(operaters)通過保存并延續記憶的技術，人類永生的愿望終于實現了。

2130年(生命拓展)公司是全球領先的(operaters)制造商，他們組建了一個機械(軀體)計劃，因為之后不久的人類文明是一片虛無，導致這種結果的是一種致命的病毒(終焉病毒)，這種病毒在致死率、傳播率有很大的優勢，但人們最終還是沒有研制出對付它的治療方法。人類文明危在旦夕，除了參與那個機械(軀體)計劃的人，大部分健康的人類選擇了住進休眠倉，而那些可以在這種末世的機械(軀體)卻因為技術的限制，舊的記憶不得不逐漸刪除，人的(感情)和(感覺)也在隨著轉入(軀體)后而流逝。

“operaters201173V，請求搜索記憶數據，名稱：name。”一位機械少女說道，“200，請求完成。”系統回復，“請求搜索情感數據，名稱：Vanessa。”機械少女繼續說著，“error501，無法實現。”系統回復；“重新訪問Cytus以解決沖突。”少女說完，開始訪問用音樂制成的記憶標本房(Cytus)，體驗著一個個夢境，讓自己相信自己還擁有著靈魂。但系統一遍遍提醒著她，已成功運算出歌曲數據，她是第一個可以脫離(終端機)的機械人，她在游歷世界不久后認為：(所有的東西)都已經沉寂了，隨后在漫長的研究中，終于出現了可以在(終焉病毒)下存活的方法。

她通過不斷的尋找，找到了存放記憶計劃參與者們的休眠倉，這其中包括她自己，而她現在親手把(operaters)這個(終端機)關閉，并把參與者的記憶都導入到(operaters)機體里與終端分離，第一批(建造者)由此誕生了，她與(建造者)們開始創造起了新的世界。但除了(建造者)以外，還有(執行者)和(管理者)，(執行者)有戰斗系統，而第三種(管理者)有著近乎人類的外觀和特殊的生物質轉換系統來維持運行，這三種機械人為之后的(人類復興計劃)提供了大量的幫助。

她把指令寫入(Cytus)主機里創造了種子，(建造者)們遵循種子的指令開始構造新的世界，并定期回到(Cyuts)進行情感除錯，否認、憤怒、思考、沮喪、接受，這位叫(name)的機械少女從絕望中走出來，帶領著(建造者)們開始創造起了新的世界，此計劃稱為(人類復興計劃)。

而從(人類復興計劃)開始計算，現在已經是693年之后了，(cyTus)現在俗稱精神網絡，是由(A.R.C全球科技公司)開發的一種網絡，是通過人體大腦同步的晶片，產生使用者感官能共享一個虛擬空間的系統，其中可以享受幾乎與現實無異的視覺、聽覺、嗅覺、味覺、甚至觸覺，目前是虛擬實境的最高境界。

同時(A.R.C)現今管理著(cyTus)系統等多個電子系統，執政權利甚至比政府還要高，為了讓人們生活，就創造了把病毒隔離在外的一個個城市(節點城市)，而城市外的地方，被稱為封鎖區，693年這一年也是(cyTus)全球公測的日子。(A.R.C)公司有兩個部門，一個是科研部門，一個是勘探隊部門，流程是派遣勘探部門去(封鎖區)進行勘探，勘探到的古老高端科技送去科研部門進行研究，并嘗試應用到生活當中。

(PAFF)是(cyTus)中人氣最高的音樂家，她有一個姐姐，兩人度過了沒有父母的艱難日子，并在她的姐姐結婚后安穩了下來。加上一次偶然的機會她成為了歌手，但去往首秀的路上遭遇了爆炸襲擊，當時的醫院甚至都無法挽救她的傷勢，最終送進了她姐姐的丈夫(noah)的實驗室中進行治療，(noah)是(A.R.C)的科研者之一，他先是觸犯了研究人性道德的底線，但研究成果被公司拿走使用，他的研究者們都被派到了架空的一個個部門；他性格占有欲比較強，雖然給了姐妹兩人一個家，但他們的關系在逐漸變差，直到一次熏酒回家，他對(PAFF)做了男女不該做的事。雖然(noah)之后與(PAFF)隱瞞了這些事，最終沒有告訴她的姐姐。經過(noah)實驗室團隊的治療，保住了(PAFF)的性命，卻沒保住她的記憶，那些與姐姐美好的記憶、與(noah)不快的記憶都忘記了，性情也發生了很大的變化，雖然(noah)選擇繼續救助(PAFF)，不管這是贖罪還是善意，他也確實實際在做了。

