新廉眼里噙滿了淚水，他都答應了下來，很快求真便斷氣了。新廉決定解剖求真的尸體，但面臨著社會風俗的壓力，他只好秘密進行了解剖。

在顯微鏡下，新廉清楚地看到了一種橢圓形疫菌，這是鼠疫桿菌。接下來他雇了好些人去捕捉老鼠，他們解剖了幾百只老鼠，卻未發現一例帶鼠疫桿菌的。這讓新廉得出了一個結論，此次鼠疫無需通過動物媒介，人與人之間可以直接傳染。

新廉向朝廷呈報了此結論，他還提出了初步防疫措施：控制人員流動，發現鼠疫的地區必須隔離起來。無感染的人員出入都必須持證，可以追查其行蹤。大量制作口罩，增加醫生。

新廉叫人把阿呆接了過來，他認為此病傳染極快，阿呆那邊亦不安全了。阿呆得知求真的死訊后，茶不思，飯不想，好幾日都未進食。

由于鼠疫已經向南擴散了，朝廷很快便批準了新廉的請求，而且還讓當地官兵聽從他的調遣。

得到朝廷的批準后，新廉立即派官兵把有感染的地區隔離了起來，建起了一座又一座的隔離站，并分配了醫務人員。接著他封鎖了道路，把人員的活動范圍限制在了自己所在的區域。確實需要跨區域的先隔離起來，檢測觀察后，沒感染的可持證出入。

接下來新廉派人將有感染之人移送至隔離站，進行相應的救治。他讓人印刷了大量防疫宣傳紙張，分發給各家各戶。新廉還臨時征集了許多護工、消毒工和埋葬工，讓他們穿上防護服，并佩戴口罩。由士兵把拋棄的尸體收集起來，埋在亂墳崗。家里有人感染過的都要進行消毒，家庭成員都需要居家隔離觀察。

隔離站內按照病人的病情，分為重癥區、輕癥區、疑似病區。按不同病情提供相應的治療，亦避免了他們之間的交叉感染。

新廉實施了這些措施后，疫情迅速被遏制住，新增感染人數快速下降。入春后，便沒有新增的感染者了。這場試卷東北四個月之久的浩劫終于結束了。

在疫情結束后，人們紛紛燃放鞭炮以示慶賀，在眾人歡慶之余，新廉來到了亂墳崗。看著這堆積如山的尸體，他憂心忡忡，他擔心這個墳場會變成一個新的鼠疫桿菌發源地。如若有什么動物接觸到這些尸體，再傳染到人身上，那么過去所作的一切努力都將化為烏有。

新廉決定燒了這些尸體，他跟衙門的人說了后遭到了強烈的反對。附近的百姓得知新廉要燒了亂墳崗的尸體后，都聚集到了衙門。很快，衙門外的百姓越聚越多，他們要求讓死者入土為安。

這些百姓的舉動讓新廉有些犯難，他對著這些百姓喊話，欲解釋燒尸體的原因，但無人聽他的。新廉便決定先說服縣太爺，他跟縣太爺說明了此事的利害關系。縣太爺擔心疫情再次爆發，自己的烏紗帽會不保，便決定同新廉一起上書朝廷，讓皇帝下旨燒了這些尸體。同時他出了很多告示說明燒尸體的原因，又讓各地鄉紳安撫百姓。

朝廷那邊覺得新廉所說的極為有理，便下了圣旨，讓新廉負責焚燒尸體。百姓們雖然不情愿，但皇帝的圣旨誰也不敢違抗。

新廉雇了幾百人去燒尸體，他們在尸體上澆上油，幾萬名百姓呆呆地看著這些尸體被燒成了灰。這些尸體被燃燒殆盡后，新廉懸著的心終于落地了。

新廉此次能迅速控制住疫情，讓朝廷非常滿意。皇帝在紫禁城接見了新廉，給了他許多賞賜。新廉在朝堂上發表了自己對此次疫情的看法，他對皇帝說道：“此次疫情傳播如此之快，死的人如此之多，主要是因為人們對疫情的認識不夠。我們靠海外學來的醫學知識查清了病因，才得以實施相應的防疫措施。我們應當像其他國家一樣，放棄舊醫，學習新醫學，這樣才可以進步。”

新廉所說的讓幾個大臣很不滿，放棄舊醫就是斷了他們的財路。他們相互使了眼色后，其中一人站出來說道：“我們的醫術是幾千年的智慧，博大精深，講究的是治本。”

新廉說道：“什么治標治本的，一個人心臟病突發，不急救的話馬上就得死；一個人腳斷了，不馬上把他的斷腳接回去他就得瘸；一個人胸腔里插入一把尖刀，不馬上動手術他就得死；一個人大動脈出血，失血過多時，不馬上輸血他就會沒命......”

新廉正說著，一大臣接口道：“我看新廉這段日子為了疫情的事非常辛苦，一定很累了，還是讓他先回去休息吧”

其他幾個大臣附和道：“說的對，說的對，應該先讓他回去好好休息一下。”

以是，他們便讓新廉出去了。

這之后，新廉回了趟家鄉，見了甄掌柜。而后又回來跟一些有識之士辦了幾所醫院，他們欲讓新醫院遍地開花，用新醫學造福更多的百姓。

新廉的這一舉動讓那幾個大臣憤懣不已，他們決定除掉新廉。有人給新廉通風報信，新廉當機立斷，帶著阿呆去海外了。他給阿呆起了個名字，叫藥厘正。