人類的出現并沒有引起妖界的重視，它們認為人類的壽命太短了，不足以與他們為敵。但令妖界沒有沒有想到的是人類的崛起十分的迅速，很快便對妖界產生了威脅。

這時妖類才重視起人類來，它們驚奇地發現，人類的靈智要遠遠高于妖類，雖然比不上麒麟與妖界四大護法，但卻遠遠高于普通獸類。而且他們的壽命雖然比妖類要短，但他們的形體修行起來比妖獸更加方便。

最讓妖族吃驚的是他們的修煉之法與妖族并不相同。人族可以通過轉化天地的靈氣來進行施法，而不需要自身修為的提高，人族將其稱為“術”。這讓妖界感到了威脅，于是群妖紛紛對抗起人類，阻止他們的繁衍。

人類雖然聰慧，但力量微薄。在妖王麒麟帶領群妖的圍攻下，很快便消亡了許多。眼看著人類被誅殆盡，他們的守護者女媧自然不能袖手旁觀，她帶領著人類奮起反抗，但在妖王麒麟面前依然有些勢單力孤。

就在人類消亡殆盡之時，人類中出現了兩個術法十分強大的人，他們便是伏羲與神農。神農與伏羲不但掌握了人族的術，并且他們發現了天地間的“道”。他們發現道雖然沒有任何力量，但在道的輔助下，術變得無往不利。伏羲依靠著道發現了天地間的陰陽秩序，創立了八卦。神農則通過與天地間花草樹木中靈類的交流悟道，獲得了極盡不死的靈氣。

最終，神農，伏羲與女媧三人聯合起來，將入侵的眾妖全數擊敗。妖族在最后關頭一敗涂地，最后不得不與人類畫立界限，互不侵擾。

女媧，伏羲與神農的后人分為三個群族，三位領袖為他們的后人都留下了抵抗妖族的靈器。女媧為后人留下了女媧石，伏羲為后人留下了伏羲琴，而神農則留下了煉妖鼎。

又過了三百年后，女媧，伏羲與神農都已離世，但此時人類早已繁衍生息，逐步的吞噬著妖族的地界。

人類驅除了妖族后，三大族群卻因為領地而發生了戰爭。女媧的后人九黎族生活于長江兩岸，他們體內還存留著妖族的血脈。九黎族的首領蚩尤想要擊敗伏羲的后人黃帝與神農的后人炎帝，統一人類族群。他先向炎帝發起了進攻，炎帝抵抗不住實力強大的九黎族，向黃帝求援。于是黃帝與炎帝聯合起來，與九黎族作戰。九黎族抵擋不住黃帝與炎帝的聯合進攻，于是有著妖族血脈的蚩尤向妖族求援。妖族因不斷縮小的地盤而十分忌恨人族，于是妖王麒麟墨羽毫不猶豫便同意參戰。

蚩尤手中有女媧石，而妖王墨羽手中則有鍛造的妖界至寶血歿劍。如此一來，黃帝與炎帝便落了下風。就在炎黃部落快要戰敗之時，忽然黃帝想起了靈類。他向靈類獻祭，希望靈類可以幫助他們打敗蚩尤。靈類生性平和，不想參與黃帝與蚩尤的戰爭，但它們也不想要妖族再次占領天地間。于是靈類動用全族的靈氣打造了一柄寶劍—紫龍劍。此劍乃是靈類至寶，它可以吸收和運用天地間靈氣，可以號令地界所有靈類

靈類將這柄寶劍贈給了黃帝。由于此劍是靈類所鑄造而成，所以一般的人族無法持有此劍，只能由人族中最親近靈類的體質才能使用此劍。而在人族中黃帝的體質與靈類最為親近，于是黃帝便親佩此劍迎戰蚩尤。

在紫龍劍的幫助下，黃帝與蚩尤的戰爭局勢瞬間反轉。黃帝又說服了妖界的黃龍一族加入人族。黃龍的靈智與青龍不相上下，但卻因其血脈混雜而地位地下。于是它們欣然加入人族迎戰群妖，黃龍一族的首領應龍更是成為了黃帝身邊最為厲害的大將。