之后又經歷了種種事情，為了不給姐姐制造更多的麻煩，(PAFF)同意了對她提出復出請求的(單聲演繹公司)，復出不久的她與急需經濟來源的(neko)相遇了，(neko)是一位編曲人，她出生在(node03)，這是一個被黑幫控制的節點城市，他們靠著自己的科技技術改革著這座城市，但每一個居民都需要交保護費，于是(neko)和父親離開了這里，她也憑著自己超強的游戲能力與好運氣當上了編曲人；(Linda)是對(neko)影響非常大的人，她教會了(neko)兩件事，第一件事就是泡吧，是以了解一些小眾音樂為目的，而第二件事就是染發。

(X)哥，他在(neko)離開家最危險的時候幫助了她，雖然(neko)有一段時間開始了把自己關在屋子里，或者和(Linda)去泡吧的日子。這時候(neko)便開始自學編曲和打零工了，直到熟悉吧里幾乎所有的音樂團隊，被(Xenon)也就是(X)哥的樂隊音樂所吸引，事情才真正開始轉變，因為(X)哥的音樂風格和(neko)喜歡的(crystaIpunk)非常像，兩人才開始初識對方。

后來因為在節點城市養寵物需要證書，而(neko)在街上收留一只流浪貓時，不巧被警察發現了，也好巧不巧的遇見了(X)哥，于是誣陷了(X)哥非禮了自己，(X)哥也意會了(neko)便演了下去，最終警察沒有證據而不了了之。(neko)回到家后又與父親吵了一架而躲到了電玩城到深夜，這一次遇到(X)哥不是偶然出現了，在數次的游戲對決后，X哥帶(neko)來到了他的工作室，為了生存(X)哥她推薦去發布不久收編曲人信息的(單聲演繹)，(neko)果斷的報了名，也在(X)哥的家里打起了地鋪住下了。之后(單聲演繹的chris)希望(neko)能成為(paff)背后隱藏的人，將(paff)打造成全能歌手，合作中肆意使用(neko)的編曲，并極力拒絕(paff)與(neko)接觸，于是(neko)產生了對(paff)的反感，開始了反擊，隨意發布新曲和未使用的demo等等，這些還沒觸及雙方的底線，這時候她攢夠了錢，回到(03節點城市)看望了自己的母親，收起了對后媽的敵意，承認了她的溫柔和善良，但還是無法接受后媽的存在，回到(08節點城市)之后，(neko)發現和(paff)合作的歌曲在專輯頁面沒有她的署名，這觸及了創作者的底線，她撕毀了合約，從(paff)的粉絲變成了(單聲)與(paff)的黑粉，在賠付違約金之后，(neko)再次一無所有，在她回到家中，遇見了后媽的追債人，追債人錯把(neko)當成了后媽的孩子，綁走了她，還好(neko)機靈，中途逃脫了，倉惶的來到了(X)哥的工作室，而(X)哥給了(neko)一張芯片，讓(neko)的父親以(傳奇駭客X)的名頭嚇退了追債人，也徹底解決了她后媽的高利貨問題，幾人的心結也就此打開，最終(neko)接受了后媽和一個弟弟的存在，找到了和父親和諧溝通的方法，而(X)哥拯救了她們一家人，在這之后(neko)請求(X)哥找一個可以安全收養小貓的人，(X)哥便找到了(joez cafe)成功將小貓給了他。

但沒有工作的(neko)終究還是變得貧窮了，而(X)哥再次幫(neko)找到了第二個合適她的工作：直播實況主，(neko)成為了第一批(Cytus)上的主播，收獲了大量粉絲。

而時間也來到了新世紀700年，除了盛大的跨年儀式，在音樂圈中出現了一個異類，叫做(AEsir)，它的音樂狂亂、憤怒、震撼，出道半年就達到了巔峰，也是音樂圈中最神秘的存在，沒人見過它的樣子，也沒人知道它真實的名字，哪怕網絡上的熱度已經達到極致，也沒有人聯絡上她。它在出道一年后竟然主動邀請各界音樂人準備做一場全球實況的音樂會，這對于所有音樂人來說都是極好的機會，唯獨(neko)因為有(單聲)旗下藝人參加的原因沒有參與，這段時間她還在忙著做和(X哥)的合作歌曲，因為(X)哥工作的原因，制作周期再次縮短，(X)哥必須緊急回到(A.R.C)，作為(A.R.C)的安全顧問，他不在的時間發生了很多事，最重要的還是一位極其特殊的大叔被押到了(A.R.C)，他就是(conner)博士。

