崇禎十一年春正月二十一日，洪承疇打敗敵人在梓潼，賊逃回陜西。丁亥，裁減南京冗官。二月甲辰，改任河南巡按御史張任學為總兵官。三月十五日，賀逢圣辭官。這個月，李自成從洮州番地出，總兵官曹變蛟追擊打敗他，再入境，到西和、禮縣。
夏四月十六日，張獻忠在谷城假裝投降，熊文燦接受的。戊申，張至發辭官。十八日，火星逆行，對廷臣修身反省。五月初一日，考試考選官員在中左門。六月癸巳，安民廠發生火災，毀壞城垣，萬余人受傷。壬寅，孔貞運辭官。
乙卯日，兵部尚書楊嗣昌、戶部尚書程國樣、禮部侍郎方逢年、工部侍郎蔡國用均為禮部尚書，大理寺少卿范又純粹為禮部侍郎，同時兼任東閣大學士，參與機要事務。楊嗣昌仍然掌管兵部。
這個月，兩畿、山東、河南發生大旱災和蝗災。秋七月乙丑，少詹事黃道周因談論楊嗣昌奪情，貶為按察司照磨。八月戊戌日，因災害怪異多次出現，居永壽宮行齋，對廷臣修身反省。
癸丑，傅冠辭官退職。戊午，停刑。羅汝才等從陜州侵犯襄陽。九月，陜西、山西大早饑荒。辛巳，大清軍隊進入墻子嶺，總督薊遼兵部侍郎吳阿衡戰死的。癸未，京師戒嚴。冬十月癸巳日，盧象升入援，在武英殿召回答。
甲午，括馬。盧象升、高起潛分別監督援軍。這個月，洪承疇、曹變蛟大敗賊在潼關南原，李自成率領幾名騎兵逃跑。十一月戊辰日，大清軍隊攻克高陽，退職大學士孫承宗戰死的。
戊子，罷免盧象升，帶罪立功。劉寧亮自己請看老師，允許的。這個月，羅汝才投降。十二月庚子，方逢年停職。盧象升在巨鹿兵敗，死的。
戊申，孫傳庭任兵部侍郎監督援軍。征調洪承疇人衛。這一年，土魯番、琉球入朝進貢。十二年春正月初一，因時事艱難，拒絕朝臣慶賀。
庚申，大清軍隊進入濟南，德王由樞被捕，布政使張秉文等死的。戊辰，劉寧亮、孫傳庭會師十八萬人在置業，不敢進。丁丑，改洪承疇總督薊、遼，孫傳庭總督保定、山東、河北。二月乙未，劉寧亮停職。清兵北回。
三月丙寅，從青山口。凡是深入二千里，查閱五月，攻下畿內、山東七十余城。丙子，加上孝純太后溢號，下詔天下。夏四月十六日，程國樣退休。這個月，左良玉攻擊降賊首領李萬慶。
五月甲子，禮部侍郎姚明恭、張四知，兵部侍郎魏照乘，同為禮部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。乙丑，張獻忠在谷城，羅汝才等起反應的，攻陷房縣。
乙亥，孫傳庭革職，不久被逮捕關進監獄。六月，畿內、山東、河南、山西早災、蝗災。十八日，抽調各鎮精兵進行訓練，再加上練兵糧餉。
秋季七月壬申日，左良玉征討張獻忠，在羅猴山失敗，總兵官羅岱被抓死的。熊文燦被沒收，不久被逮捕關進監獄。八月一日，下詔誅殺邊境失事巡撫都御史顏繼祖，總兵官倪寵、祖寬，內臣鄧希詔、孫茂霖等三十三人，都棄市。己亥，減免唐縣等四十州縣去年田租的一半。
壬子日，大學士楊嗣昌督師討伐賊，總督以下都聽從指揮。十月初一日，楊嗣昌襄陽誓師。甲午，左良玉為平寇將軍。丙申日，《欽保護人民的四件事全書》成功，頒布于天下。十一月辛巳，在南郊祭天。十二月，羅汝才侵犯四川。
丙午，下兵部尚書傅宗龍于監獄。這一年，琉球入朝進貢。
