這次大屠殺持續了一天，直到尸體堵塞了河流，大約有三萬多人遇害。這就是史冊上臭名昭彰的嘉定屠城。最后，這五千清軍竟搶奪三百大船的財物，統統在李成棟的指揮下運離嘉定。

但嘉定城的劫難仍然沒有結束。李成棟大屠殺后的三四天，僥幸逃脫的嘉定的幸存者開始溜回城里。中華兒女普遍有種強烈的鄉土情結。黃河邊的原住民寧可坐以待斃，也不愿意喬遷他鄉；即使朝廷強令遷徙，沒多久，他們也會回來，無論當地多窮多苦。嘉定的紳民也是如此，他們回城后看到如此慘狀，立即在義士朱瑛的領導下，重新集結了兩千多人。朱瑛領導著幸存者們在這座殘破的城市展開了一場反屠殺運動，處死了歸降清軍的漢奸和清軍委派的官吏。

矯枉總過正，兩軍交戰，百姓的境遇最為凄慘，不剃發死，剃發亦難逃一死。在嘉定城外，一支被打散的鄉兵隊伍聚集在葛隆和外岡，他們一旦發現那些剃了發的人，就將這些人當場處死。李成棟的一支小分隊也被這群鄉兵殲滅。李成棟狂怒下派了一支大軍進入葛隆和外岡，屠殺了所有的居民。這兩個城鎮也被夷為平地。

李成棟任命的新縣令浦嶂為虎作倀，又領著李成棟的軍士們直殺入城里，將許多尚在睡夢中的居民屠戮殆盡，積尸成丘，而后放火焚尸。浦嶂不僅將昔日好友婁復文等人闔家屠盡，還向李成棟進言：“若不剿絕，必留后患！”清軍殺得興起，嘉定又慘遭“二屠”。歷經“二屠”之后，嘉定已無貧富差別，幸存者均一貧如洗。

二十余天后，明朝將領吳之番將軍率余部猛攻嘉定城，周邊民眾紛紛響應，竟在忽然之間殺得城內清兵大潰出逃。不久，李成棟整軍反撲，吳之番所率兵民大多未經過作戰訓練，很快潰不成軍，吳之番也提槍赴戰而死。李成棟軍第三次攻城，不僅將吳之番數百士兵砍殺殆盡，順帶又屠殺了近二萬剛剛到嘉定避亂的民眾，血流成渠，是為著名的“嘉定三屠”。