距離(AEsir)的演出越來越近，這可能是有史以來人數最多的一次音樂演出，但是這次演出，注定不會安穩的舉行，直到最后，(AEsir)都沒有出現。

讓時間線回到702年，這一年發生了太多的事情了。人和機器的區別是什么？人是不是一種機器？而機器又能否成為人？自然界中有沒有這樣一個規定？一條公理告訴我們，很抱歉，沒有。我們只知道，機器是由人類制造而受人類控制，隨著科技的發展，機器的功能性越來越強大，某些方面甚至超過了人類，直到AI的出現，機器開始無限可能的接近于人，就這樣，我們站在了科技的十字路口，科學家們陷入了猶豫，究竟是突破機器的極限？又或者改造人類的上限？至此，基因工程、神經科學、生物工程、人工智能等等方面，自然成為了各大科技企業最優先的研究方向，誰能最先掌握科技的發展，必定獲得最優的社會資源，但這些技術的突破早在幾百年前的人類社會就已經實現了。不過被一種叫做(終焉)的病毒所摧毀，這是不是真的？而現在的科學家對(終焉病毒)了解的太少太少，現在的關注點都是如何讓節點城市內的生活更加便利，這其中最優秀的也就是(A.R.C)了，全稱為(遺跡文明管理局)，作為最了解古文明何等輝煌的機構，他們聰明的采用了一條最簡單的科技之路，就是進入(終焉病毒)肆虐的(封鎖區)，尋找古文明遺跡，通過解析古文明來學習曾經的科技，雖然危險，不過只要裝備齊全，危險就會極大的降低，這種方式也引起過很多人的質疑，因為舊時代的科技如何輝煌，還是毀于(終焉病毒)，就算達到曾經的科技水平，卻也不能改變人們現在的生活狀態，人們還是要活在節點城市里，在這個星球上處處受限，但隨著節點城市的生活越來越多姿多彩，早已煙消云散了，而(A.R.C)也嘗到了古文明科技的甜頭，對舊科技也越發的癡迷，但是總有一些極其優秀之人，并沒有忘記最初的根本目的，(A.R.C)研究部的一部主任(Phoenix)，他給人們帶來了很多奉獻，他的科研方向定為(終焉病毒)，而這個項沒有任何進展的研究，也因為一直沒有進展而被(A.R.C)解雇，他將位置傳給了最有潛力的一位部員：(neah)。(neah)對(Phoenix)的實驗幫助很多，尤其是肢體改造技術，這種技術也是(Phoenix)最核心的研究成果，只可惜止步于人體實驗階段，(Phoenix)知道這種研究必定會挑戰道德與人性，不過成功的路上總會有所取舍，他愿意為此付出一切，在他心中最佳的研究地點就是(03節點城市)。

(03節點城市)被一個叫做(土竜)的黑幫所控制，他們將管理局變成了收取保護費的機構，雖然被黑幫控制，卻不代表沒有規則，而這種法律最可怕的就是法外無情，(土竜)能夠占據03如此之久，是因為他們更像一個有組織有紀律的團隊，對于收取的保護費，不多收一分錢，也不少收一分錢，對保護費交的少的人也給了一定的生存空間。為了能夠在這生存并做一些研究，他解救了八個其他節點城市的科技重犯，同時在這里不受道德的限制，這八個人常年身穿黑色斗篷，被稱成為烏鴉，在他們的幫助下(Phoenix)在03開發出多種超越(土竜)本身水準的科技，(土竜)的安保措施在(Phoenix)面前形同虛設，尤其是他能完美的復制出一個一模一樣的自己后，得到了(土竜老大龍先生)的賞識，這種完美的替身術，在未來有諸多妙用，這才算在03徹底扎根了，成立了(玖凰會)，(玖凰會)開發的一切科技將授權(土竜)使用，所創造的收益也會上交40%，也有著和(土竜)相當的地位和特權，余下60%的收入成為了(玖凰會)的科研成本，主要對(終焉病毒)進行研究，但進度還是受到了各種阻礙，進度緩慢。

同年遠在08的(A.R.C)挖掘出一個沉睡狀態的完整的(建造者)機體，研究人員對其進行了多方面的實驗，而(neah)在對(建造者)的解析中開始涉足腦電波與記憶的相關研究，研究十分順利。

