孫承宗回京后，向內閣上疏此次遼東之行的收獲，并提出自己觀點，贊同袁崇煥在寧遠筑城。

內閣和兵部經過緊急磋商，恐將帥不和，下令撤除王在晉經略之職，改由孫承宗兼任。

孫承宗跟著下令袁崇煥和滿桂率兵駐守寧遠，滿桂便是那年隨熊延弼巡視遼東的那位青年軍官，這幾年已成長為能征善戰的將軍。到任后的袁崇煥馬不停蹄，大張旗鼓地開始筑城，并立下規格：城墻高三丈二尺，城雉再高六尺，城墻墻址廣三丈。

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