如此一來，蚩尤與妖族便是徹底落了下風，最后全部敗給了黃帝。妖族再次撤回妖界，而九黎族人則臣服于黃帝，但九黎族人的首領蚩尤卻在戰敗后不知所蹤。

由于連年大戰損耗了人族的實力，于是黃帝無心再尋找逃亡的蚩尤。他將人族全部整合了起來，稱為炎黃部落，為了感謝應龍的幫助，黃帝將黃龍奉為人族的圖騰。人族便開始興旺了起來。

此時，由黃帝帶領的百姓們開始放棄茹毛飲血的生活，開始教授他們種植，于是人族變得空前壯大起來。但誰也沒有想道三界滅頂的災難快要來臨了。

蚩尤在九黎族失敗后便開始了一路逃亡，由于對黃帝的憤恨，使他身上的魔氣越來越重。在他經過輾轉逃亡數年之后，他終于找到了那件能夠毀滅天地的武器—盤古斧。

盤古死后，盤古斧便遺失在了人間，沒有任何生靈再見到過這把能夠毀天滅地的武器，但被仇恨蒙蔽雙眼的蚩尤卻經過九死一生之后發現了盤古斧。

此時的蚩尤已經被仇恨沖昏了頭腦，他不但痛恨炎黃二族，更加痛恨背叛了他的妖族與九黎族，于是他想要毀滅世間的一切生靈。

他將自己的肉體獻祭給了盤古斧，于是久久沉睡的盤古斧蘇醒了過來。沒有形體的拘束后，蚩尤魂魄中因仇恨所產生的魔氣瞬間便強大了起來。蚩尤的最后一點靈智被魔氣吞噬干凈，于是他便徹底的墜入了魔道。

這時三界的生靈誰也沒有意識到，天地之間誕生了新的魔。它不再是由混沌魔氣形成，而是生靈體內的仇恨而產生的魔氣，它比混沌魔氣要強數十倍之多。于是成魔的蚩尤終于有能力駕馭盤古斧，他揮舞著盤古斧想要毀滅天地。

天界的主宰昊天自然發現了地界的異樣，但此時他卻幫不了地界。他將所有的天規都刻在了掌握著天地法則的混沌鐘內，而天規中嚴禁天界大神干預人間之事。此時的昊天已經不是天地間唯一的生靈，天地間的生靈都在瘋狂的吞噬著天地靈氣，這使得昊天已經沒有足夠的力量去駕馭混沌鐘。但他并沒有對人界的威脅束手旁觀，他將自己的武器蕩魔劍傳向凡間。

蕩魔劍到達人間后便被黃帝所得，但黃帝卻發現人族沒有人有足夠的力量去使用蕩魔劍，于是他帶著蕩魔劍卻尋求妖族的幫助，希望妖王墨羽能夠使用此劍。此時的妖族因蚩尤的威脅，早就與人族握手言和，但妖王墨羽也沒有能力去使用此劍。

此時的蚩尤揮舞著盤古斧，已經殺戮了數以萬計的三界生靈，地界生靈危在旦夕。

最后，黃帝用地界的五大神器，妖界的血歿劍，炎黃部落的伏羲琴，神農鼎，女媧石和黃帝所佩的紫龍劍的全部力量獻祭給蕩魔劍，并且黃帝將自己舍身獻給蕩魔劍為仆，蕩魔劍的神力才被召喚蘇醒。于是黃帝使用蕩魔劍與蚩尤進行了驚天一戰，最終蚩尤被打敗了。

但蚩尤附身于盤古斧，蕩魔劍無法毀滅盤古斧，只好將其封印在了不周山下。

于是，人間再次得到了復蘇。妖族也與人族握手言和，撤回了妖界，不再為禍人間。而黃帝以龍虎山為界，將地界分為兩半，分成人界與妖界。黃帝與妖王墨羽劃定人界與妖界后，黃帝便用軒轅劍將兩界的聯系徹底斬斷，只留下了唯一連接的空間。在妖界，這片空間便是荒蕪之地，而在人界，這片空間則是秘境。為了駐守人妖兩界的通道，黃帝在龍虎山設立了天師府，專門捕捉逃出妖界，為禍人間的妖族。

黃帝軒轅打敗蚩尤之后便繼續治理人間，人界一片繁榮。人們十分景仰甘愿獻身的黃帝，于是將蕩魔劍亦喚作軒轅劍。但十年過后，黃帝忽然帶著軒轅劍消失了，只將紫龍劍留了下來。此后三界從此再無黃帝軒轅的消息。