691年(玖凰會)的一位烏鴉：金，正在全力研究一項肢體強化技術，他認為成年人的肢體強化收效太低，如果兒童從小就能接受肢體強化，成年之后就能將強化的肢體完全運用自如，為此(玖凰會)開始高價收購剛滿三個月的兒童，這種金錢的誘惑打動了大部分無法養育子女的貧民，這些兒童將會成為樣本供給(金)做實驗，一轉眼項目已經進行了幾個月的時間卻沒有任何進展，(Phoenix)前來催促，如果再沒有進展，項目就會被取消，面對(金)的不滿，(Phoenix)展現了身為(玖凰會)老大的威嚴，對其進行了懲戒，(金)不得不加快了實驗速度，這一次收回了九個樣本中除了二號樣本，其余的都失敗了，不過九號樣本也有些特殊，作為三個月大的孩子，在實驗中沒有一絲絲害怕，甚至疼痛的表情出現，但這些不能引起(金)的重視，除了二號樣本，其余的都被扔到了封鎖區，這也是(土竜)和(玖凰會)的傳統，因為(老大龍先生)對風水有講究，按照慣例24小時后，當組員們再次前往封鎖區，查看死亡情況時意外的發現九號樣本，竟然仍然存活，這個消息讓(Phoenix)狂喜，因為這很可能是免疫體，但是因為(金)的實驗失敗，導致九號樣本的雙腳細胞壞死為了防止壞死的細胞蔓延全身，實驗室不得已采用了截肢的方式，保住了樣本的生命，這個樣本也脫離出曾經的樣本序列，成為(玖凰會)中最獨特的存在，(Phoenix)為其取名(Nora)，希望這個孩子可以給人類文明帶來光明。

新世紀692年，經過了兩年的努力，在(A.R.C)的(noah)已經取得了一些成果，一種叫做記憶復寫的技術誕生了，或者說在理論上得到了證明，可惜的是(A.R.C)再次駁回了人體實驗的申請，(noah)跟(Phoenix)一樣，在研究成果接近尾聲的時候，被(A.R.C)遺棄了，不過，以(noah)對科學極端的嚴謹來說，這種技術已經非常完善，至此，(cyTus)中至關重要的兩大技能正式成型，一個是(Phoenix)的肢體改造技術，一個就是(noah)的記憶復寫技術，兩種技術結合，可以說人類可以特殊的永生常在。

694年，(玖凰會)的(nora)已經三歲了，卻還不會說話，但智商和認知能力都很超群，沒有人教導的情況下，已經能聽得懂大人說的話，并且可以進行簡單的計數，(Phoenix)的不是很順利，(nora)的血清對病毒的免疫效果有限，他們不能做出完美的解毒劑，卻發現(nora)在睡眠中經常出現眼球劇烈運動，并且留鼻血的現象，雖然和普通人做噩夢很相似，但經過數次流血后(Phoenix)認為不尋常，記錄了下來，他任由(nora)的噩夢和流血繼續下去，從這以后，(nora)只能每夜睡在靜置倉中，實驗人員開始記錄這個孩子在做噩夢時的腦電波的變化。

三年的時間(Phoenix)對(終焉病毒)的癡迷，導致(玖凰會)收入的縮水，這也讓其他八名(烏鴉)怨聲載道，(土竜)的管理者也不得不重視起來，(龍先生)對于(Phoenix)只研究出一個半成品的免疫試劑也極其不滿，經過協商，(龍先生)再給(Phoenix)最后一年的時間，如果項目不能有所進展，就會棄置這項研究，同時也會廢棄研究樣本，在離開時，(林文生)和(Phoenix)一起查看了(nora)的狀態，恰巧趕上(nora)在房間里做音樂，看到(Phoenix)為自己自豪而驕傲的感覺，還有不忍心打擾自己玩音樂的樣子，(文生)提醒(Phoenix)，其他幾位(烏鴉)認為他在研究的過程中，對樣本產生了私情，從而浪費了巨大的成本在其中，導致了研究的拖延，和(玖凰會)盈利的下降，(Phoenix)陷入了沉思。之后(Phoenix)把對(nora)的情感封閉了起來，除了實驗相關的事情，他很少出現在(nora)身邊，兩人的態度也從柔和逐漸變成了強硬，他加強了(玖凰會)和(土竜)的合作關系，奔波于其他項目，而這些(nora)并不知道，只是覺得(Phoenix)不再那么喜歡自己了。

