大部分先天性心臟病寶寶由于心臟異常通道的存在，會導致肺里的血比正常的孩子要多，形成肺淤血，從而使呼吸系統感染的機會增多。部分先天性心臟病寶寶生下來就合并有免疫功能低下，所以這些寶寶更容易發生反復的感染。肺里的血多了之后，身體其他地方的血就相對減少，進而造成發育落后、營養不良，這些又反過來影響機體的免疫功能，也是造成寶寶反復呼吸系統感染的重要因素。