在超級愿望第二季，火箭隊實施了“暴風雨計劃”，坂木親自出馬，帶領(lǐng)火箭隊將美洛耶塔帶到海底遺跡，召喚出雷電云、龍卷云、土地云。

用現(xiàn)形鏡將三圣云轉(zhuǎn)化為靈獸形態(tài)并將其控制，計劃用它們統(tǒng)治合眾地區(qū)。

三神云與聞訊趕來的神奧地區(qū)冠軍竹蘭、世代守護美洛耶塔的拉里，以及與美洛耶塔一同被挾持到海底遺跡的小智戰(zhàn)斗。

最后，皮卡丘吸取了雷電云的電氣攻擊使出超巨能電球，擊中坂木，使其失控并準備毀滅合...