天道相反的是，他很活潑，并且不行天之道。

很粘煦，曾與煦在異世界生活，后因為煦被奪走，而想毀滅天道的世界，卻被ZECT抓走。

最后讓天道守護好世界并與根岸同歸于盡。