崇禎十三年閏正月三日，賑救真定饑荒。戊子，販濟京城饑民。癸卯，賑濟山東饑荒。二月初一日，在束郊祭。
戊午，總督陜西三邊侍郎鄭崇儉大敗張獻忠在太平縣瑪瑙山，張獻忠敗走歸州。戊寅，由于長期干旱，征求直言。三月五日，祈禱下雨。丙戌，大風沙，下詔清理刑獄。戊子，罷免各鎮宦官。
丙申日，賜魏藻德等進士及第、出身不等。戊戌，賑濟畿內饑荒。丁未，免除河北三府拖欠賦稅。夏季四月戊午，到江西巡撫愈都御史解學龍及所舉黃道周。
己卯，吏部尚書謝升為禮部尚書，禮部侍郎陳演以原官兼東閣大學士，參與機要事務。五月，羅汝才攻打夔州，石砫女土官秦國良玉連續打退他們。甲申，在北郊祭地。庚戌，姚明恭退休。
六月初一日，總兵官賀人龍等分路逐賊，失敗的，羅汝才跑大寧。庚午，蔡國用死。辛未，薛國觀罷。七月初一日，畿內捕捉蝗蟲。己丑，從國庫賑濟遭受蝗災州縣。辛卯日，左良玉及京營總兵官孫應元等在興山大敗羅汝才。
羅汝才敗走巫山，與張獻忠會合。八月甲戌日，賑濟江北饑荒。九月，陜西官軍圍攻李自成在巴西魚腹山中，從成功逃脫。癸巳，張獻忠攻陷大昌，總兵官張令戰死。不久攻克劍州、綿州。
冬十月二十日，熊文燦被處死。十一月，楊嗣昌進軍重慶。丁亥，在南郊祭天。戊子，南京地震。十二五月丁未初一，嚴格抄傳軍事機密禁令。
辛亥，張獻忠攻陷瀘州。乙卯日，逮捕薛國觀。這個月，李自成從湖廣到河南，饑餓的百姓歸附的，接連攻陷宜陽、永寧，殺萬安王采，攻陷偃師，勢大盛。
這一年，兩畿、山東、河南、山西、陜西早災、蝗災，人吃。十四年春正月辛巳，在南郊祭天祈谷。己丑，總兵官猛如虎追擊張獻忠于開縣黃陵城，失敗，參將劉士杰等戰死，賊寇于是往東下。
丙申日，李白成攻陷河南，福王朱常洵遇害，前兵部尚書呂維棋等死的。
二月十四日，下詔因時事艱難，災異多次出現，痛苦自責，停止今年行刑，許多犯罪都減少等論。庚戌，張獻忠攻陷襄陽，襄王朱詡銘、貴陽王朱常法一同遇害，副使張克儉等死的。
戊午，李自成進攻開封，周王朱恭楞、巡按御史高名衡抗拒后退的。乙丑，張獻忠攻陷光州。己巳日，召見內閣大臣、九卿、科道在乾清宮左室。
命令駙馬都尉冉興讓等攜帶資金救濟河南受災宗室。三月丙子朔，楊嗣昌從四川回來，到荊州死去。乙酉，祈禱下雨。
丙申日，洪承疇會合八鎮兵在寧遠。丁酉，逮捕鄭崇儉下獄，不久棄市。夏四月十三日，大清兵攻錦州，祖大壽奮力抵抗。
自己不，總督三邊侍郎丁啟睿為兵部尚書，督師討伐賊。五月初四日，范復粹辭官。從獄中釋放傅宗龍，任命他為兵部侍郎，總督陜西三邊軍務，征討李自成。戊子，在北郊祭地。
六月，兩畿、山東、河南、浙江、湖廣早災、蝗災，山東盜賊興起。秋季七月己卯日，李自成進攻鄧州，楊文岳、總兵官虎大威打敗他。壬寅，洪承疇增援錦州，駐軍于松山。
這個月，臨清運河干涸。京城大瘟疫。八月乙巳，前來救援的軍隊交戰于松山，陽和總兵官楊國柱潰敗戰死。辛亥，賜薛國觀死。
辛酉日，重建太學，釋奠先師孔子。甲子，總兵官吳三桂、王樸從松山逃跑，各路軍隊夜間崩潰。這個月，左良玉在信陽大敗張獻忠。九月丁丑，傅宗龍率軍駐扎新，與總督保定侍郎楊文岳會師。
己卯，遇上賊，賀人龍全軍潰敗，宗龍被包圍，文岳逃往陳州。甲申，周延儒、賀逢圣再次入閣。辛卯日，封皇子朱慈炯為定王。