新世紀695年，(cyTus)系統已經公測了兩年，(nora)根據精神網絡的程序，模擬了自己的聲紋，創作了一款翻譯機叫做(robo_head)，這樣通過精神網絡可以直接翻譯自己的聲音，這種發明讓組員(村田一郎)十分震驚，這可是一個五歲兒童的作品。之后通過組員(村田一郎)的幫助，讓(robo_head)可以顯示表情，并讓難以理解表情的(nora)學會了傷心的表情，就在這時，(Phoenix)送給了(nora)一個可以和(robo_head)適配的輪椅，(robo)的活動范圍變大了，也學會了第二個表情：開心。但離(土竜)給(Phoenix)的期限越來越近了，(nora)終究還是在一次偶然的機會知道了自己將要被廢棄的事情，這時候一個意外發生了，(金)為了加快實驗速度，在背地里偷取了第三實驗室的大量化學原素，轉手賣給了03的第二大黑幫(盛虎堂)，事情敗露后為了自保，他偽造了犯罪記錄給(村田一郎)，(Phoenix)雖然對結果表示懷疑，卻沒有證據，幾人的對峙陷入了僵局，直到(nora)出現，(nora)奇跡般的指出(金)犯罪和嫁禍他人的經過，從車載記錄儀到街邊攝像頭，精確到每分每秒，這讓(金)大驚失色，想要挾持(nora)逃走，卻被(文生)一槍打斷手臂，(文生)是(土竜)的二把手和03的管理局局長，不僅是科學家還有超強的槍法。在混亂中(金)釋放了(終焉病毒)逃走了，好在(玖凰會)作為研究(終焉病毒)的科學機構，對應的防護措施很完善，幾人都沒有被感染。

事情過后(Phoenix)問起(nora)是如何知道這些事情的，(nora)便說起了自己的噩夢，她漸漸發現那些噩夢是被機器記錄下來的真實事件，之后不久只要(nora)集中精神就能看到自己想要的任何記錄，這種能力被(Phoenix)稱為(荷魯斯之眼)，這件事在極短的時間內從(土竜)傳遍各大節點城市。而(土竜)將(nora)變成了一個賺錢的工具，(nora)不會作為樣本而被丟棄了，但這種能力對(nora)本身具有損傷，還好有(Phoenix)在讓(土竜)對(荷魯斯之眼)的使用頻率有所限制。

697年的一天，(nora)因為使用能力查看的信息過于龐大而昏倒，而引起了買家的不滿，(Phoenix)甚至留下了槍傷。之后不久，(nora)研制出了擁有人工智慧系統的(robo_head)二號機，(nora)將其命名為(robo)，從此(nora)與(robo)的交流逐漸使雙方開始成長。

新世紀698年，(盛虎堂)在03變得活躍起來，他們購買了四分半的時間，和(盛虎堂)的堂主(黃先生)一起來的正是當年在(玖凰會)逃走的(金)，(金)成為了(盛虎堂)的首席研究長，這次來就是買走(Phoenix)對(終焉病毒)的研究成果，(Phoenix)無比憤怒卻只能進行交易，聰明的(nora)在交易時隱藏了部分機密文件，但還是被(金)拆穿，在僵持中，(robo)主動獻出一份機密文件，化解了危機；這份文件是(robo)根據(Phoenix)偽造而成的，但對方沒有察覺，也讓(nora)十分震驚。

兩個月以后，(盛虎堂)的人再次來到(土竜)買了20秒的時間，不過這一次的交易不是為了機密，而是想要劫走(nora)，交易開始(黃先生)便引爆了藏在(林文生)身上的(終焉病毒)，還好(金)制作的病毒濃度太低，(Phoenix)的半成品疫苗救了(林先生)，而(robo)被(金)的脈沖槍擊中，導致機體受損，在交戰中，重傷的林文生撿到槍，干掉了(黃先生)和其他跟隨而來的(盛虎堂)人員，而(金)則趁亂挾持了(nora)，就在這時本已經昏迷的(robo)突然暴走，為了保護(nora)(robo)清除了在場的所有威脅，因為程序的設定，也殺死了(林文生)，而(金)因為改造過的身體又挺過了一劫，驚慌失措的(nora)帶著(robo-逃回(玖凰會)，而得到消息的(Phoenix)知道(林文生)和(黃先生)的死亡會導致(土竜)和(盛虎堂)同時追殺他們，03已經待不下去了，為此(Phoenix)帶著他們逃向排水用的密道，(一郎)已經準備好了快艇，但同樣知曉密道的還有(金)，(Phoenix)為了保護逃跑的所有人，最終獨自永遠留在了港邊，而逃跑的(一郎)也在途中留下來斷后，最終(nora)也留了下來，(robo)一人來到了(08節點城市)，現在是新世紀698年，(robo)帶著(nora)的音樂夢想在(cyTus)開始了音樂創作，同時踏上了尋找自己存在意義的道路上。