幾乎所有的藥物都可以通過胎盤進入胎兒體內，其中，分子量越小的越容易通過，脂溶性高與離子化程度低的藥物也較容易通過。藥物與蛋白結合能力的高低與通過胎盤的量成反比。藥物對胎兒的不良影響包括藥物本身的性質、藥物劑量、用藥持續時間、胎兒對藥物的親和性以及用藥時的胎齡。多數藥物對胚胎作用的關鍵期在妊娠的第3～8周，即器官分化期。心臟于妊娠20～40天對藥物作用最敏感，肢體大約在第24～46天最敏感。因為有些器官幾乎同時發育，所以有時一種藥物會同時造成多器官畸形。

妊娠期間大劑量使用四環素類藥物，可引起胎兒牙釉質發育不全。根據用藥早晚不同，分別影響乳齒和恒齒的牙釉質發育。妊娠期間大劑量或長期反復使用氨基糖苷類藥物，如鏈霉素、卡那霉素等，可損害胎兒第8對腦神經，出現先天性耳聾。新生霉素能抑制葡萄糖醛酸酶活性，引起胎兒高膽紅素血癥。抗結核藥利福平能誘發大鼠、小鼠發生脊柱裂、腭裂等畸形。也有研究發現，在妊娠期間使用異煙肼、對氨基水楊酸等抗結核藥的孕婦所生新生兒中，發生畸形的機會比未用藥者高一倍。

大多數研究認為，癲癇婦女用抗癲癇藥者，其嬰兒畸形率較正常婦女高7～8倍，比癲癇婦女未用藥者高2～3倍。致畸可能是藥物本身或其代謝產物、或孕婦抽搐引起缺氧、葉酸缺乏及遺傳因素共同作用的結果。如丙戊酸鹽、苯妥英鈉等致畸風險較高，建議癲癇婦女在專科醫生指導下用藥。

如果在妊娠早期，特別是治療先兆流產和習慣性流產時，大劑量或長期使用性激素（特別是黃體酮、炔諾酮等藥物），可干擾胚胎生殖系統的正常分化，導致生殖系統畸形，使女性胎兒外生殖器男性化。因為一般臨床上用于保胎的孕激素多為合成激素，合成孕激素類藥物具有一定程度的雄激素樣作用。用天然孕酮保胎則未見畸形兒出生。雌激素能導致腦積水、腦膜膨出、內臟畸形等。孕婦在妊娠早期用己烯雌酚后，會對胎兒產生遲發性不良反應，所育女嬰在幼兒期可引起乳腺增大，青春期后可發生生殖器的多發疾病或畸形，發生高峰在9歲左右，己烯雌酚對男性胎兒也似有影響，可導致附睪囊腫、睪丸發育不全、隱睪、精液異常等。

口服長效避孕藥（如：醋酸曲普瑞林）者，應該在停藥半年后再懷孕，現已不主張服用長效避免藥；長期口服短效避孕藥（如：去氧孕烯炔雌醇片、復方醋酸環丙孕酮片）者，應該在停藥3個月后再懷孕比較安全。

抗腫瘤類藥物多數有細胞毒作用，能阻止細胞DNA、RNA及蛋白質的合成，因此，大多數抗腫瘤藥物都有一定的致畸作用，可引起多種畸形。烷化劑中5-氟尿嘧啶、苯丁酸氮芥、環磷酰胺等對人類可產生死胎、流產和畸形。甲氨蝶呤可以對抗四氫葉酸，為較強的致畸劑。

對必須用抗凝劑的孕婦最好用肝素，而不用香豆素類藥物。因為香豆素衍生物能順利通過胎盤，不論妊娠時期早晚，均會對胎兒造成危害，有較強的致畸作用。而肝素分子量大，表面負電荷多，不易通過胎盤。

抗甲狀腺類藥物甲苯磺丁脲和氯丙脲、磺酰脲均能引起胎兒無腦、無眼等多發畸形。妊娠中期，孕婦長期使用亞碘酸鹽、碘化鉀等含碘藥物，可引起胎兒甲狀腺腫。妊娠2個月后應用治療量的放射性碘或硫氧嘧啶等抗甲狀腺藥，可使胎兒甲狀腺濾泡萎縮退化，抗甲狀腺藥物能抑制胎兒甲狀腺的合成，致嬰兒甲狀腺功能低下，而甲狀腺素不足，可使胎兒自身腦垂體分泌促甲狀腺素增加，引起胎兒甲狀腺代償性增生。

阿司匹林是一種致突變劑，能引起人體細胞染色體產生斷裂片段、雙著絲點和環狀染色體。同時，阿司匹林也是一種致畸劑，大劑量的阿司匹林與死胎、死產、新生兒低體重有明顯關系。妊娠10周之內不建議服用。孕后期有凝血功能障礙、妊娠高血壓疾病者可在醫生指導下服用。

苯丙胺是中樞興奮藥及抗抑郁藥，因能抑制食欲而有減肥作用，曾被一些妊娠婦女用來控制過快增長的體重，結果這些婦女所生嬰兒發生先天畸形（如：唇裂、心臟及大血管畸形）的人數明顯增多，因此，孕婦慎用。

抗過敏藥物中，有些藥物對孕婦無不良影響，可放心使用，如葡萄糖酸鈣一般對孕婦及胎兒均無不良影響，且對過敏所致的皮膚瘙癢有較好療效。但是，哌嗪類H ₁受體阻斷藥，如氯苯甲嗪，是一類抗組胺藥，對動物有致畸作用，孕婦最好不要使用。