壬辰，傅宗龍突圍而出，直奔項城，被抓死的。賊軍屠戮項城及商水、扶溝。戊戌，李自成、羅汝才攻陷葉縣，守將劉國能死的。這個月，官軍打敗張獻忠在英山望云寨。
冬十月癸卯朔，天上日食忽氟。十一月丙子日，李白成攻陷南陽，唐王朱幸鎮遇害，總兵官猛如虎等死的。十二月，李自成接連攻陷洧川、許州、長葛、鄢陵。甲子，解學龍戍邊、黃道周。
李自成、羅汝才合力攻打開封，周王朱恭楞、巡撫都御史高名衡抗拒。十五年春正月癸未，孫傳庭任兵部侍郎，統領京軍救援開封。乙酉，楊文岳救援開封，敵人撤退了，南陷西華。
戊子，免天下十二年以前拖欠的賦稅。這個月，山東賊攻陷張秋、東平，搶劫漕運船只。太監王裕民、劉元斌率禁兵會合充東官軍討伐平定了他。二月十四日，賑濟山東去安撫戰亂百姓。
癸丑，總督陜西都御史汪喬年暫住襄城，遇上賊，賀人龍等人逃到函谷關，喬年被包圍。丁巳，城陷，被抓死的。戊午，大清軍隊攻克松山，洪承疇投降，巡撫都御史丘民仰，總兵官曹變蛟、王廷臣，副總兵江翥、饒勛等死的。
這個月，孫傳庭總督三邊軍務。三月，李白成攻陷陳州。丁丑，魏照乘辭官在。己卯，祖大壽以錦州向大清兵投降。辛卯日，李白成攻陷睢州、太康、寧陵、考城。壬辰，封皇子慈暖召為永王。
丙申日，李白成攻陷歸德。這是春天，江北賊攻陷含山、和州，南京戒嚴。夏四月癸亥，李自成又包圍開封。乙丑，謝升革職。五月十四日，孫傳庭人關，誅殺賀人龍。
甲戌，張獻忠攻陷廬州。丁亥，王樸棄市。六月戊申日，賀逢圣辭官。癸丑，張四知辭官。甲寅，下詔天下停刑三年。
自己不，詹事蔣德溉、黃景意，戎政侍郎吳牲，同為禮部尚書兼東閣大學士，參與機要事務。庚申，下詔孫傳庭出關。兵部侍郎侯詢督領左良玉軍隊增援開封。
壬戌，以一起推舉閣臣下吏部尚書李日宣六人在監獄，貶謫戍邊。甲子，在北郊祭地。這個月，筑壇親自祭祀死去的文武大臣。山西總兵官許定國增援開封，在沁水潰敗，寧武兵在覃懷潰敗。
秋季，七月二十日，左良玉、虎大威、楊德政、方國安四鎮的軍隊潰敗在朱仙鎮。八月四日，安慶兵變，殺都指揮徐良憲，官軍征討平定了。乙丑，釋放黃道周在戍所，恢復他的官職。
丁卯，兵部尚書陳新甲下獄，不久棄市。九月壬午，賊決黃河灌溉開封。癸未，城墻倒塌，士兵被淹死的有十萬人。己丑，孫傳庭率軍前往河南。辛卯日，鳳陽總兵官黃得功、劉良佐在潛山大敗張獻忠。
冬季十月辛酉日，孫傳庭失敗在郟縣，跑入關。十一月丁卯日，援汁總兵官劉超占據永城謀反。庚午，從國庫賑濟開封受災宗室兵民。壬申，大清兵分路入塞，京師戒嚴。
命令功臣分守九門，太監王承恩監督檢查城防。下詔推舉可以擔任督師大將的人。戊寅，征調各鎮兵人京救援。庚辰，大清軍隊攻克薊州。丁亥，薊鎮總督趙光提調援軍。戊子，張獻忠攻陷無為。
己丑，遼東督師侍郎范志完入援。閏十二月癸卯日，下詔罪己，求直言。壬寅，大清兵南下，畿南郡邑多不守。丁巳，從廢率。這個月，李白成攻陷汝寧，前總督侍郎楊文岳、僉事王世瓊寧死不屈死。
十二月，大清兵直搗曹、濮，山東州縣相繼下，魯王因為派自殺。自己日，李白成攻陷襄陽，根據的。左良玉逃奔承天，不久到武昌。賊兵分兵攻下德安、彝陵、荊門，于是攻陷荊州。癸巳，燒獻陵